취득세·보유세

재건축 일반분양분 토지 취득세, 이미 산 땅만큼 빼고 내도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

재건축조합 일반분양분 토지 중 어느 땅이 쓰였는지 구분할 수 없으면 제3자에게서 사서 취득세를 낸 토지 면적부터 빼고 계산해야 한다는 것이 대법원 2010두1804 판결입니다. 현행법 적용과 무상양여 토지, 경정청구 기한을 정리했습니다.

네, 일반분양분 토지 중 어느 땅이 쓰였는지 구분할 수 없다면 조합이 제3자에게서 사서 이미 취득세를 낸 토지 면적부터 빼고 계산해야 합니다. 대법원은 매입 토지가 일반분양분에 우선 쓰인 것으로 보아야 하고, 면적 비율로 나누는 방식은 틀렸다고 보았습니다. 조합원 신탁 토지와 매입 토지 비율로 안분한 세액을 그대로 받아들일 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A재건축조합은 조합원 신탁 토지에 더해 사업부지 안의 땅 몇 필지를 제3자에게서 사들이며 취득세를 냈습니다. 2024. 5. 소유권이전 고시 뒤 일반분양분 토지 전체 면적을 과세표준으로 취득세를 신고·납부했습니다. 그런데 2026. 7. 결산 감사에서 매입 토지 부분은 두 번 낸 것 아니냐는 지적이 나왔습니다. 구청은 매입 토지를 전체 대지 면적 비율로만 빼 주겠다고 했습니다. 조합장은 매입 토지 면적 전부를 뺄 수 있는지, 경정청구가 아직 가능한지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 어떻게 판단했나요?

부산의 한 주공아파트 재건축조합은 조합원 신탁 토지와 제3자에게서 산 24,187.8㎡로 아파트 2,947세대와 상가를 지었습니다. 매입 때 취득세를 냈는데, 일반분양분 대지권등기 뒤 담당 공무원 안내에 따라 일반분양분 토지 30,773.68㎡에 대해 2007. 1. 다시 취득세를 냈습니다. 원심은 매입 토지 부분만 이중납부로 보되, 그 면적을 대지 전체 대비 매입 토지 비율로 안분해 약 6,360.9㎡로 계산했습니다.

대법원은 원심을 파기했습니다. 실지귀속을 구분할 수 없다면 “특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지 중 제3자로부터 매입한 토지가 차지하는 면적은 주택조합 등이 제3자로부터 매입한 토지의 면적으로 우선하여 산정하여야 할 것이다.”라고 했습니다. 그래서 매입 토지 24,187.8㎡ 전부가 일반분양분에 먼저 들어간 것으로 보아야 한다고 판단했습니다.

왜 매입 토지가 먼저 일반분양분에 쓰인 것으로 보나요?

조합원 신탁 토지는 사업이 끝나면 우선 조합원에게 돌아가도록 법이 정하고 있기 때문입니다. 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산은 조합원이 취득한 것으로 보고, 조합원에게 귀속되지 않는 비조합원용 부동산만 조합의 취득이 됩니다. 대법원은 조합이 제3자에게서 땅을 더 사는 이유도 조합원 몫이 부족할 때 채우기 위한 것이라고 보았습니다. 또 세금 면에서 더 불리한 쪽을 택했다고 의제하는 것은 합리적이지 않다고 했습니다.

지금 법에서도 이 계산이 적용되나요?

적용될 수 있습니다. 판결 사안은 비조합원용 신탁 토지가 비과세였던 2008년 개정 전 법이 적용됐습니다. 현행법은 비조합원용 부동산을 조합의 취득으로 과세하지만, 매입 토지는 이미 과세됐으므로 비조합원용 면적에서 어떻게 빼느냐는 문제가 그대로 남습니다. 2017. 2. 8. 개정 전 지방세법 시기 사업을 다룬 하급심은 이 판결을 인용해, 조합원 신탁 토지는 먼저 조합원용, 다음으로 비과세인 정비기반시설 부지에 쓰였다고 보았습니다. 다만 감면받은 무상양여 토지 면적은 빼 주지 않았고, 이 사건은 대법원 2024. 2. 8. 선고 2023두58435 판결(심리불속행 기각)로 확정됐습니다. 이미 세금을 낸 토지인지가 공제의 기준이라는 뜻입니다.

경정청구 기한이 지났다면 돌려받을 길이 없나요?

좁지만 길은 있습니다. 판결 사안의 조합은 2007. 1. 신고·납부 뒤 불복하지 않다가 2008. 4. 수정신고와 환급을 청구했고 반려당했습니다. 원심은 매입 토지 부분 신고를, 이미 취득세를 냈는데 잘못된 행정지도로 다시 신고한 이중납세로서 하자가 중대·명백해 당연무효라고 보고 부당이득 반환을 인정했습니다. 대법원은 이 전제를 바꾸지 않고 면적 계산만 바로잡았습니다. 원심은 신탁 토지 부분은 당시 법 해석에 다툼의 여지가 있었다며 당연무효로 보지 않았습니다. 당연무효 주장은 요건이 엄격하므로, 기한 안에 경정청구하는 것이 원칙입니다.

재건축조합 비조합원용 토지 취득세 대응 순서

• 토지 출처 정리 - 사업부지를 조합원 신탁, 제3자 매입, 무상양여, 국공유지로 나누어 면적표를 만듭니다.
• 귀속 용도 정리 - 조합원용, 일반분양용, 정비기반시설·기부채납 부지 면적을 이전고시 기준으로 확인합니다.
• 기납부 세액 대조 - 매입 토지 취득 때 낸 취득세와 감면받은 토지를 구분합니다.
• 과세면적 재계산 - 일반분양용 면적에서 이미 과세된 매입 토지 면적을 먼저 빼고 세액을 다시 계산합니다.
• 경정청구 - 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 하고, 거부되면 불복 기한을 관리합니다.

과세표준에 들어가는 비용 범위는 「재건축조합 취득세에 분양광고비와 조합운영비도 포함되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 토지별 실지귀속을 구분할 수 있는지, 매입 토지에 실제로 취득세를 냈는지에 따라 돌려받을 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 정비사업 조합의 취득세 경정청구와 지방세 불복, 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재건축조합이 일반분양분 토지 취득세를 내는 이유는 무엇인가요?
  조합원용 조합주택용 부동산은 조합원이 취득한 것으로 보지만, 조합원에게 귀속되지 않는 비조합원용 부동산은 그 예외에서 빠집니다. 그래서 일반분양분 토지는 조합이 취득한 것으로 과세됩니다.
• 비조합원용 토지의 취득일은 언제인가요?
  재건축조합이 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 않는 토지는 소유권이전 고시일의 다음 날 취득한 것으로 봅니다. 주택조합은 사용검사를 받은 날입니다.
• 어느 토지가 일반분양분에 쓰였는지 구분할 수 있으면 어떻게 하나요?
  실지귀속을 구분할 수 있다면 그에 따르는 것이 원칙입니다. 매입 토지 우선 산정은 여러 토지가 하나의 사업부지로 쓰여 실지귀속을 구분할 수 없을 때 적용되는 기준입니다.
• 취득세를 감면받은 무상양여 토지도 빼 주나요?
  하급심은 감면받은 무상양여 토지 면적은 일반분양분 과세면적에서 빼지 않았습니다. 이미 취득세를 낸 경우가 아니어서 이중과세가 아니라는 이유였고, 이 판단은 상고기각으로 확정됐습니다.
• 이미 낸 일반분양분 취득세는 언제까지 경정청구할 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 과세관청의 결정이나 경정이 있었다면 그 사실을 안 날부터 90일 안이되, 법정신고기한부터 5년을 넘을 수 없습니다.
• 경정청구에 대한 답이 없으면 어떻게 하나요?
  청구를 받은 날부터 2개월 안에 통지가 없으면 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청이나 심판청구를 할 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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