농지·산지

농지전용허가를 받고 2년 넘게 착공을 안 하면 허가가 취소되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.28 갱신

취소될 수 있습니다. 농지법 제39조는 정당한 사유 없이 허가일부터 2년 이상 착수하지 않거나 허가 조건을 위반하면 허가를 취소하거나 공사 중지 등을 명할 수 있다고 정합니다. 지금은 사전통지서의 취소 사유와 의견제출기한, 착공이 늦어진 사유를 보여 줄 자료를 확인하십시오.

허가 조건을 한 번 어겼다고 해서 반드시 허가가 취소되는 것은 아니고, 행정청은 공사 중지나 사업계획 변경 같은 다른 조치를 명할 수도 있습니다.

이런 상담이 많습니다

N씨는 2023년 농지 1,500제곱미터에 창고를 짓겠다며 농지전용허가를 받고 농지보전부담금을 냈습니다. 자금 사정으로 착공을 미루다 2025년 말에야 땅을 고르기 시작했는데, 허가 조건과 달리 일부를 주차장처럼 쓰고 있었습니다. 2026년 군청은 허가 후 2년 이상 착수하지 않았고 허가 조건도 위반했다며 허가 취소를 예고하는 사전통지서를 보냈습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

농지전용허가 조건을 어기면 허가가 취소되나요?

취소될 수 있습니다. 농림축산식품부장관, 시장·군수 또는 자치구구청장은 허가 목적이나 허가 조건을 위반한 경우 허가를 취소하거나 공사 중지, 조업 정지, 사업규모 축소, 사업계획 변경 등 필요한 조치를 명할 수 있습니다. 2026. 9. 28. 기준 현행 「농지법」 제39조 제1항이 정한 사유는 다음과 같습니다.

• 부정 허가 - 거짓이나 부정한 방법으로 허가를 받거나 신고한 경우
• 목적·조건 위반 - 허가 목적이나 허가 조건을 위반한 경우
• 무단 변경 - 허가·신고 없이 사업계획이나 사업 규모를 바꾼 경우
• 착수 지연·공사 중단 - 정당한 사유 없이 최초 허가·신고일부터 2년 이상 목적사업에 착수하지 않거나, 착수 후 1년 이상 공사를 중단한 경우
• 부담금 미납 - 농지보전부담금을 내지 않은 경우
• 본인 신청 - 허가 취소를 신청하거나 신고를 철회한 경우
• 조치명령 위반 - 공사 중지 등 조치명령을 위반한 경우

이 중 조치명령을 위반한 경우만 반드시 허가를 취소해야 하고, 나머지는 행정청이 사정을 보아 취소 또는 다른 조치를 고릅니다. 착수가 늦어진 데 사업계획 변경 등 정당한 사유가 있었다면 그 사정을 입증해 취소를 피할 여지가 있습니다.

허가가 취소되면 땅은 어떻게 되나요?

허가가 취소되면 행정청은 기간을 정해 원상회복을 명할 수 있고, 따르지 않으면 대집행으로 원상회복하고 비용을 청구할 수 있습니다. 이미 깎아 놓은 땅이나 설치한 시설을 농지 상태로 되돌려야 하므로 비용 부담이 큽니다.

이미 낸 농지보전부담금은 돌려받나요?

허가가 취소되면 해당 농지보전부담금을 환급받습니다. 다만 원상회복을 명받은 경우에는 원상회복 여부를 확인한 뒤에 환급 통지가 나오므로, 원상회복을 마쳐야 돈을 돌려받을 수 있습니다.

농지전용허가 취소 대응 순서

• 사전통지 검토 - 통지서에 적힌 취소 사유와 법적 근거, 의견제출기한을 확인합니다. 사유가 조건 위반인지 착수 지연인지에 따라 대응이 다릅니다.
• 정당한 사유 정리 - 착수 지연이나 공사 중단의 원인이 된 사업계획 변경·인허가 지연 자료를 모읍니다. 제4호 사유를 다툴 근거가 됩니다.
• 조건 위반 시정 - 허가 조건과 다르게 쓰던 부분을 즉시 바로잡고 사진으로 남깁니다. 취소 대신 다른 조치를 요청할 근거가 됩니다.
• 의견 제출 - 시정 결과와 향후 공사 일정을 담아 기한 안에 의견을 냅니다. 사업계획 변경 허가를 함께 신청할 수도 있습니다.
• 불복과 집행정지 - 취소 처분이 나오면 90일 안에 행정심판이나 취소소송을 내고, 원상회복명령이 이어지면 집행정지를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제된 경우나 공동 사업자가 있는 경우에는 인허가 서류와 사업계획서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 인허가 취소 등 행정처분에 대한 의견제출과 행정심판·취소소송, 집행정지 신청을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 착공이 늦어진 사유가 있으면 취소를 피할 수 있나요?
  피할 여지가 있습니다. 농지법 제39조 제1항 제4호는 사업계획 변경 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 2년 이상 착수하지 않은 경우를 취소 사유로 정합니다. 인허가 지연이나 사업계획 변경 신청처럼 정당한 사유를 서류로 입증하면 취소 대신 다른 조치를 요청할 수 있습니다.
• 허가 조건 위반이면 무조건 취소되나요?
  무조건은 아닙니다. 농지법 제39조 제1항은 허가 목적이나 조건 위반 시 허가 취소 외에 공사 중지, 조업 정지, 사업규모 축소, 사업계획 변경 등 필요한 조치를 명할 수 있게 합니다. 반드시 취소해야 하는 경우는 조치명령을 위반한 제7호뿐입니다.
• 허가가 취소되면 부담금을 돌려받나요?
  돌려받습니다. 농지법 제38조 제5항 제1호는 허가가 제39조에 따라 취소된 경우 농지보전부담금을 환급하도록 정합니다. 다만 원상회복을 명받았다면 시행령 제51조 제1항에 따라 원상회복 여부를 확인한 뒤 환급 통지가 나옵니다.
• 취소 후 원상회복을 안 하면 어떻게 되나요?
  행정청이 대집행으로 원상회복을 할 수 있습니다. 농지법 제42조는 허가가 취소된 경우 기간을 정해 원상회복을 명할 수 있고, 명령을 따르지 않으면 대집행으로 원상회복할 수 있고 그 절차는 행정대집행법을 따르도록 정합니다. 대집행 비용은 의무자에게 청구되므로 직접 복구하는 편이 비용을 줄일 수 있습니다.
• 취소 처분에 불복하려면 언제까지 해야 하나요?
  처분이 있음을 안 날부터 90일 이내입니다. 행정심판은 처분이 있음을 알게 된 날부터 90일, 처분이 있었던 날부터 180일 안에 청구해야 하고, 취소소송도 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 제기해야 합니다. 원상회복명령이 이어질 우려가 있으면 집행정지를 함께 신청합니다.
• 취소 전에 의견을 낼 기회가 있나요?
  있습니다. 행정절차법 제21조 제1항은 권익을 제한하는 처분을 할 때 처분의 원인 사실, 법적 근거, 의견제출기한 등을 미리 알리도록 정합니다. 사전통지서를 받으면 기한 안에 착수 지연 사유나 조건 시정 결과를 증빙과 함께 제출하십시오.

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