농지·산지

허가 없이 잡종지로 바뀐 옛 농지에도 농지보전부담금을 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

네, 농지전용허가나 그 의제 협의 없이 메워져 잡종지가 된 땅이라도 원상회복 대상이면 여전히 농지로 보아 농지보전부담금 대상입니다. 대법원 2018두43095 판결로 불법 전용 농지 판단, 인허가 의제의 범위, 취소소송 피고와 기한을 정리했습니다.

네, 허가 없이 메워지거나 다른 용도로 쓰여 지목이 잡종지로 바뀐 땅이라도 원상회복 대상인 불법 전용이라면 여전히 농지로 보아 농지보전부담금을 내야 합니다. 대법원은 불법으로 바뀐 상태를 일시적인 것으로 보았습니다. 지목이 잡종지라는 사실만으로 다투기보다, 과거에 농지전용허가나 그 허가가 의제되는 협의가 실제로 있었는지를 찾는 데 힘을 쓰는 편이 낫습니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 2025. 6. 물류창고를 지으려고 지목이 잡종지인 땅을 샀습니다. 이 땅은 20여 년 전 공공사업으로 논을 메워 녹지로 쓰다가 지목이 잡종지로 바뀐 곳이었습니다. 2026. 3. 9. 개발행위허가를 신청하자 담당 부서는 이 땅이 아직 농지라며 농지전용 협의와 함께 수억 원의 농지보전부담금을 내야 한다고 안내했습니다. A사는 매매 당시 이런 이야기를 전혀 듣지 못했습니다. A사 대표는 등기부와 토지대장에 잡종지로 되어 있는데 왜 부담금을 내야 하는지, 다툴 방법이 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 잡종지로 바뀐 땅을 왜 농지로 보았나요?

허가 없이 바뀐 상태는 원상회복되어야 하는 일시적 상태라고 보았기 때문입니다. 사안에서 공항 관리 공단은 2000. 7. 18. 공항 완충녹지대 조성사업 실시계획 승인을 받았는데, 그 전에 농지전용 협의를 거치지 않았습니다. 사업이 끝난 뒤 2008. 12. 26. 땅의 지목은 전·답에서 잡종지로 바뀌었습니다. 그 뒤 이 녹지대에 골프장을 짓는 회사가 실시계획 승인을 받자, 농림축산식품부장관은 747,647제곱미터에 대해 약 167억원의 농지보전부담금을 부과했습니다. 원심은 선행사업 승인으로 전용허가가 의제되어 농지가 아니라고 보았습니다. 대법원은 불법 전용된 땅이라면 “그 변경 상태는 일시적인 것에 불과하고 여전히 농지법상 ‘농지’에 해당한다고 보아야 한다”며 장관 패소 부분을 파기환송했습니다.

다른 사업 승인으로 농지전용허가가 의제되지 않았나요?

관계 행정청과 미리 협의한 사항에 한해서만 의제됩니다. 개별 법률은 사업 실시계획을 승인하면 농지전용허가 등을 받은 것으로 본다는 인허가 의제 규정을 두는 경우가 많습니다. 대법원은 이 제도가 창구를 하나로 모아 절차를 간소화하려는 것이지, 농지전용 요건 심사를 건너뛰려는 것이 아니라고 보았습니다. 그래서 선행사업 승인 전에 농지전용 협의가 없었다면 전용허가 의제 효력이 생기지 않고, 그 사업으로 바뀐 땅은 허가 없이 전용된 것이 됩니다. 현재 땅을 가진 사람이 다투려면 과거 사업의 승인 문서와 협의 공문을 정보공개청구 등으로 받아 협의 대상에 그 필지가 들어 있었는지 확인해야 합니다. 허가 없는 형질변경 사례는 「논 일부를 허가 없이 주차장·잔디밭으로 바꿨는데 아직 농지로 보나요?」에서 자세히 설명했습니다.

농지보전부담금은 얼마이고 언제 내나요?

전용 면적에 제곱미터당 금액을 곱해 정하고, 원칙적으로 농지전용허가나 신고 전까지 내야 합니다. 제곱미터당 금액은 부과기준일 현재 가장 최근에 공시된 개별공시지가에 농업진흥지역 농지는 100분의 30, 그 밖의 농지는 100분의 20을 곱한 금액이고, 농림축산식품부령이 정한 상한을 넘지 못합니다. 다른 법률로 전용허가가 의제되는 경우 부과기준일은 그 법률에 따른 승인 등을 신청한 날입니다. 판결 사안처럼 옛 농지가 잡종지로 쓰이며 공시지가가 오른 경우 부담금이 예상보다 커질 수 있습니다. 계산 방법은 「밭에 창고를 지으려는데 농지보전부담금은 얼마나 내나요?」에서 자세히 설명했습니다.

부담금 취소소송은 누구를 상대로 내나요?

납부통지서에 부과결정권자로 적힌 행정청을 상대로 냅니다. 농지보전부담금은 부과결정권자가 부과를 결정하고, 수납 업무를 위탁받은 한국농어촌공사가 「부과결정권자의 대행자」 명의로 납부통지서를 보냅니다. 대법원은 공사가 대행자임을 밝히고 통지한 이상 처분을 한 행정청은 부과결정권자이고, 공사를 피고로 한 소송은 부적법하다고 보았습니다. 사안에서는 공사와 장관을 함께 피고로 했다가 공사에 대한 부분이 각하되었습니다. 피고를 잘못 정하면 기간 안에 바로잡아야 하므로 통지서의 명의부터 확인해야 합니다.

농지보전부담금 대응 순서

• 농지 해당 여부 확인 - 토지대장의 지목 변경 경위와 과거 항공사진으로 언제 어떻게 농지가 아니게 되었는지 확인합니다.
• 과거 허가·협의 확인 - 선행사업의 승인 문서와 농지전용 협의 공문에 해당 필지가 들어 있는지 정보공개청구로 확인합니다.
• 부과 금액 검토 - 부과기준일, 개별공시지가, 농업진흥지역 여부에 따른 부과 비율과 감면 대상인지 대조합니다.
• 피고 확인 - 납부통지서의 부과결정권자 명의를 확인합니다.
• 90일 안에 불복 - 부과처분을 안 날부터 90일 안에 취소소송을 내고, 필요하면 분할납부를 신청합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 과거 사업에서 농지전용 협의가 실제로 있었는지와 지목이 바뀐 경위, 부과 기준이 된 공시지가에 따라 부담금을 내야 하는지와 그 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 농지전용과 농지보전부담금 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 지목이 잡종지인데 농지인지는 무엇으로 판단하나요?
  농지인지는 공부상 지목과 관계없이 실제 현상으로 판단하는 것이 원칙입니다. 다만 농지였던 땅이 허가 없이 다른 용도로 바뀌어 원상회복 대상이라면, 현재 모습과 지목이 달라도 여전히 농지로 봅니다.
• 농지보전부담금을 감면받을 수 있는 경우가 있나요?
  국가나 지방자치단체가 공용·공공용 목적으로 전용하는 경우, 중요 산업 시설을 설치하는 경우, 농지전용신고 대상 시설 등을 설치하는 경우에는 감면할 수 있도록 정해져 있습니다. 구체적인 감면 대상과 비율은 시행령에서 정합니다.
• 부담금을 낸 뒤 사업이 줄면 돌려받을 수 있나요?
  네, 허가가 취소되거나 사업계획이 바뀌거나 전용 면적이 당초보다 줄어든 경우 등에는 해당 부분 부담금을 환급하도록 정해져 있습니다. 변경 승인 문서를 갖추어 환급을 신청합니다.
• 부담금이 수억 원이면 나누어 낼 수 있나요?
  한꺼번에 내기 어렵다고 인정되는 경우 등에는 나누어 내게 할 수 있습니다. 이때는 납입보증보험증서 등을 미리 예치해야 하므로 보증 비용도 함께 계산해 두어야 합니다.
• 허가 없이 바뀐 옛 농지를 산 사람도 원상회복명령을 받나요?
  원상회복명령은 그 행위를 한 사람뿐 아니라 해당 농지의 소유자, 점유자, 관리자에게도 할 수 있도록 정해져 있습니다. 따라서 매수인도 명령 대상이 될 수 있어 매입 전 이력 확인이 필요합니다.
• 부담금을 내지 않고 미루면 어떻게 되나요?
  납부기한이 지나면 체납액의 100분의 3이 가산금으로 붙고, 그 뒤 1개월마다 1천분의 12의 중가산금이 더해집니다. 독촉 뒤에도 내지 않으면 체납처분의 예에 따라 징수될 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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