규제·허가 기준

산업단지 입주계약으로 공장설립 승인을 받았는데 건축허가가 거부될 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

네, 입주계약으로 공장설립 승인이 의제되어도 건축허가와 개발행위허가는 따로 받아야 하고 환경오염 우려로 거부될 수 있습니다. 대법원 2021두33883 판결로 신뢰 보호의 한계, 입증 책임, 대응 순서를 정리했습니다.

네, 입주계약으로 공장설립 승인을 받은 것으로 되어도 건축허가는 거부될 수 있습니다. 대법원은 공장설립 승인 의제가 건축허가나 개발행위허가까지 의제하지 않는다고 보았습니다. 건축행정청은 환경오염 우려 등 개발행위 허가기준을 따로 심사할 수 있습니다. 입주계약 때 업종을 밝혔다는 사정만으로 허가를 기대하실 수는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 2025. 9. 산업단지 관리기관과 입주계약을 맺고 아스팔트 혼합물 공장을 짓기로 했습니다. 입주계약 때 제출한 사업계획서에 제조 공정과 배출시설을 모두 적었고, 관리기관도 별말 없이 계약을 맺었습니다. 그런데 2026. 7. 군수는 인근 주거지와 식수원 하천 상류에 대기·수질 오염 우려가 있다며 건축허가를 거부했습니다. 부지 대금과 설계비로 수억 원을 쓴 A사 대표는 입주계약을 믿은 것이 보호받지 못하는지, 소송에서 무엇을 다퉈야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

입주계약을 맺으면 무엇이 의제되나요?

공장설립 승인만 의제됩니다. 산업단지에서 제조업을 하려는 자는 관리기관과 입주계약을 맺어야 하고, 입주계약을 맺으면 시장·군수·구청장의 공장설립 승인을 받은 것으로 봅니다. 그러나 대법원은 “공장설립 승인이 의제된다고 하여 건축법상 건축허가 또는 국토계획법상 개발행위허가를 받은 것으로 의제하는 규정은 없다.”라고 했습니다.

입주계약과 건축허가는 목적과 요건이 다른 별개의 제도라는 것입니다. 그래서 공장 건물을 지으려면 건축허가를 받아야 하고, 용도지역 안의 건축허가는 개발행위허가의 성질도 함께 가집니다. 현행 법령도 판결 당시와 같은 구조입니다. 공장설립 승인 뒤 부지 사정이 바뀐 경우는 「공장설립승인 받은 뒤 부지가 개발행위 제한지역이 되면 공장을 못 짓나요?」에서 자세히 설명했습니다.

대법원은 어떻게 판단했나요?

대법원은 건축 불허가처분이 위법하다고 본 원심을 파기했습니다. 산업단지계획 변경으로 대부분 업종이 들어올 수 있게 된 구역에서, 아스콘 공장 계획을 밝히고 입주계약을 맺은 회사가 건축허가를 신청했다가 환경오염과 공사차량 안전 우려로 거부된 사안입니다. 원심은 행정청이 객관적 근거를 내지 않았고 사후 규제 수단도 있다며 재량권 남용으로 보았습니다.

대법원은 입주계약만으로 건축허가에 대한 정당한 신뢰가 생기지 않는다고 했습니다. 아스콘 공정에서 특정대기유해물질이 나오는데도 회사 대책은 일부 물질에만 초점을 맞췄고, 방음벽은 대기오염 확산을 막지 못하며, 오염되면 원상회복이 어렵다고 보았습니다. 환경오염 우려에 관한 행정청 판단은 폭넓게 존중하고, 재량권 일탈·남용은 다투는 쪽이 증명해야 한다고 했습니다.

산업단지계획에서 허용된 업종이면 허가해야 하지 않나요?

아니요, 업종이 입주 가능하다는 것과 그 부지에 그 공장을 지어도 된다는 것은 다릅니다. 이 사건 부지는 산업단지계획 변경으로 7개 제한 업종 외에는 모두 들어올 수 있는 구역이었고, 계획 변경 때 대기오염과 악취 영향이 미미하다는 환경 검토도 있었습니다.

대법원은 그 환경 검토가 처분보다 약 2년 5개월 전에 업종을 열어 둘 때의 효과를 일반적으로 분석한 것일 뿐, 이 공장의 아스콘 제조를 염두에 둔 것이 아니라고 보았습니다. 관리기관이 환경 영향을 충분히 검토한 뒤 입주계약을 맺었다고 보기도 어렵다고 했습니다. 업종 허용은 출발점일 뿐이고, 개별 공장의 공정과 입지는 건축 단계에서 다시 심사됩니다.

소송에서 회사는 무엇을 입증해야 하나요?

행정청의 환경오염 우려 판단이 현저히 불합리하다는 사정을 회사가 입증해야 합니다. 행정청이 구체적 분석 자료를 내지 않았다는 점만으로는 부족하다는 것이 이 판결의 태도입니다.

필요한 것은 배출 물질 전체를 대상으로 한 저감 대책과 그 효과의 수치입니다. 이 사건에서는 공정 온도를 낮춘다는 대책이 일부 물질에만 맞춰져 있고 저감 정도도 분명하지 않아 받아들여지지 않았습니다. 산업단지계획 변경 때의 환경 검토도 일반적 분석이어서 개별 공장의 근거가 되지 못했습니다. 지형과 바람길, 주변 오염원까지 반영한 확산 예측 자료를 준비해야 합니다. 민원만을 이유로 한 거부와의 차이는 「주민 민원이 많다는 이유만으로 건축허가를 거부할 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

산업단지 공장 건축 불허가 대응 순서

• 처분 사유 분리 - 불허가 통지서의 사유를 대기, 수질, 소음, 교통 안전으로 나눕니다.
• 배출 물질 목록 정리 - 공정에서 나오는 물질 전체와 물질별 저감 설비를 표로 만듭니다.
• 확산·영향 예측 - 지형과 주변 오염원을 반영한 예측 자료를 전문기관에서 받습니다.
• 보완 재신청 또는 불복 - 사유를 해소한 계획으로 다시 신청할지, 90일 안에 불복할지 정합니다.
• 손실 자료 보관 - 부지 대금, 설계비, 관리기관과의 협의 기록을 모아 둡니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공장의 배출 물질과 저감 대책의 구체성, 부지 주변의 지형과 주거지·식수원과의 거리에 따라 다툴 여지가 달라집니다. 법무법인 윤성은 공장 건축허가·개발행위허가 거부에 대한 행정심판과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 산업단지 밖에서 공장설립 승인을 받아도 건축허가를 따로 받나요?
  공장설립 승인과 건축허가는 별개의 제도여서, 승인으로 건축허가가 의제되는 규정이 없다면 따로 받아야 합니다. 의제되는 인허가 범위는 근거 법률의 의제 조항을 확인해야 합니다.
• 관리기관이 업종을 알고 입주계약을 맺었는데 신뢰보호 원칙 위반 아닌가요?
  그것만으로는 어렵습니다. 대법원은 입주계약 때 제조 계획을 밝혔더라도 건축허가와 개발행위허가를 받으리라는 정당한 신뢰가 생기지 않는다고 보았습니다.
• 행정청이 오염 분석 자료를 안 냈으면 불허가가 위법한가요?
  그것만으로는 위법하다고 단정하기 어렵습니다. 대법원은 재량권 일탈·남용을 다투는 쪽이 주장·증명해야 한다며, 행정청 자료 부족을 이유로 위법하다고 본 원심을 파기했습니다.
• 공장을 지은 뒤 단속하면 되니 허가는 해 줘야 하지 않나요?
  대법원은 그렇게 보지 않았습니다. 환경이 오염되면 원상회복이 어려워 사후 규제만으로는 한계가 있으므로, 심각한 오염 우려가 있으면 미리 막는 것이 중요하다고 했습니다.
• 개발행위허가는 어떤 기준으로 심사하나요?
  개발 규모의 적합성, 도시·군관리계획과의 부합, 주변 토지이용실태와 환경·경관과의 조화, 기반시설 확보계획 등을 봅니다. 기준이 불확정개념이 많아 행정청 재량이 넓습니다.
• 불허가로 날린 부지 대금과 설계비를 배상받을 수 있나요?
  불허가가 적법하면 배상을 구하기 어렵습니다. 처분이 위법하고 공무원의 고의·과실이 인정되어야 국가배상을 검토할 수 있어, 먼저 처분의 위법성을 다투어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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