무역·관세

특수관계 회사에서 수입한 가격을 세관이 부인하려면 무엇이 필요한가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

세관이 특수관계 회사 사이의 수입가격을 부인하려면 특수관계가 가격에 영향을 미쳤다는 점까지 증명해야 합니다. 같은 그룹이라는 사실만으로는 부족하고 증명책임은 세관에 있습니다. 그룹 내 거래라고 해서 모든 신고가격이 의심받는 것은 아닙니다. 세관이 요구한 자료를 내지 않으면 다른 방법으로 과세가격이 정해질 수 있습니다.

세관이 특수관계 회사 사이의 수입가격을 부인하려면 특수관계가 가격에 영향을 미쳤다는 점까지 증명해야 합니다. 같은 그룹이라는 사실만으로는 부족하고 증명책임은 세관에 있습니다. 그룹 내 거래라고 해서 모든 신고가격이 의심받는 것은 아닙니다. 세관이 요구한 자료를 내지 않으면 다른 방법으로 과세가격이 정해질 수 있습니다.

관세법에서 말하는 특수관계는 어디까지인가요?

관세법 시행령은 특수관계를 여덟 가지로 정합니다. 서로 상대 회사의 임원이나 관리자인 경우, 법률상 동업자인 경우, 고용관계인 경우가 있습니다. 특정인이 구매자와 판매자의 의결권 있는 주식을 각각 5% 이상 직접 또는 간접으로 가진 경우도 들어갑니다.

한쪽이 다른 쪽을 지배하거나 같은 제3자가 양쪽을 지배하는 경우도 특수관계입니다. 같은 제3자를 양쪽이 공동으로 지배하는 경우와 친족관계도 포함됩니다. 그래서 해외 모회사에서 물건을 들여오는 한국 자회사는 대부분 특수관계에 해당합니다. 지분 관계가 없어도 서로 상대 회사의 임원을 겸하고 있다면 특수관계가 될 수 있습니다.

특수관계 범위는 넓지만 그 자체로 과세 사유가 되지는 않습니다. 관세법은 특수관계가 「해당 물품의 가격에 영향을 미친 경우」에만 거래가격을 쓰지 않도록 정합니다. 가족이 운영하는 회사 사이의 수입은 「부모 회사 물건을 자녀 법인이 수입하면 신고가격이 그대로 인정되나요?」에서 다루었습니다.

특수관계만 있으면 신고가격이 부인되나요?

아닙니다. 대법원은 관세법 제30조 제3항 제4호를 적용하려면 세관이 두 가지를 증명해야 한다고 보았습니다. 구매자와 판매자 사이에 특수관계가 있다는 사실, 그리고 그 관계 때문에 거래가격이 영향을 받았다는 사실입니다.

대법원은 과세요건 사실의 증명책임이 원칙적으로 과세관청에 있다는 점을 들었습니다. 관세평가에 관한 국제협약도 특수관계 사실만으로 거래가격을 거부할 근거가 되지 않는다고 정한다는 점도 함께 보았습니다.

사안은 해외 계열 판매회사에서 의약품을 수입한 회사였습니다. 세관은 매출원가율이 다른 수입 의약품보다 낮고 업계 평균에도 못 미친다는 점을 들었습니다. 재판매가격이 판매회사의 가격정책과 맞지 않는다는 점도 들었습니다. 대법원은 이런 사정만으로는 가격이 부당하게 낮게 정해졌다고 단정할 수 없다고 했습니다. 세관의 상고를 기각해 처분 취소가 유지되었습니다.

반대로 세관의 증명이 받아들여진 사건도 있습니다. 미국 본사에서 물품을 들여온 한국 법인 사안에서 원심은 특수관계가 거래가격에 영향을 미쳤다고 인정했습니다. 대법원은 2021년 이 판단을 수긍하고 회사의 상고를 기각했습니다. 증명책임이 세관에 있다는 전제는 같았고, 구체적 사실관계가 결론을 갈랐습니다.

특수관계의 영향이 없었다는 점은 어떻게 보여 주나요?

관세법 시행령이 정한 세 가지 길이 있습니다. 첫째, 특수관계가 없는 거래 당사자 사이에서 통상 쓰는 방법으로 가격을 정한 경우입니다. 둘째, 해당 산업부문의 정상적인 가격결정 관행에 맞는 방법으로 정한 경우입니다.

셋째는 비교가격에 근접한다는 점을 구매자가 입증하는 길입니다. 비교가격은 특수관계 없는 국내 구매자에게 수출되는 같은 물품이나 유사물품의 거래가격 등입니다. 이 길은 법이 구매자에게 입증을 맡긴 부분이어서 자료 준비가 결론을 좌우합니다. 비교할 때는 거래단계, 거래수량, 가산 요소의 차이를 고려합니다.

이 예외를 적용받으려면 가격신고를 하는 때에 증명 자료를 내도록 되어 있습니다. 세관이 신고가격과 동종물품 가격 사이에 현저한 차이가 있다며 자료를 요구할 수도 있습니다. 그 요구에 자료를 내지 않거나 회계원칙에 맞지 않게 작성된 자료를 내면 세관은 다른 방법으로 과세가격을 정합니다.

세관이 일부 품목만 골라 부인해도 되나요?

일부 물품만 골라 거래가격을 부인했다는 사정만으로 처분이 위법해지지는 않습니다. 앞의 2021년 사건에서 회사는 세관이 다른 물품의 환급액을 고려하지 않았다고 다투었습니다. 원심은 일부 물품만 부인한 처분을 위법하다고 단정할 수 없다고 보았고, 대법원은 이를 수긍했습니다. 그래서 높게 신고한 다른 물품은 회사가 경정청구로 따로 바로잡아야 한다고 볼 수 있습니다.

비교대상업체 선정도 쟁점이었습니다. 국내판매가격을 기초로 과세가격을 정할 때는 동종·동류 물품 업체의 이윤과 일반경비 비율을 씁니다. 관세청 고시는 일정 범위에서 다른 물품을 다루는 업체도 비교대상으로 삼게 했습니다. 원심은 이것이 위임 범위를 벗어나지 않았다고 보았고, 대법원도 같은 결론이었습니다.

가산세도 면제되지 않았습니다. 원심은 회사가 과세가격에 의문이 있으면 사전심사를 받을 수 있었는데 거치지 않았다는 점을 들었습니다. 대법원은 가산세를 면할 정당한 사유가 없다고 본 판단을 유지했습니다. 특수관계 거래가 많은 회사라면 사전심사 신청 여부가 가산세 위험에도 영향을 줍니다.

조세심판원은 어떤 경우에 세관 손을 들어 주었나요?

그룹의 이전가격 정책에 따라 가격을 정했을 뿐 독립 당사자처럼 협의한 흔적이 없는 경우입니다. 조세심판원 사안의 회사는 2013년부터 2016년까지 특수관계 판매자에게서 물품을 수입했습니다. 그룹이 정한 이전가격 정책대로 정한 가격을 거래가격으로 신고했습니다.

세관은 관세조사 뒤 그 가격이 특수관계의 영향을 받았다고 보았습니다. 그리고 국내판매가격을 기초로 하는 방법으로 과세가격을 다시 정해 관세를 경정했습니다. 조세심판원은 독립적인 거래당사자 사이의 협의로 가격을 정했다고 보기 어렵다며 심판청구를 기각했습니다. 비교대상업체 선정이 잘못됐다는 주장도 입증 자료가 없어 받아들이지 않았습니다.

결국 대법원 기준대로 세관에 증명책임이 있더라도 회사 쪽 자료가 비어 있으면 결론이 달라질 수 있습니다. 가격 협의 기록, 원가 구조, 이익률 비교 자료를 평소에 남겨 두어야 합니다.

특수관계 수입가격 대응 순서

• 관계 확인 - 판매자와의 지분, 임원 겸직, 지배 관계가 시행령의 어느 유형에 해당하는지 정리합니다.
• 가격 결정 자료 정리 - 이전가격 정책, 가격 협의 기록, 원가와 이익률 자료를 거래 연도별로 모읍니다.
• 예외 사유 검토 - 통상적 가격결정방법, 산업 관행, 비교가격 근접 중 어느 길로 설명할지 정합니다.
• 서면 통보 대응 - 세관의 부인 근거 통보를 받으면 기한 안에 의견서와 증빙을 냅니다.
• 불복 제기 - 경정 고지를 받으면 90일 안에 심사청구나 심판청구로 세관의 증명 부족을 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 가격 결정 과정의 기록과 비교가격 자료에 따라 거래가격 인정 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 특수관계 수입거래의 과세가격 검토와 관세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 특수관계 수입가격이 문제 될지 미리 확인받을 수 있나요?
  가격신고 전에 관세청장에게 특수관계자 간 과세가격 결정방법의 사전심사를 신청할 수 있습니다. 통보된 방법대로 신고하면 요건을 갖춘 경우 세관장은 그 방법으로 과세가격을 정합니다.
• 사전심사 결과에 동의하지 않으면 어떻게 하나요?
  결과를 통보받은 날부터 30일 안에 관세청장에게 재심사를 신청할 수 있습니다. 결과를 받은 뒤에는 그 방법으로 산출한 과세가격 보고서를 제출해야 하는 점도 챙기십시오.
• 국세청이 이전가격을 조정했으면 관세도 바뀌나요?
  국세 정상가격 조정으로 관세 과세가격과 차이가 생기면 세관장에게 경정을 청구할 수 있습니다. 조정 처분을 안 날부터 3개월 또는 최초 납세신고일부터 5년 안에 해야 합니다.
• 세관이 거래가격을 부인하면 어떤 방법으로 과세하나요?
  동종·동질물품, 유사물품의 거래가격, 국내판매가격, 산정가격 등 관세법 제31조부터 제35조까지의 방법을 순서대로 적용합니다. 실무에서는 국내판매가격을 기초로 하는 방법이 자주 쓰입니다.
• 추징되면 가산세도 붙나요?
  부족세액의 10%와 납부지연에 따른 금액이 가산세로 붙습니다. 부정한 행위로 과소신고했다면 부족세액의 60%가 적용되므로 사실관계를 숨긴 정황이 없는지 점검하십시오.
• 이미 높게 신고한 수입가격은 돌려받을 수 있나요?
  최초 납세신고일부터 5년 안에 세관장에게 경정을 청구할 수 있습니다. 판결 등 후발적 사유가 생겼다면 그 사유를 안 날부터 2개월 안에 청구해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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