행정처분 대응

수용된 사업용 건물 보상금에 다시 지을 때 낼 부가세도 넣어 주나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

부가가치세 과세사업자가 보상금으로 수용된 건물을 다시 짓는다면, 건축비에 붙는 부가세는 매입세액으로 공제받으므로 원칙적으로 보상금에 넣을 수 없습니다. 대법원 2015두2963 판결로 지장물 보상 산정과 잔여 건축물 재결 절차, 법원 감정 채택 기준을 정리했습니다.

원칙적으로 넣어 주지 않습니다. 과세사업자가 자기 사업에 쓸 건물을 다시 지으면 건축비의 부가세는 매입세액으로 공제나 환급을 받기 때문입니다. 대법원은 이런 경우 부가세 상당액은 실질적으로 소유자가 부담하지 않는다고 보았습니다. 다만 면세사업자이거나 사업에 쓰지 않는 건물이라면 결론이 달라질 수 있습니다. 보상금 산정에서 부가세 몫을 따로 다툴지보다 감정평가의 건축비와 내구연한이 맞는지를 먼저 보아야 합니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 골프장을 운영하는데 2025. 9. 택지개발사업으로 골프장 부지 일부가 수용되었습니다. 경비실과 장비창고 등 시설 여러 동이 지장물로 수용재결을 받았고, 남은 클럽하우스도 동선이 끊겨 쓰기 어려워졌습니다. A사는 이의재결을 거쳐 2026. 3. 보상금 증액 소송을 냈고, 법원 감정 결과는 재결 때보다 두 배 넘게 높게 나왔습니다. 그런데 사업시행자는 감정액에 부가세가 들어 있다며 다투고 있습니다. A사 대표는 부가세를 빼야 하는지, 남은 클럽하우스 손실도 이 소송에서 함께 받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 어떻게 판단했나요?

대법원은 골프장 회사의 부가세 상당액 보상 청구를 받아들일 수 없다고 보았습니다. 사안에서 한국토지주택공사는 골프장 부지를 수용하면서 경비실, 장비창고 등 골프장 시설을 지장물로 보상했습니다. 원심은 법원 감정인이 건축비에 부가세를 포함해 산정한 금액을 그대로 받아들였습니다.

대법원은 골프장 회사가 대체 시설을 새로 짓는 것은 자기 사업을 위해 재화나 용역을 공급받는 경우라고 보았습니다. 그래서 그 부가세는 공제나 환급 대상이고 회사가 종국적으로 부담하는 비용이 아니라고 했습니다. 판결요지는 “다른 특별한 사정이 없는 한 피수용자가 사업시행자에게 위 부가가치세 상당을 손실보상으로 구할 수는 없다.”라고 밝혔습니다. 이 부분 원심판결은 파기되어 환송되었습니다. 현행 부가가치세법 제38조 제1항 제1호도 같은 내용이어서 지금도 같은 기준이 적용됩니다.

법원 감정액이 재결보다 훨씬 높으면 그대로 받아들여지나요?

그렇지 않을 수 있습니다. 대법원은 재결 감정과 법원 감정 중 어느 것을 택할지는 원칙적으로 법원의 재량이지만, 개별요인 비교에 오류가 있거나 논리와 경험칙에 반하는 감정을 택하면 재량을 벗어난다고 했습니다.

사안의 법원 감정인은 단층 경비실 신축비를 1㎡당 387만 원과 721만 원으로 잡았습니다. 존치기간이 이미 끝난 철파이프 가설 창고의 내구연한도 40년으로 보았습니다. 그 결과 감정액이 재결 때보다 평균 2배, 많게는 15배 높았는데 그 이유 설명이 없었습니다. 대법원은 충분히 심리하지 않고 이 감정을 채택한 것은 위법하다고 보았습니다. 그러므로 증액 소송에서는 높게 나온 감정액을 지킬 근거 자료도 함께 준비해야 합니다. 비슷한 구조 건물의 실제 공사비 내역이나 시설 설계도서가 그런 자료가 됩니다. 보상금 증액 소송의 기한과 피고는 「지방토지수용위원회 수용 보상금이 너무 낮으면 어떻게 불복하나요?」에서 자세히 설명했습니다.

남은 건물 손실도 같은 소송에서 받을 수 있나요?

받을 수 없습니다. 잔여 건축물의 가격 감소나 그 밖의 손실은 따로 재결절차를 거친 다음에야 소송으로 다툴 수 있습니다. 대법원은 수용대상 건축물에 대해 재결을 거쳤더라도 잔여 건축물 손실에 대해 재결을 거치지 않았다면 마찬가지라고 했습니다.

사안에서도 골프장 회사는 남은 시설을 대체하는 비용을 이 소송에서 함께 구했지만 받아들여지지 않았습니다. 재결 대상에 들어 있지 않았던 중장비 차고 부분의 소도 부적법하다고 보았습니다. 따라서 남은 건물에 손실이 생겼다면 사업시행자와 협의하고, 협의가 안 되면 재결을 거쳐야 합니다. 토지에 관한 같은 문제는 「수용되고 남은 땅값이 떨어졌는데 사업시행자에게 바로 손실보상 소송을 낼 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

사업용 건물 수용보상금 대응 순서

• 재결 대상 확인 - 재결서의 목록에 어떤 건물과 시설이 들어 있는지 대조합니다.
• 누락분 재결 신청 - 빠진 지장물이나 잔여 건축물 손실은 협의 후 재결을 따로 받습니다.
• 부가세 처리 정리 - 과세사업자인지, 대체 시설을 사업에 쓰는지에 따라 부가세 포함 여부를 정합니다.
• 감정평가 검토 - 건축비 단가, 내구연한, 가설건축물 존치기간이 근거와 맞는지 확인합니다.
• 기한 안 불복 - 이의신청 30일, 소송 90일(이의재결 뒤 60일)을 지킵니다.

여기까지는 일반 기준이고, 소유자의 과세사업자 여부와 대체 시설의 사업 사용 여부, 재결을 거친 대상의 범위에 따라 받을 수 있는 보상금이 달라집니다. 법무법인 윤성은 지장물·잔여 건축물 손실보상 재결 신청과 이의신청, 보상금 증액 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세사업자도 보상금에서 부가세 몫이 빠지나요?
  빠지지 않을 수 있습니다. 대법원이 부가세를 뺀 이유는 매입세액 공제나 환급을 받기 때문입니다. 면세사업자처럼 매입세액을 공제받지 못하면 부가세를 실제로 부담하므로, 그 사실을 입증해 보상에 포함하라고 다툴 여지가 있습니다.
• 살던 집이 수용되면 건축비 부가세도 보상받나요?
  사업에 쓰지 않는 주거용 건물이라면 매입세액 공제 대상이 아니어서 이 판결의 원칙이 그대로 적용되지 않습니다. 다만 주거용 건축물은 원가법과 거래사례비교법 중 큰 금액으로 평가하는 등 평가 방법이 달라 감정서 산출 근거를 함께 보아야 합니다.
• 재결 목록에서 빠진 창고는 어떻게 보상받나요?
  사업시행자와 협의하고, 협의가 안 되면 그 창고에 대해 따로 재결을 받아야 합니다. 대법원은 재결 대상이 아니었던 지장물에 대해 곧바로 낸 소송은 부적법하다고 보았습니다.
• 존치기간이 끝난 가설건축물도 보상받나요?
  보상 대상이 될 수 있지만 평가에서 남은 내구연한이 문제 됩니다. 대법원은 존치기간이 지난 철파이프 가설 창고의 내구연한을 40년으로 본 감정을 받아들인 것이 잘못이라고 보았습니다.
• 잔여 건축물은 언제까지 손실보상을 청구할 수 있나요?
  사업완료일부터 1년이 지나기 전까지입니다. 잔여 건축물 손실보상에는 잔여지 손실보상의 청구기간 규정이 준용되므로, 사업이 끝나기를 기다리지 말고 협의와 재결 신청을 서두르는 것이 좋습니다.
• 남은 건물을 아예 사 가라고 할 수 있나요?
  남은 건물을 종래 목적대로 쓰기가 현저히 곤란하면 사업시행자에게 매수를 청구할 수 있습니다. 매수 협의가 안 되면 사업인정 뒤에는 사업완료일까지 토지수용위원회에 수용을 청구할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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