세금

일본 현지법인에 파견된 직원은 영주권을 얻어도 한국 거주자인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

한국 세법만 보면 거주자입니다. 내국법인이 지분 전부를 출자한 일본 현지법인에 파견된 임직원은 영주권 취득과 관계없이 거주자로 봅니다. 다만 일본에서도 거주자로 과세되면 이중거주자가 되어 한·일 조세조약으로 거주지국을 다시 정할 수 있습니다. 파견이라는 이유만으로 일본 소득 전부에 한국 세금이 확정되는 것은 아닙니다.

한국 세법만 보면 거주자입니다. 내국법인이 지분 전부를 출자한 일본 현지법인에 파견된 임직원은 영주권 취득과 관계없이 거주자로 봅니다. 다만 일본에서도 거주자로 과세되면 이중거주자가 되어 한·일 조세조약으로 거주지국을 다시 정할 수 있습니다. 파견이라는 이유만으로 일본 소득 전부에 한국 세금이 확정되는 것은 아닙니다.

해외 파견 직원을 거주자로 보는 규정은 무엇인가요?

소득세법 시행령 제3조입니다. 거주자나 내국법인의 국외사업장, 또는 해외현지법인에 파견된 임원이나 직원은 거주자로 봅니다. 해외현지법인은 내국법인이 발행주식 전부를 직접 또는 간접으로 출자한 법인으로 한정됩니다.

이 규정에는 파견기간이나 영주권 여부에 따른 예외가 없습니다. 그래서 일본에서 영주 자격을 얻었더라도 파견 신분이 유지되면 거주자로 보게 됩니다. 일반적인 주소 판정에서는 외국 영주권자이고 국내 가족이 없으면 주소가 없다고 봅니다. 그러나 파견 임직원에게는 이 특례가 먼저 적용됩니다. 소득세법 기본통칙 1-3…1도 같은 방향입니다. 가족이나 자산 상태로 보아 파견 종료 뒤 재입국할 것으로 인정되면 영주권과 관계없이 거주자로 본다고 정합니다. 시행령 문언에는 재입국 요건이 없어 복귀 계획이 없다는 사정만으로 특례를 벗어나기는 어렵다고 볼 수 있습니다. 결국 영주 자격은 파견 신분이 끝난 뒤에야 판정에 영향을 줍니다.

이 조문은 2015. 2. 3. 개정으로 간접 출자 현지법인까지 넓어졌습니다. 그 전에는 내국법인이 지분 전부를 직접 출자한 경우만 해당했습니다.

거주자로 보면 과세 범위가 넓어집니다. 일본 급여와 일본 예금이자처럼 국외에서 생긴 소득도 한국에 신고해야 합니다. 비거주자라면 한국에서 생긴 소득에만 한국 세금이 나옵니다.

한국 회사 지분이 일부뿐인 일본 법인에 가면 어떻게 되나요?

파견 특례가 적용되지 않고 일반 기준으로 판정합니다. 예를 들어 한국 회사가 60%를 가진 일본 합작법인에 근무하러 간 경우입니다. 이때는 국내에 생계를 같이하는 가족과 자산이 있는지, 다시 입국해 주로 국내에 살지를 봅니다.

가족과 함께 일본으로 옮기고 국내 자산 관리 필요가 적다면 비거주자로 볼 여지가 커집니다. 반대로 배우자와 자녀가 한국에 남아 있다면 주소가 국내에 있다고 볼 수 있습니다. 판단은 출국 무렵과 그 뒤 생활관계의 객관적 사실로 합니다.

현지 채용 형식을 갖췄더라도 실제로는 한국 회사 인사 관리를 받는 경우가 있습니다. 이런 경우 파견에 해당하는지가 다툼이 됩니다. 근로계약 주체, 급여 지급 회사, 복귀 약정을 함께 확인해야 합니다.

일본에서도 거주자이면 조세조약으로 다시 판정하나요?

다시 판정할 수 있다고 볼 수 있습니다. 한·일 조세조약은 각국 법에 따라 거주자인 사람이 양쪽에 모두 해당하면 조약 기준으로 한 나라를 정하게 합니다. 시행령 제3조는 한국 법상 거주자 판정이므로, 그 뒤 단계에 조약 기준이 적용되는 구조입니다.

파견 의제 거주자에게 조약 재판정을 적용할 수 있는지 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 조약은 각국 법에 따라 납세의무를 지는 사람을 거주자로 보므로 의제 거주자도 재판정 대상으로 볼 수 있습니다. 반대로 시행령 제3조는 파견자를 한국 과세권 안에 두려는 특례입니다. 이 점을 들어 한국 거주자로 보아야 한다는 주장도 있을 수 있습니다.

조약 기준은 항구적 주거, 중대한 이해관계의 중심지, 일상적 거소, 국적 순입니다. 가족과 함께 일본 주거에서 장기간 사는 파견자라면 일본 쪽 사정이 무거워질 수 있습니다. 반대로 가족이 한국에 있고 파견 종료 뒤 복귀가 예정되어 있으면 한국 쪽으로 기울 수 있습니다.

대법원은 일본 구단 선수 사건에서 양국에 주거가 있을 때 인적·경제적 관계를 종합해 일본 거주자로 보았습니다. 파견자에게도 같은 판단 틀을 쓸 수 있습니다. 이 기준은 「한국과 외국 모두 거주자라면 어느 나라 거주자로 보고 과세하나요?」에서도 정리했습니다.

한국 거주자로 남으면 일본 급여 세금은 어떻게 정리하나요?

일본 급여를 종합소득에 합산해 한국에 신고하고 일본에서 낸 세금을 공제합니다. 외국납부세액공제는 국외원천소득 비율로 계산한 한도 안에서 받습니다. 한도를 넘는 금액은 10년간 이월해 공제받을 수 있습니다.

일본 근무로 받는 급여는 조약상 일본에서 먼저 과세할 수 있는 소득입니다. 그래서 한국은 거주지국으로서 공제 방식으로 이중과세를 조정합니다. 한국 세율이 더 높으면 그 차이만큼 한국 세금이 남습니다.

국외근로소득 비과세도 함께 검토해야 합니다. 국외에서 근로를 제공하고 받는 급여는 월 100만원까지 비과세됩니다. 국외 건설현장 근로나 국외 항행 선박 근로 등은 월 500만원까지입니다.

일본 파견자 거주자 판정 대응 순서

• 파견 형태 확인 - 일본 법인의 한국 회사 지분율과 파견 계약, 급여 지급 주체를 확인합니다.
• 국내 법상 판정 - 지분 전부를 출자한 현지법인 파견이면 거주자, 아니면 가족·자산 기준으로 판단합니다.
• 일본 거주 여부 확인 - 일본에서 거주자로 소득세·주민세가 과세되는지 확인합니다.
• 조약상 거주지국 검토 - 양국 주거와 가족, 복귀 예정, 재산 관리를 정리해 거주지국을 판단합니다.
• 신고 정리 - 한국 거주자로 남으면 5월 종합소득세 신고에서 외국납부세액공제를 반영합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 현지법인 지분율과 가족의 거주지, 파견 종료 뒤 복귀 계획에 따라 거주자 판정이 달라집니다. 법무법인 윤성은 해외 파견 임직원의 거주자 판정과 종합소득세 과세 다툼을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 일본 지점에 파견된 경우도 거주자로 보나요?
  네, 내국법인의 국외사업장에 파견된 임직원도 거주자로 봅니다. 지점은 별도 법인이 아니어서 현지법인과 달리 지분율 요건이 따로 없습니다. 지점 근무 기간에는 영주권을 얻어도 마찬가지입니다.
• 일본 손자회사에 파견돼도 거주자인가요?
  내국법인이 간접으로 발행주식 전부를 출자한 법인이면 해당합니다. 2015. 2. 3. 개정으로 간접 출자 현지법인까지 포함되었습니다. 중간 법인을 거친 지분까지 모두 한국 회사 소유인지 확인해야 합니다.
• 파견을 끝내고 일본 회사로 이직하면 언제부터 비거주자인가요?
  파견 신분이 끝나면 일반 기준으로 다시 판정합니다. 국내에 가족과 자산이 없고 다시 입국해 주로 살 것으로 보이지 않으면 국내에 주소가 없다고 봅니다. 그 사유가 생긴 날의 다음 날부터 비거주자입니다.
• 한국 거주자로 보면 일본 예금이자도 신고해야 하나요?
  네, 거주자는 국내외 모든 소득에 과세됩니다. 일본 예금이자도 금융소득으로 합산 대상이 되며, 일본에서 낸 세금은 외국납부세액공제 대상이 됩니다.
• 외국납부세액공제 한도를 넘는 일본 세금은 버려지나요?
  아니요, 다음 과세기간 개시일부터 10년 안에 끝나는 과세기간으로 이월해 공제받을 수 있습니다. 그 기간에도 공제받지 못하면 그다음 과세기간의 필요경비 산입을 검토할 수 있습니다.
• 국외 근무 공무원도 같은 규정이 적용되나요?
  네, 국외에서 근무하는 공무원은 거주자로 봅니다. 일본 대사관이나 영사관에 근무하는 한국 공무원이 여기에 해당합니다. 근무기간이나 가족 동반 여부와 관계없이 적용됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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