부가가치세

특허권을 팔고 2년 뒤 같은 값에 되사는 유동화 거래도 부가세 대상인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 특허권을 유동화 목적으로 넘기면서 전용실시권으로 계속 쓰고 같은 가격으로 되사기로 해 실질적인 통제권이 넘어가지 않았다면 재화의 공급이 아니어서 부가가치세가 과세되지 않습니다. 대법원은 재화의 인도나 양도에는 사용·소비할 권한의 이전이 따라야 한다고 봅니다. 지금은 비용 부담, 권리 양도 제한, 재매입 가격 조건을 표로 정리하십시오.

특허권을 넘기는 형식을 취했다고 해서 매각대금에 부가가치세를 붙여 세금계산서를 발급해야 하는 것은 아닙니다. 실질이 특허권을 담보로 돈을 빌린 거래라면 재화의 공급이 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

G사는 한국채택국제회계기준을 쓰는 제조회사로, 2025년 운영자금을 마련하려고 보유 특허권을 투자신탁 두 곳의 신탁업자에게 넘기는 유동화 거래를 설계했습니다. 매수인은 매각대금 약 200억원을 지급하고, G사에 2년 동안 특허권 전용실시권을 주며, G사는 매년 매매대금의 일정 비율을 실시료로 분기마다 냅니다. 2년 뒤 G사는 우선매수권을 행사해 같은 금액으로 특허권을 되사기로 했고, 특허권 유지 비용과 재매입 비용은 모두 G사가 부담하기로 했습니다. G사는 특허권 매각과 재매입 때 세금계산서를 주고받아야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

특허권을 팔았다가 같은 값에 되사면 부가가치세 대상인가요?

아니요, 특허권을 유동화 목적으로 넘기면서 전용실시권을 받아 계속 쓰고 같은 가격으로 되사기로 해 실질적인 통제권이 넘어가지 않았다면, 그 양도는 차입거래로서 재화의 공급이 아니어서 부가가치세 과세대상이 아닙니다.

부가가치세법은 재화의 공급을 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 정합니다. 대법원은 부가가치세가 소비세라는 점에 비추어 재화의 인도나 양도에는 궁극적으로 재화를 사용·소비할 권한의 이전이 따라야 한다고 판단했습니다.

유동화 거래에서 매수인은 특허권을 직접 쓰지 않고, 매도인이 전용실시권으로 계속 쓰며, 정해진 날 같은 값에 돌려받습니다. 이런 구조라면 사용·소비할 권한이 매수인에게 넘어갔다고 보기 어렵습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 한국채택국제회계기준을 적용하는 내국법인이 자산유동화를 위해 특허권을 투자신탁에 양도하면서 전용실시권을 받고 2년 뒤 같은 금액으로 되사는 거래에서, 실질적인 통제권이 이전되지 않았다면 재화의 공급에 해당하지 않는다고 회신했습니다(법규부가2012-407, 2012. 12. 14.).

국세청은 매각거래인지 차입거래인지는 기업회계기준에 따라 판단한다고 보았습니다. 특허권 관련 비용을 모두 매도인이 부담하고, 상대방 동의 없이는 계약상 권리를 제3자에게 넘길 수 없으며, 같은 금액으로 되사기로 한 점을 들어 권리를 이전하려는 의사보다 자금 차입의 실질이 크다고 판단했습니다. 회신은 이 계약 조건을 전제로 하므로, 재매입 가격이 시가에 따라 달라지거나 매수인이 특허권을 자유롭게 처분할 수 있다면 결론이 달라질 수 있습니다.

실시료와 재매입 대금은 어떻게 보나요?

차입거래로 보면 매도인이 내는 실시료는 특허권 사용 대가라기보다 빌린 돈의 이자에 가까운 성격이 되고, 재매입 대금은 원금 상환이 됩니다. 실시료를 받는 쪽의 원천징수 문제는 받는 상대가 투자신탁재산인지 등에 따라 국세청 해석이 따로 나와 있어 별도로 확인해야 합니다.

법인세에서는 「자산유동화에 관한 법률」 제13조에 따른 방법으로 보유자산을 양도하면 기업회계기준의 손익인식방법으로 귀속사업연도를 정합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」 제71조 제4항이 이 기준을 두고 있으므로, 유동화 방식이 이 법률에 따른 것인지도 함께 확인합니다.

매각거래로 인정되면 무엇이 달라지나요?

실질적인 통제권이 매수인에게 넘어가 매각거래로 인정되면 특허권 양도는 재화의 공급이 되어 매각대금에 부가가치세가 과세되고 세금계산서를 발급해야 합니다. 이후 되사는 거래도 별도의 공급이 됩니다.

같은 유동화 구조라도 회계감사인이 매각거래로 판단해 재무제표에 반영했다면 부가가치세 판단도 그에 따를 가능성이 큽니다. 계약 체결 전에 회계 처리 방향과 세금계산서 발급 여부를 함께 정해 두어야 나중에 가산세 문제가 생기지 않습니다.

특허권 유동화 부가가치세 대응 순서

• 계약 조건 점검 - 비용 부담, 권리 양도 제한, 재매입 가격과 시기를 표로 정리합니다.
• 회계 판단 확인 - 회계감사인과 매각거래인지 차입거래인지 판단을 맞춥니다. 재무제표 처리와 세무 처리가 어긋나지 않게 합니다.
• 세금계산서 결정 - 차입거래면 매각·재매입 때 세금계산서를 주고받지 않습니다. 매각거래면 공급시기에 발급합니다.
• 신고 정정 - 이미 세금계산서를 주고받아 신고했다면 수정신고나 5년 안의 경정청구로 바로잡을지 검토합니다.
• 고지 대응 - 세무서가 매각거래로 보아 고지하면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 유동화 계약의 세부 조건과 회계 처리에 따라 결론이 달라지므로 계약서와 감사의견을 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 자산유동화와 지식재산 거래를 둘러싼 부가가치세·법인세 부과처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 매각거래와 차입거래는 무엇으로 구별하나요?
  국세청은 기업회계기준에 따라 자산의 권리와 의무가 실질적으로 이전되고 양도인이 통제권을 행사할 수 없으면 매각거래, 그렇지 않으면 차입거래로 본다고 설명했습니다. 비용 부담과 재매입 조건이 주된 판단 자료입니다.
• 재매입 가격이 시가에 따라 바뀌면요?
  재매입 가격이 고정되지 않고 그때 시가로 정해지면 매수인이 가격 변동 위험과 이익을 갖게 되어 매각거래로 볼 여지가 커집니다. 회신은 같은 금액으로 되사는 조건을 전제로 한 결론입니다.
• 전용실시권 실시료에는 세금계산서를 발급하나요?
  차입거래로 보면 실시료는 특허권 사용 대가라기보다 빌린 돈의 이자에 가까운 성격이 됩니다. 이 경우 실시료를 용역 대가로 보아 세금계산서를 주고받을지는 계약 구조와 함께 따로 확인해야 합니다.
• 실시료를 줄 때 원천징수는 하나요?
  원천징수 의무는 실시료를 받는 상대가 누구인지, 그 성격이 이자소득인지에 따라 달라집니다. 투자신탁재산에 지급하는 경우에 관한 국세청 해석이 따로 있으므로 지급 전에 상대방 구조를 확인하십시오.
• 거래를 중도에 해지하고 특허권을 돌려받으면요?
  유동화 거래를 해지하고 특허권을 되찾는 경우의 과세 여부와 매입세액 공제 여부는 국세청 해석이 따로 나와 있는 쟁점입니다. 해지 조건과 정산 금액을 계약서로 정리한 뒤 별도로 확인해야 합니다.
• 이미 세금계산서를 주고받았다면요?
  차입거래인데 매각대금에 세금계산서를 주고받아 부가가치세를 신고했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있는지 검토합니다. 상대방의 매입세액 공제도 함께 정리해야 합니다.
• 법인세에서도 같은 기준을 쓰나요?
  「자산유동화에 관한 법률」 제13조에 따른 방법으로 보유자산을 양도하면 기업회계기준의 손익인식방법으로 귀속사업연도를 정합니다. 그 밖의 유동화 구조는 거래 실질과 회계 처리를 함께 보아 판단합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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