세금

종합과세되는 금융소득이 있으면 사업 결손금은 어떻게 공제하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

사업 결손금은 금융소득 중 기본세율이 적용되는 부분에서만 뺄 수 있고, 원천징수세율이 적용되는 부분에서는 빼지 못합니다. 기본세율 부분에서 얼마를 뺄지는 사업자가 정할 수 있습니다. 다 쓰지 않은 결손금은 이월해 15년 동안 다른 소득에서 공제할 수 있으므로, 무조건 이번 해에 모두 쓸 필요는 없습니다.

사업 결손금은 금융소득 중 기본세율이 적용되는 부분에서만 뺄 수 있고, 원천징수세율이 적용되는 부분에서는 빼지 못합니다. 기본세율 부분에서 얼마를 뺄지는 사업자가 정할 수 있습니다. 다 쓰지 않은 결손금은 이월해 15년 동안 다른 소득에서 공제할 수 있으므로, 무조건 이번 해에 모두 쓸 필요는 없습니다.

사업 결손금은 어떤 순서로 다른 소득에서 빠지나요?

장부로 계산한 사업소득에서 결손금이 나면 그해 다른 종합소득에서 순서대로 뺍니다. 순서는 근로소득, 연금소득, 기타소득, 이자소득, 배당소득입니다. 금융소득은 가장 마지막에 공제 대상이 됩니다.

근로소득이나 연금소득이 충분하면 결손금은 그 단계에서 모두 소진됩니다. 이 경우 금융소득과의 관계는 따로 따질 필요가 없습니다. 금융소득과의 관계가 문제 되는 것은 다른 소득이 적고 이자·배당이 많은 경우입니다. 은퇴 후 사업을 시작했거나, 사업 첫해 적자가 크게 난 대주주가 대표적입니다.

그해 결손금과 이월결손금이 함께 있으면 그해 결손금부터 먼저 뺍니다. 이월결손금은 먼저 발생한 해의 것부터 차례로 공제합니다. 부동산임대업 결손금은 이 순서에 들어가지 않고 임대소득에서만 공제한다는 점은 따로 기억해야 합니다.

금융소득 중 어느 부분에서만 결손금을 뺄 수 있나요?

금융소득 종합과세 때 이자·배당 중 원천징수세율을 적용받는 부분은 결손금 공제 대상에서 빠집니다. 이자·배당 합계가 2천만원을 넘으면 기준금액 2천만원에는 14% 세율이 적용됩니다. 넘는 부분에는 다른 소득과 합쳐 기본세율이 적용되는 구조입니다. 결손금은 기본세율을 적용받는 부분에서만 뺄 수 있습니다.

예를 들어 근로소득이 없고 사업 결손금이 3천만원, 원천징수된 이자·배당 합계가 7천만원이라고 보겠습니다. 기준금액 2천만원 부분은 결손금으로 줄일 수 없습니다. 기본세율이 적용되는 나머지 5천만원 범위에서 결손금 3천만원을 뺄지, 얼마를 뺄지를 사업자가 정합니다. 3천만원을 모두 빼면 기본세율이 적용되는 금융소득은 2천만원만 남습니다. 1천만원만 빼면 나머지 2천만원은 이월결손금으로 남깁니다.

비교과세 결과 원천징수세율로 계산한 세액이 더 커서 그 방식이 적용되는 경우도 같은 원리로 볼 수 있습니다. 원천징수세율로 계산되는 부분에서는 결손금을 빼지 못합니다. 출자공동사업자 배당처럼 따로 25%로 계산되는 소득이 있으면 계산이 더 복잡해지므로 두 방식을 모두 계산해 보아야 합니다.

결손금을 일부러 남겨 두는 편이 나을 때는 언제인가요?

금융소득에서 결손금을 빼도 세금이 거의 줄지 않는다면 이월하는 편이 나을 수 있습니다. 비교과세 구조 때문에 결손금을 빼도 산출세액이 크게 달라지지 않는 경우가 있습니다. 이때 결손금을 써 버리면 장래 사업소득을 줄일 기회를 잃습니다.

반대로 다음 해부터 사업이 흑자로 돌아서 높은 세율 구간에 들 것으로 보이면 결손금을 남겨 두는 편이 유리합니다. 이월결손금은 발생한 해의 종료일부터 15년 안에 끝나는 과세기간의 사업소득, 근로소득 등에서 순서대로 뺄 수 있습니다. 이월결손금은 사업소득에서 가장 먼저 빼므로 흑자 전환이 예상될수록 남겨 둘 실익이 커집니다.

법은 기본세율 부분에서의 공제 여부와 금액을 사업자가 정할 수 있게 했습니다. 그래서 신고 전에 이번 해 공제와 장래 공제의 세액 차이를 비교하는 것이 실익을 가르는 작업입니다.

중소기업을 경영하는 사업자라면 선택지가 하나 더 있습니다. 그해 다른 소득에서 빼고 남은 이월결손금으로 직전 과세기간 세액을 돌려받는 결손금 소급공제입니다. 환급 한도는 직전 과세기간 그 중소기업 사업소득에 부과된 종합소득 결정세액입니다. 확정신고기한까지 환급을 신청해야 합니다. 두 과세기간 모두 신고기한 안에 신고했어야 하고, 부동산임대업 결손금은 대상이 아닙니다. 나중에 경정으로 결손금이 줄면 환급세액과 이자상당액을 다시 징수합니다.

부동산임대업 결손금이나 추계 신고라면 어떻게 되나요?

상가 등 부동산임대업에서 생긴 결손금은 금융소득을 포함한 다른 소득에서 아예 뺄 수 없습니다. 주거용 건물 임대업의 결손금만 예외입니다. 이 부분은 「상가 임대업에서 난 결손금을 근로소득에서 뺄 수 있나요?」에서 자세히 다뤘습니다.

결손금은 장부에 의해 사업소득금액을 계산할 때만 생깁니다. 추계로 신고하면 결손금이 인정되지 않고, 그해에는 이월결손금도 공제받지 못합니다. 금융소득이 많아 결손금 활용이 중요한 사업자라면 장부 기장이 먼저입니다. 천재지변 같은 불가항력으로 장부가 없어진 경우만 예외로 이월결손금 공제가 허용됩니다.

금융소득과 사업 결손금 대응 순서

• 결손금 확정 - 장부로 사업소득을 계산해 그해 결손금과 이월결손금 잔액을 확인합니다.
• 금융소득 구분 - 이자·배당을 원천징수세율 적용 부분과 기본세율 적용 부분으로 나눕니다.
• 두 방식 계산 - 결손금을 금융소득에서 빼는 경우와 이월하는 경우의 세액을 각각 계산합니다.
• 공제 금액 결정 - 기본세율 부분 범위에서 공제할 금액을 정해 신고서에 반영합니다.
• 이월 관리 - 남긴 결손금을 15년 기한과 함께 표로 관리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 금융소득 규모와 비교과세 결과, 장래 사업소득 전망에 따라 결손금을 쓰는 방식이 달라집니다. 법무법인 윤성은 금융소득 종합과세와 사업 결손금이 함께 있는 납세자의 종합소득세 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이자·배당이 2천만원 이하이면 결손금을 뺄 수 있나요?
  원천징수로 분리과세가 끝나는 금융소득은 종합소득에 합산되지 않아 결손금을 뺄 대상이 아닙니다. 원천징수되지 않아 종합과세되는 경우는 따로 따져야 합니다.
• 결손금을 금융소득에서 얼마나 뺄지 꼭 정해야 하나요?
  기본세율이 적용되는 금융소득 부분에서는 사업자가 공제 여부와 금액을 정할 수 있습니다. 공제하지 않은 금액은 이월결손금으로 남겨 다음 해 이후 공제에 쓸 수 있습니다.
• 근로소득과 금융소득이 함께 있으면 어느 쪽에서 먼저 빼나요?
  결손금은 근로소득, 연금소득, 기타소득, 이자소득, 배당소득 순서로 뺍니다. 근로소득에서 먼저 소진되고 남는 결손금이 있을 때 금융소득으로 넘어갑니다.
• 이월결손금도 금융소득에서 같은 방식으로 빼나요?
  네, 이월결손금을 공제할 때도 원천징수세율 적용 부분은 제외하고 기본세율 적용 부분에서 공제 여부와 금액을 정합니다. 이월결손금은 사업소득부터 순서대로 뺍니다.
• 배당가산액도 결손금 공제 대상 금액에 들어가나요?
  배당가산액은 배당소득금액에 더해지는 금액이어서 기본세율 적용 부분 계산에 영향을 줄 수 있습니다. 실제 공제 가능 금액은 배당 종류별로 계산해 확인해야 합니다.
• 추계로 신고하면 사업 결손금을 금융소득에서 뺄 수 없나요?
  네, 결손금은 장부에 의해 사업소득을 계산할 때 생기므로 추계 신고에서는 인정되지 않습니다. 추계로 신고한 해에는 이월결손금도 공제받지 못합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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