세금

같은 그룹 계열사면 모두 법인세법상 특수관계인인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

공정거래법상 같은 기업집단에 속한 계열회사라면 법인세법상 특수관계인입니다. 그 계열회사의 임원도 특수관계인에 들어갑니다. 다만 흔히 그룹이라 부르는 관계사가 모두 기업집단에 속하는 것은 아닙니다. 기업집단 밖의 관계사는 지분과 지배 경로를 따로 따져야 합니다.

공정거래법상 같은 기업집단에 속한 계열회사라면 법인세법상 특수관계인입니다. 그 계열회사의 임원도 특수관계인에 들어갑니다. 다만 흔히 그룹이라 부르는 관계사가 모두 기업집단에 속하는 것은 아닙니다. 기업집단 밖의 관계사는 지분과 지배 경로를 따로 따져야 합니다.

공정거래법상 같은 기업집단이면 바로 특수관계인인가요?

네, 해당 법인이 공정거래법에 따른 기업집단에 속하면 다른 계열회사는 모두 특수관계인입니다. 법인세법 시행령이 이를 특수관계인의 한 유형으로 직접 열거합니다. 지분을 서로 갖고 있는지는 묻지 않습니다. 계열회사의 임원도 함께 특수관계인이 됩니다.

여기서 기업집단은 공시대상기업집단으로 지정된 대기업에 한정되지 않습니다. 공정거래법은 동일인이 사실상 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 기업집단으로 정의합니다. 동일인이 친족 등과 합해 지분 30% 이상을 가진 최다출자자인 회사가 여기에 들어갑니다. 지분이 적어도 대표이사 임면이나 주요 의사결정을 지배하면 마찬가지입니다.

그래서 오너 일가가 지배하는 중견·중소 그룹도 공정거래법상 기업집단에 해당할 수 있습니다. 임원 겸임, 통상적 범위를 넘는 자금거래가 있는 회사도 지배 판단 요소가 됩니다. 반대로 같은 이름을 쓰는 관계사라도 동일인 지배가 없으면 이 기준으로 묶이지 않습니다. 지분 매각이나 계열 분리로 소속이 바뀔 수 있으므로 거래일 현재 소속을 확인해야 합니다.

기업집단으로 묶이지 않는 관계사는 어떻게 판단하나요?

지분과 지배 경로를 단계별로 따집니다. 회사가 직접 또는 주주·임원 등을 통해 상대 회사 경영에 지배적 영향력을 행사하면 특수관계인입니다. 영리법인에 대해서는 발행주식총수의 30% 이상을 출자하면 지배적 영향력이 있는 것으로 봅니다. 임원 임면이나 사업방침 결정에 사실상 영향력을 행사하는 경우도 같습니다.

이 판단은 한 단계 더 이어집니다. 1단계로 지배하는 회사를 거쳐 다시 지배하는 회사도 특수관계인에 들어갑니다. 또 해당 법인에 30% 이상 출자한 법인에 다시 30% 이상 출자한 법인이나 개인도 특수관계인입니다. 지분 1% 이상인 주주와 그 친족, 임원과 직원도 기본적으로 들어갑니다.

특수관계는 한쪽에서만 성립해도 됩니다. 법인세법은 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다고 정합니다. 우리 회사 기준으로는 관계가 없어도 상대 회사 기준으로 관계가 있으면 거래 전체가 특수관계인 거래가 됩니다. 그래서 거래 상대방의 주주 구성도 함께 받아 보아야 합니다.

다만 주주를 「통하여」 지배한다는 요건은 좁게 해석됩니다. 회사의 주주가 다른 회사를 지배한다는 사정만으로는 부족합니다. 회사가 그 주주의 의사결정에 영향력을 행사해 직접 지배하는 것과 같다고 평가될 정도여야 한다고 본 확정 판결이 있습니다. 법원은 특수관계에 해당한다는 증명책임도 과세관청에 있다고 보았습니다.

특수관계인이면 어떤 거래가 세무상 문제 되나요?

시가와 다른 조건의 거래가 부당행위계산 부인 대상이 됩니다. 계열사에 자산을 싸게 넘기거나 비싸게 사는 경우가 대표적입니다. 자금을 무이자나 낮은 이율로 빌려주는 경우도 포함됩니다. 세무서는 시가를 기준으로 소득금액을 다시 계산합니다.

다만 자산 거래나 자금 대여 등에서는 시가와의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때만 적용합니다. 상장주식 거래에는 이 기준이 적용되지 않습니다.

예를 들어 시가 10억원인 토지를 계열사에 9억원에 넘겼다고 하겠습니다. 차액 1억원은 3억원에 못 미치지만 시가의 10%여서 부인 대상입니다. 부인되면 차액 1억원이 넘긴 회사의 익금에 더해집니다. 같은 토지를 9억 8천만원에 넘겼다면 차액이 3억원과 시가의 5%에 모두 못 미쳐 적용되지 않습니다. 업무와 무관한 가지급금은 따로 문제 됩니다. 그 금액에 대응하는 차입금 이자가 손금에서 빠지고 대손금도 손금으로 인정되지 않습니다.

특수관계는 언제를 기준으로 판단하나요?

부당행위계산 부인은 거래한 때를 기준으로 특수관계를 봅니다. 거래 뒤에 계열 분리가 되었다고 해서 이미 한 거래가 특수관계인 거래에서 빠지지는 않습니다. 반대로 거래 당시 관계가 없었다면 나중에 계열사가 되어도 부인 대상이 아닙니다.

가지급금 대손은 2021. 1. 1. 이후 빌려준 돈부터 대여한 때를 기준으로 판단합니다. 그 전에 빌려준 돈은 대손 사유가 생긴 때의 관계가 문제 될 수 있습니다. 회생이나 매각으로 지분 구조가 바뀌는 시기라면 시점별 주주명부를 남겨 두는 것이 좋습니다.

계열사 특수관계 판단 대응 순서

• 기업집단 소속 확인 - 동일인과 동일인관련자의 지분, 임원 겸임, 자금거래 내역으로 공정거래법상 기업집단 해당 여부를 정리합니다.
• 지분 경로 도식화 - 직접·간접 30% 출자 관계와 중간 주주를 표로 그려 단계별 관계를 확인합니다.
• 상대방 기준 확인 - 거래 상대 회사 쪽에서 본 관계도 함께 따집니다.
• 거래 조건 점검 - 시가 산정 자료와 3억원·5% 기준을 대조합니다.
• 시점별 자료 보존 - 거래일과 대여일 기준 주주명부와 이사회 자료를 보관합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 동일인 지배 여부와 거래 당시의 지분 경로에 따라 특수관계인 해당 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 계열사 거래의 특수관계인 판단과 부당행위계산 부인 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외국에 있는 그룹 관계사도 특수관계인이 될 수 있나요?
  될 수 있습니다. 외국법인과의 국제거래는 국제조세조정에 관한 법률의 특수관계 기준이 따로 있습니다. 의결권 있는 주식 50% 이상 직접·간접 소유나 사업 방침의 실질적 결정이 기준입니다.
• 지분이 1% 미만인 소액주주도 특수관계인인가요?
  지배주주의 특수관계인이 아닌 1% 미만 주주는 그 지위만으로는 특수관계인이 아닙니다. 다만 그 사람이 임원이거나 경영에 사실상 영향력을 행사하면 다른 경로로 특수관계인이 될 수 있습니다.
• 계열사 임원 개인과 거래해도 특수관계인 거래인가요?
  기업집단에 속한 법인이라면 다른 계열회사의 임원도 특수관계인입니다. 그 임원에게 자산을 싸게 팔거나 돈을 빌려주면 부당행위계산 부인 대상이 될 수 있습니다.
• 비영리법인이 관계된 경우도 30% 기준인가요?
  비영리법인은 기준이 다릅니다. 이사의 과반수를 차지하면 지배적 영향력이 있는 것으로 봅니다. 출연재산의 30% 이상을 출연하고 그중 1명이 설립자인 경우도 같습니다.
• 특수관계인 거래를 하면 따로 제출할 서류가 있나요?
  특수관계인과 거래한 법인은 법인세 신고 때 특수관계인 거래 명세서를 제출해야 합니다. 제출 대상과 서식은 법인세법 시행령과 시행규칙에서 정하므로 신고 전에 확인하십시오.
• 계열사 간 거래가 공정거래법 위반이 아니면 세법상도 문제없나요?
  그렇지 않습니다. 두 법은 판단 기준이 다릅니다. 공정거래법상 부당지원이 아니어도 세법상 시가와의 차이가 기준 이상이면 부당행위계산 부인 대상이 될 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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