세금

세금계산서 착오 기재를 세무조사 통지 뒤에 고치면 인정되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

아니요, 세무조사 통지를 받은 뒤 발급한 착오 정정 수정세금계산서는 원칙적으로 인정되지 않습니다. 세무서가 경정할 것을 미리 안 상태에서 고친 것으로 보기 때문입니다. 다만 매입자는 착오이고 나머지 기재로 거래사실이 확인된다는 점을 들어 공제를 주장할 수 있습니다.

아니요, 세무조사 통지를 받은 뒤 발급한 착오 정정 수정세금계산서는 원칙적으로 인정되지 않습니다. 세무서가 경정할 것을 미리 안 상태에서 고친 것으로 보기 때문입니다. 다만 매입자는 착오이고 나머지 기재로 거래사실이 확인된다는 점을 들어 공제를 주장할 수 있습니다.

착오 정정은 원래 언제까지 할 수 있나요?

필요적 기재사항이 착오로 잘못 적힌 경우의 수정세금계산서에는 기간 제한이 따로 없습니다. 처음 세금계산서를 음의 표시로 취소하고, 바른 내용의 세금계산서를 다시 발급하는 방식입니다. 몇 년 전 거래라도 착오가 분명하면 고칠 수 있습니다.

착오가 아닌 사유로 잘못 적은 경우에는 기간이 있습니다. 공급일이 속한 과세기간의 확정신고기한 다음 날부터 1년 안에 고쳐야 합니다. 예를 들어 2026년 제1기 거래라면 확정신고기한 2026. 7. 25. 다음 날부터 1년, 곧 2027. 7. 25.까지입니다.

두 경우 모두 공통된 제한이 있습니다. 세무서가 과세표준이나 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 이 방식의 수정발급을 할 수 없습니다. 이 제한이 바로 조사 통지 뒤 정정 문제입니다.

「경정할 것을 미리 안 경우」는 언제부터인가요?

시행령은 네 가지를 듭니다. 첫째는 세무조사의 통지를 받은 경우입니다. 둘째는 세무공무원이 과세자료 수집이나 민원 처리를 위해 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우입니다. 셋째는 세무서장에게서 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우이고, 넷째는 그 밖에 이와 유사한 경우입니다.

실무에서 놓치기 쉬운 것은 해명안내 통지입니다. 정식 세무조사가 아니어도 거래처 자료와 신고 내용이 맞지 않는다는 안내를 받으면 그때부터 착오 정정 수정발급이 막힙니다. 거래처가 먼저 조사를 받고 있다는 사실만으로는 해당하지 않지만, 우리 회사에 확인 요청이 오면 상황이 달라집니다.

「그 밖에 유사한 경우」는 범위가 넓어 다툼이 생깁니다. 세무서의 서면 질의나 자료 제출 요구가 여기에 해당하는지는 그 요구의 내용과 대상 거래를 보고 판단해야 합니다. 특정 거래처나 특정 기간을 지목한 요구라면 그 범위의 거래는 정정이 막힌다고 보고 대응하는 편이 안전합니다.

조사 통지 뒤에는 어떻게 대응해야 하나요?

수정세금계산서 대신 공제 요건과 가산세 요건으로 다툽니다. 매입자는 필요적 기재사항 일부가 착오로 틀렸지만 나머지 기재로 거래사실이 확인된다고 주장할 수 있습니다. 이 요건을 갖추면 처음 세금계산서로 공제를 받습니다. 공급자도 같은 사정이면 1퍼센트 가산세 대상에서 빠집니다.

조사 전에 이미 수정세금계산서를 받아 둔 경우는 사정이 다릅니다. 조세심판원 2026. 6. 12. 조심 2026서1050 결정은 범칙조사에서 가공거래로 3퍼센트 가산세를 부과한 사안을 다뤘습니다. 심판원은 착오로 정정·재발급한 거래의 당초 세금계산서에까지 가산세를 매긴 부분은 잘못이라고 보았습니다. 당초분과 수정분은 하나의 거래로 볼 수 있고, 둘 다 가산세 대상으로 보면 수정발급 제도의 취지에 맞지 않는다는 이유였습니다.

이 결정은 조사 전에 당초 세금계산서를 당일 취소하고 곧바로 다시 발급한 사안입니다. 같은 결정에서 계약해제를 이유로 한 수정세금계산서 주장은 받아들여지지 않았습니다. 조사 통지 뒤의 수정발급까지 같은 결론이 나온다고 보기는 어렵습니다.

착오와 착오 아닌 오류는 어떻게 구분하나요?

착오는 의도하지 않은 기재 실수를 말합니다. 등록번호 오타, 숫자 자릿수 실수, 전산 오류로 다른 거래처가 선택된 경우가 대표적입니다. 같은 오류가 한 번 생겼고 다른 자료와 대조하면 바로 드러나는 경우가 많습니다.

착오가 아닌 오류는 당시 판단이 틀린 경우입니다. 공급받는 자를 계열사로 정했다가 실제 공급받은 회사로 바꾸는 경우나, 거래 구조를 다시 정리한 경우가 여기에 가깝습니다. 이 경우는 1년 기한 안에서만 고칠 수 있습니다. 오류가 착오인지에 따라 기간이 달라지므로 경위 자료가 중요합니다.

같은 실수가 여러 거래에서 반복되었다면 착오로 인정받기 어려워집니다. 반대로 한두 건의 오류를 발견 즉시 고쳤다면 착오였다는 사정이 자연스럽게 드러납니다. 오류를 발견한 날짜와 경위를 메일이나 내부 기록으로 남겨 두면, 나중에 세무서가 착오 여부를 다툴 때 결정적인 자료가 됩니다.

공급받는 자를 나중에 다시 고르는 것은 착오로 보지 않는 흐름입니다. 조세심판원 2021. 1. 25. 조심 2020서2143 결정이 그런 사안입니다. 수입회사가 리스회사를 공급받는 자로 적어 발급한 뒤, 차량을 쓰는 판매법인으로 바꿔 수정발급했습니다. 심판원은 발급 뒤 변심이나 요청으로 공급받는 자를 다시 고르는 것은 착오 정정이 아니라고 보았습니다. 그래서 바뀐 매입자의 경정청구를 거부한 처분이 유지되었습니다. 법원도 같은 흐름입니다. 부산고등법원 2023. 12. 13. 선고 2023누21112 판결(확정)은 실제 공급한 상대방을 사실대로 적기로 선택한 결과라면 착오로 볼 수 없다고 했습니다.

착오 기재 정정 대응 순서

• 통지 여부 확인 - 세무조사 통지, 현지 확인, 해명안내 통지를 받았는지 날짜와 함께 정리합니다.
• 오류 성격 판단 - 단순 착오인지, 당시 판단을 바꾸는 것인지 경위 자료로 구분합니다.
• 통지 전 수정발급 - 통지 전이면 즉시 음의 수정세금계산서와 바른 세금계산서를 함께 발급합니다.
• 통지 후 공제 주장 - 통지 뒤라면 거래명세서와 대금 기록으로 거래사실 확인 요건을 주장합니다.
• 가산세 중복 점검 - 경정 결과 당초분과 수정분에 가산세가 이중으로 매겨졌는지 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 통지를 받은 시점과 오류가 착오인지에 따라 수정발급의 효력과 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 정정과 가산세를 둘러싼 세무조사 대응과 조세심판·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 거래처가 조사를 받는 중이면 우리 회사도 수정발급이 막히나요?
  시행령은 사업자 본인이 조사 통지나 해명안내 통지를 받은 경우 등을 정하고 있습니다. 거래처의 조사만으로 바로 해당한다고 보기는 어렵지만, 우리 회사에 확인 요청이 오면 유사한 경우로 볼 여지가 생깁니다.
• 세무서 전화로 거래 내용을 물어 온 것도 해당하나요?
  「그 밖에 유사한 경우」에 해당하는지는 요청의 내용과 대상 거래로 판단합니다. 특정 거래를 지목해 확인을 요청했다면 경정을 미리 안 것으로 볼 위험이 있으므로 그 전에 정정해 두는 편이 안전합니다.
• 조사 통지 뒤 발급한 수정세금계산서는 아무 효력이 없나요?
  착오 정정 방식의 수정세금계산서로서는 인정되지 않을 수 있습니다. 다만 그 자료가 거래사실을 보여 주는 증빙으로 쓰일 수는 있으므로 버리지 말고 보관하십시오.
• 계약 해제나 공급가액 변동도 통지 뒤에는 못 고치나요?
  계약 해제, 공급가액 증감, 환입은 착오 정정과 다른 사유입니다. 사유가 생긴 날을 작성일로 수정세금계산서를 발급하며, 착오 정정과 같은 통지 전 제한은 문언상 없습니다.
• 세율을 잘못 적용한 경우도 통지 전에만 고칠 수 있나요?
  네, 세율을 잘못 적용한 경우의 수정발급도 세무서가 경정할 것을 미리 안 경우에는 할 수 없습니다. 영세율과 10퍼센트를 바꿔 적은 경우가 대표적입니다.
• 수정세금계산서를 발급하면 수정신고도 해야 하나요?
  작성일을 처음 세금계산서 작성일로 하는 착오 정정이라면 처음 과세기간의 신고 내용이 바뀝니다. 그 과세기간에 대한 수정신고나 경정청구를 함께 검토해야 합니다.

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