법인세·소득세

우리사주조합에 신주를 시가보다 싸게 발행한 차액, 회사 비용이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 제3자 배정 유상증자로 우리사주조합에 신주를 시가보다 낮게 발행한 차액은 직원에게 근로소득으로 과세되더라도 회사의 손금이 되지 않습니다. 신주 발행은 순자산을 줄이는 거래가 아니고 법인세법이 열거한 우리사주 관련 손금에도 없기 때문입니다. 지금은 발행이 우리사주매수선택권 행사였는지부터 확인하십시오.

근로소득세를 원천징수했다고 해서 같은 금액을 회사 인건비로 넣어야 하는 것은 아닙니다. 직원에게 소득이 생기는 것과 회사 순자산이 줄어드는 것은 따로 판단합니다.

이런 상담이 많습니다

비상장 제조업체인 A법인은 2025년 이사회 결의로 우리사주조합에 제3자 배정 유상증자를 하면서 신주를 회계법인이 평가한 시가보다 낮은 값에 발행했습니다. 조합원들이 낸 출자금 중 일정 금액을 넘는 부분으로 취득한 주식에서 생긴 시가와의 차액은 근로소득이 되어, A법인은 2025년 귀속 근로소득세를 원천징수해 냈습니다. 결산 담당자는 직원에게 근로소득으로 과세된 금액이니 회사 인건비로 손금에 넣을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

우리사주를 싸게 발행한 차액은 회사 비용이 되나요?

아니요, 제3자 배정 유상증자로 우리사주조합에 신주를 시가보다 낮게 발행한 경우 그 차액은 법인의 손금이 되지 않습니다. 손금은 법인의 순자산을 감소시키는 거래에서 생긴 손비여야 하는데, 신주 발행은 납입받은 금액을 자본금과 주식발행초과금으로 계상할 뿐 순자산이 줄어드는 거래가 아니기 때문입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」도 같은 구조입니다.

• 회사의 회계처리 - 납입금은 자본금과 주식발행초과금으로 들어오고 비용 계정이 생기지 않습니다.
• 직원의 소득 - 출자금 중 일정 금액을 넘는 부분으로 낮은 값에 취득한 차액은 근로소득으로 과세됩니다.
• 두 판단의 관계 - 직원 쪽 과세 여부와 관계없이 회사의 손금 여부는 따로 봅니다.

근로소득으로 과세되면 인건비 아닌가요?

아니요, 직원에게 근로소득세가 원천징수됐다는 사정만으로 법인의 인건비가 되지는 않습니다. 인건비는 법인이 근로 대가로 지급해 순자산이 줄어든 금액을 말하는데, 저가 발행은 법인이 돈을 내보내는 거래가 아니어서 이 요건을 갖추지 못합니다.

법인세법은 우리사주 제도를 지원하려고 손금 항목을 따로 열거하고 있습니다. 저가 발행 차액은 이 목록에 들어 있지 않습니다.

• 우리사주조합에 출연하는 자사주의 장부가액 또는 금품 - 손금
• 우리사주조합의 운영비 - 복리후생비로 손금
• 제3자 배정 유상증자 저가 발행 차액 - 열거되지 않아 손금 아님

우리사주매수선택권으로 싸게 준 경우는 다른가요?

네, 근로복지기본법에 따른 우리사주매수선택권을 부여하고 약정된 시기에 그 행사로 주식을 시가보다 낮게 발행했다면, 실제 매수가액과 시가의 차액은 손금에 산입됩니다. 다만 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여한 경우로 한정됩니다.

그래서 같은 저가 발행이라도 어떤 제도로 했는지가 결론을 가릅니다. 이사회 결의서와 조합과의 계약서에 매수선택권 부여 근거가 있는지, 단순 유상증자 배정인지를 먼저 확인해야 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 제3자 배정 유상증자로 우리사주조합에 신주를 시가보다 낮게 발행하고 그 차액에 대해 근로소득세를 원천징수한 경우에도, 그 근로소득 해당금액은 인건비가 아니어서 손금에 산입할 수 없다고 답했습니다(사전-2018-법령해석법인-0500, 2018. 4. 26.).

국세청은 법인세법이 우리사주 지원을 위해 출연 자사주와 조합 운영비를 손금으로 열거하고 있을 뿐이고, 저가 발행 차액은 열거 대상이 아니며 순자산 감소도 없다는 점을 이유로 들었습니다. 이 해석은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이어서, 매수선택권 부여나 자사주 출연 방식이었다면 결론이 달라집니다.

우리사주 저가 발행 손금 대응 순서

• 발행 방식 확인 - 이사회 결의서로 제3자 배정 유상증자인지, 우리사주매수선택권 행사인지, 자사주 출연인지 구분합니다.
• 신고 내용 점검 - 저가 발행 차액을 인건비로 손금에 넣었는지 소득금액조정합계표와 결산서를 대조합니다.
• 수정신고 - 손금에 넣었다면 경정 통지 전에 과세표준수정신고서를 내 가산세 부담을 줄입니다.
• 경정청구 - 매수선택권 행사분처럼 손금 요건을 갖춘 차액을 빠뜨렸다면 5년 안에 경정청구를 합니다.
• 불복 - 손금 부인으로 납부고지서를 받으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 자사주 출연과 유상증자가 섞여 있거나 매수선택권 부여 한도를 넘긴 경우에는 결의서와 배정 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구와 부과처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 회사가 자사주를 우리사주조합에 출연하면 비용인가요?
  네, 우리사주조합에 출연하는 자사주의 장부가액이나 금품은 법인세법 시행령이 손비로 열거하고 있어 손금에 산입합니다. 신주를 싸게 발행하는 방식과는 결론이 다르므로 지원 방식을 정할 때 세무 효과를 함께 비교해야 합니다.
• 우리사주조합 운영비를 회사가 내면 손금인가요?
  네, 법인이 임직원을 위해 지출한 복리후생비 중 우리사주조합의 운영비는 손금에 산입되는 항목으로 열거돼 있습니다. 조합 운영과 관계없는 지출은 이 항목에 해당하지 않으므로 지출 내역을 구분해 두는 편이 좋습니다.
• 우리사주매수선택권은 한도가 있나요?
  네, 매수선택권 행사에 따른 저가 발행 차액이 손금이 되려면 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여한 경우여야 합니다. 이 범위를 넘긴 부분은 손금 요건을 갖추지 못하므로 부여 수량을 미리 확인해야 합니다.
• 직원은 저가 취득 차액에 세금을 내나요?
  조합원이 출자금으로 우리사주를 취득할 때 출자금 중 법정 금액을 넘는 부분으로 낮은 값에 취득했다면 그 차액은 근로소득으로 과세됩니다. 법정 금액 이하로 출자한 부분은 차액에 과세하지 않습니다.
• 이미 인건비로 손금 처리했다면 어떻게 하나요?
  세무서가 결정이나 경정을 통지하기 전이라면 과세표준수정신고서를 내서 바로잡을 수 있습니다. 경정 통지 전에 스스로 고치면 과소신고가산세 감면을 받을 수 있으므로 발견한 시점에 바로 검토하는 편이 유리합니다.
• 매수선택권 행사분을 빠뜨렸다면 돌려받을 수 있나요?
  네, 우리사주매수선택권 행사로 생긴 저가 발행 차액을 손금에 넣지 않고 신고했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 부여 결의서와 행사 내역을 함께 내야 합니다.
• 손금 부인 고지를 받으면 언제까지 다투나요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 해야 합니다. 이의신청은 선택 절차이고, 심판청구 결정에도 불복하면 행정소송으로 이어집니다. 다툼의 중심은 발행 근거가 된 제도가 무엇이었는지입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 퇴직한 뒤에 우리사주를 인출하면 소득세는 퇴직일과 인출일 중 언제 기준인가요?
• 2년 안에 비자발적으로 퇴직한 직원의 스톡옵션 행사차액도 손금이 되나요?
• 2022년 전에 행사된 우리사주매수선택권 차액, 경정청구로 손금 인정되나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기