규제·허가 기준

가축분뇨 처리방법 변경허가, 방류수 수질기준만 맞추면 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

아니요, 수질기준과 설치기준을 충족해도 시장·군수는 주변 환경 영향을 이유로 변경허가를 거부할 수 있습니다. 대법원 2021두35681 판결로 재량 판단의 범위, 신청인이 증명할 것, 불허가 뒤 대응 순서를 정리했습니다.

아니요, 수질기준을 맞춰도 시장·군수는 주변 환경 영향을 이유로 처리방법 변경허가를 거부할 수 있습니다. 대법원은 이 변경허가를 재량행위로 보고, 환경오염 우려에 관한 행정청의 판단을 폭넓게 존중해야 한다고 했습니다. 다만 그 판단이 현저히 불합리하거나 비례원칙에 뚜렷이 어긋나면 위법합니다. 불허가를 받았다고 곧바로 처리시설 공사를 멈추거나 축사를 정리할 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 20년 넘게 돼지 약 3,000두를 키우며 분뇨를 공공처리시설 위탁과 액비 살포로 나누어 처리해 왔습니다. 액비 냄새 민원이 계속되자 A씨는 2026. 3. 축사 안에 정화시설을 지어 직접 정화한 뒤 방류하겠다며 처리방법 변경허가를 신청했습니다. 2026. 5. 군수는 공공처리시설 이용 정책에 맞지 않고 하천 수질에 영향이 있다며 불허가했습니다. 업체 설계로는 법정 방류수 수질기준을 충분히 지킬 수 있다는 A씨는, 기준을 맞추는데도 거부할 수 있는지, 소송에서 무엇을 입증해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

처리방법을 바꿀 때 왜 변경허가가 필요한가요?

허가받은 처리방법을 바꾸는 것은 법령이 정한 중요 사항 변경이기 때문입니다. 일정 규모 이상의 배출시설은 시장·군수·구청장의 설치허가를 받아야 하고, 허가받은 자가 처리시설의 처리방법을 바꾸려면 변경허가를 받아야 합니다. 이 판결이 적용한 구 시행규칙 조항도 현행 시행규칙 제5조 제1항 제4호와 같은 내용입니다.

허가 없이 바꾼 배출시설은 사용할 수 없습니다. 그래서 정화시설을 먼저 지어 놓고 나중에 허가를 받으려는 방식은 위험합니다. 바꾸려는 내용이 변경신고로 충분한 사항인지도 먼저 따져 보아야 합니다. 허가권자는 방류수 수질기준 이하로 처리할 수 있는지, 배출량 예측이 정확한지, 관계 법령상 입지가 제한되는지 등을 검토합니다.

대법원은 어떻게 판단했나요?

대법원은 불허가처분이 위법하다고 본 원심을 파기했습니다. 돼지 약 9,900두를 키우는 축산농가가 공공처리시설 위탁과 액비 살포를 함께 쓰다가, 자체 정화시설에서 정화해 방류하는 방법으로 바꾸겠다고 신청한 사안입니다. 1심은 처분이 적법하다고 했고, 원심은 액비 악취가 줄고 수질기준도 지킬 수 있다며 재량권 남용으로 보았습니다.

대법원은 설치기준과 수질기준을 충족해도 반드시 허가해야 하는 것은 아니라고 했습니다. 공공처리시설 방류 기준이 자체 정화시설 기준보다 엄격하고, 축사가 수질 목표에 미달한 수계 상류에 있으며, 농가에 무단 증축과 불법 배출 전력이 있다는 점을 들었습니다. 또 “처분이 재량권을 일탈ㆍ남용하였다는 사정은 처분의 효력을 다투는 자가 주장ㆍ증명하여야 한다.”라고 판시했습니다.

불허가를 다툴 때 무엇을 입증해야 하나요?

행정청의 환경오염 우려 판단이 현저히 합리성을 잃었다는 구체적 사정을 신청인이 입증해야 합니다. 일반적인 전문가 의견이나 다른 지역의 허가 사례만으로는 부족하다는 것이 이 판결의 태도입니다.

그러니 자기 축사를 기준으로 한 자료가 필요합니다. 방류 지점과 하류 수계의 실제 수질, 변경 전후 오염 부하량 비교, 정화시설의 처리 효율 시험 결과, 악취 측정치가 대표적입니다. 반대로 과거 위반 전력이 있으면 수질기준을 지킬 의지가 의심받을 수 있어, 이후 개선 조치 자료를 함께 내야 합니다. 축산 시설 허가를 환경 우려로 다툰 다른 예는 「닭 축사 건축허가가 악취·소음 우려로 반려됐는데 다툴 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

불허가를 받은 뒤 다시 신청할 수 있나요?

네, 불허가 사유를 해소한 계획으로 다시 변경허가를 신청할 수 있습니다. 불허가처분은 그 신청에 대한 판단이어서, 내용이 달라진 새 신청은 다시 검토 대상이 됩니다. 허가권자는 재신청 때도 방류수 수질기준 이하 처리 가능성, 배출량 예측의 정확성, 입지 제한, 악취방지계획을 봅니다.

실무에서는 소송보다 재신청이 빠른 경우가 많습니다. 사유가 하류 수질이면 처리 효율을 높인 설비나 방류량 축소 계획을, 정책 부합성이면 공공처리시설 위탁 일부 유지 같은 절충안을 낼 수 있습니다. 다만 같은 내용을 되풀이하면 같은 결론이 나오기 쉽고, 처음 처분의 불복 기한은 따로 흘러가니 함께 관리해야 합니다.

가축분뇨 처리방법 변경 불허가 대응 순서

• 처분 사유 정리 - 불허가 통지서의 사유를 정책, 수질, 악취, 위반 전력으로 나눕니다.
• 현장 자료 확보 - 방류 수계 수질, 배출량, 정화시설 처리 효율을 측정·분석합니다.
• 보완 재신청 검토 - 처리 효율을 높이거나 방류 경로를 바꾸는 등 사유를 해소한 계획으로 다시 신청할지 따집니다.
• 90일 안에 불복 - 처분을 안 날부터 90일 안에 행정심판이나 취소소송을 제기합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 축사의 입지와 방류 수계의 수질, 과거 위반 전력에 따라 다툴 여지가 달라집니다. 법무법인 윤성은 가축분뇨 배출시설 허가와 축산 관련 행정처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 처리방법 말고 다른 사항을 바꿀 때도 변경허가가 필요한가요?
  배출량이 누계 50% 이상 늘거나, 소재지를 옮기거나, 악취저감 사항을 바꾸는 경우 등도 변경허가 대상입니다. 그 밖의 사항은 변경신고로 됩니다.
• 변경허가 전에 정화시설을 먼저 써도 되나요?
  안 됩니다. 허가나 변경허가 없이 설치되거나 변경된 배출시설은 사용할 수 없습니다. 허가를 받은 뒤 사용해야 합니다.
• 공공처리시설과 자체 정화시설의 방류수 기준이 다른가요?
  다를 수 있습니다. 판결 사안에서는 공공처리시설에 적용되는 기준이 개인 정화시설 기준보다 엄격했고, 대법원은 이를 불허가 판단의 근거로 인정했습니다.
• 지자체가 법령보다 엄격한 방류수 기준을 정할 수 있나요?
  시·도지사 등은 환경기준 유지가 곤란하다고 인정되면 조례로 법정 방류수수질기준보다 엄격한 기준을 정할 수 있습니다. 해당 지역 조례를 함께 확인해야 합니다.
• 다른 군에서는 같은 변경을 허가해 줬는데 평등원칙 위반 아닌가요?
  그것만으로는 어렵습니다. 대법원은 인근 지역 허가 사례가 처리시설의 입지와 주변 환경이 달라 비교 대상이 되기 어렵다고 보았습니다.
• 과거 분뇨 무단 배출로 처벌받은 전력도 고려되나요?
  고려될 수 있습니다. 대법원은 무단 증축과 불법 배출로 처벌받은 전력을 수질기준을 지킬 의지를 의심할 사정으로 들었습니다. 이후 개선 노력 자료를 함께 내는 것이 좋습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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