감면·공제

우리사주조합이 과세대상 주식을 적게 통보했어도 출자금 소득공제를 다 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 우리사주조합이 증권금융회사에 자사주를 예탁하면서 과세대상 주식을 실제보다 적게 통보했더라도 우리사주조합원은 그해 출자금액과 400만원(벤처기업등은 1,500만원) 중 적은 금액을 근로소득금액에서 공제받을 수 있습니다. 증권금융회사에 대한 통보는 인출할 때 과세할 주식을 관리하기 위한 절차일 뿐 소득공제 금액을 확정하는 것이 아니기 때문입니다. 지금은 연말정산에서 실제로 공제받은 금액과 조합이 과세대상으로 통보한 금액이 일치하는지부터 확인해 보시기 바랍니다.

조합이 처음 통보한 금액에 맞춰 공제를 줄일 필요는 없습니다. 공제 금액은 법이 정한 출자금액과 한도로 정해집니다.

이런 상담이 많습니다

벤처기업 인증을 받은 회사에 다니는 H씨는 2025년 6월 우리사주를 취득하려고 우리사주조합에 1,800만원을 출자했습니다. 조합은 증권금융회사에 자사주를 예탁하면서 H씨 몫 가운데 400만원어치만 과세대상 주식으로, 나머지 1,400만원어치는 과세대상이 아닌 주식으로 통보했습니다. H씨는 2025년 귀속 연말정산에서 벤처기업등 한도인 1,500만원을 공제받을 수 있는지 회사에 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

우리사주 출자금 소득공제 한도는 얼마인가요?

우리사주조합원이 우리사주를 취득하려고 조합에 출자하면 그해 출자금액과 400만원 중 적은 금액을 근로소득금액에서 공제합니다. 벤처기업등의 우리사주조합원은 한도가 1,500만원입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」의 규정입니다.

벤처기업등은 벤처투자 소득공제 규정이 정한 범위를 따르므로, 벤처기업 확인을 받은 회사라면 1,500만원 한도가 적용됩니다.

이 공제는 출자할 때 세금을 덜 내고 나중에 주식을 인출할 때 근로소득으로 과세하는 구조입니다. 그래서 공제받은 출자금으로 산 주식은 과세대상 주식으로 관리됩니다.

과세대상 주식 통보가 공제 금액을 정하나요?

정하지 않습니다. 조합이 증권금융회사에 자사주를 예탁할 때 과세대상 주식인지 통보하는 것은 나중에 인출할 때 과세할 주식을 가려내기 위한 관리 절차이고, 소득공제 금액을 확정하는 효력은 없습니다.

조합은 출연금 가운데 소득공제 대상 금액과 아닌 금액을 나눠 자사주 취득에 쓰고, 예탁할 때 매입가액과 과세대상 주식 여부를 증권금융회사에 통보해야 합니다.

실제 공제 내역이 통보와 다르면 조합이 다시 통보하도록 정해 둔 것도 통보가 공제 금액을 고정하지 않는다는 뜻입니다. 따라서 H씨는 통보 금액과 관계없이 1,500만원을 공제받을 수 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 우리사주조합이 자사주를 예탁하면서 과세대상 주식을 적게 통보했더라도, 우리사주조합원은 그해 출자금액과 400만원(벤처기업등은 1,500만원) 중 적은 금액을 공제받을 수 있다고 회신했습니다(사전-2019-법령해석소득-0065, 2019. 6. 25.). 과세대상으로 통보하지 않은 자사주 가운데 실제 공제받은 금액에 해당하는 자사주가 있으면 조합이 증권금융회사에 다시 통보해야 한다는 점도 함께 밝혔습니다.

질의 사안은 벤처기업 조합원이 1,800만원을 출자했는데 조합이 400만원만 과세대상으로 통보한 경우였습니다. 국세청은 출자할 때 공제하고 인출할 때 과세한다는 제도 취지에 비추어, 통보하지 않았다는 이유로 공제를 막는 것은 과세 형평에 맞지 않는다고 보았습니다. 이 회신은 실제로 우리사주 취득을 위해 출자한 사실관계를 전제로 한 것입니다.

회신 이후 무엇이 바뀌었나요?

2022. 2. 15. 시행령 개정으로 재통보 의무가 양쪽 방향으로 정리됐습니다. 지금은 과세대상으로 통보한 내역과 실제 공제받은 내역이 일치하지 않으면, 많게 통보했든 적게 통보했든 조합이 즉시 다시 통보해야 합니다.

회신 당시에는 과세대상으로 통보했는데 실제로 공제받지 않은 경우만 재통보 규정이 있었습니다. 현행 규정은 회신의 결론을 조문으로 옮긴 것이어서 H씨 같은 경우 공제와 재통보가 모두 법령으로 뒷받침됩니다.

공제받은 뒤 인출하면 어떻게 과세되나요?

공제받은 출자금으로 산 우리사주를 인출하면 그 인출금을 근로소득으로 보아 과세하고, 회사가 원천징수합니다. 소득공제를 받지 않은 출자금으로 산 주식은 인출해도 과세하지 않습니다.

예탁 의무기간이 끝난 뒤 오래 보유할수록 비과세 비율이 커집니다. 중소기업은 2년 이상 4년 미만 50%, 4년 이상 6년 미만 75%, 6년 이상 100%를 과세하지 않습니다.

H씨 사례에서는 1,500만원어치가 과세대상 주식으로 재통보되므로, 나중에 그 주식을 인출할 때 보유기간에 따른 비과세를 뺀 금액이 근로소득으로 과세됩니다.

우리사주 소득공제 대응 순서

• 출자 내역 확인 - 그해 우리사주 취득을 위한 출자금액과 회사의 벤처기업 확인 여부를 확인합니다.
• 공제 신청 - 연말정산 때 근로소득자 소득·세액 공제신고서에 우리사주조합 출자금을 한도까지 적습니다.
• 재통보 요청 - 공제받은 금액을 조합에 알려 증권금융회사에 과세대상 주식 여부를 다시 통보하게 합니다.
• 빠뜨린 공제 정리 - 한도보다 적게 공제받았다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.
• 인출 계획 - 예탁 의무기간 종료일과 보유기간별 비과세 비율을 따져 인출 시기를 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조합이 출연금을 어떻게 나눠 자사주를 샀는지, 회사가 벤처기업등에 해당하는지는 조합 장부와 확인서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 근로소득 원천징수와 경정청구를 둘러싼 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 벤처기업 우리사주 공제 한도는 얼마인가요?
  벤처기업등의 우리사주조합원은 그해 출자금액과 1,500만원 중 적은 금액을 근로소득금액에서 공제합니다. 벤처기업등이 아닌 회사의 조합원은 한도가 400만원입니다. 한도를 넘는 출자금은 공제받지 못합니다.
• 조합이 다시 통보하지 않으면 어떻게 되나요?
  공제받은 출자금으로 산 주식이 과세대상이 아닌 주식으로 남아 인출 때 과세가 빠질 수 있습니다. 시행령은 통보 내역과 실제 공제 내역이 다르면 조합이 즉시 다시 통보하도록 정하고 있으므로, 연말정산 뒤 조합에 공제 내역을 알려 주는 것이 좋습니다.
• 공제받은 주식을 인출하면 세금이 얼마인가요?
  과세대상 주식을 인출하면 매입가액등과 인출일 시가 중 적은 금액을 근로소득으로 보아 과세하고 회사가 원천징수합니다. 예탁 의무기간이 끝난 뒤 보유기간에 따라 50%에서 100%까지 비과세가 적용됩니다.
• 출자금을 주식 취득에 쓰지 않고 돌려받으면요?
  우리사주 취득에 쓰지 않은 출연금을 인출하면 그 가운데 소득공제를 받은 금액은 인출금에 포함되어 근로소득으로 과세됩니다. 공제받지 않은 금액은 인출해도 과세하지 않습니다. 출연금을 인출하기 전에 공제받은 금액이 얼마인지 확인해 두어야 합니다.
• 오래 보유하면 인출 때 세금이 줄어드나요?
  네, 중소기업은 예탁 의무기간 종료 다음 날부터 2년 이상 4년 미만 보유하면 50%, 4년 이상 6년 미만 75%, 6년 이상 100%를 비과세합니다. 중소기업이 아니면 2년 이상 4년 미만 50%, 4년 이상 75%입니다.
• 연말정산에서 공제를 적게 받았다면요?
  회사가 지급명세서를 기한 안에 냈다면 근로자 본인이 원천징수세액 납부기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 5월 종합소득세 확정신고로 직접 정산하는 방법도 있습니다. 공제받은 뒤에는 조합에 재통보를 요청합니다.
• 인출할 때 회사에 내야 하는 서류가 있나요?
  조합원이 예탁된 자사주를 인출하면 우리사주조합이 증권금융회사가 발급한 주권인출내역서를 회사에 제출해야 합니다. 회사는 이 자료로 과세대상 주식 인출분을 근로소득으로 원천징수합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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