세금

신주인수권 행사이익에 증여세를 신고해 냈다면 경정청구로 돌려받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 과세 요건에 맞지 않는데 신고·납부한 증여세는 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구로 환급을 구할 수 있습니다. 매도한 금융회사가 인수인이 아니거나 정당한 사유가 있어 과세할 수 없다고 본 원심을 대법원이 수긍한 사례가 있습니다. 스스로 신고했다는 사실이 다툼을 막지는 않습니다.

네, 과세 요건에 맞지 않는데 신고·납부한 증여세는 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구로 환급을 구할 수 있습니다. 매도한 금융회사가 인수인이 아니거나 정당한 사유가 있어 과세할 수 없다고 본 원심을 대법원이 수긍한 사례가 있습니다. 스스로 신고했다는 사실이 다툼을 막지는 않습니다.

금융회사에서 산 신주인수권이면 인수인 요건부터 보나요?

네, 금융회사에서 산 신주인수권이라면 그 금융회사가 인수인인지가 첫 쟁점입니다. 2016. 12. 20. 개정 전 조문은 발행 법인이나 인수인에게서 지분 비율을 넘겨 취득한 최대주주 쪽 주주만 과세했습니다. 2017. 1. 1. 이후 인수·취득분에는 「그 밖에 대통령령으로 정하는 방법」이 더해진 조문이 적용되니 거래일부터 확인하십시오.

대법원 2017두55268 판결은 저축은행이 사채 발행일에 신주인수권을 대주주에게 판 사안입니다. 원심은 위험 부담 약정과 수수료가 없었다며 저축은행을 투자자로 보았습니다. 대법원은 이유 일부를 지적하면서도 결론을 수긍했습니다.

대법원 2017두52030 판결은 증권회사에서 사채를 넘겨받은 유동화회사가 신주인수권을 대주주에게 판 사안입니다. 원심은 두 회사에 50인 이상 투자자에게 청약을 권유할 목적이 없었다고 보았고, 대법원이 수긍했습니다. 비슷한 사례는 「증권사에서 산 신주인수권을 행사한 최대주주도 증여세를 내나요?」에서 다뤘습니다.

특수관계 없는 금융회사에서 샀다면 「정당한 사유」로 다툴 수 있나요?

다툴 수 있습니다. 대법원은 특수관계 없는 사람 사이의 거래라면 정당한 사유가 있을 때 원칙적으로 과세할 수 없다고 보았습니다. 객관적 교환가치를 반영했다고 믿을 합리적 사유가 있거나, 합리적 경제인의 관점에서 정상적인 거래조건이면 됩니다.

대법원 2017두47847 판결이 그 예입니다. 은행이 사모 신주인수권부사채를 전부 취득해 신주인수권증권 20매를 증권회사에 팔았습니다. 증권회사는 같은 날 16매를 최대주주이자 대표이사에게 팔았습니다. 원심은 4매만 매수자를 찾은 증권회사가 나머지 16매의 매수를 대표이사에게 요구했다고 보았습니다. 증권회사는 16매에서 8,000만원의 차손을 냈지만 수수료 9,000만원을 받아 1,000만원의 수익을 거뒀습니다. 대법원은 정당한 사유가 없다고 볼 수 없다는 원심 판단을 수긍했습니다.

이 판결은 2015. 12. 15. 삭제된 구 제42조에 관한 것입니다. 현행법은 특수관계 없는 사람 사이의 저가·고가 거래를 정당한 사유가 없는 경우로 한정해 과세하는 일반 조항을 둡니다.

정당한 사유가 없다는 것은 누가 증명하나요?

원칙적으로 과세관청이 증명해야 합니다. 대법원 2013두24495 판결은 과세요건 사실의 증명책임이 과세관청에 있다고 보았습니다. 다만 과세관청이 합리적 경제인이라면 하지 않았을 거래라는 객관적 정황을 상당한 정도로 증명할 수 있습니다. 그러면 거래경위 자료를 내기 쉬운 납세자가 정상 거래라는 특별한 사정을 증명할 필요가 생깁니다.

그 사건은 납세자에게 불리하게 돌아갔습니다. 행사기간이 이미 시작된 신주인수권증권을 이론가격의 16.46%에서 23.07%에 샀습니다. 일부는 산 다음 날부터 6일 안에 행사했습니다. 대법원은 정당한 사유가 있다고 본 원심을 파기했습니다.

대법원 2017두57899 판결은 반대 결론을 수긍했습니다. 최대주주가 캐피탈회사에게서 산 신주인수권 가격은 권면가의 4.5%였습니다. 원심은 이 가격이 당시 신주인수권 프리미엄 기준인 권면가의 4~5%에 맞는다고 보았습니다. 시장 가격 수준과 매수 요구 경위를 보여 주는 자료가 있는지가 결론을 갈랐다고 볼 수 있습니다. 소송에서의 증명 구조는 「경정청구가 거부돼 소송하면 누가 증명하나요? 대법원 2022두34425 판결로 본 기준」에서 따로 설명했습니다.

경정청구가 거부되면 다음에는 무엇을 하나요?

거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 그 결정 뒤 행정소송으로 갑니다. 세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 2개월 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 심판청구를 할 수 있습니다. 행정소송은 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 제기합니다.

이 글의 표에 있는 대법원 판결 다섯 건 가운데 네 건이 경정거부처분 취소소송이었습니다. 신고·납부 뒤 경정청구를 거쳐 소송으로 다툰 사건들입니다. 대법원 2024. 4. 16. 선고 2021두44951 판결도 같은 경로였습니다. 그 사건에서 세무서는 소송 중에 과세 근거 조항을 바꿨습니다. 경정청구서를 쓸 때부터 여러 과세 조항을 하나씩 반박해 두는 것이 좋습니다.

신주인수권 증여세 경정청구 대응 순서

• 신고 내역 확인 - 증여일, 신고한 조문과 이익 계산을 신고서에서 확인하고 법정신고기한이 지난 후 5년이 남았는지 계산합니다.
• 매도 금융회사 자료 확보 - 인수계약서, 수수료와 위험 부담 약정, 신주인수권을 판 경위를 모읍니다.
• 가격 결정 근거 정리 - 행사가격 산정 방식, 매입가격과 당시 거래 수준, 매수 요구가 누구에게서 나왔는지 정리합니다.
• 경정청구 - 인수인 요건과 정당한 사유 등 과세 요건이 빠진 이유를 조문별로 적어 관할 세무서장에게 청구합니다.
• 심판청구와 행정소송 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 제기합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 금융회사의 취득 목적과 가격 결정 경위, 거래 당시 조문에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 증여세 경정청구와 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 법정신고기한부터 5년이 지났다면 경정청구를 할 수 없나요?
  통상의 경정청구는 5년이 지나면 할 수 없습니다. 다만 계산 근거가 된 거래가 판결로 달리 확정되는 등 후발적 사유가 생길 수 있습니다. 그때는 그 사실을 안 날부터 3개월 안에 청구할 수 있습니다.
• 환급받으면 이자도 붙나요?
  붙습니다. 세무서장은 국세환급금에 국세환급가산금을 더해 지급해야 합니다. 대통령령으로 정한 기산일부터 지급결정일까지의 기간과 이자율로 계산합니다. 경정청구로 환급되는 경우도 같습니다.
• 특수관계인에게서 신주인수권을 샀다면 정당한 사유로 다툴 수 있나요?
  상속세 및 증여세법 제40조 제1항 제1호 가목과 제2호 가목은 특수관계인에게서 취득한 경우를 따로 과세합니다. 이 조항에는 정당한 사유 단서가 없습니다. 이 경우 시가와 이익 계산이 주된 쟁점이 됩니다.
• 공모로 발행된 상장사 신주인수권부사채도 같은 기준인가요?
  주권상장법인이 자본시장법상 모집 방법으로 발행한 경우는 제40조 제1항의 발행 법인에서 제외됩니다. 다만 대통령령으로 정하는 모집은 예외입니다. 발행 방식을 공시로 먼저 확인하십시오.
• 행사이익이 1억원이 안 되면 증여세가 없나요?
  제40조 제1항 제2호의 주식전환 등 이익은 1억원 미만이면 과세 대상에서 빠집니다. 이익은 교부받은 주식가액에서 전환가액등을 뺀 금액에 주식 수를 곱하고 이자손실분 등을 빼서 계산합니다.
• 경정청구 대신 세무서가 고지한 세금이라면 어떻게 다투나요?
  세무서가 결정해 고지한 증여세는 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구로 다툽니다. 이 기간이 지나면 같은 처분의 위법을 다투기 어렵습니다. 고지서를 받은 날을 기록해 두십시오.

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