세금

지체상금을 빼고 받은 공사대금이면 부가가치세도 줄어드나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

아니요, 발주자가 지체상금을 공사대금과 상계하고 나머지만 지급해도 시공사의 공급가액은 줄지 않는 것으로 볼 수 있습니다. 지체상금은 공급 조건에 따라 대가를 깎아 주는 에누리가 아니라 공사 지연에 대한 약정 배상금이기 때문입니다. 세금계산서는 원래 공사대금 기준으로 발급합니다.

아니요, 발주자가 지체상금을 공사대금과 상계하고 나머지만 지급해도 시공사의 공급가액은 줄지 않는 것으로 볼 수 있습니다. 지체상금은 공급 조건에 따라 대가를 깎아 주는 에누리가 아니라 공사 지연에 대한 약정 배상금이기 때문입니다. 세금계산서는 원래 공사대금 기준으로 발급합니다.

지체상금을 상계하면 공사대금이 줄어든 것 아닌가요?

상계는 받을 돈과 줄 돈을 맞비기는 결제 방법일 뿐 공사대금 자체를 바꾸지 않습니다. 시공사는 공사대금 전액을 받을 채권을 가지고, 발주자는 지체상금 채권을 가집니다. 두 채권을 맞비긴 결과 현금으로 오가는 돈만 줄어드는 것입니다.

부가가치세 공급가액은 명목과 관계없이 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것입니다. 상계로 소멸한 공사대금 채권도 시공사가 받은 대가에 해당합니다. 그래서 상계 후 실제 입금액이 아니라 원래 공사대금이 공급가액이 된다고 볼 수 있습니다. 이 점을 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 지체상금만큼 대가가 깎였다는 반대 주장도 있으나 상계는 결제 방법이라는 점에서 받아들여지기 어렵다고 볼 수 있습니다.

반대로 공급가액에서 빼는 것은 에누리입니다. 에누리는 품질, 수량, 인도조건, 결제방법 등 공급 조건에 따라 통상의 대가에서 직접 깎아 주는 금액입니다. 지체상금은 공급 조건에 따른 가격 조정이라기보다 이행 지체에 대한 배상 약정이어서 에누리로 보기 어렵습니다.

예를 들어 공사대금 10억원에 지체상금 5천만원을 상계하고 9억 5천만원만 받았다고 하겠습니다. 시공사의 공급가액은 10억원, 부가가치세는 1억원입니다. 발주자도 10억원에 대한 세금계산서를 받아 매입세액 1억원을 공제받습니다.

공사대금을 실제로 감액하기로 하면 다른가요?

네, 하자나 미시공을 이유로 공사 범위나 단가를 줄여 공사대금 자체를 감액했다면 공급가액이 줄어듭니다. 이 경우 증감 사유가 생긴 날을 작성일로 하여 차감 금액을 표시한 수정세금계산서를 발급합니다. 시공사의 매출세액과 발주자의 매입세액이 함께 줄어듭니다.

따라서 같은 금액을 덜 받더라도 합의서 문언이 결과를 가릅니다. 「지체상금 ○○원을 공사대금과 상계한다」는 합의라면 공급가액은 그대로입니다. 「미시공 부분 ○○원을 공사대금에서 감액한다」는 합의라면 공급가액이 줄어듭니다.

세무조사에서는 합의서 제목보다 감액 사유의 실질을 봅니다. 감액이라고 썼더라도 산정 방식이 지체 일수에 지체상금률을 곱한 것이라면 지체상금으로 볼 가능성이 큽니다. 감액이라면 미시공 물량과 단가를 근거로 계산한 자료가 있어야 합니다.

지체상금을 받은 발주자는 세금을 내나요?

지체상금은 재화나 용역의 공급 대가가 아니어서 부가가치세 대상은 아니라고 볼 수 있습니다. 발주자가 법인이면 받은 지체상금은 법인세 익금이 됩니다. 쟁점은 어느 사업연도에 익금으로 잡느냐입니다.

조세심판원은 발전설비 공사의 지체상금 범위를 두고 다툼이 있어 중재로 확정된 사안을 판단했습니다. 계약상 지급기일이 아니라 중재판정일이 속하는 사업연도에 권리·의무가 확정됐다고 보았습니다. 금액에 다툼이 있으면 확정 시점이 늦춰질 수 있다는 뜻입니다.

반면 다툼 없이 계약 조건대로 지체상금이 확정됐다면 지급기일 기준으로 익금이 될 수 있습니다. 협상 경과와 청구·이의 문서를 남겨 두어야 귀속시기 판단에 쓸 수 있습니다.

발주자가 사업과 무관한 개인이면 지체상금은 소득세법상 위약금·배상금으로 기타소득이 될 수 있습니다. 시행령은 본래 계약의 지급 자체에 대한 손해를 넘는 배상을 기타소득으로 봅니다. 이 경우 지급하는 시공사가 원천징수를 해야 하는지가 문제 됩니다. 소득세법은 계약금이 위약금으로 대체되는 경우만 원천징수에서 뺍니다. 공사대금과 상계한 지체상금은 이 예외에 들지 않습니다. 법원은 추가공사비와 상계해 지체상금을 현금으로 주지 않은 사안에서도 상계한 때 원천징수의무가 생긴다고 보았습니다.

지체상금을 받지 않고 면제해 주면 문제가 되나요?

특별한 이유 없이 지체상금을 포기하면 세무서가 이를 기업업무추진비로 볼 수 있습니다. 법인세법이 예전에 접대비라고 부르던 항목입니다. 그러면 법인세법 제25조의 한도를 넘는 금액이 손금에서 빠집니다. 거래처와 관계를 위해 포기했다는 사정이 드러나면 이 판단에 가까워집니다. 다만 공사 지연에 정당한 사정이 있었다면 사정이 다릅니다.

조세심판원은 신축공사 지연에도 지체상금을 받지 않은 발주 법인에 대한 처분을 취소한 적이 있습니다. 공사기간 연장에 대한 묵시적 합의가 있었거나 발주자에게 지연 책임이 있었다고 보는 것이 거래 실질에 맞다는 이유였습니다. 실제 착공일을 감리 기록으로 다시 계산한 점도 판단에 들어갔습니다.

따라서 지체상금을 청구하지 않기로 했다면 그 이유를 문서로 남겨야 합니다. 설계 변경, 발주자 측 자재 공급 지연, 공기 연장 합의가 대표적인 자료입니다.

지체상금 상계 세무 대응 순서

• 성격 정리 - 덜 받은 금액이 지체상금 상계인지 공사대금 감액인지 정합니다.
• 세금계산서 확인 - 상계라면 원래 공사대금 전액으로 발급했는지 확인합니다.
• 감액 근거 확보 - 감액이라면 미시공 물량과 단가 자료로 수정세금계산서를 발급합니다.
• 귀속시기 판단 - 발주자는 지체상금 금액 확정 시점을 문서로 정리합니다.
• 면제 사유 기록 - 지체상금을 받지 않으면 공기 연장 사유를 남깁니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합의서 문언과 감액 산정 방식, 지체상금의 확정 경위에 따라 부가가치세와 법인세 처리가 달라집니다. 법무법인 윤성은 공사대금 정산과 지체상금을 둘러싼 부가가치세·법인세 쟁점 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 지체상금만큼 세금계산서 금액을 줄여 발급하면 어떻게 되나요?
  지체상금 상계인데 공사대금을 줄여 발급하면 공급가액이 사실과 다르게 적힌 세금계산서가 됩니다. 시공사에는 과소신고, 발주자에게는 매입세액 문제가 생길 수 있습니다.
• 지체상금 대신 추가 공사를 무상으로 해 주면 과세되나요?
  대가 없이 용역을 공급하는 것은 원칙적으로 공급으로 보지 않습니다. 다만 그 추가 공사가 지체상금 채무를 갚는 대가라면 실질상 유상 공급으로 볼 여지가 있습니다.
• 시공사가 낸 지체상금은 비용으로 처리할 수 있나요?
  지체상금은 공사대금을 줄이는 것이 아니므로 시공사 장부에서는 공사대금 매출과 별도로 처리해야 합니다. 법인세 비용 인정 여부는 지연 경위와 계약 내용에 따라 따로 판단합니다.
• 지체상금 다툼이 소송으로 가면 부가가치세 신고는 어떻게 하나요?
  공사대금 자체는 원래 공급시기에 전액 신고합니다. 지체상금 다툼은 공급가액과 별개이므로 판결을 기다려 신고를 미루지 않습니다. 판결로 공사대금 자체가 바뀌면 그때 수정합니다.
• 하자보수 비용을 공사대금에서 빼기로 하면 공급가액이 줄어드나요?
  하자 때문에 공사대금 자체를 감액하기로 합의했다면 공급가액이 줄고 수정세금계산서를 발급합니다. 하자보수비를 손해배상으로 따로 정산하면 공급가액은 그대로입니다.
• 발주자가 지체상금을 포기하면 무조건 기업업무추진비가 되나요?
  아니요, 조세심판원은 공기 연장 합의나 발주자 귀책이 인정되는 사안에서 기업업무추진비(당시 접대비) 처분을 취소했습니다. 포기 이유를 보여 주는 자료가 있는지가 핵심입니다.

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