세금

시행령이 정한 서류를 안 냈다고 법인세 면제를 거부당했다면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 법률이 정한 면제 요건을 갖췄다면 서류를 내지 않았다는 이유만으로 한 면제 거부는 다툴 수 있습니다. 대법원은 시행령이 요구한 농업경영체 등록확인서 제출을 협력의무로 보았습니다. 서류를 못 냈다고 면제를 미리 포기할 필요는 없습니다. 다만 법률이 신청 절차 자체를 특례의 조건으로 정했다면 결론이 달라집니다.

네, 법률이 정한 면제 요건을 갖췄다면 서류를 내지 않았다는 이유만으로 한 면제 거부는 다툴 수 있습니다. 대법원은 시행령이 요구한 농업경영체 등록확인서 제출을 협력의무로 보았습니다. 서류를 못 냈다고 면제를 미리 포기할 필요는 없습니다. 다만 법률이 신청 절차 자체를 특례의 조건으로 정했다면 결론이 달라집니다.

감면 서류를 안 냈다고 세금 면제를 거부할 수 있나요?

법률이 면제 대상만 정하고 서류는 신청 절차로 둔 사안에서 대법원은 거부할 수 없다고 보았습니다. 사안의 원고는 2015·2016 사업연도 법인세를 신고하면서 식량작물재배업소득 면제를 신청한 영농조합법인이었습니다. 세무서는 시행령이 정한 농업경영체 등록확인서를 내지 않았다며 면제하지 않고 2018. 3. 20. 법인세를 경정·고지했습니다. 원심은 이 처분을 적법하다고 보았습니다.

대법원은 2023. 3. 30. 원심을 파기하고 사건을 수원고등법원으로 돌려보냈습니다. 당시 조세특례제한법 제66조 제1항은 면제 대상을 영농조합법인으로만 정했고 등록을 요건으로 두지 않았습니다. 확인서 제출은 법인이 영농조합법인 요건을 갖췄는지 확인하려는 절차로 보았습니다. 이를 면제 요건으로 읽으면 신청 절차만 맡긴 법률의 위임 범위를 벗어난다고도 했습니다.

이 판결은 2018. 12. 24. 개정되기 전 조세특례제한법이 적용된 사안입니다. 대법원은 원심판결을 파기해 다시 심리·판단하도록 했을 뿐, 세액까지 정하지는 않았습니다.

예전에도 신청서 없이 감면을 인정한 판결이 있나요?

있습니다. 대법원은 1997년 8년 자경농지 사건에서 이렇게 보았습니다. 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라는 것입니다. 기한 안에 세액면제신청서를 내지 않았더라도 요건에 해당하면 양도소득세를 면제해야 한다는 판단이었습니다. 이 결론은 「양도세 신고 때 자경농지 감면신청을 빠뜨렸다면 경정청구로 돌려받을 수 있나요?」에서 자세히 다루었습니다.

2003년에는 공공사업 시행자에게 토지를 양도한 사안이 있었습니다. 구 조세감면규제법은 사업시행자가 감면신청을 하도록 정했는데, 신청서가 제출되지 않았습니다. 대법원은 이 규정도 필요한 서류를 내게 하는 협력의무에 불과하다고 보았습니다. 두 판결 모두 원심을 파기하고 감면요건 해당 여부를 심리하라고 환송했습니다.

세 판결은 법률이 감면 대상을 정하고 신청은 절차로만 정한 구조였다는 점이 같습니다. 서류 누락만으로 감면을 거부당했다면 이 구조인지부터 확인할 수 있습니다.

신청을 빠뜨리면 특례를 못 받는 경우도 있나요?

있습니다. 대법원은 2026. 3. 12. 벤처기업 주식매수선택권 과세특례 사건에서 납세자의 상고를 기각했습니다. 그 법률은 임직원이 신청한 경우에 행사 시 소득세를 과세하지 않을 수 있다고 정했습니다. 대법원은 시행령이 정한 기한 내 절차 이행을 필수적 요건으로 보았습니다. 특례 여부에 따라 회사의 법인세도 함께 달라진다는 점을 이유로 들었습니다.

그래서 다툴 때는 법률 문언이 신청을 특례의 조건으로 삼았는지, 신청 시점이 다른 사람의 세금과 연결되는지를 봅니다. 이 사건 내용은 「벤처 스톡옵션 특례신청을 행사 전에 못 했다면 나중에 경정청구로 받을 수 있나요?」에서 설명했습니다.

영농조합법인 면제도 지금은 구조가 바뀌었습니다. 현행 조세특례제한법 제66조 제1항은 농어업경영정보를 등록한 영농조합법인만 면제 대상으로 정합니다. 2024. 1. 1. 시행 개정 부칙은 2023. 12. 31.이 속하는 과세연도 소득까지 종전 규정을 따르게 했습니다. 등록은 했는데 확인서만 빠졌다면 협력의무 논리를 쓸 수 있다고 볼 수 있습니다. 다만 이 경우를 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다.

서류 없이 면제를 다투면 요건은 무엇으로 보여 주나요?

면제 요건이 된 사실 자체를 다른 자료로 보여 주면 됩니다. 2019두55972 판결은 확인서 제출을 면제 요건으로 본 원심의 전제를 법리오해로 보았습니다. 앞의 두 판결도 감면요건에 해당하는지 심리하라며 사건을 돌려보냈습니다. 그래서 불복 단계에서 다툴 대상은 요건 사실입니다.

영농조합법인이라면 설립등기부로 법인 성립을, 장부로 식량작물재배업소득과 그 밖의 소득을 나눠 보여 줍니다. 식량작물재배업 외 작물재배업 소득은 조합원 1명당 6억원 기준식으로 면제 한도를 계산합니다. 작물재배업 외 소득은 조합원 1명당 1,200만원 기준입니다. 2024년 이후 과세연도라면 농어업경영정보 등록 내역도 함께 냅니다.

면제를 받으려면 과세표준신고와 함께 세액면제신청서와 면제세액계산서도 내도록 되어 있습니다. 납부할 법인세가 없는 경우에는 이 서류를 내지 않아도 됩니다.

감면 서류 미제출 면제 거부 대응 순서

• 규정 구조 확인 - 면제 조항이 대상과 요건을 어떻게 정하는지, 서류는 신청 절차 조항에만 있는지 먼저 나눕니다.
• 요건 자료 확보 - 설립등기부, 소득 구분 장부, 등록 내역 등 요건 사실을 보여 줄 자료를 모읍니다.
• 심판청구 - 면제를 거부한 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 청구합니다.
• 경정청구 - 신고 때 면제를 빠뜨리고 냈다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 청구하고, 2개월 안에 답이 없으면 불복합니다.
• 행정소송 - 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 법원에 소를 제기합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 법률이 신청을 감면 조건으로 정했는지와 요건 자료가 있는지에 따라 다툴 실익이 달라집니다. 법무법인 윤성은 감면·면제 거부처분에 대한 조세심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 빠뜨린 서류를 심판청구 단계에서 내도 되나요?
  낼 수 있다고 볼 수 있습니다. 대법원은 확인서 미제출만으로 면제를 거부할 수 없다고 보고 원심판결을 파기환송했습니다. 불복 단계에서 면제 요건을 보여 줄 자료를 함께 내 두는 편이 좋습니다.
• 납부할 법인세가 없어도 면제신청서를 내야 하나요?
  내지 않아도 됩니다. 시행령은 영농조합법인이 과세표준신고와 함께 세액면제신청서 등을 내도록 정합니다. 다만 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다고 정합니다.
• 영농조합법인 법인세 면제는 언제까지 적용되나요?
  현행법상 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지입니다. 식량작물재배업소득 전액과 그 밖의 소득 중 시행령이 정한 범위의 금액이 면제 대상입니다. 그 뒤 기한이 연장되는지는 개정 법률을 다시 확인해야 합니다.
• 2023 사업연도분에도 등록 요건이 적용되나요?
  적용되지 않습니다. 2024. 1. 1. 시행된 개정 법률 부칙이 종전 규정을 따르도록 했습니다. 대상은 2023. 12. 31.이 속하는 과세연도의 소득입니다. 그 과세연도까지는 등록을 면제 요건으로 보지 않는 종전 문언이 적용됩니다.
• 세무서가 증액 고지한 세금도 경정청구로 다툴 수 있나요?
  다툴 수 있습니다. 결정이나 경정으로 늘어난 세액은 처분이 있음을 안 날부터 3개월 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 법정신고기한이 지난 후 5년 안이어야 하고, 납부고지를 받은 날부터 90일 안의 심판청구도 함께 검토합니다.
• 심판청구를 거치지 않고 바로 소송할 수 있나요?
  원칙적으로 할 수 없습니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 제기할 수 있습니다. 소송은 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 냅니다.

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