불복·환급

직원 임금을 올린 중소기업, 근로소득증대 세액공제를 놓쳤다면 경정청구할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

평균임금 증가율이 직전 3년 평균보다 높고 직원 수가 줄지 않은 중소기업은 초과 임금증가분의 20%를 공제받고, 놓쳤다면 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 임원·최대주주 친족·고액 연봉자는 계산에서 빠지며, 고액 연봉자 기준은 2026년 과세연도부터 7천만원에서 8천만원으로 올라갔습니다.

직원 임금을 꾸준히 올린 중소기업은 임금 증가분의 20%를 법인세에서 공제받을 수 있습니다. 통합고용세액공제와 달리 직원 수가 늘지 않아도 줄지만 않으면 되는데, 계산이 복잡해 신고에서 빠지는 일이 많습니다. 반대로 대표 가족이나 고액 연봉자를 빼지 않고 계산했다가 세무조사에서 공제가 깎이기도 합니다.

이런 상담이 많습니다

물류 소프트웨어를 만드는 중소기업 K법인은 2025년에 직원 20명의 연봉을 평균 7.5% 올렸고 직원 수도 그대로였습니다. 2026. 3. 법인세 신고 때 통합고용세액공제만 검토했고 근로소득증대 세액공제는 넣지 않았습니다. 2026. 9. 다른 회사가 이 공제를 받았다는 말을 들은 K법인 대표는 지난 신고분을 지금이라도 돌려받을 수 있는지, 대표 아들의 급여도 계산에 넣을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

근로소득증대 세액공제는 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

중소기업과 중견기업이 다음 두 요건을 모두 갖추면 2028년이 속하는 과세연도까지 받을 수 있습니다.

• 상시근로자의 그해 평균임금 증가율이 직전 3개 과세연도 평균임금 증가율의 평균보다 클 것
• 그해 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 적지 않을 것

공제액은 직전 3년 평균을 넘는 임금증가분의 20%(중견기업 10%)입니다. 임금증가분은 그해 평균임금에서 직전 평균임금에 직전 3년 평균 증가율을 반영한 금액을 빼고, 직전 과세연도 상시근로자 수를 곱해 구합니다. 중소기업은 이 방식 대신 전체 중소기업 임금증가율을 기준으로 한 특례 방식을 고를 수도 있습니다.

대표 가족이나 고액 연봉자도 계산에 넣나요?

넣지 않습니다. 임원, 최대주주와 그 친족, 근로계약 1년 미만 근로자, 단시간근로자, 원천징수 사실이 확인되지 않는 근로자는 상시근로자에서 빠집니다. K법인 대표의 아들은 직원으로 일해도 계산에서 빠집니다.

근로소득이 일정 금액 이상인 고액 연봉자도 빠집니다. 이 기준은 2026. 2. 27. 시행령 개정으로 7천만원에서 8천만원으로 올라갔고, 2026년이 속하는 과세연도부터 적용합니다. 그래서 K법인의 2025 사업연도 경정청구에는 7천만원 기준을, 2026 사업연도 신고에는 8천만원 기준을 써야 합니다. 1년을 다 일하지 않은 사람은 근로소득을 12개월로 환산해 판단합니다.

공제받으려는 과세연도 종료일 전 5년 안에 퇴사했거나 새로 제외 대상이 된 사람은 과거 연도 평균임금을 계산할 때도 빼고 다시 계산합니다. 과거 신고서의 평균임금을 그대로 가져다 쓰면 결과가 달라지는 이유가 여기에 있습니다. 반대로 공제를 받을 때 이 재계산을 하지 않았다면 세무조사에서 평균임금 증가율이 다시 계산되어 공제가 줄거나 없어질 수 있고, 그만큼 법인세와 과소신고가산세, 납부지연가산세를 내게 됩니다. 이미 공제를 받은 회사도 제외 근로자 처리가 맞는지 점검해 둘 필요가 있습니다.

공제액은 어떻게 계산하나요?

K법인의 2024년 평균임금이 4,000만원, 직전 3년 평균임금 증가율의 평균이 3%, 2025년 평균임금이 4,300만원, 2024년 상시근로자가 20명이라고 해 보겠습니다. 2024년 평균임금에 3%를 반영한 4,120만원을 넘는 180만원이 1인당 초과분이고, 여기에 20명을 곱한 3,600만원이 초과 임금증가분입니다. 중소기업 공제율 20%를 곱하면 720만원입니다.

직전 연도 평균임금 증가율이 음수이거나 직전 3년 평균의 30%에 못 미치면 재정경제부령의 별도 방식으로 다시 계산합니다. 창업이나 휴업으로 직전 3년 평균을 계산할 수 없는 회사는 이 공제를 받지 못합니다. 실제 계산에서는 상시근로자 수를 매월 말 인원의 연평균으로 세고, 평균임금은 1천원 이하를 버리며, 증가율은 1만분의 1 미만을 버리는 등 끝수 처리 규정까지 맞춰야 세무서 계산과 어긋나지 않습니다.

빠뜨린 공제는 어떻게 돌려받나요?

법정신고기한부터 5년 안에 경정청구서와 세액공제신청서, 연도별 상시근로자·임금 계산표를 냅니다. 이 공제는 최저한세 대상이므로, 그해 다른 감면·공제와 합쳐 최저한세 한도를 넘는 부분은 환급되지 않고 10년 동안 이월됩니다. 세무서가 2개월 안에 답하지 않으면 그다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.

비정규직을 정규직으로 바꾸면서 임금을 올렸다면 정규직 전환 근로자의 임금증가분 20%를 따로 공제받을 수 있습니다. 다만 공제받은 과세연도 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 근로자와 근로관계가 끝나면, 끝난 인원 비율만큼 공제세액을 다시 냅니다.

근로소득증대 세액공제 경정청구 대응 순서

• 제외 근로자 정리 - 임원, 최대주주 친족, 고액 연봉자, 1년 미만·단시간 근로자를 연도별로 표시합니다.
• 5년 치 평균임금 재계산 - 퇴사자와 제외 대상을 빼고 연도별 평균임금과 증가율을 다시 셉니다.
• 두 방식 비교 - 중소기업이라면 일반 방식과 특례 방식 중 공제액이 큰 쪽을 고릅니다.
• 최저한세 확인 - 그해 다른 감면·공제와 합쳐 환급액과 이월액을 나눕니다.
• 경정청구와 불복 - 경정청구서를 내고, 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 제외 근로자의 범위, 과거 연도 평균임금 재계산, 최저한세 한도에 따라 돌려받을 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 고용·임금 관련 세액공제의 경정청구와 공제 부인에 대한 소명, 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 직원 수가 늘지 않아도 받을 수 있나요?
  받을 수 있습니다. 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄지만 않으면 되고, 평균임금 증가율이 직전 3년 평균임금 증가율의 평균보다 크면 초과분의 20%(중견기업 10%)를 공제합니다.
• 대표 아들 급여도 넣어 계산하나요?
  최대주주와 그 친족, 임원은 상시근로자에서 빠지므로 직원으로 일해도 계산에 넣지 않습니다. 근로계약 1년 미만 근로자와 단시간근로자, 원천징수가 확인되지 않는 근로자도 빠집니다.
• 고액 연봉자 기준은 얼마인가요?
  근로소득이 8천만원 이상인 근로자는 계산에서 빠집니다. 2026. 2. 27. 시행령 개정으로 7천만원에서 올라갔고 2026년이 속하는 과세연도부터 적용하므로, 2025년 이전 연도는 7천만원 기준을 씁니다.
• 놓친 공제는 몇 년 전 것까지 받나요?
  법정신고기한부터 5년 안이면 경정청구할 수 있습니다. 12월 결산 법인의 2025 사업연도분은 2031. 3. 31.까지이고, 여러 해를 함께 청구할 때는 연도별로 계산표를 붙입니다.
• 공제액이 크면 전부 환급되나요?
  이 공제는 최저한세 대상이어서 그해 다른 감면·공제와 합쳐 한도를 넘는 부분은 환급되지 않고 10년 동안 이월됩니다. 경정청구 전에 최저한세 한도를 함께 계산해 두는 편이 좋습니다.
• 정규직 전환자 임금 인상분도 공제되나요?
  비정규직을 정규직으로 전환한 근로자의 임금증가분 20%를 따로 공제받을 수 있습니다. 공제 뒤 1년 안의 과세연도까지 그 근로자와 근로관계가 끝나면 끝난 인원 비율만큼 다시 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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