세금

양도 시기를 잘못 잡아 매긴 양도소득세는 전부 취소되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 전부 취소됩니다. 양도소득세는 1월 1일부터 12월 31일까지 1년 단위로 과세하는 세금입니다. 그래서 고지서의 귀속연도, 즉 양도 시기가 속한 연도가 실제와 다르면 그 처분은 금액 일부가 아니라 전부가 위법해집니다. 다만 세무서가 바른 연도로 다시 과세할 수 있는지는 제척기간에 따라 따로 정해집니다.

네, 전부 취소됩니다. 양도소득세는 1월 1일부터 12월 31일까지 1년 단위로 과세하는 세금입니다. 그래서 고지서의 귀속연도, 즉 양도 시기가 속한 연도가 실제와 다르면 그 처분은 금액 일부가 아니라 전부가 위법해집니다. 다만 세무서가 바른 연도로 다시 과세할 수 있는지는 제척기간에 따라 따로 정해집니다.

양도소득세에서 양도 시기는 어떻게 정하나요?

원칙은 대금을 청산한 날입니다. 계약일이나 잔금 약정일이 아니라 실제로 대금을 다 받은 날을 봅니다. 대금을 청산한 날이 분명하지 않으면 등기·등록접수일이나 명의개서일을 양도 시기로 봅니다.

대금을 다 받기 전에 소유권이전등기를 먼저 해 주었다면 등기접수일이 양도 시기입니다. 공익사업으로 수용되는 경우는 대금청산일, 수용개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른 날입니다. 이 밖에도 장기할부, 자기가 지은 건축물 등 자산과 거래 유형별로 시기가 따로 정해져 있습니다.

연말에 잔금을 주고받는 거래에서 문제가 자주 생깁니다. 잔금이 12월에 들어왔는지 이듬해 1월에 들어왔는지에 따라 귀속연도가 달라집니다. 잔금 일부가 남았어도 사회통념상 대가가 거의 전부 지급됐다면 양도가 있었다고 봅니다. 대법원은 미지급 잔금의 액수, 전체 대금에서 차지하는 비율, 잔금이 남은 경위를 개별 사안마다 따진다고 했습니다.

장기할부조건은 계약 당시에 이미 지급기간이 1년 이상으로 정해져 있어야 인정됩니다. 지급이 늦어져 결과적으로 1년을 넘긴 것만으로는 장기할부가 아닙니다. 장기할부로 인정되면 양도 시기는 등기접수일·인도일·사용수익일 중 빠른 날입니다. 그래서 계약서의 할부 조항이 귀속연도를 가르기도 합니다.

같은 기준은 취득 시기에도 적용됩니다. 취득 시기가 바뀌면 보유기간이 달라져 장기보유특별공제율이나 단기 양도 세율이 달라질 수 있습니다. 귀속연도를 다툴 때는 양도 시기와 취득 시기를 함께 점검해야 계산이 맞습니다.

귀속연도가 틀리면 왜 세금 전부가 취소되나요?

과세기간이 다르면 다른 세금이기 때문입니다. 대법원은 양도소득세가 매년 1년분의 소득에 대해 과세하는 조세라는 점을 들었습니다. 처분에서 정한 귀속연도가 실제와 다르면 그 처분 전부를 취소해야 한다고 판단했습니다.

사안은 하천 개수공사 사업지구에 편입된 토지·건물의 수용이었습니다. 세무서는 보상금 증액 판결이 확정된 해를 양도 시기로 보았습니다. 법원은 수용재결 보상금이 공탁된 날을 대금청산일로 보았습니다. 연도가 달라졌으므로 세액을 다시 계산할 것 없이 처분 전부를 취소했습니다. 당시 시행령은 수용의 경우도 대금청산일을 기준으로 했고, 지금은 앞서 본 대로 빠른 날 기준입니다.

이 판단은 처분사유 변경의 한계와도 연결됩니다. 소송 중 세무서가 다른 연도의 양도였다고 주장을 바꾸는 것은 같은 처분을 유지하는 방법이 될 수 없습니다. 다른 과세기간의 세액은 별개의 처분으로 정해야 하기 때문입니다.

전부 취소되면 세금을 다시 내지 않아도 되나요?

그렇지는 않습니다. 실제 양도 연도에 대해 세무서가 새로 과세할 수 있기 때문입니다. 새 과세가 가능한지는 실제 양도 연도의 부과제척기간이 남아 있는지에 달려 있습니다.

부과제척기간은 원칙적으로 5년입니다. 양도소득세를 신고하지 않았으면 7년, 부정행위가 있으면 10년입니다. 판결 확정 뒤에는 제척기간 특례가 적용되는지도 따져야 합니다. 구법 사안에서 대법원은 판결에서 다툰 연도와 다른 연도의 새 처분에 1년 특례를 적용하지 않았습니다. 그러나 2022. 1. 1. 이후 확정된 판결부터는 연동된 다른 과세기간(같은 세목)의 조정에도 1년 특례가 적용됩니다. 양도 시기만 잘못 잡은 같은 양도소득이라면 판결 확정일부터 1년 안에 실제 연도로 다시 과세될 수 있다고 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고, 새 부과는 「조정」이 아니라는 반대 논거도 있습니다. 이 문제는 「소송에서 이긴 뒤 세무서가 다른 연도로 다시 과세하면 제척기간은 어떻게 되나요?」에서 다루었습니다.

실제 양도 연도에 다시 과세되면 이미 낸 세금은 어떻게 되나요?

잘못된 연도에 낸 세금은 돌려받고, 실제 연도분은 새로 정산하게 됩니다. 처분이 취소되면 그 처분으로 낸 세금은 환급 대상입니다. 반대로 실제 양도 연도에는 신고가 없었던 셈이어서 무신고 상태로 볼 여지가 생깁니다.

국세기본법은 판결이 확정되면 그 판결 대상과 연동된 다른 과세기간의 세액도 조정할 수 있게 합니다. 같은 세목의 연동된 과세기간이라면 판결이 확정된 날부터 1년 안에 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있습니다. 귀속연도를 다툰 납세자는 승소 뒤 실제 연도 과세 가능성을 미리 계산해 두어야 합니다.

납세자 쪽에서도 연동 과세기간의 세액이 과다해졌다면 후발적 경정청구를 할 수 있습니다. 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 안에 청구해야 합니다. 두 연도의 세율 구간과 장기보유특별공제 차이로 실제 부담이 늘거나 줄 수 있으니 비교표를 만들어 두십시오.

양도 시기 다툼 대응 순서

• 귀속연도 확인 - 고지서와 결정결의서에 적힌 양도 시기와 귀속연도를 확인합니다.
• 대금 흐름 정리 - 계약금·중도금·잔금이 실제로 들어온 날짜를 통장 내역으로 정리합니다.
• 등기일 대조 - 소유권이전등기 접수일이 대금청산일보다 빠른지 확인합니다.
• 제척기간 계산 - 실제 양도 연도로 새 과세가 가능한 기간이 남았는지 계산합니다.
• 불복 제기 - 90일 안에 심판청구를 하고 귀속연도 오류를 주된 사유로 주장합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대금청산일과 등기접수일, 실제 양도 연도의 제척기간에 따라 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 부과처분에 대한 조세심판과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 잔금 일부를 못 받았는데도 양도한 것으로 볼 수 있나요?
  남은 금액이 있으면 대금이 청산됐는지를 두고 다툼이 생깁니다. 남은 금액의 비율, 미지급 사유, 점유 이전 여부를 함께 따지므로 입금 내역과 합의 경위를 정리해 두어야 합니다.
• 계약서에 적은 잔금일과 실제 입금일이 다르면 어느 날이 기준인가요?
  실제로 대금을 청산한 날이 기준입니다. 계약서의 잔금 약정일은 참고 자료일 뿐입니다. 실제 입금일을 보여 줄 통장 내역이 가장 중요한 증거입니다.
• 예정신고 때 귀속연도를 잘못 적었으면 어떻게 하나요?
  실제 양도 연도로 신고를 바로잡아야 합니다. 잘못된 연도에 낸 세금은 경정청구로 돌려받고, 실제 연도분은 기한후신고나 수정신고로 정리하는 방안을 검토합니다.
• 귀속연도가 틀렸다는 주장은 소송에서 처음 해도 되나요?
  심판청구에서 주장하지 않은 사유도 같은 처분에 대한 것이면 소송에서 새로 주장할 수 있습니다. 다만 증거 정리를 위해 심판 단계부터 내세우는 편이 낫습니다.
• 수용된 토지의 양도 시기는 보상금 증액 판결이 확정된 날인가요?
  아니요, 현행 기준으로는 대금청산일, 수용개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른 날입니다. 대법원도 증액 판결 확정일을 양도 시기로 보지 않았습니다.
• 종합소득세에도 같은 원리가 적용되나요?
  종합소득세도 1년 단위로 과세하는 세금이어서 귀속연도가 틀리면 같은 문제가 생긴다고 볼 수 있습니다. 소득 종류별 귀속시기 규정을 먼저 확인해야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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