양도소득세

감면받은 신축 아파트 외에 집이 두 채면 일시적 2주택 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 조세특례제한법상 소유주택으로 보지 않는 감면주택이 있다면 그 주택을 빼고 남은 두 채로 판단하므로, 옛집을 처분기한 안에 팔면 일시적 2주택 비과세를 받을 수 있습니다. 제99조의2 신축주택 감면처럼 감면 조문 자체가 1세대1주택 판단에서 그 주택을 소유주택으로 보지 않는다고 정하기 때문입니다. 지금은 내 감면주택이 어느 조문의 감면인지와 날인받은 계약서가 있는지부터 확인하십시오.

감면주택을 먼저 팔거나 명의를 옮길 필요는 없습니다. 감면 요건을 갖춘 주택이면 그대로 둔 채 나머지 두 채만으로 일시적 2주택 여부를 따집니다.

이런 상담이 많습니다

D씨 부부는 2013년 가을 미분양 신축 아파트를 분양받으면서 시청에서 감면 대상임을 확인하는 날인을 받았고, 지금은 이 아파트를 전세로 주고 있습니다. 2018년에 산 다른 아파트에서 가족이 계속 살았고, 2024년 봄 학교 문제로 새 아파트를 샀습니다. 살던 아파트를 팔려고 하니 집이 세 채라 비과세가 어렵다는 말을 들었습니다. 2013년 아파트가 감면 요건을 갖춘 주택이라면 주택 수에서 빼고 살던 아파트의 일시적 2주택 비과세를 검토할 수 있습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

감면주택이 있으면 왜 주택 수에서 빠지나요?

조세특례제한법의 일부 감면 규정은 1세대1주택 비과세를 판단할 때 감면 대상 주택을 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는다고 직접 정하고 있기 때문입니다. 감면주택을 사면 다른 집의 비과세가 사라지는 불이익을 막으려는 취지입니다.

예를 들어 2013. 4. 1.부터 2013. 12. 31.까지 최초로 매매계약을 해 취득한 신축주택 등을 감면하는 제99조의2는 제2항에서, 2009년부터 2010년 사이 취득한 서울특별시 밖 미분양주택을 감면하는 제98조의3은 제3항에서 같은 문구를 둡니다. 이 문구가 있는 감면주택은 소득세법 제89조 제1항 제3호의 1세대1주택 판단에서 빠집니다.

감면 규정마다 주택 수 제외 문구가 있는지, 있다면 어느 범위까지인지가 다르므로 내가 받은 감면이 어느 조문인지부터 확인해야 합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」에 따른 내용입니다.

어떤 감면주택이 주택 수에서 빠지나요?

감면주택이 주택 수에서 빠지려면 그 주택이 감면 규정의 요건을 실제로 갖추고 있어야 합니다. 제99조의2 감면주택이라면 2013년 과세특례 취득기간 안에 최초로 매매계약을 해 취득했고, 취득가액 6억원 이하이거나 연면적 85제곱미터 이하인 주택이어야 합니다.

• 취득 시기 - 감면 조문이 정한 기간 안에 최초 매매계약·취득
• 가액·면적 - 제99조의2는 취득가액 6억원 이하 또는 연면적(공동주택은 전용면적) 85제곱미터 이하
• 확인 서류 - 시장·군수·구청장의 확인 날인을 받은 매매계약서 사본

날인을 받은 매매계약서가 없으면 감면주택임을 입증하기 어렵습니다. 분양 당시 받은 계약서 원본을 찾아 보고, 분실했다면 사업주체나 관할 관청에 확인 기록이 남아 있는지 알아봐야 합니다.

감면주택을 빼고 나면 일시적 2주택 요건은 어떻게 보나요?

감면주택을 빼고 남은 옛집과 새집 두 채가 일반적인 일시적 2주택 요건을 갖추면 옛집은 비과세됩니다. 옛집을 산 날부터 1년 이상 지난 뒤 새집을 샀고, 새집을 산 날부터 처분기한 안에 옛집을 판다면 1세대1주택으로 봅니다.

옛집 자체도 1세대1주택 요건을 갖춰야 합니다. 보유기간이 2년 이상이어야 하고, 취득 당시 조정대상지역이었다면 보유기간 중 2년 이상 거주했어야 합니다. 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분에 해당하는 양도차익에는 세금이 계산됩니다.

감면주택이 있을 때 주의할 점은 무엇인가요?

감면주택은 1세대1주택 비과세 판단에서만 주택 수에서 빠질 뿐, 모든 세금에서 없는 집으로 취급되는 것은 아닙니다. 감면주택 자체를 팔 때는 감면 조문에 따라 세금이 계산되고, 감면받은 세액에는 농어촌특별세가 따로 붙을 수 있습니다.

옛집을 판 뒤 새집과 감면주택만 남으면 새집도 나중에 1세대1주택 요건을 갖춰 팔 때 감면주택을 빼고 비과세를 검토할 수 있습니다. 다만 감면 조문 가운데에는 주택 수 제외 문구가 없는 것도 있으므로, 감면을 받았다는 사실만으로 주택 수에서 빠진다고 단정해서는 안 됩니다.

감면주택 보유 일시적 2주택 대응 순서

• 감면 조문 확인 - 분양계약서와 날인 기록으로 감면주택이 조세특례제한법 어느 조문에 해당하는지 확인합니다. 그 조문에 소유주택으로 보지 않는다는 문구가 있는지 봅니다.
• 두 채 일정 계산 - 옛집과 새집의 취득일, 소재지를 표로 만들어 1년 요건과 처분기한을 계산합니다. 조정대상지역 여부도 새집 취득일 기준으로 확인합니다.
• 양도와 예정신고 - 처분기한 안에 옛집을 팔고 2개월 안에 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서를 냅니다. 감면주택 매매계약서 사본을 함께 보관합니다.
• 해명 안내 대응 - 세무서가 3주택으로 보고 해명자료를 요구하면 날인받은 매매계약서와 등기사항증명서로 감면주택임을 설명합니다.
• 과세된 경우 - 과세예고통지는 30일 안에 과세전적부심사, 고지는 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이미 세금을 냈다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구가 가능합니다(이의신청은 선택 절차입니다).

여기까지는 일반 기준이고, 감면주택의 취득 경위나 날인 서류가 불분명하면 분양계약서와 등기 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 감면주택이 얽힌 양도소득세 비과세 판단과 경정청구, 조세심판 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감면주택은 모든 세금에서 주택 수에서 빠지나요?
  아니요. 제99조의2 등은 소득세법 제89조 제1항 제3호, 즉 1세대1주택 비과세를 판단할 때 소유주택으로 보지 않는다고 정합니다. 다른 세목이나 다른 규정의 주택 수 판단은 각 법령을 따로 확인해야 합니다.
• 감면 날인 계약서를 잃어버렸으면 어떻게 하나요?
  과세특례를 적용받으려면 시장·군수·구청장의 확인 날인을 받은 매매계약서 사본을 내도록 되어 있습니다. 원본을 잃어버렸다면 사업주체나 관할 관청에 확인 기록이 있는지 먼저 알아보고, 대체 입증 방법은 사안별로 검토해야 합니다.
• 감면주택을 먼저 팔면 비과세되나요?
  감면주택을 먼저 팔면 그 양도는 감면 조문에 따라 세액이 감면되거나 일정 기간 소득이 공제되는 방식으로 계산되며, 1세대1주택 비과세와는 별개입니다. 옛집 비과세를 함께 받으려면 매도 순서와 처분기한을 미리 맞춰 보아야 합니다.
• 감면주택이 오피스텔이어도 빠지나요?
  제99조의2 감면 대상에는 일정 요건의 오피스텔도 포함될 수 있지만, 실제로 주택으로 쓰는지와 감면 요건 충족 여부를 함께 봐야 합니다. 분양 당시 감면 대상 확인 날인을 받았는지부터 확인해 주십시오.
• 옛집을 판 뒤 새집도 나중에 비과세되나요?
  옛집을 판 뒤 새집과 감면주택만 남으면, 새집을 팔 때도 감면주택을 소유주택으로 보지 않으므로 새집이 보유·거주 요건을 갖추면 1세대1주택 비과세를 검토할 수 있습니다. 다만 그 사이 다른 주택을 더 취득하면 다시 계산해야 합니다.
• 새집을 산 지 3년이 지나서 옛집을 팔면요?
  처분기한이 지나면 감면주택을 빼더라도 옛집과 새집 두 채를 가진 상태에서 판 것이 되어 일시적 2주택 비과세를 받을 수 없습니다. 조정대상지역 새집을 2026. 8. 4. 이후 취득했다면 기한이 2년일 수 있으니 먼저 확인하십시오.
• 3주택으로 보고 세금이 고지되면 어떻게 하나요?
  고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해 감면주택이 소유주택에서 제외된다는 점을 다툴 수 있습니다. 고지 전 과세예고통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 청구하는 것이 먼저입니다.

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