감면·공제

공무원연금 퇴직일시금을 국민연금 연계로 반납하면 소득공제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 국민연금과 공무원연금을 연계하려고 반납하는 퇴직일시금과 이자는 연말정산 연금보험료공제 대상이 아닙니다. 국세청은 반납금이 기준소득월액으로 내는 기여금이 아니고 이미 퇴직소득세가 과세된 재원이라고 보았습니다. 연계 승인 통지와 반납금 고지 내역을 보관하고 연금보험료 칸에는 넣지 마십시오.

반납금을 연말정산 연금보험료 칸에 넣을 수 있을지 고민할 필요는 없습니다. 연계를 위해 돌려주는 퇴직일시금과 이자는 연금보험료공제 대상이 아니므로, 공제를 전제로 납부 계획을 세우지 않는 것이 맞습니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 2008년부터 2016년까지 8년 남짓 지방공무원으로 일하다 퇴직하면서 공무원연금 퇴직일시금을 받았습니다. 그 뒤 회사에 다니며 국민연금에 가입했고, 2025년 하반기 두 연금의 가입기간을 이어 붙이려고 연계를 신청해 퇴직일시금과 이자 약 7천만원을 반납했습니다. 2026년 초 연말정산에서 이 반납금을 연금보험료로 공제받을 수 있는지 회사에 물었더니 확인해 보라는 답을 들었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

연계 반납금도 연금보험료로 공제되나요?

아니요, 국민연금과 공무원연금을 연계하려고 반납하는 퇴직일시금과 그 이자는 연금보험료공제 대상이 아닙니다. 공제 대상은 공적연금 관련법에 따라 매달 내는 기여금과 개인부담금에 한정됩니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」 제51조의3 제1항은 종합소득이 있는 거주자가 공적연금 관련법에 따른 기여금 또는 개인부담금을 납입하면 그 과세기간에 납입한 연금보험료를 종합소득금액에서 공제한다고 정합니다. 공무원연금의 기여금은 재직 중 기준소득월액의 9퍼센트를 월별로 내는 돈입니다.

반납금은 이와 성격이 다릅니다. 이미 받았던 퇴직일시금과 이자를 연금관리기관에 돌려주는 것이어서, 기준소득월액을 기초로 내는 기여금에 해당하지 않습니다.

반납금은 어떤 근거로 내는 돈인가요?

반납금은 직역연금 퇴직급여를 이미 받은 사람이 국민연금과 가입기간을 연계하려고 받은 퇴직급여를 연금관리기관에 돌려주는 돈입니다. 연계 신청의 조건으로 내는 것이고, 새로 보험료를 내는 것이 아닙니다.

반납금의 납부 방법과 이자는 대통령령으로 정합니다. 연계 신청 뒤 반납금을 6개월 이상 내지 않으면 신청을 취하한 것으로 보고, 연금관리기관은 취하일 30일 전까지 그 사실을 알려야 합니다. 이미 낸 반납금은 취하되면 즉시 돌려받습니다.

국세청은 연계 반납금을 어떻게 해석했나요?

국세청은 「국민연금과 직역연금의 연계에 관한 법률」 제8조에 따라 공무원연금 퇴직급여를 반납하는 반납금과 이자는 연금보험료공제 대상이 아니라고 회신했습니다(사전-2018-법령해석소득-0045, 2018. 4. 6.). 질의자는 8년 공무원으로 재직하고 퇴직한 뒤 국민연금에 가입했다가 연계를 승인받아 반납금을 낸 경우였습니다.

이유는 두 가지였습니다. 반납금은 기준소득월액을 기초로 산정하는 기여금 개념에 맞지 않는다는 점, 그리고 퇴직일시금은 받을 때 이미 퇴직소득세가 과세되었으므로 그 재원에서 나오는 연계퇴직연금은 과세하지 않는 것이 연금 과세체계에 맞다는 점입니다. 연금보험료공제는 납입 때 공제하고 연금을 받을 때 과세하는 구조인데, 반납금은 처음부터 이 구조 밖에 있다는 설명입니다.

국세청은 2019. 2. 15.에도 같은 제목의 해석을 냈습니다. 다만 퇴직 공무원이 사립학교 교직원 등으로 재임용되어 재직기간을 합산하려고 반납하는 경우는 연계와 구조가 달라 별도의 해석이 있으므로 사실관계에 따라 따로 확인해야 합니다.

나중에 받는 연계 연금에는 세금이 붙나요?

공적연금소득은 2002. 1. 1. 이후 납입된 기여금과 그 이후의 근로를 기초로 받는 연금을 과세 대상으로 합니다. 이미 퇴직소득세가 과세된 일시금을 반납하고 재직기간을 합산한 경우에는 재임용일이나 재가입일을 과세기준일로 보아 계산하는 규정이 있습니다.

연계로 받는 연금이 이 규정에 들어가는지, 어느 부분이 과세 대상인지는 연금관리기관이 원천징수할 때 계산합니다. 반납금을 공제받지 않은 대신 그 재원 부분이 이중으로 과세되지 않는지 연금 수령 때 원천징수영수증으로 확인합니다.

공적연금 연계 반납금 대응 순서

• 연계 승인 확인 - 연금관리기관의 연계 승인 통지와 반납금 고지 내역을 보관합니다. 반납금과 이자가 각각 얼마인지 나눠 둡니다.
• 납부 기한 관리 - 반납금을 6개월 이상 밀리면 연계 신청이 취하된 것으로 보므로 분할 납부 일정을 지킵니다.
• 연말정산 처리 - 근로소득자 소득·세액 공제신고서의 연금보험료 칸에는 매달 낸 국민연금 보험료만 넣고 반납금은 넣지 않습니다.
• 잘못 공제한 경우 정정 - 반납금을 공제받았다면 과세표준수정신고서로 바로잡습니다. 그대로 두면 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다.
• 연금 수령 때 확인 - 연계 연금을 받기 시작하면 연금소득 원천징수영수증으로 과세 대상 금액을 확인하고, 이상하면 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 군인연금·사학연금 반납이나 재임용에 따른 재직기간 합산은 근거 조문이 달라 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 연금·퇴직소득 과세를 둘러싼 경정청구와 부과처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 반납금 이자 부분도 공제되지 않나요?
  네, 이자도 공제되지 않습니다. 국세청은 퇴직급여를 반납하는 반납금과 이자 모두 연금보험료공제 대상이 아니라고 회신했습니다. 이자는 반납 시점까지의 기간에 따라 대통령령으로 계산하는 금액으로 기여금과 성격이 다릅니다.
• 매달 내는 국민연금 보험료는 공제되나요?
  네. 근로자가 국민연금법에 따라 내는 개인부담금은 공적연금 관련법에 따른 연금보험료로서 그 과세기간에 납입한 금액 전액을 종합소득금액에서 공제합니다. 반납금과 달리 연말정산 연금보험료 칸에 넣습니다.
• 반납금을 나눠 내다가 밀리면 어떻게 되나요?
  반납금의 전부나 일부를 6개월 이상 내지 않으면 연계 신청을 취하한 것으로 봅니다. 연금관리기관은 취하일 30일 전까지 알려야 하고, 취하되면 이미 낸 반납금을 즉시 돌려주므로 납부 일정을 지켜야 합니다.
• 이미 반납금을 공제받았으면 어떻게 하나요?
  잘못 공제받아 세금이 적게 나왔다면 세무서가 경정하기 전에 과세표준수정신고서를 내 바로잡을 수 있습니다. 법정신고기한이 지난 뒤 빨리 수정신고할수록 과소신고가산세 감면 폭이 큽니다.
• 재임용되어 재직기간을 합산하는 경우도 같나요?
  구조가 다릅니다. 퇴직 공무원이 다시 공무원이나 사립학교 교직원이 되어 재직기간을 합산하려고 반납하는 경우는 연계 반납과 근거 법이 달라 국세청이 별도로 해석한 적이 있으므로 사실관계에 맞는 해석을 따로 확인해야 합니다.
• 나중에 받는 연계 연금은 과세되나요?
  공적연금소득은 2002. 1. 1. 이후 납입분과 근로를 기초로 받는 부분을 과세합니다. 이미 과세된 일시금을 반납한 부분은 국세청 해석상 과세에서 빼는 것이 체계에 맞다고 보았으므로, 연금 수령 때 원천징수 내역을 확인하십시오.
• 연금 원천징수가 과다하면 돌려받을 수 있나요?
  연금소득에 대한 원천징수나 신고가 과다하다고 보면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 연금관리기관의 계산 내역과 퇴직 당시 퇴직소득 원천징수영수증을 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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