체납·징수

세목을 잘못 잡은 원천징수 고지가 취소되면 다시 고지할 시효가 남아 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

원천징수분 소득세 고지가 취소된 뒤 같은 소득에 법인세로 다시 고지하면, 앞의 고지와 소송은 법인세 징수권 시효를 중단하지 못합니다. 대법원 2017두36908 판결로 세목과 시효 중단, 제척기간이 적용되지 않는 이유, 현행 시효 계산을 정리했습니다.

남아 있지 않을 수 있습니다. 처음 고지가 다른 세목이었다면 새 세목의 징수권 시효는 그 고지로 중단되지 않고 계속 흘러 왔기 때문입니다. 대법원은 원천징수분 소득세 고지와 원천징수분 법인세 징수권은 같은 권리가 아니어서, 앞의 고지·소송·납부가 뒤의 시효를 멈추지 않는다고 보았습니다. 앞선 소송이 길었다는 이유만으로 다시 고지된 세금을 그대로 받아들일 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 2019. 3. 해외 투자기구에 국내 비상장주식 양도대금을 지급하면서 조세조약상 면제라고 보아 원천징수를 하지 않았습니다. 세무서는 2021년 투자기구 뒤의 투자자들이 실제 소득자라며 원천징수분 소득세를 고지했고, A사가 소송에서 이겨 그 처분은 취소되었습니다. 그러자 세무서는 2026. 8. 투자기구를 외국법인으로 보아 같은 소득에 원천징수분 법인세를 다시 고지했습니다. A사 담당자는 앞선 소송 동안 시효가 멈춘 것인지, 이번 고지를 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 세목을 바꾼 재고지를 어떻게 판단했나요?

소멸시효가 이미 완성되어 위법하다고 본 원심을 유지했습니다. 원고는 2005. 4. 외국 회사에서 은행 주식을 사면서 조세조약을 근거로 양도차익에 대한 원천징수를 하지 않았습니다. 세무서는 2006년 원천징수분 소득세를 고지했다가 소송에서 세목을 법인세로 바꾸려 했으나 허용되지 않았고, 처분은 취소되었습니다. 세무서는 2015. 4. 원천징수분 법인세 약 1,816억원을 다시 고지했습니다.

대법원은 법인세 징수권의 시효가 법정납부기한 다음 날인 2005. 5. 11.부터 진행해 5년이 지났다고 본 원심 판단이 옳다고 했습니다. 실제 소득자가 누구인지 판단이 어려웠다는 사정만으로 기산일을 늦출 수 없다고 본 것입니다. 원고가 시효 완성을 주장하는 것이 신의칙에 반한다는 주장도 받아들이지 않았습니다.

앞선 고지와 소송은 왜 시효를 멈추지 못했나요?

세목이 달라 같은 징수권이 아니기 때문입니다. 판결은 세목이 징수처분에서도 납세의무의 단위를 구분하는 본질적 요소라는 원심 판단을 그대로 받아들였습니다. 그래서 소득세 고지는 법인세 징수권의 시효를 중단하는 납부고지가 아니고, 소득세 처분 소송에 세무서가 응소한 것도 법인세 징수권을 행사한 것이 아니라고 보았습니다.

원고가 소득세 고지에 따라 세금을 낸 것도 법인세 채무를 승인한 것으로 보지 않았습니다. 처분이 취소된 뒤 다시 처분하는 구조에서는 처음 처분이 무엇을 근거로 했는지가 시효 계산의 출발점입니다. 과세전적부심사 중 시효 문제는 「과세전적부심사 결정이 늦어지는 동안에도 국세징수권 소멸시효는 흐르나요?」에서 자세히 설명했습니다.

원천징수 세금에는 왜 10년 제척기간이 적용되지 않나요?

원천징수분 세금은 부과처분 없이 법률에 따라 자동으로 확정되기 때문입니다. 대법원은 원천징수분 법인세 납부의무는 과세관청의 부과권 행사 없이 확정되므로 부과권의 제척기간이 적용될 여지가 없다고 했습니다. 그래서 판결 등에 따라 제척기간을 늘려 주는 특례 규정도 이 징수처분에는 적용되지 않았습니다.

현행 법령에서도 원천징수하는 소득세와 법인세는 납세의무가 성립하는 때 특별한 절차 없이 확정됩니다. 따라서 원천징수의무자에게는 제척기간이 아니라 징수권 소멸시효가 문제 됩니다. 원천징수와 귀속자 소득세 제척기간의 관계는 「대표 상여처분 뒤 소득세 제척기간이 끝나면 회사 원천세도 없어지나요?」에서 자세히 설명했습니다.

지금 시효 기간은 어떻게 계산하나요?

현행법은 가산세를 뺀 국세가 5억원 이상이면 10년, 그 밖에는 5년입니다. 판결 당시 사건에는 5년이 적용되었습니다. 고지하지 않은 원천징수세액은 이 판결처럼 법정납부기한 다음 날부터 시효가 진행한다고 볼 수 있습니다. 이미 납부고지한 원천징수세액은 그 고지에 따른 납부기한 다음 날부터 진행합니다.

시효는 납부고지, 독촉, 교부청구, 압류로 중단됩니다. 다만 그 고지가 같은 세목의 같은 징수권에 대한 것이어야 하므로, 고지서의 세목과 귀속 연도를 먼저 대조해야 합니다. 시효가 완성된 뒤의 징수처분은 위법하므로, 이미 낸 세금이 있다면 환급 청구도 함께 검토합니다.

원천징수 재고지 대응 순서

• 고지서 대조 - 앞뒤 고지서의 세목, 소득 귀속자, 납부기한을 표로 나란히 정리합니다.
• 기산일 확정 - 지급일과 원천징수 법정납부기한을 확인해 시효 기산일을 계산합니다.
• 중단 사유 점검 - 같은 세목의 고지, 독촉, 압류가 있었는지 확인합니다.
• 금액 기준 확인 - 가산세를 뺀 본세가 5억원 이상인지로 5년, 10년을 가립니다.
• 불복 제기 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 시효 완성을 주장해 불복합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 앞뒤 처분의 세목과 소득 귀속자, 원천징수 법정납부기한과 중단 사유 유무에 따라 시효 완성 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 원천징수 의무자의 징수처분 불복과 국제거래 원천징수 분쟁을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무서가 소송 중에 세목을 소득세에서 법인세로 바꿀 수 있나요?
  허용되지 않습니다. 세목은 징수처분에서도 납세의무를 구분하는 본질적 요소여서, 다른 세목으로 처분사유를 바꾸면 처분의 동일성이 유지되지 않는다는 것이 대법원 판단입니다.
• 앞선 고지대로 세금을 냈으면 새 세목 채무를 인정한 것인가요?
  아닙니다. 대법원은 소득세 고지에 따라 세금을 낸 것이 동일성이 없는 법인세 징수권의 시효를 중단시키는 채무 승인이 아니라고 본 원심을 유지했습니다.
• 원천징수 세금의 소멸시효는 5년인가요 10년인가요?
  가산세를 뺀 국세가 5억원 이상이면 10년, 그 밖에는 5년입니다. 시효는 국세징수권을 행사할 수 있는 때부터 진행하므로 기산일을 함께 확인합니다.
• 실제 소득자가 누구인지 다툼이 있으면 시효가 늦게 시작하나요?
  그 사정만으로는 늦어지지 않습니다. 대법원은 실질귀속자 판단이 어렵다는 이유로 기산일을 선행 소송 확정일로 미룰 수 없다고 본 원심을 유지했습니다.
• 어떤 행위가 있으면 국세 소멸시효가 중단되나요?
  납부고지, 독촉, 교부청구, 압류가 있으면 중단됩니다. 중단된 시효는 고지한 납부기간이나 압류해제까지의 기간 등이 지난 때부터 새로 진행합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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