세금

계열사 건물이 완공되기 전에 임차보증금을 미리 주면 부당행위인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 쓸 수 없는 건물에 보증금을 먼저 주면 부당행위로 부인될 수 있습니다. 계열사 연수원이 완공되기 전에 보증금 일부를 주고 통상의 연수비도 따로 낸 사안이 있었습니다. 대법원은 이 거래에 경제적 합리성이 없다고 본 원심을 수긍했습니다. 다만 보증금 수수가 통상의 상거래 관행 범위라면 문제 되지 않습니다.

네, 쓸 수 없는 건물에 보증금을 먼저 주면 부당행위로 부인될 수 있습니다. 계열사 연수원이 완공되기 전에 보증금 일부를 주고 통상의 연수비도 따로 낸 사안이 있었습니다. 대법원은 이 거래에 경제적 합리성이 없다고 본 원심을 수긍했습니다. 다만 보증금 수수가 통상의 상거래 관행 범위라면 문제 되지 않습니다.

임차보증금을 먼저 주는 것이 왜 문제가 되나요?

사용할 수 없는 기간에 돈을 넘기면 실질은 무이자 자금 지원이기 때문입니다. 보증금은 건물을 쓰는 대가를 담보하는 돈입니다. 건물이 아직 없거나 쓸 수 없다면 보증금을 줄 이유가 없습니다. 그 기간 동안 계열사는 이자 없는 돈을 쓰는 이익을 얻습니다.

대법원 2007. 11. 29. 선고 2005두10767 판결 사안이 그랬습니다. 정보기술 회사가 같은 그룹 반도체 회사의 연수원에 대한 임대차보증금을 지급했습니다. 그 가운데 일부는 연수원을 사용·수익할 수 없는 완공 전에 미리 냈습니다. 원심은 이를 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래로 보았고, 대법원은 이 판단을 수긍했습니다.

부당행위계산 부인의 기준은 거래 형태가 객관적으로 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것인지입니다. 계열사를 돕기 위한 선지급이라는 사정은 회사 자신의 이익을 설명하지 못하는 한 방어가 되지 않습니다.

선지급이 정당해 보이는 경우도 생각해 볼 수 있습니다. 공급이 부족한 시설을 먼저 확보해야 했고, 그 대가로 사용료를 크게 낮췄다면 회사의 이익을 숫자로 설명할 수 있습니다. 이런 사정은 계약 당시 문서에 남아 있어야 합니다. 세무조사 뒤에 만든 설명은 무게가 약합니다.

보증금을 내고 사용료도 따로 내면 어떻게 보나요?

보증금이 대가 계산에 반영되지 않았다면 이중 부담으로 볼 수 있습니다. 위 사안의 회사는 보증금을 내고도 연수원 사용·수익권이 고려되지 않은 통상의 연수 교육비용을 따로 냈습니다. 원심은 이 점을 비정상 거래의 근거로 들었습니다.

정상적인 임대차라면 보증금이 클수록 월 사용료는 낮아집니다. 보증금에 대한 이자 상당액이 사용 대가의 일부를 대신하기 때문입니다. 그런데 보증금을 내고도 외부 이용자와 같은 요금을 냈다면 회사는 보증금만큼 손해를 본 셈입니다.

그래서 계약을 설계할 때는 보증금과 사용료를 함께 보아야 합니다. 같은 시설을 쓰는 특수관계 없는 이용자가 내는 조건과 비교해 차이를 설명할 수 있어야 합니다. 보증금을 내는 대신 사용료를 깎았다는 계산 근거를 계약서에 남겨 두십시오. 연수원처럼 회사 직원만 쓰는 시설이라면 실제 이용 실적도 함께 기록해야 합니다. 이용이 적은데 보증금이 크면 자금 지원으로 보일 위험이 커집니다.

공정거래법상 문제없다는 판단을 받았으면 괜찮지 않나요?

아니요, 세법 판단은 따로 이루어집니다. 위 판결에서 회사는 그 거래가 공정거래법상 불공정거래행위에 해당하지 않는다고 주장했습니다. 대법원은 부당행위계산 부인과 불공정거래행위는 제도의 취지와 판단 기준이 달라 결론이 그대로 이어지지 않는다고 보았습니다.

반대 방향도 같습니다. 공정거래법상 부당지원행위로 제재를 받았다고 곧바로 세법상 부당행위가 확정되지는 않습니다. 세법은 시가와 경제적 합리성을 기준으로 따로 판단합니다. 두 절차가 함께 진행되면 각 절차의 기준에 맞춘 자료를 따로 준비해야 합니다.

부인되면 세금은 어떻게 계산하나요?

미리 준 보증금을 무상으로 빌려준 돈처럼 보아 인정이자를 계산하는 것으로 볼 수 있습니다. 금전을 무상이나 낮은 이율로 빌려준 경우의 시가는 가중평균차입이자율이 원칙입니다. 그 이율을 쓸 수 없는 경우 등에는 당좌대출이자율을 씁니다.

시가와 받은 대가의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이어야 부인됩니다. 이익을 받은 계열사가 국내 법인이면 기타 사외유출로 처분됩니다. 미리 준 기간이 길고 금액이 클수록 인정이자도 커집니다.

같은 판결에는 다른 쟁점도 있었습니다. 회사가 계열사들에 용역비 연체료를 받기로 약정하고도 청구하지 않은 부분입니다. 대법원은 연체료를 받지 않기로 하는 묵시적 합의가 있어 연체료 채권 자체가 생기지 않았다고 보았습니다. 그래서 이를 접대비로 본 과세는 결론에서 위법하다고 했습니다.

계열사 임차보증금 대응 순서

• 지급 시점 조정 - 보증금은 건물을 실제로 쓸 수 있는 날에 맞춰 지급합니다.
• 조건 비교 - 같은 시설을 쓰는 외부 이용자의 보증금과 사용료 조건을 확인합니다.
• 대가 반영 - 보증금 이자 상당액을 사용료에서 깎는 계산을 계약서에 둡니다.
• 선지급 불가피 시 - 미리 줄 수밖에 없다면 그 기간에 대한 이자 약정을 둡니다.
• 세무 점검 - 이미 선지급한 금액은 인정이자를 계산해 3억원·5% 기준을 넘는지 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 보증금 지급 시점과 사용료에 보증금이 반영됐는지에 따라 부당행위 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 계열회사 사이 임대차·시설 이용 거래의 부당행위계산 부인 검토와 법인세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 계열사에 준 임차보증금도 업무무관 가지급금이 되나요?
  건물을 실제로 쓰는 데 필요한 보증금이라면 원칙적으로 업무 관련 지출로 볼 수 있습니다. 다만 사용할 수 없는 기간에 미리 준 부분은 자금 대여 성격이 문제 될 수 있습니다. 지급 시기와 사용 개시일을 맞춰 두십시오.
• 보증금을 시중보다 많이 주면 어떻게 되나요?
  통상 수준을 넘는 부분은 무상 대여로 보아 인정이자 대상이 될 수 있습니다. 같은 건물 외부 임차인의 보증금 수준이 비교 기준이 됩니다. 초과분에 맞춰 사용료를 낮췄다면 그 계산을 남겨 두십시오.
• 거꾸로 계열사에서 보증금을 받지 않고 빌려주면요?
  보증금 없이 임대하면 임대료 시가 계산에서 보증금이 빠집니다. 비교 사례가 없을 때 산식은 자산 시가의 50%에서 받은 보증금을 뺀 금액에 정기예금이자율을 곱합니다.
• 계열사가 연체료를 안 내는데 청구하지 않으면 세금 문제가 있나요?
  받지 않기로 묵시적으로 합의했다면 연체료 채권이 생기지 않았다고 본 판결이 있습니다. 다만 약정만 두고 사정에 따라 달리 처리하면 채권 포기로 볼 여지도 있어 일관된 처리가 필요합니다.
• 해외 자회사 대여금의 연체이자를 몇 년 치 한꺼번에 익금에 넣을 수 있나요?
  같은 판결은 여러 해에 걸쳐 생긴 연체이자를 한 해의 익금으로 몰아 넣은 처분을 위법하다고 보았습니다. 각 사업연도에 생긴 금액은 그 사업연도의 익금으로 보아야 한다는 취지입니다.
• 선지급한 보증금에 나중에 이자를 붙여 정산하면 해결되나요?
  이자 약정을 둔 뒤의 기간에는 효과가 있습니다. 이미 지난 무상 기간은 약정으로 되돌리기 어렵습니다. 처음부터 선지급 기간의 이자를 정해 두는 것이 안전합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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