불복·환급

조세심판원 재조사결정 후 세무서가 오히려 세금을 늘렸다면 적법한가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

아니요, 재조사결정에 따른 후속 처분이 당초 처분보다 불리하면 초과 부분은 위법합니다. 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙이 재조사결정 후속 처분에도 적용된다는 것이 대법원 판례입니다. 지금은 당초 고지서와 후속 처분 고지서의 연도별 세액을 나란히 놓고 늘어난 부분을 확인하십시오.

늘어난 고지세액을 일단 모두 납부하지 않았다고 불복을 못 하는 것은 아닙니다. 다만 납부하지 않으면 가산세가 붙으므로 납부 여부는 따로 판단합니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 2024년 세무서로부터 매출누락이 있다며 2020년부터 2023년까지 4년치 종합소득세를 추가로 부과받았습니다. 조세심판원에 심판청구를 했고, 2025년 5월 「장부를 믿기 어려우니 소득금액을 추계로 다시 계산해 경정하라」는 결정을 받았습니다. 세무서는 앞의 3년치는 줄여 주었지만 2023년 귀속분은 당초 고지한 2,000만원에서 900만원을 더해 2,900만원으로 올렸습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

심판원 결정에 따라 다시 계산했는데 세금이 늘면 적법한가요?

아니요. 재조사결정에 따른 후속 처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리하면, 당초 처분의 세액을 넘는 부분은 위법합니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」은 조세심판관회의가 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 정합니다.

대법원 2016. 9. 28. 선고 2016두39382 판결은 재조사결정이 처분청의 재조사 결과를 기다려 후속 처분의 내용을 심판 결정의 일부로 삼는 변형결정이므로, 후속 처분이 당초 처분보다 불리하면 이 원칙에 위배된다고 보았습니다. 이 판결에서 대법원은 증액된 종합소득세 중 당초 처분 세액을 넘는 부분을 취소했습니다. 사례라면 2023년 귀속분 2,900만원 중 당초 고지액 2,000만원을 넘는 900만원 부분이 위법합니다.

여기서 비교 기준은 연도별·세목별 당초 처분입니다. 다른 연도에서 세금이 줄었다고 해서 늘어난 연도의 증액이 정당해지지 않습니다.

추계로 다시 계산하라는 결정도 재조사결정인가요?

네. 과세표준과 세액을 산정할 구체적 기준을 제시하지 않은 채 추계로 다시 계산해 경정하라고 한 결정은 재조사결정에 해당합니다. 원안 당시에는 재조사결정이 실무상 유형이었지만, 현행 국세기본법은 사실관계 확인 등 추가 조사가 필요하면 처분청이 재조사해 그 결과에 따라 취소·경정하도록 하는 재조사 결정을 명문으로 두고 있습니다.

재조사 결정이 나면 처분청은 결정일부터 60일 안에 결정서 주문에 적힌 범위에 한정해 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 해야 합니다. 주문 범위를 넘어 새 과세자료를 찾아 증액하는 것도 문제 삼을 수 있습니다. 재조사 결정은 대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결이 변형결정의 성격을 밝힌 뒤 법률에 반영됐습니다.

늘어난 후속 처분은 어디에, 언제까지 다투나요?

재조사 결정을 한 조세심판원에 다시 심판청구를 할 수 있습니다. 원칙적으로 심판청구에 대한 처분에는 다시 불복할 수 없지만, 재조사 결정에 따른 처분청의 처분은 예외로 두었습니다. 기한은 후속 처분 통지를 받은 날부터 90일입니다.

재조사 후속 처분을 두고 곧바로 행정소송을 내는 방법도 있지만, 재결청에 다시 청구하면 불이익변경금지 위반을 비교적 간단히 바로잡을 수 있습니다. 어느 쪽이든 당초 고지서, 심판 결정서, 후속 처분 고지서의 연도별 세액을 표로 맞춰 두면 초과 부분이 분명해집니다.

재조사결정 후속 처분 대응 순서

• 결정 유형 확인 - 심판 결정서 주문이 구체적 경정기준 없이 재조사를 명한 것인지 봅니다. 재조사결정이면 불이익변경금지가 적용됩니다.
• 연도별 세액 대조 - 당초 처분과 후속 처분의 세액을 연도·세목별로 비교합니다. 당초보다 늘어난 부분이 다툼 대상입니다.
• 조사 범위 점검 - 재조사가 결정서 주문 범위 안에서 이뤄졌는지 봅니다. 범위를 넘은 조사 결과는 따로 다툽니다.
• 재심판청구 제기 - 후속 처분 통지일부터 90일 안에 조세심판원에 청구합니다. 초과 세액 취소를 구합니다.
• 납부·가산세 판단 - 다투는 동안 납부할지 정합니다. 취소되면 환급가산금과 함께 돌려받습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 심판 결정이 구체적 경정기준을 제시한 경정결정이라면 재조사결정과 다투는 방식이 달라지므로 결정서 주문을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합소득세 부과처분 취소 등 조세 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재조사결정이 무엇인가요?
  사실관계 확인 등 추가 조사가 필요할 때 처분청이 재조사해 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 결정입니다. 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서가 정하고, 심판청구에도 준용됩니다. 결정 자체보다 처분청의 후속 처분으로 내용이 채워진다는 점이 특징입니다.
• 후속 처분으로 세금이 늘면 어떻게 되나요?
  당초 처분 세액을 넘는 부분은 위법합니다. 대법원 2016. 9. 28. 선고 2016두39382 판결은 재조사결정의 후속 처분이 당초 처분보다 불리하면 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배된다고 보았습니다. 늘어난 부분의 취소를 구하면 됩니다.
• 다른 해 세금이 줄었으면 상쇄되나요?
  상쇄되지 않습니다. 불이익 여부는 연도별·세목별 처분마다 따로 비교합니다. 앞의 3년치가 줄었더라도 마지막 해가 당초보다 늘었다면 그 해의 증액분은 위법합니다. 고지서도 귀속연도별로 따로 나오므로 연도별로 대조합니다.
• 후속 처분에 다시 심판청구를 할 수 있나요?
  할 수 있습니다. 심판청구에 대한 처분에는 원칙적으로 다시 불복할 수 없지만, 재조사 결정에 따른 처분청의 처분은 예외로 그 재조사 결정을 한 재결청에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 처분 통지를 받은 날부터 90일 안에 청구합니다.
• 재조사는 언제까지 해야 하나요?
  처분청은 재조사 결정일부터 60일 안에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정해 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 해야 합니다. 조사 연기나 기간 연장이 있을 수 있으므로 통지서를 확인합니다. 주문 범위를 넘은 조사도 다툴 수 있습니다.
• 재조사 후 세무서가 아무것도 안 바꿀 수도 있나요?
  있습니다. 재조사 결과 청구인의 주장과 확인된 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 처분청이 당초 처분을 취소·경정하지 않을 수 있습니다. 이 경우에도 그 처분에 대해 재결청에 다시 청구할 수 있습니다.

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