불복·환급

통상 경정청구와 후발적 경정청구를 함께 쓸 수 있다면 소송에서는 어떻게 주장하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

두 경정청구는 서로를 배제하지 않아, 통상 사유로 다툴 수 있었다는 이유만으로 후발적 경정청구가 막히지 않습니다(2017두41740). 소송에서는 둘 다 같은 세액을 다투는 공격방어방법이라 하나의 청구 안에서 순서만 정하면 됩니다(2024두33914). 다만 후발적 사유만 적었다가 인정되지 않으면 통상 기간이 지나 길이 막힐 수 있습니다(2011두16971).

청구서에 어떤 경정청구라고 이름을 붙였는지가 소송의 결론을 정하지는 않습니다. 소송에서 다투는 것은 그 과세기간의 정당한 세액이기 때문입니다. 다만 처음 고른 사유와 기간이 나중에 쓸 수 있는 주장의 폭을 정하므로, 청구서를 쓸 때부터 두 경로를 함께 놓고 보아야 합니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 2021. 6. 상가를 30억원에 팔고 2022. 5. 양도소득세를 신고했습니다. 매수인은 대금 정산을 두고 소송을 냈고, 2026. 7. 양도가액이 27억원이라는 판결이 확정되었습니다. E씨는 2026. 8. 이 판결을 이유로 후발적 경정청구를 했는데, 서류를 정리하다 신고 때 중개수수료 6,000만원을 필요경비에서 빠뜨린 사실도 알게 되었습니다. 세무서는 2026. 9. 판결이 실질적인 다툼 없이 나온 것이라며 거부했습니다. E씨는 심판청구와 소송에서 빠뜨린 수수료까지 주장할 수 있는지, 두 주장을 어떻게 배치해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

두 경정청구는 무엇이 다르고, 함께 쓸 수 있나요?

통상 경정청구는 신고 당시부터 세액이 과다했다는 주장이고, 후발적 경정청구는 신고 뒤 생긴 사유로 신고를 유지할 수 없게 되었다는 주장입니다. 둘은 서로를 배제하지 않습니다. 대법원 2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결의 원고들은 2008. 11. 부동산을 팔고 양도가액 35억원으로 신고했는데, 세무서는 2012. 1. 임대차보증금을 더해 38억 3,000만원으로 증액경정했습니다. 그 뒤 매수회사가 낸 채무부존재확인소송에서 양도가액이 35억원이라는 판결이 2015. 5. 16. 확정되었고, 원고들은 2015. 5. 22. 경정청구를 했습니다.

원심은 후발적 사유가 아니라고 보았지만, 대법원은 판결에서 확정된 내용을 통상의 경정청구 사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 정당한 후발적 경정청구가 배제되지 않는다며 원심을 파기했습니다. 후발적 사유의 범위는 「후발적 경정청구, 대법원은 어떤 사유를 인정하고 어떤 사유는 배척했나요?」에서 정리했습니다.

후발적 사유만 적었다가 인정되지 않으면 어떻게 되나요?

통상 경정청구 기간이 지나 있다면 감액받을 길이 막힐 수 있습니다. 대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두16971 판결의 원고는 2000·2001 사업연도에 가공매출로 법인세를 과다신고한 뒤 이를 상쇄하려고 다음 사업연도들에 가공비용을 계상했다가, 세무서가 그 사업연도들을 증액경정하자 앞선 연도의 과다신고분을 후발적 사유로 주장했습니다.

대법원은 이를 연동된 다른 과세기간의 세액이 과다해진 후발적 사유로 볼 수 없다며, 적법한 경정청구기간 안에 감액경정청구를 할 수 있음은 별론이라고 했습니다. 당시 통상 경정청구기간은 2년이었고 이미 지나 있었습니다. 후발적 사유가 다투어질 만한 사건이라면 5년 안에 통상 사유를 함께 적어 두어야 하는 이유입니다.

소송에서는 주위적·예비적 청구로 나눠야 하나요?

나눌 필요는 없습니다. 대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두33914 판결의 원고 카드사는 해외 카드사에 지급한 분담금에 관한 부가가치세 환급을 구하는 경정청구가 거부되자 소송을 냈고, 항소심에서 주위적으로는 해외 카드사가 원천세 상당액을 원고에게 지급하기로 한 합의를, 예비적으로는 일부 분담금이 국내원천소득이 아니라는 사정을 청구원인으로 추가했습니다. 원심은 예비적 청구에 대한 별도 주문 없이 항소를 기각했습니다.

대법원은 심판 대상이 2012년 제1기·제2기 부가가치세 세액의 객관적 존부이고 두 주장은 공격방어방법에 불과하다며 그 주문 방식이 정당하다고 했습니다. 이 판결은 공급가액 법리오해를 이유로 원심을 파기했습니다. 통상 사유와 후발적 사유도 하나의 청구 안에서 순서를 붙여 주장하면 된다고 볼 수 있습니다.

심판청구에서 하지 않은 주장을 소송에서 처음 해도 되나요?

원칙적으로 됩니다. 대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결은 경정청구 때 주장하지 않은 사항도 거부처분 취소소송에서 새로 주장할 수 있다고 했고, 대법원 1985. 4. 9. 선고 84누431 판결은 전심절차에서 주장하지 않은 위법사유를 항고소송에서 처음 주장해도 동일성이 없는 청구원인의 추가는 아니라고 했습니다. 다만 같은 판결은 실기한 공격방어방법으로 각하될 수 있다는 점은 별론으로 남겨 두었으므로, 1심 초기에 정리하는 편이 좋습니다.

5년이 지나 후발적 경정청구만 할 수 있었던 경우에도 소송에서 신고 당시의 과다 사유를 보탤 수 있는지는 직접 판단한 대법원 판결이 아직 없고, 세무서는 통상 경정청구기간이 지났다고 다툴 것으로 볼 수 있습니다. E씨처럼 5년 안이라면 수수료 누락분을 통상 경정청구로 따로 해 두는 편이 안전합니다.

부과처분을 받았다면 경정청구보다 처분 취소소송이 먼저인가요?

불복기간이 남아 있다면 처분 자체를 다투는 편이 직접적입니다. 대법원 2015. 7. 16. 선고 2014두5514 전원합의체 판결은 뇌물이 추징된 사건에서, 후발적 경정청구 사유가 있는데도 세무서가 과세처분을 했다면 그 처분은 위법하므로 항고소송으로 취소를 구할 수 있다고 했습니다. 반대로 부과처분 취소소송에서 이미 낸 주장으로 진 뒤 같은 주장을 경정청구로 다시 내면 기판력에 걸립니다(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두58991 판결). 선행 소송과의 관계는 「후발적 경정청구가 거부됐다면 소송에서 무엇을 다투고 누가 증명하나요?」에서 다룹니다.

통상·후발적 경정청구 병행 대응 순서

• 기간 두 개 계산 - 법정신고기한부터 5년, 사유를 안 날부터 3개월, 증액분은 처분을 안 날부터 3개월을 각각 셉니다.
• 사유 나누기 - 신고 당시부터 틀린 항목과 신고 뒤 생긴 사유를 따로 목록으로 만듭니다.
• 한 청구서에 함께 기재 - 두 기간이 모두 남았다면 두 사유를 모두 적고 근거 자료를 붙입니다.
• 심판 단계에서 모두 주장 - 거부되면 90일 안에 심판청구를 하며 두 사유를 함께 다툽니다.
• 소송에서 순서 정리 - 하나의 청구 안에서 주장 순서를 정하고 정당세액 계산표를 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 두 경정청구 기간이 각각 남아 있는지와 사유가 신고 당시의 것인지 뒤에 생긴 것인지에 따라 쓸 수 있는 주장이 달라집니다. 법무법인 윤성은 통상·후발적 경정청구와 경정청구 거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 통상 경정청구로 다툴 수 있었던 내용이면 후발적 경정청구는 못 하나요?
  그것만으로 막히지 않습니다. 대법원 2017두41740 판결은 판결로 거래 내용이 다르게 확정되었다면, 통상의 경정청구 사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 정당한 후발적 경정청구가 배제되지 않는다고 했습니다.
• 두 경정청구를 한 청구서에 함께 적어도 되나요?
  두 기간이 모두 남아 있다면 함께 적어 두는 편이 안전합니다. 통상 경정청구는 법정신고기한부터 5년, 후발적 경정청구는 사유를 안 날부터 3개월이고, 세무서가 늘린 세액은 처분을 안 날부터 3개월입니다.
• 후발적 사유만 주장했는데 인정되지 않으면 어떻게 되나요?
  통상 경정청구 기간이 지났다면 감액받기 어렵습니다. 대법원 2011두16971 판결은 분식결산 상쇄 실패를 후발적 사유로 보지 않으면서, 적법한 경정청구기간 안의 감액경정청구는 별론이라고 했습니다.
• 소송에서 주위적·예비적 청구로 나눠야 하나요?
  나눌 필요가 없습니다. 대법원 2024두33914 판결은 경정거부 소송의 심판 대상이 세액의 객관적 존부이고, 주위적·예비적으로 내세운 청구원인은 공격방어방법이어서 별도 주문 없이 판단해도 된다고 했습니다.
• 심판청구 때 말하지 않은 주장을 소송에서 처음 해도 되나요?
  원칙적으로 됩니다. 대법원 84누431 판결은 전심절차에서 주장하지 않은 위법사유를 소송에서 주장해도 청구원인 추가는 아니라고 했습니다. 다만 늦게 내면 실기한 공격방어방법으로 각하될 수 있습니다.
• 5년이 지난 뒤 후발적 경정청구를 했다면 신고 당시의 다른 잘못도 소송에서 주장할 수 있나요?
  직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 경정청구 때 주장하지 않은 사항도 소송에서 주장할 수 있다는 판례가 있지만, 세무서는 통상 경정청구기간이 지났다고 다툴 것으로 볼 수 있습니다.
• 부과처분을 받은 뒤 후발적 사유가 생겼다면 무엇을 해야 하나요?
  처분 불복기간이 남아 있으면 처분 취소소송에서 바로 주장할 수 있습니다. 대법원 2014두5514 전원합의체 판결은 뇌물이 추징된 사건에서, 후발적 경정청구 사유가 있는데도 한 과세처분은 위법해 취소를 구할 수 있다고 했습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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