감면·공제

농산물 유통업자가 직접 재배해 납품한 무, 소득세 비과세되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 농산물 유통업자가 농지를 빌려 직접 재배한 무에서 생긴 소득도 작물재배업 소득이고, 그해 작물재배업 수입금액 합계가 10억원 이하이면 비과세됩니다. 다만 기존 유통 경로로 팔면서 생긴 유통 마진은 도매·소매업 소득으로 볼 수 있고, 사업자등록을 했다면 비과세여도 계산서를 발급해야 합니다. 지금은 직접 재배분과 위탁재배 매입분을 장부에서 나누어 두었는지부터 확인해 보십시오.

농산물 유통을 본업으로 한다는 이유로 직접 재배한 부분까지 모두 과세 소득으로 신고할 필요는 없습니다. 재배에서 생긴 소득과 유통에서 생긴 소득을 장부에서 나누어 두는 것이 먼저입니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 20년 가까이 농민에게 무를 맡겨 재배한 뒤 사들여 식품회사에 납품해 왔습니다. 2024년부터는 농지를 직접 빌려 무 일부를 재배해 같은 납품 경로로 공급하기 시작했고, 2025년 재배분 매출은 약 4억원이었습니다. D씨는 직접 재배한 무에서 생긴 소득이 비과세되는지, 비과세라면 식품회사에 계산서를 발급하지 않아도 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

유통업자가 직접 재배한 농산물 소득도 비과세되나요?

네, 농산물 유통업자가 직접 재배한 작물에서 생긴 소득도 작물재배업 소득이고, 그 과세기간 작물재배업 수입금액 합계가 10억원 이하이면 비과세됩니다. 다른 업종을 함께 한다고 해서 작물재배업 소득의 성격이 달라지지 않습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」은 농업 소득을 사업소득으로 보되, 작물재배업 중 곡물 및 기타 식량작물 재배업은 사업소득에서 뺍니다. 무처럼 식량작물이 아닌 채소를 재배해 생긴 소득은 사업소득에 들어가고, 그중 수입금액 10억원 이하 부분이 비과세 대상이 됩니다.

수입금액 합계가 10억원을 넘으면 넘는 부분이 아니라 그해 작물재배업 소득 전체가 비과세 요건을 벗어나는지 검토해야 합니다. 조문은 「수입금액의 합계액이 10억원 이하인 것」을 비과세로 정하고 있으므로, 재배 규모를 늘릴 때에는 연간 수입금액을 미리 계산해 둡니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 무 유통업자가 직접 재배한 무를 유통업체를 거쳐 식품업체에 공급하는 경우, 그 재배에서 생긴 소득으로서 해당 과세기간 수입금액 합계가 10억원 이하인 것은 비과세하고, 사업자등록을 한 사업자가 무를 공급하면 계산서를 발급해야 한다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석소득-0491, 2018. 12. 18.).

검토 의견은 재배한 농작물을 생산자 입장에서 판매해 생긴 소득은 농업 소득이지만, 기존 유통 경로를 통해 팔면서 생산 외에 추가로 생긴 소득은 도매업이나 소매업 소득으로 본다고 설명했습니다. 회신 당시 비과세 근거는 시행령 제9조의4였고, 지금은 법 제12조 제2호 바목과 같은 시행령 조문이 근거입니다. 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 재배를 위탁한 물량의 비중이나 거래 구조가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

재배 소득과 유통 소득은 어떻게 나누나요?

직접 재배한 물량의 생산 단계 소득은 작물재배업으로, 농민에게 맡겨 재배한 물량을 사들여 파는 부분과 유통 단계에서 붙는 이윤은 도매·소매업 소득으로 나누어 봅니다. 나누는 기준은 장부와 증빙으로 설명할 수 있어야 합니다.

• 직접 재배분 - 농지 임차계약서, 종자·비료 구입, 인건비 지출이 재배 사실의 근거가 됩니다.
• 위탁재배 매입분 - 농민에게 대금을 주고 사들인 물량은 유통 매출로 관리합니다.
• 유통 이윤 - 같은 무라도 생산원가 위에 붙는 유통 마진은 도매·소매업 소득으로 볼 수 있습니다.
• 수입금액 집계 - 비과세 한도 10억원은 작물재배업 수입금액만 따로 셉니다.

비과세여도 계산서는 발급해야 하나요?

네, 사업자등록을 한 사업자가 재화를 공급하면 소득세 비과세 여부와 관계없이 계산서나 영수증을 발급해야 합니다. 전자세금계산서 의무 사업자이거나 총수입금액 기준에 해당하면 전자계산서로 발급합니다.

발급한 계산서는 매출처별 계산서합계표로 세무서에 제출합니다. 전자계산서를 발급하고 발급명세를 국세청에 전송했다면 합계표 제출은 생략할 수 있습니다. 비과세라는 이유로 계산서를 빠뜨리면 가산세 문제가 따로 생길 수 있습니다.

농산물 직접 재배 소득 비과세 대응 순서

• 재배 증빙 정리 - 농지 임차계약서와 재배 비용 증빙을 모아 직접 재배 사실을 설명할 수 있게 합니다.
• 장부 분리 - 직접 재배분과 위탁재배 매입분, 유통 마진을 계정별로 나눕니다.
• 수입금액 점검 - 작물재배업 수입금액이 연 10억원 이하인지 매년 확인합니다.
• 계산서 발급 - 납품 때마다 계산서를 발급하고 매출처별 계산서합계표를 제출합니다.
• 신고와 경정청구 - 다음 해 5월 종합소득세를 신고하면서 재배분을 비과세로 구분합니다. 재배분까지 과세해 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토하고, 세무서가 비과세를 부인하면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 위탁재배와 직접 재배가 섞여 있거나 가공·포장을 거쳐 납품한다면 계약서와 장부를 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 사업소득 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 작물재배업 비과세 한도 10억원은 소득인가요, 매출인가요?
  소득금액이 아니라 수입금액, 즉 매출 기준입니다. 해당 과세기간 작물재배업에서 생긴 수입금액 합계가 10억원 이하이면 그 소득이 비과세됩니다. 유통 매출은 이 합계에 넣지 않습니다.
• 쌀이나 보리를 재배하면 어떻게 되나요?
  곡물 및 기타 식량작물 재배업은 처음부터 사업소득의 범위에서 빠지므로 소득세 과세 대상이 아닙니다. 10억원 한도는 식량작물이 아닌 채소·과수 등 작물재배업에 적용됩니다. 한 사업자가 두 종류를 함께 재배하면 품목별로 수입금액을 나누어 기록합니다.
• 농민에게 맡겨 재배한 무도 비과세되나요?
  농민에게 재배를 맡기고 수확물을 사들여 파는 구조라면 직접 재배로 보기 어렵고, 그 판매 소득은 도매·소매업 소득으로 판단될 수 있습니다. 재배 위험과 비용을 누가 부담했는지가 판단 자료가 됩니다.
• 비과세 매출인데 계산서를 꼭 발급해야 하나요?
  네, 사업자등록을 한 사업자가 재화를 공급하면 소득세 비과세 여부와 관계없이 계산서나 영수증을 발급해야 합니다. 전자세금계산서 의무 사업자는 전자계산서로 발급합니다. 발급하지 않으면 비과세와 별도로 가산세가 문제 될 수 있습니다.
• 계산서합계표도 따로 내야 하나요?
  발급한 계산서의 매출처별 합계표를 정해진 기한까지 세무서에 제출해야 합니다. 다만 전자계산서를 발급하고 발급명세를 국세청에 전송했다면 합계표 제출을 생략할 수 있습니다. 종이 계산서를 쓰는 사업자는 합계표 제출 기한을 따로 챙겨야 합니다.
• 재배분까지 세금을 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  종합소득세 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 농지 임차계약서와 재배 비용 증빙으로 재배분 수입금액을 따로 계산해 내면 비과세 부분을 다시 계산하는 근거가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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