불복·환급
영세율 매출을 줄여 신고한 가산세, 5년이 지나도 부과되나요?
글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신
아니요, 부가가치세 본세를 포탈하지 않았다면 영세율 과세표준을 부정하게 과소신고한 데 대한 가산세도 5년이 지나면 부과할 수 없습니다. 대법원 2024두57262 판결은 이 가산세가 본세 납세의무와 무관한 별도의 가산세이고 10년 제척기간이 적용되는 가산세 목록에도 없다고 보았습니다. 지금은 고지서의 과세기간과 그 기간 부가가치세 신고기한부터 확인해 두십시오.
영세율 과세표준 과소신고 가산세의 부과제척기간은 원칙적으로 부가가치세 과세표준 신고기한의 다음 날부터 5년입니다. 그 뒤에 나온 고지는 위법하므로 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다퉈야 합니다.
세무서가 부정행위를 했다고 적었다는 사실만으로 10년이 적용된다고 받아들일 필요는 없습니다. 10년은 그 부정행위로 본세를 포탈했거나 법이 정한 특정 가산세에 해당할 때만 적용됩니다.
이런 상담이 많습니다
부부가 공동으로 부품 제조업을 하는 A씨는 내국신용장을 받고 수출업체에 부품을 납품해 영세율을 적용받아 왔습니다. 2019년 제2기 부가가치세를 신고하면서 일부 납품분을 다른 거래처 매출로 돌려 영세율 과세표준을 적게 신고했습니다. 2025년 하반기 세무조사 끝에 세무서는 이를 부정행위로 보고 10년의 제척기간을 들어 영세율 과세표준 과소신고 가산세를 고지했습니다. 영세율이라 더 낼 부가가치세 본세는 없었는데, A씨는 신고기한부터 5년이 이미 지난 가산세를 지금 낼 의무가 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
영세율 과세표준 과소신고 가산세는 무엇인가요?
영세율 과세표준 과소신고 가산세는 영세율이 적용되는 매출을 적게 신고하거나 신고하지 않은 사업자에게 부과하는 가산세입니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법」은 과소신고 가산세에 더해 과소신고되거나 무신고된 영세율과세표준의 1천분의 5를 가산세로 더합니다.
영세율은 수출이나 내국신용장에 의한 공급처럼 세율을 영(零) 퍼센트로 하는 제도입니다. 그래서 매출을 빠뜨려도 더 낼 부가가치세 본세는 대개 생기지 않습니다. 이 가산세는 본세가 없어도 영세율 매출을 제대로 신고할 의무를 어긴 데 대한 제재로 따로 붙습니다. 판결이 적용한 2013. 6. 7. 개정 전 법은 부정행위로 과소신고한 경우에만 이 가산세를 물렸지만, 현행법은 부정행위가 없어도 부과합니다.
부정행위가 있으면 제척기간이 10년이 되지 않나요?
부정행위가 있어도 그 부정행위로 본세를 포탈하거나 환급·공제받지 않았다면 원칙으로 돌아가 5년입니다. 포탈이 있었는지는 가산세를 뺀 본세액을 기준으로 봅니다. 대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결이 세운 이 기준을 2024두57262 판결도 그대로 따랐습니다.
- 1
부정행위 여부
없으면 5년
- 2
본세 포탈 여부
가산세 뺀 본세액 기준
- 3
열거 가산세 해당 여부
영세율 과세표준 가산세는 목록에 없음
- 4
결론
본세 포탈 없으면 5년
대법원 2025. 2. 27. 선고 2024두57262 판결은 영세율 과세표준 부정과소신고 가산세가 부가가치세 본세 납세의무와 무관하게 부과되는 별도의 가산세라고 보았습니다. 또 부정행위가 있으면 따로 10년을 적용하도록 법이 열거한 가산세에도 들어 있지 않으므로 그 부과제척기간은 5년이라고 판단했습니다. 대법원은 5년이 지난 뒤의 가산세 부과처분을 위법하다고 본 원심을 유지하고 세무서장의 상고를 기각했습니다.
현행법에서도 5년이 적용되나요?
현행법도 부정행위가 있으면 10년을 적용하는 가산세를 소득세법·법인세법·부가가치세법의 특정 조항으로 한정해 열거하고, 영세율 과세표준 과소신고 가산세는 그 목록에 없습니다. 그래서 신고서를 낸 경우라면 판결과 같은 이유로 5년이 적용된다고 보는 것이 자연스럽습니다.
| 상황 | 부과제척기간 |
|---|---|
| 신고서 제출, 본세 포탈 없음 | 5년 |
| 역외거래(신고서 제출) | 7년 |
| 신고서 미제출 | 7년(역외 10년) |
| 부정행위로 본세 포탈 | 10년(역외 15년) |
| 부정행위로 열거 가산세 대상 | 10년 |
출처 - 국세기본법 제26조의2 제1항, 제2항 제1호부터 제3호까지
다만 현행법에는 판결 당시 법에 없던 예외가 두 가지 있습니다. 법정신고기한까지 과세표준신고서를 아예 내지 않았다면 7년이 적용됩니다. 거래 상대방이 외국법인이나 비거주자인 국제거래 같은 역외거래라면 기본 기간이 7년입니다. 내국신용장이나 구매확인서로 국내 수출업체에 납품한 거래는 국내 거래이므로 이 예외에 해당하지 않습니다.
제척기간이 지난 가산세 고지는 어떻게 다투나요?
제척기간이 지난 뒤의 부과처분은 위법하므로 고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 하거나 국세청에 심사청구를 해서 취소를 구할 수 있습니다. 이의신청을 먼저 거칠 수도 있습니다. 기한을 넘기면 위법한 고지라도 다투기 어려워집니다.
다툴 때는 그 과세기간 부가가치세 확정신고서를 언제 냈는지, 본세 추가 고지가 함께 있었는지를 먼저 정리합니다. 같은 사실로 부가가치세 본세나 소득세 포탈이 인정되면 그 세목과 그에 붙은 가산세에는 10년이 적용될 수 있어서, 고지서마다 세목과 가산세 종류를 나눠 봐야 합니다.
영세율 가산세 제척기간 대응 순서
- 고지서 세목 분리 - 고지서에서 본세와 가산세, 가산세 중 영세율 과세표준 가산세 부분을 나눕니다. 제척기간이 가산세마다 다를 수 있습니다.
- 신고기한 확인 - 해당 과세기간 확정신고서 제출일과 법정신고기한을 확인합니다. 그 다음 날부터 5년을 셉니다.
- 본세 포탈 여부 확인 - 영세율 매출 누락으로 더 낼 부가가치세가 실제로 생겼는지 계산합니다. 본세 포탈이 없으면 10년 주장은 근거를 잃습니다.
- 거래 상대방 확인 - 내국신용장 거래인지, 외국 거래처와의 직수출인지 구분합니다. 역외거래면 현행법상 7년이 문제 됩니다.
- 불복 청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구나 심사청구를 합니다. 제척기간 도과는 처분 전체의 위법 사유가 됩니다.
여기까지는 일반 기준이고, 같은 거래로 소득세나 법인세 포탈이 함께 문제 되거나 2013년 이후 개정 법이 적용되는 과세기간이라면 고지서와 신고서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세·가산세 부과처분의 조세심판 청구와 취소소송을 수행합니다.
실무상 착안점
세무조사에서 부정행위라는 말이 나오면 사업자 대부분은 10년 제척기간을 당연하게 받아들입니다. 그런데 10년은 부정행위만으로 생기지 않고, 그 부정행위로 본세를 포탈했거나 법이 열거한 가산세에 해당해야 합니다. 영세율 매출은 누락해도 본세가 거의 생기지 않아 5년 주장이 통할 여지가 큽니다.
결론을 가르는 것은 날짜입니다. 해당 과세기간 확정신고서를 낸 날, 법정신고기한, 세무조사 결과 통지일, 고지서 송달일을 서류로 맞춰 두어야 합니다. 홈택스 신고서 접수증과 고지서 봉투의 송달 기록이 그 증거가 됩니다.
제척기간이 지난 부과처분은 세액 계산이 맞더라도 처분 전체가 위법해집니다. 심판청구서에 제척기간 도과를 첫 번째 주장으로 세우고, 본세 포탈이 없다는 계산표를 붙이면 다른 쟁점을 다투기 전에 사건이 정리되는 경우가 있습니다.
— 허진영 변호사 · 세금
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 부가가치세와 가산세 부과처분에 대한 조세불복을 수행해 왔으며, 고지서를 세목과 가산세 종류별로 나눠 각각의 부과제척기간을 먼저 따지는 방식으로 대응합니다.
- 과세처분 고지 후 조세불복 병행
- 허위 세금계산서 관련 부가가치세 과세 다툼
- 조세심판 결정 후 소송 실익 검토의견서
- 매출누락·허위 세금계산서 관련 세무조사 대응
이 상황에서 자주 묻는 것
법무법인 윤성 × Lexle
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법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요
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출처
- 대법원 2025. 2. 27. 선고 2024두57262 판결
- 국세기본법 제26조의2 제1항·제2항 제1호·제2호·제3호
- 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호
- 국세기본법 제68조 제1항·제2항
- 국세기본법 제47조의3 제2항 제2호
- 부가가치세법 제21조 제2항 제3호
- 대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결
2026.10.12 기준으로 조문을 확인했습니다.
이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지