불복·환급

원천징수로 낸 세금의 경정청구가 거부되면, 소송에서 누가 무엇을 증명하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

회사와 소득자 모두 원천징수세액의 경정청구를 할 수 있고, 거부처분의 적법성 증명책임은 원칙적으로 세무서에 있다고 볼 수 있습니다(2022두34425). 다만 회사 명의로 낸 세액은 회사가 돌려받고(2014두45246), 소득 성격은 근로와의 대가관계나 밀접한 관련성으로 판단됩니다(2024두44631).

원천징수는 회사가 세금을 떼어 대신 내는 구조여서 누가 청구하느냐부터 갈립니다. 청구 자격과 기간을 먼저 보고 소송의 증명책임으로 넘어가겠습니다.

이런 상담이 많습니다

B회사는 2021년 직원들에게 지급한 장기근속 기념 여행경비를 근로소득에 넣어 연말정산을 하고 2022. 3. 10. 원천징수세액을 냈습니다. 그 뒤 이 경비가 근로소득이 아니라는 의견을 듣고 2026. 3. 경정청구를 했지만 세무서는 2026. 5. 거부했고, 회사는 2026. 7. 심판청구를 했습니다. 인사팀장 A씨는 소송까지 가면 회사와 세무서 중 누가 무엇을 증명해야 하는지, 직원들이 따로 청구해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

원천징수된 세금은 누가 경정청구할 수 있나요?

회사와 소득자 모두 할 수 있습니다. 국세기본법 제45조의2 제5항은 근로소득·퇴직소득만 있는 사람처럼 소득세법 제73조 제1항에 따라 확정신고를 하지 않아도 되는 사람과 비거주자·외국법인의 일부 국내원천소득을 대상으로, 연말정산이나 원천징수로 세금을 내고 지급명세서를 제출기한까지 낸 원천징수의무자와 원천징수대상자에게 통상 경정청구와 후발적 경정청구를 준용합니다. 이때 원천징수영수증에 적힌 세액을 신고 세액으로 봅니다. 비거주자와 외국법인은 회사의 부도·폐업이나 정당한 요청에 회사가 응하지 않은 경우에만 직접 청구할 수 있습니다.

대법원 2018. 5. 15. 선고 2018두30471 판결은 회생절차 중 임원 급여와 퇴직금 지급을 보류하고도 지급명세서를 내고 원천징수세액을 낸 회사가, 회생계획 인가로 그 채무가 면제되자 한 후발적 경정청구에 대해 후발적 사유에 해당한다며 원심을 파기했습니다. 경정청구권이 없는 사람(그 사건은 환급금 채권을 전부받은 채권자)의 청구를 거절한 회신은 거부처분이 아니라는 판례(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두27183 판결)도 있으므로 지급명세서 제출 여부부터 확인합니다.

회사가 청구할 때와 소득자가 청구할 때 무엇이 다른가요?

돌려받는 사람이 다를 수 있습니다. 대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두45246 판결의 원고는 회사 대표이사였습니다. 비자금 64억여 원이 원고 상여로 처분되자 회사가 원천징수세액 23억 9,584만여 원을 냈고, 원고는 종합소득세를 추가신고하며 1,903만여 원을 냈습니다. 쟁점은 원고가 직접 낸 세액 범위로 경정청구가 제한되는지였는데, 대법원은 원천납세의무자도 추가신고 대상 세액 전부에 대해 경정청구를 할 수 있다고 보면서, 회사 명의로 낸 세액의 환급청구권자는 회사라고 했습니다. 소득자가 종합소득세를 추가신고한 뒤 제1항에 따라 청구한 사안이지만, 환급청구권자에 관한 판시는 원천징수 경정청구에도 같은 기준으로 볼 수 있습니다.

직원이 이겨도 회사 명의로 낸 세금은 회사에 환급되므로 회사와 직원 사이 정산이 남습니다. 직원이 근로소득 외에 분리과세소득도 있는 경우 등은 회사 납세지 관할 세무서에 청구서를 냅니다. 상여 처분 자체를 다투는 방법은 「대표가 빼 쓴 돈이 상여로 처분돼 소득세가 나왔다면 어떻게 다투나요?」에서 설명했습니다.

소송에서 거부처분이 적법하다는 증명은 누가 하나요?

원칙적으로 세무서라고 볼 수 있습니다. 대법원 2026. 5. 29. 선고 2022두34425 판결은 감액경정청구 거부처분 취소소송의 심판 대상이 신고한 과세표준과 세액의 객관적 존부이므로 「처분사유 등 거부처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다」고 했습니다. 다만 세무서가 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 증명을 하면, 반대 사정은 자료를 내기 쉬운 납세자가 증명해야 합니다.

이 판결은 신고납부한 법인세 사안이고, 원천징수 경정청구를 직접 다룬 대법원 판결은 아직 없습니다. 그러나 제45조의2 제5항이 원천징수영수증의 세액을 신고 세액으로 보고 같은 조문을 준용하므로 같은 원칙이 적용된다고 볼 수 있습니다. 실제로는 지급 규정과 지급 내역을 회사가 갖고 있어 반박 자료를 내는 몫이 회사에 돌아오는 경우가 많습니다. 증명책임 전반은 「경정청구가 거부돼 소송하면 누가 증명하나요? 대법원 2022두34425 판결로 본 기준」에서 다룹니다.

근로소득이 아니라고 다투면 법원은 무엇을 보나요?

근로와의 대가관계를 봅니다. 대법원 2024. 12. 26. 선고 2024두44631 판결의 원고 회사는 선택적 복지제도로 임직원에게 배정한 복지포인트를 근로소득으로 보아 2015년 귀속 근로소득세를 원천징수해 냈다가, 2021. 3. 10. 근로소득이 아니라며 일부 환급을 구하는 경정청구를 했고 세무서는 2021. 5. 7. 거부했습니다. 대법원은 근로소득에는 근로와 대가관계에 있는 경제적 이익뿐 아니라 근로를 전제로 근로조건의 내용을 이루는 급여도 들어간다고 보고, 임직원이 근로를 제공하며 배정받아 쓴 복지포인트는 근로소득이라며 상고를 기각했습니다.

회사가 다투려면 지급 근거 규정, 지급 대상과 기준, 근로 제공과의 관계를 보여 주는 자료를 사실심에서 내야 합니다.

경정청구 기간은 언제부터 세나요?

연말정산세액이나 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년이지만, 상여 처분이 끼면 기산일이 달라집니다. 대법원 2011. 11. 24. 선고 2009두23587 판결의 원고 회사는 2003 사업연도 외주운송비가 귀속불분명이라는 이유로 대표자 상여 처분과 소득금액변동통지를 받고, 2006. 4. 10. 다시 연말정산해 원천징수세액을 내고 지급조서를 냈습니다. 원심은 당초 연말정산세액 납부기한(2004. 2. 10.)부터 당시 기간 3년이 지나 2007. 4. 20. 청구가 부적법하다고 했지만, 대법원은 소득금액변동통지에 따른 납부기한 다음 날부터 센다며 원심을 파기했습니다.

소득자 쪽도 같은 방식입니다. 같은 날 선고된 대법원 2009두20274 판결은 소득금액변동통지 뒤 종합소득세를 추가신고·자진납부한 원천납세의무자의 경정청구기간을 추가신고·자진납부기한 다음 날부터 센다고 했습니다.

원천징수 경정청구 거부 소송 대응 순서

• 청구 자격 확인 - 원천징수세액 납부와 지급명세서 기한 내 제출, 청구인이 회사인지 소득자인지, 비거주자인지 정리합니다.
• 기간 계산 - 연말정산·원천징수세액 납부기한, 상여 처분이 있었다면 그 통지에 따른 납부기한을 기준으로 5년을 셉니다.
• 환급 귀속 정리 - 회사 명의 납부분과 소득자 명의 납부분을 나누고 회사와 소득자 사이 정산 방법을 미리 정합니다.
• 소득 성격 자료 준비 - 지급 규정, 지급 기준, 지급 내역처럼 세무서의 일응의 증명을 반박할 자료를 사실심 변론종결 전에 냅니다.
• 불복 기한 관리 - 거부 통지 후 90일, 결정 통지 후 90일을 각각 계산합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지급명세서를 기한 안에 냈는지와 누구 명의로 세금을 냈는지에 따라 청구할 사람과 돌려받을 사람이 달라집니다. 법무법인 윤성은 원천징수세액 경정청구와 그 거부처분에 대한 심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 회사가 원천징수한 근로소득세를 직원이 직접 경정청구할 수 있나요?
  할 수 있습니다. 국세기본법 제45조의2 제5항은 연말정산이나 원천징수로 세금을 내고 지급명세서를 기한까지 낸 경우 원천징수의무자와 원천징수대상자 모두에게 경정청구를 허용합니다. 다만 비거주자는 회사 폐업이나 요청 거부 같은 사유가 있어야 직접 청구할 수 있습니다.
• 직원이 경정청구에서 이기면 회사가 낸 세금도 직원에게 돌아오나요?
  회사 명의로 낸 세액은 회사가 돌려받습니다. 대법원 2014두45246 판결은 원천납세의무자가 추가신고 대상 세액 전부에 대해 경정청구를 할 수 있다고 하면서도, 회사 명의로 납부된 세액의 환급청구권자는 원천징수의무자라고 했습니다.
• 원천징수 경정청구 거부 소송에서는 회사가 다 증명해야 하나요?
  원칙적으로는 세무서가 거부처분의 적법성을 증명한다고 볼 수 있습니다. 대법원 2022두34425 판결이 감액경정청구 거부처분에서 이 원칙을 밝혔고, 원천징수 경정청구도 같은 조문을 준용합니다. 다만 세무서가 일응의 증명을 하면 반대 사정은 회사가 자료로 보여야 합니다.
• 복지포인트로 원천징수한 세금을 돌려받을 수 있나요?
  대법원은 근로소득으로 보았습니다. 2024두44631 판결은 선택적 복지제도로 배정해 사용한 복지포인트가 근로와 대가관계에 있거나 근로와 밀접히 관련된 급여라며, 회사의 경정청구를 거부한 처분이 적법하다고 했습니다.
• 상여 처분 뒤 다시 연말정산했다면 경정청구 기간은 언제부터인가요?
  소득금액변동통지에 따른 소득세 납부기한 다음 날부터 셉니다. 대법원 2009두23587 판결은 당초 연말정산세액 납부기한부터 센 원심을 파기했습니다. 현행 기간은 그날부터 5년입니다.
• 회생절차로 주지 못한 급여에 낸 원천징수세도 돌려받을 수 있나요?
  회생계획 인가로 급여나 퇴직금 채무가 면제되었다면 후발적 경정청구를 할 수 있습니다. 대법원 2018두30471 판결은 지급명세서를 내고 원천징수세액을 납부한 회사의 후발적 경정청구를 허용하며 원심을 파기했습니다.
• 지급명세서를 늦게 냈다면 경정청구를 못 하나요?
  제45조의2 제5항은 지급명세서를 제출기한까지 낸 경우를 요건으로 정합니다. 경정청구권이 없는 사람의 청구를 거절한 회신은 거부처분이 아니라는 판례도 있어, 이 요건을 갖추지 못했다면 다른 경로가 있는지 먼저 검토해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 원천징수 세금을 고지대로 냈는데 민사소송으로 돌려받을 수 있나요?
• 후발적 경정청구가 거부됐다면 소송에서 무엇을 다투고 누가 증명하나요?
• 대표가 빼 쓴 돈이 상여로 처분돼 소득세가 나왔다면 어떻게 다투나요?
• 경정청구가 거부돼 소송하면 누가 증명하나요? 대법원 2022두34425 판결로 본 기준

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기