불복·환급

이의신청 재조사 후 세무서 통지를 받았는데 심사청구 기간은 언제부터인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

재조사 결정 불복기간은 재조사 결정일이 아니라 세무서의 후속처분 통지를 받은 날부터 90일을 셉니다. 대법원 2007두12514 전원합의체 판결이 재조사 결정을 후속처분으로 보완되는 변형결정으로 보았기 때문입니다. 지금은 후속처분 통지서를 받은 날짜부터 확인해 두십시오.

재조사 결정서를 받은 날부터 90일을 세어 서둘러 심사청구서를 낼 필요는 없습니다. 불복할 대상은 세무서가 재조사를 마치고 내리는 후속처분입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2024년 2월 부가가치세 1억 2천만원을 고지받고 세무서에 이의신청을 했습니다. 세무서장은 재조사 결정을 했고, 재조사 끝에 부가가치세 부분을 그대로 유지한다는 후속처분을 2024년 6월 10일 A씨에게 통지했습니다. A씨가 2024년 7월 1일 국세청장에게 심사청구를 내자, 세무서는 이의신청 결정일부터 90일이 지났다며 각하를 주장했습니다. 재조사 결정은 후속처분으로 내용이 채워져야 결정으로서 효력이 생기므로, A씨의 심사청구는 후속처분 통지일부터 90일 안에 낸 적법한 청구입니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

재조사 결정이 난 날부터 90일을 세나요?

아닙니다. 재조사 결정에 따른 심사청구기간·심판청구기간·행정소송 제소기간은 이의신청인이 후속처분의 통지를 받은 날부터 셉니다. 대법원 전원합의체는 재조사 결정을 처분청의 재조사 결과를 기다려 후속처분의 내용을 결정의 일부로 삼겠다는 변형결정으로 보았습니다. 재조사 결정만으로는 무엇을 얼마나 다툴지 특정할 수 없기 때문입니다.

2026. 9. 28. 기준 현행 「국세기본법」도 재조사 결정을 명문으로 두고 있습니다. 심사청구가 이유 있더라도 사실관계 확인 등 추가 조사가 필요하면 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 결정할 수 있고, 이의신청에도 이 규정이 준용됩니다.

세무서가 재조사 후 아무 통지를 안 하면 언제까지 기다리나요?

재조사 결정일부터 60일이 지나도 후속처분 통지가 없으면, 그 60일이 지난 날부터 90일 안에 심사청구를 할 수 있습니다. 처분청은 재조사 결정일부터 60일 이내에 결정서 주문에 적힌 범위에서 조사하고 처분해야 하기 때문입니다. 다만 조사 연기·연장·중지가 있으면 그 기간이 늘어날 수 있으니, 세무서에서 받은 연기 통지도 함께 보관해야 합니다.

재조사 결과가 청구인 주장과 다르게 확인되면 처분청은 당초 처분을 취소·경정하지 않을 수 있습니다. 이 경우에도 불복기간은 그 결과 통지를 받은 날을 기준으로 봅니다.

재조사 후속처분에 다시 이의신청을 할 수 있나요?

할 수 없습니다. 이의신청 단계의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에는 이의신청을 다시 낼 수 없고, 심사청구나 심판청구로 넘어가야 합니다. 심사청구·심판청구 단계에서 재조사 결정이 났다면 그 후속처분에 대해서는 재조사 결정을 한 재결청에 다시 심사청구 또는 심판청구를 할 수 있습니다.

심사·심판 단계 재조사 결정의 후속처분은 곧바로 행정소송으로 다툴 수도 있고, 이때 제소기간은 후속처분 결과 통지를 받은 날부터 90일입니다. 심판청구 기간도 이의신청을 거친 경우에는 심사청구와 같은 기준이 적용됩니다.

재조사 결정 불복기간 대응 순서

• 결정서 확인 - 이의신청 결정서 주문이 기각인지 재조사인지 확인합니다. 재조사라면 불복기간 기산점이 후속처분 통지일로 바뀝니다.
• 통지일 기록 - 후속처분 통지서를 받은 날을 등기 수령증이나 전자송달 열람 기록으로 남깁니다. 90일 계산의 출발점이 됩니다.
• 60일 경과 확인 - 재조사 결정일부터 60일이 지나도 통지가 없으면 달력에 표시합니다. 그날부터 90일 안에 청구할 수 있습니다.
• 불복 경로 선택 - 국세청 심사청구와 조세심판원 심판청구 중 하나를 고릅니다. 같은 처분에 두 청구를 중복해 낼 수 없습니다.
• 청구서 제출 - 후속처분에서 유지된 부분을 특정해 청구 취지를 씁니다. 우편 제출은 발송일 기준으로 기간 준수를 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재조사 과정에서 조사가 연기·중지됐거나 후속처분이 일부 취소와 일부 유지로 나뉘었다면 통지서 원문을 보고 기간을 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 과세처분에 대한 이의신청·심사청구·심판청구와 조세 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재조사 결정도 이긴 결정으로 보나요?
  결론이 아직 나지 않은 결정입니다. 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서에 따라 처분청이 사실관계를 다시 조사해 그 결과에 따라 취소·경정하거나 당초 처분을 유지합니다. 후속처분에서 세액이 그대로 유지될 수 있으므로, 후속처분 통지서를 받은 뒤 유지된 부분을 다시 다툴지 판단해야 합니다.
• 재조사 결정서를 받은 날부터 90일이 지나면 늦나요?
  늦지 않습니다. 대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결은 재조사 결정에 따른 심사청구기간·심판청구기간·제소기간을 후속처분 통지를 받은 날부터 센다고 보았습니다. 재조사 결정서를 받은 날부터 90일이 지났더라도 후속처분 통지일부터 90일 안이면 적법한 청구입니다.
• 세무서가 재조사를 몇 달째 안 끝내면 어떻게 하나요?
  재조사 결정일부터 60일이 지나도 처분 결과 통지가 없으면 그 60일이 지난 날부터 90일 안에 심사청구를 할 수 있습니다. 국세기본법 제65조 제5항은 처분청이 60일 이내에 조사하고 처분하도록 정하되 조사 연기·연장·중지를 허용하므로, 연기 통지를 받았다면 그 기간을 더해 계산합니다.
• 후속처분에 이의신청을 다시 낼 수 있나요?
  낼 수 없습니다. 국세기본법 제55조 제6항은 이의신청에 대한 처분과 이의신청 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대해서는 이의신청을 할 수 없다고 정합니다. 후속처분이 마음에 들지 않으면 국세청 심사청구나 조세심판원 심판청구로 다투어야 하고, 두 절차를 함께 낼 수는 없습니다.
• 심판원 재조사 결정 뒤에는 바로 소송을 낼 수 있나요?
  낼 수 있습니다. 국세기본법 제56조 제2항 단서는 심사·심판청구의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 다시 전심절차를 거치지 않아도 된다고 정합니다. 이때 제소기간은 같은 조 제4항 제1호에 따라 재조사 후 처분 결과 통지를 받은 날부터 90일입니다.
• 우편으로 낸 심사청구서가 기간 뒤에 도착하면요?
  기간 안에 우편으로 제출했다면 적법합니다. 국세기본법 제61조 제3항은 기한까지 우편으로 제출한 심사청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우 그 기간 만료일에 적법한 청구를 한 것으로 봅니다. 발송일을 증명할 수 있도록 등기우편 영수증을 보관해 두어야 합니다.
• 천재지변으로 기간을 놓치면 구제되나요?
  구제될 수 있습니다. 국세기본법 제61조 제4항은 제6조에 따른 기한연장 사유로 기간 안에 심사청구를 할 수 없었던 경우 그 사유가 소멸한 날부터 14일 이내에 청구할 수 있다고 정합니다. 이때 청구를 할 수 없었던 사유와 발생일·소멸일을 적은 문서를 함께 내야 합니다.

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