세금

외국 모회사에 국내 자회사 주식을 싸게 넘기면 원천징수 기준은 무엇인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

특수관계 외국법인에게 국내 회사 주식을 정상가격보다 싸게 넘기면 정상가격 기준으로 원천징수합니다. 국내사업장이 없는 외국법인이 넘기는 경우입니다. 차액이 3억원 이상이거나 정상가격의 100분의 5 이상이면 적용됩니다. 실제 받은 대금이 적다고 원천징수 기준까지 낮아지는 것은 아닙니다.

특수관계 외국법인에게 국내 회사 주식을 정상가격보다 싸게 넘기면 정상가격 기준으로 원천징수합니다. 국내사업장이 없는 외국법인이 넘기는 경우입니다. 차액이 3억원 이상이거나 정상가격의 100분의 5 이상이면 적용됩니다. 실제 받은 대금이 적다고 원천징수 기준까지 낮아지는 것은 아닙니다.

정상가격 기준 원천징수는 어떤 거래에 적용되나요?

국내사업장이 없는 외국법인이 내국법인 주식을 양도하면 국내원천 유가증권양도소득이 생깁니다. 보통은 실제 받은 대금이 수입금액입니다. 그런데 특수관계 외국법인이나 비거주자와의 거래에서 가격이 정상가격보다 낮으면 정상가격을 수입금액으로 봅니다.

특수관계는 지분 기준으로 판단합니다. 한쪽이 다른 쪽 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 가진 관계가 첫째입니다. 제3자가 양쪽 의결권 있는 주식을 각각 100분의 50 이상 가진 관계가 둘째입니다. 외국 모회사와 외국 자회사, 같은 그룹 아래 형제 회사가 대표적입니다.

적용 요건은 차액 기준입니다. 정상가격과 거래가격의 차액이 3억원 이상이거나 정상가격의 100분의 5 이상이어야 합니다. 그룹 구조조정으로 장부가에 넘기는 거래가 자주 이 요건에 걸립니다.

국내 자회사의 가치가 오랜 기간 올랐다면 장부가와 정상가격의 차이가 커집니다. 그룹 내부 거래라 시장 가격을 확인할 필요가 없다고 보기 쉽지만 세법은 그렇게 보지 않습니다. 거래 전 평가가 사실상 필수인 이유입니다.

정상가격은 어떻게 정하나요?

정상가격은 국제조세조정에 관한 법률 제8조와 그 시행령의 정상가격 산출방법을 준용해 계산합니다. 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법, 거래순이익률방법, 이익분할방법이 기본입니다. 이 다섯 가지로 산출할 수 없을 때만 그 밖의 합리적 방법을 씁니다. 그룹 내부 평가보고서만으로는 충분하지 않을 수 있습니다.

그래도 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 보충 방법을 씁니다. 소득세법의 기준시가 규정과 상속세 및 증여세법의 비상장주식 평가 규정을 준용합니다. 따라서 비상장 주식이라도 처음부터 상증법 평가액을 쓰는 것이 아니라 이전가격 방법을 먼저 검토해야 합니다.

평가 기준일과 방법을 거래 전에 정해 두는 것이 중요합니다. 거래 후 세무조사에서 과세관청이 다른 방법으로 높은 가격을 제시하면 원천징수 부족액이 생기기 때문입니다. 부족액은 원천징수의무자인 매수인이 가산세와 함께 부담합니다. 매수인은 매도인과의 계약에 이 부담을 정산하는 조항을 넣어 두는 편이 좋습니다.

원천징수는 누가 하고 세액은 어떻게 계산하나요?

주식 대금을 지급하는 사람이 원천징수의무자입니다. 매수인이 외국 모회사처럼 국내에 사업장이 없어도 의무가 사라지지 않습니다. 이 경우 국세기본법에 따른 납세관리인을 정해 관할 세무서장에게 신고해야 합니다.

세액은 정상가격의 100분의 10이 원칙입니다. 취득가액과 양도비용이 확인되면 정상가격의 100분의 10과 양도차익의 100분의 20 중 적은 금액입니다. 이때 양도차익은 정상가격에서 취득가액 등을 빼서 계산합니다. 취득가액 증명자료는 원천징수하는 날까지 내야 확인된 것으로 봅니다.

증권회사를 통해 거래하면 증권회사가 원천징수합니다. 장외에서 그룹사끼리 직접 계약하는 거래라면 매수인이 원천징수 주체가 됩니다. 외국법인 주식 매수 일반의 원천징수 시점은 「외국법인이 보통주와 우선주를 한꺼번에 팔면 손실과 이익을 합칠 수 있나요?」 같은 개별 쟁점과도 연결됩니다.

매도인이 국내 회사이면 어떻게 달라지나요?

매도인이 내국법인이라면 이 조항이 아니라 국제거래 이전가격 규정이 적용됩니다. 국제조세조정에 관한 법률은 국제거래에 법인세법 제52조 부당행위계산 부인을 적용하지 않는다고 정합니다. 다만 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등은 예외입니다.

결국 같은 저가 양도라도 매도인이 외국법인이면 원천징수 기준 문제, 내국법인이면 내국법인의 소득 조정 문제가 됩니다. 국내 자회사 주식을 재편하는 거래에서는 매도인이 누구인지부터 정리해야 합니다. 같은 그룹 안에서도 국내 법인이 넘기는지 해외 법인이 넘기는지에 따라 신고 주체와 절차가 모두 달라집니다.

이전가격 다툼에서 무엇을 다투는지는 「해외 관계회사와의 거래가격이 정상가격이 아니라며 과세됐다면 소송에서 무엇을 다투나요?」에서 다루었습니다. 평가 방법 선택과 비교 대상 선정이 핵심 쟁점이 됩니다. 주식 거래도 같은 쟁점 구조를 따릅니다.

특수관계 주식 저가 양도 대응 순서

• 특수관계 확인 - 매도인과 매수인의 지분 구조를 직접·간접 보유 기준으로 정리합니다.
• 정상가격 평가 - 이전가격 산출방법으로 정상가격을 평가하고, 불가능하면 보충 평가 방법을 적용합니다.
• 차액 요건 검토 - 정상가격과 거래가격의 차액이 3억원 또는 100분의 5 이상인지 계산합니다.
• 원천징수 주체 정리 - 매수인이 국내에 사업장이 없으면 납세관리인을 정하고 원천징수 절차를 준비합니다.
• 조약 확인 - 매도인 거주지국 조약상 주식 양도소득 면제 여부와 서류를 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 거래 당사자의 지분 관계와 정상가격 평가 방법에 따라 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 그룹 구조조정 과정의 국내 주식 이전에 대한 원천징수와 정상가격 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 특수관계가 아닌 외국법인에게 싸게 팔면 어떻게 되나요?
  정상가격 기준은 적용되지 않습니다. 이 조항은 특수관계 외국법인이나 비거주자와의 거래에만 적용됩니다. 특수관계가 없으면 실제 받은 대금을 기준으로 원천징수합니다.
• 차액이 2억원이고 정상가격의 3%라면 적용되나요?
  적용되지 않습니다. 차액이 3억원 이상이거나 정상가격의 100분의 5 이상이어야 정상가격 기준이 적용됩니다. 두 요건 중 하나도 충족하지 않으면 실제 대금 기준입니다.
• 간접 보유 지분은 어떻게 계산하나요?
  간접 소유비율 계산은 국제조세조정에 관한 법률 시행령의 계산 방법을 준용합니다. 중간 회사 지분율을 곱해 계산하는 구조이므로 그룹 지배구조도를 기준으로 정리해야 합니다.
• 정상가격으로 원천징수했는데 매도인이 받은 돈보다 세금이 많으면요?
  원천징수 기준이 정상가격이어서 실제 대금 대비 세액이 커질 수 있습니다. 매수인이 세액을 대금에서 다 떼지 못하면 부족분 정산 방법을 계약에 미리 정해야 합니다.
• 증여처럼 대가 없이 넘기면 어떻게 되나요?
  대가 없이 국내 자산을 받는 경우는 국내원천 기타소득 문제로 넘어갈 수 있습니다. 거래 형식이 양도인지 증여인지에 따라 적용 조문이 달라지므로 계약 형식을 확인해야 합니다.
• 조약상 면제가 되면 정상가격 기준도 신경 쓰지 않아도 되나요?
  조약상 주식 양도소득이 면제되고 서류를 갖추었다면 원천징수 자체가 없을 수 있습니다. 다만 면제가 부인될 경우를 대비해 정상가격 평가 자료는 남겨 두는 것이 좋습니다.

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