불복·환급

경정청구한 세액공제가 최저한세에 걸려 일부만 환급되면 나머지는 사라지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

경정청구한 세액공제가 최저한세에 걸려 그해 공제받지 못한 부분은 사라지지 않고 다음 과세연도부터 10년 동안 이월해 공제합니다. 세무서가 경정할 때는 세액공제를 감면보다 먼저 빼므로 이월되지 않는 감면이 남습니다. 중소기업 연구개발비 세액공제처럼 처음부터 최저한세 대상이 아닌 공제도 있습니다.

통합고용세액공제나 투자세액공제를 뒤늦게 찾아 경정청구했는데, 세무서가 일부만 돌려주고 나머지는 최저한세에 걸린다고 답하는 경우가 있습니다. 이때 공제가 없어지는 것은 아닙니다. 그해에 쓰지 못한 세액공제는 10년 동안 이월되고, 감면과 공제가 함께 걸리면 이월이 가능한 세액공제부터 빠지도록 순서가 정해져 있습니다. 다만 이월 명세를 관리하지 않으면 다음 해 신고에서 빠뜨리기 쉽습니다.

이런 상담이 많습니다

지방에서 기계부품을 만드는 중소기업 D법인은 2025 사업연도 과세표준 5억원에 산출세액 7,500만원을 신고하면서 중소기업 특별세액감면 2,250만원을 받았습니다. 2026. 7. 청년 정규직 2명을 늘린 사실을 반영하지 않았다는 것을 알고 통합고용세액공제 3,100만원을 경정청구했습니다. 2026. 9. 세무서는 1,750만원만 돌려주겠다고 했습니다. D법인 대표는 나머지 1,350만원은 사라지는 것인지, 감면을 줄이고 공제를 다 받을 수는 없는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

최저한세는 어떤 감면과 공제에 걸리나요?

감면과 공제를 모두 받은 뒤의 법인세가 최저한세보다 적으면 그 차이만큼은 감면을 받지 못합니다. 최저한세는 감면 전 과세표준에 다음 비율을 곱해 계산합니다.

• 중소기업 - 7%(중소기업을 졸업한 뒤 3년은 8%, 그다음 2년은 9%)
• 그 밖의 법인 - 과세표준 100억원 이하 10%, 100억원 초과 1천억원 이하 12%, 1천억원 초과 17%

대상은 법에 열거된 감면과 공제뿐입니다. 중소기업 특별세액감면, 창업중소기업 감면, 통합투자세액공제, 통합고용세액공제가 대표적입니다. 반면 연구·인력개발비 세액공제는 중소기업이면 최저한세 대상이 아닙니다. 창업중소기업 감면도 세액 전액을 감면받는 과세연도에는 최저한세를 적용하지 않고, 50% 감면 구간에 들어선 해부터 적용합니다. 법에 열거되지 않은 감면과 열거된 감면이 함께 있으면 열거된 감면을 먼저 적용합니다.

경정청구한 공제가 최저한세에 걸리면 무엇부터 빠지나요?

신고나 경정청구한 세액이 최저한세에 못 미쳐 세무서가 경정할 때는 빼는 순서가 정해져 있습니다. 손금산입·익금불산입을 먼저 빼고, 그다음 세액공제, 그다음 감면, 마지막으로 소득공제·비과세 순입니다. 같은 조문의 세액공제 안에서는 나중에 생긴 이월분부터 뺍니다.

D법인은 2025 사업연도이므로 종전 세율로 산출세액이 1,800만원에 3억원의 19%를 더한 7,500만원입니다. 최저한세는 5억원의 7%인 3,500만원이므로 감면과 공제를 합해 4,000만원까지만 받을 수 있습니다. 감면 2,250만원이 이미 있으니 그해 공제는 1,750만원까지이고, 순서상 세액공제가 먼저 빠지므로 감면은 그대로 둡니다. 2026. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터는 세율이 10%와 20%로 올라 산출세액이 커지므로, 같은 과세표준이라도 최저한세 한도에 여유가 생깁니다.

감면을 줄이고 공제를 다 받는 쪽은 D법인에 오히려 불리합니다. 감면은 그해 쓰지 못하면 이월되지 않지만 세액공제는 이월되기 때문입니다.

공제받지 못한 금액은 언제까지 쓸 수 있나요?

최저한세에 걸리거나 낼 세액이 없어 공제받지 못한 세액공제는 다음 과세연도 개시일부터 10년 안에 끝나는 과세연도에 이월해 공제합니다. 다음 해에 그해 공제와 이월분이 겹치면 이월분을 먼저, 이월분끼리는 먼저 생긴 것부터 씁니다. D법인의 1,350만원은 2026 사업연도부터 쓸 수 있습니다.

반면 중소기업 특별세액감면이나 창업중소기업 감면 같은 세액감면은 이월공제 규정에 없습니다. 감면이 최저한세에 걸려 배제된 부분은 다음 해로 넘어가지 않습니다. 그래서 감면과 공제가 모두 큰 해에는 공제 일부를 다음 해로 넘기는 결과가 생기더라도 감면을 온전히 받는 쪽이 대체로 유리합니다. 투자나 고용을 늘린 해와 소득이 큰 해가 어긋나면 이월액이 쌓이므로, 몇 년 치 소득 전망과 함께 보아야 합니다.

최저한세를 잘못 계산하면 가산세가 붙나요?

최저한세 한도를 넘겨 공제를 받은 것으로 확인되면 넘친 만큼 법인세를 더 내고 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다. 이월공제를 다음 해 신고에서 빠뜨렸다면 그해 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 이월분은 10년에 걸쳐 쌓이므로 연도별 발생액과 사용액을 표로 관리해 두어야 합니다.

반대로 이미 최저한세를 넘겨 공제받은 사실을 스스로 알았다면, 세무서의 해명 안내를 받기 전에 수정신고하는 편이 낫습니다. 법정신고기한부터 1개월 이내면 과소신고가산세의 90%, 2년 이내면 10%까지 기간에 따라 줄어듭니다. 넘친 공제액은 사라지는 것이 아니라 이월공제로 돌아가므로, 수정신고 때 이월 명세도 함께 고쳐 둡니다.

최저한세 경정청구 대응 순서

• 공제·감면 목록 정리 - 연도별로 최저한세 대상인 감면·공제와 대상이 아닌 공제를 나눕니다.
• 최저한세 한도 계산 - 감면 전 과세표준에 해당 비율을 곱해 그해 받을 수 있는 한도를 셉니다.
• 경정청구서 제출 - 빠뜨린 공제를 반영해 법정신고기한부터 5년 안에 냅니다.
• 배제 순서 확인 - 세무서가 감면을 먼저 빼는 등 순서를 달리 적용했는지 결정 통지서로 확인합니다.
• 이월 명세 반영 - 이월된 공제를 다음 해 신고서에 반영합니다.
• 거부·감액 통지 후 90일 - 결정에 이견이 있으면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 감면과 공제의 종류, 중소기업 해당 여부, 이월 금액의 발생 연도에 따라 그해 받을 수 있는 금액과 이월액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세액공제 경정청구와 최저한세 계산 검토, 경정청구 거부에 대한 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 최저한세에 걸린 세액공제는 없어지나요?
  없어지지 않습니다. 최저한세에 미달해 그해 공제받지 못한 세액공제는 다음 과세연도 개시일부터 10년 안에 끝나는 과세연도에 이월해 공제합니다. 이월분은 그해 공제보다 먼저 씁니다.
• 중소기업의 최저한세율은 얼마인가요?
  감면 전 과세표준의 7%입니다. 중소기업을 졸업한 뒤 3년 안에 끝나는 과세연도는 8%, 그다음 2년은 9%이고, 그 밖의 법인은 과세표준 구간에 따라 10%, 12%, 17%입니다.
• 감면과 공제 중 무엇이 먼저 빠지나요?
  세무서가 최저한세 때문에 경정할 때는 손금산입·익금불산입, 세액공제, 감면, 소득공제·비과세 순서로 뺍니다. 그래서 이월이 가능한 세액공제가 먼저 빠지고 감면은 그해 그대로 남습니다.
• 감면도 다음 해로 이월되나요?
  중소기업 특별세액감면이나 창업중소기업 감면 같은 세액감면은 이월공제 규정에 들어 있지 않습니다. 최저한세 때문에 배제된 감면은 다음 해로 넘어가지 않으므로 공제와 함께 받을 때 계산을 먼저 해야 합니다.
• 연구개발비 세액공제도 최저한세에 걸리나요?
  연구·인력개발비 세액공제는 중소기업이 아닌 법인만 최저한세 대상입니다. 중소기업이라면 최저한세와 관계없이 그해 공제할 수 있고, 공제받지 못한 금액은 다른 공제처럼 10년 동안 이월공제됩니다.
• 이월공제를 신고에서 빠뜨렸다면요?
  이월공제를 반영하지 않은 해의 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 세무서가 2개월 안에 답하지 않으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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