세금

원천징수의무자가 직접 경정청구를 할 수 있는 경우는 언제인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

외국법인에 지급하며 원천징수해 낸 세금이 과다하면 원천징수의무자도 직접 경정청구를 할 수 있습니다. 원천징수세액을 납부하고 지급명세서를 기한 안에 냈다면 납부기한이 지난 후 5년 안에 청구합니다. 조약상 면제나 제한세율을 놓친 경우에는 법인세법의 특례 기한을 따로 따릅니다.

외국법인에 지급하며 원천징수해 낸 세금이 과다하면 원천징수의무자도 직접 경정청구를 할 수 있습니다. 원천징수세액을 납부하고 지급명세서를 기한 안에 냈다면 납부기한이 지난 후 5년 안에 청구합니다. 조약상 면제나 제한세율을 놓친 경우에는 법인세법의 특례 기한을 따로 따릅니다.

원천징수의무자가 경정청구를 할 수 있는 근거는 무엇인가요?

국세기본법은 원천징수대상 소득에 대해 경정청구 규정을 준용합니다. 외국법인의 국내원천 이자, 배당, 선박등임대, 사업, 인적용역, 사용료, 유가증권양도, 기타소득이 대상입니다. 원천징수하여 법인세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 낸 원천징수의무자가 청구할 수 있습니다.

외국법인 본인은 이 일반 규정에서 원칙적으로 빠집니다. 다만 원천징수의무자가 폐업하는 등 경정청구하기 어려운 사유가 있으면 외국법인도 청구할 수 있습니다. 그래서 일반 경정청구에서는 원천징수의무자의 역할이 중심이 됩니다.

예를 들어 사업소득으로 볼 대가를 사용료로 보아 100분의 20을 원천징수한 경우를 생각할 수 있습니다. 소득 구분을 바로잡아 과다 납부분을 돌려받으려면 원천징수의무자가 경정청구를 하게 됩니다. 계산 착오로 세율을 잘못 적용한 경우도 같습니다.

부동산등양도소득과 부동산소득은 이 준용 대상 목록에 없습니다. 이 소득은 외국법인이 법인세를 신고하는 구조여서 외국법인이 자기 신고에 대해 경정청구합니다. 지급 회사가 원천징수한 부동산 양도대금 세액은 외국법인의 법인세 신고에서 기납부세액으로 정산됩니다.

조약 혜택을 놓친 경우에는 누가 청구하나요?

조약상 비과세·면제를 받지 못하고 원천징수된 경우 실질귀속자나 소득지급자가 경정을 청구할 수 있습니다. 제한세율을 적용받지 못했거나 적용한 제한세율에 오류가 있는 경우도 실질귀속자나 원천징수의무자가 청구할 수 있습니다. 기한은 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년입니다.

판결 등 국세기본법상 후발적 사유가 생기면 그 사유를 안 날부터 3개월 안에도 청구할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 6개월 안에 결과를 알려야 합니다. 일반 경정청구의 2개월 통지 기간과 다르다는 점에 유의해야 합니다.

특정지역 외국법인 특례로 국내법 세율이 적용된 경우는 다릅니다. 이때는 소득을 실질적으로 귀속받는 법인과 그 대리인 또는 납세관리인이 청구합니다. 지급 회사가 직접 청구하는 규정은 두지 않았습니다.

돌려받은 세금은 누구 것인가요?

대법원은 원천징수의무자 명의로 납부된 세액의 환급청구권자는 원천징수의무자라고 보았습니다. 원천징수대상이 아닌 소득에 세액을 징수·납부했거나 초과해 납부했다면 국가가 받은 순간 부당이득이 됩니다. 원천납세의무자는 자기 명의로 납부된 세액에 관해서만 환급청구권자가 될 수 있습니다.

그래서 지급 회사가 환급을 받으면 외국법인에 다시 넘겨줄지는 둘 사이의 계약과 정산 문제가 됩니다. 원천징수할 때 외국법인 몫에서 떼었다면 환급액을 외국법인에 돌려주는 정산이 자연스럽습니다. 계약서에 환급금 정산 조항을 두면 다툼을 줄일 수 있습니다.

외국법인 쪽에서는 지급 회사가 경정청구에 협조하지 않으면 회수가 어려워집니다. 조약 혜택 특례에서는 실질귀속자도 직접 청구할 수 있으니 그 경로를 함께 검토해야 합니다. 원천징수 세금을 민사소송으로 돌려받는 문제는 「원천징수 세금을 고지대로 냈는데 민사소송으로 돌려받을 수 있나요?」에서 다루었습니다.

경정청구가 거부되면 어떻게 하나요?

일반 경정청구는 2개월 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 심판청구 등 불복을 제기할 수 있습니다. 조약 혜택 특례 경정청구는 6개월의 통지 기간이 있습니다. 거부 통지를 받으면 그 통지를 처분으로 보아 불복 기간을 계산합니다.

불복 단계에서는 원천징수 대상이 아니었다는 점이나 조약 요건을 갖추었다는 점을 증명해야 합니다. 계약서, 거주자증명서, 실질귀속자 자료가 핵심 증거가 됩니다. 지급 당시 받지 못한 서류를 경정청구 단계에서 보완할 수 있습니다. 다만 서류 내용이 지급 당시 사실관계와 맞는지 다시 확인받게 됩니다. 나중에 발급받은 서류에는 지급 당시 상황을 보여 주는 근거 자료를 함께 붙이는 편이 좋습니다.

경정청구 기한 계산은 「세무서가 세금을 올려 고지했다면 경정청구는 언제까지 되나요? 5년과 3개월 기한 계산」에서 정리했습니다. 원천징수 경정청구는 기산점이 신고기한이 아니라 납부기한이라는 점을 함께 확인해야 합니다.

원천징수의무자 경정청구 대응 순서

• 청구 근거 선택 - 일반 경정청구인지, 조약 혜택 특례 경정청구인지 먼저 정합니다.
• 요건 확인 - 원천징수세액 납부와 지급명세서 기한 내 제출 여부를 확인합니다.
• 기한 계산 - 납부기한 기준 5년 또는 원천징수된 날 다음 달 11일 기준 5년을 계산합니다.
• 증빙 보완 - 거주자증명서, 신청서, 계약서 등 지급 당시 빠진 서류를 갖춥니다.
• 환급금 정산 - 환급받으면 외국법인과의 정산 방법을 계약에 맞춰 처리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 소득의 종류와 과다 원천징수의 원인에 따라 청구권자와 기한이 달라집니다. 법무법인 윤성은 외국법인 지급 원천세의 경정청구와 환급금 정산 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 지급명세서를 늦게 냈다면 경정청구를 못 하나요?
  일반 경정청구 준용 규정은 지급명세서를 제출기한까지 낸 원천징수의무자를 청구권자로 정합니다. 늦게 냈다면 조약 혜택 특례 경정청구 등 다른 근거를 검토해야 합니다.
• 외국법인이 직접 일반 경정청구를 할 수 있는 경우는요?
  원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유로 원천징수의무자가 청구하기 어려운 경우입니다. 그 밖에는 조약 혜택 특례 규정으로 실질귀속자가 청구하는 경로를 씁니다.
• 세무조사에서 원천징수세액을 고지받아 낸 경우도 경정청구 대상인가요?
  고지에 따라 낸 세액은 처분에 대한 불복으로 다투는 것이 원칙입니다. 다만 원천징수대상이 아닌 소득에 대한 납부라면 부당이득 반환 법리도 함께 검토할 수 있습니다.
• 경정청구 기한 5년은 언제부터 세나요?
  일반 경정청구는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후부터 5년입니다. 조약 혜택 특례는 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년입니다.
• 세무서가 2개월 안에 결정하지 못하면 알려 주나요?
  네, 기간 안에 결정이 곤란하면 세무서는 진행 상황과 불복할 수 있다는 사실을 청구인에게 알려야 합니다. 통지가 없더라도 2개월이 지난 다음 날부터 불복할 수 있습니다.
• 외국법인이 환급금을 달라고 하면 바로 줘야 하나요?
  환급청구권은 원천징수의무자에게 있으므로 외국법인에 대한 지급은 계약상 정산 문제입니다. 원천징수할 때 외국법인 몫에서 뗐다면 정산하는 것이 자연스럽습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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