양도소득세

임대주택이 있으면 새집을 사도 살던 집이 일시적 2주택 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 장기임대주택과 살던 집에 새집까지 세 채를 가진 상태에서 살던 집을 팔면 비과세를 인정받기 어렵습니다. 법원은 거주주택 특례와 일시적 2주택 특례가 모두 양도 당시 2주택만 가진 경우를 전제한다고 보아 함께 적용하지 않았고, 이 판단은 대법원 상고기각으로 확정됐습니다. 새집 잔금 전이라면 살던 집을 먼저 파는 일정이 가능한지부터 확인하십시오.

새집을 아직 사지 않았다면 임대주택을 먼저 정리할 필요는 없습니다. 임대주택 한 채와 살던 집 한 채만 가진 상태에서 살던 집을 팔면 거주주택 특례를 검토할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

B씨 부부는 2017년에 산 빌라 한 채를 민간임대주택으로 등록하고 세무서에 사업자등록을 한 뒤 임대를 계속하고 있습니다. 2019년에 산 아파트에서는 부부와 자녀가 함께 살고 있습니다. 2025년 봄 아이 학교 때문에 다른 아파트의 잔금을 치렀고, 살던 아파트는 3년 안에만 팔면 된다고 생각해 매도를 미뤄 왔습니다. 그러나 양도일에 임대주택, 살던 아파트, 새 아파트 세 채를 갖고 있으면 두 특례를 함께 적용하지 않는다는 판결이 확정되어 있어, 팔기 전에 세액부터 다시 계산해야 하는 상황입니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

임대주택이 있는데 새집까지 사면 두 특례를 함께 받을 수 있나요?

법원은 함께 적용할 수 없다고 판단했습니다. 거주주택 특례(소득세법 시행령 제155조 제20항)와 일시적 2주택 특례(같은 조 제1항)는 모두 양도 당시 1세대가 2주택만 가진 경우를 전제로 하므로, 장기임대주택·살던 집·새집 세 채를 가진 상태에서는 어느 쪽도 적용되지 않는다는 것입니다.

이 사건 납세자는 과세관청의 종전 해석과 과세 실무가 두 특례의 중첩 적용을 인정해 왔다고 주장했습니다. 1심인 서울행정법원 2024. 11. 8. 선고 2023구단53662 판결은 불특정 다수에게 공표된 해석은 그 납세자에 대한 공적 견해표명으로 보기 어렵다며 신뢰보호 주장도 받아들이지 않았고, 대법원이 심리불속행으로 상고를 기각해 이 판단이 확정됐습니다.

이 판결은 2019년 양도분에 적용되던 구 시행령에 관한 것이지만, 현행 제155조 제1항은 「국내에 1주택을 소유한 1세대」, 제20항은 「장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대」로 문언 구조가 같습니다. 같은 판결은 공동상속주택 소수지분을 주택 수에서 빼는 제3항은 다른 특례와 함께 적용할 수 있다고 보았습니다.

거주주택으로 인정받으려면 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

거주주택은 보유기간 중 세대가 실제로 2년 이상 거주했어야 하고, 임대주택은 양도일 현재 사업자등록과 민간임대주택 등록을 유지하며 임대 중이어야 합니다. 임대료나 보증금을 올렸다면 증가율이 100분의 5를 넘지 않아야 하고, 증액 청구는 계약 또는 직전 증액 후 1년 안에는 할 수 없습니다.

• 거주주택 - 보유기간 중 거주기간 2년 이상(주민등록과 실제 거주가 함께 확인되어야 합니다)
• 장기임대주택 - 제167조의3 제1항 제2호의 주택으로서 2020. 7. 10. 이전에 임대사업자등록을 신청한 주택 등
• 양도일 현재 상태 - 사업자등록, 민간임대주택 등록, 임대 중, 임대료 증가율 100분의 5 이하

같은 거주주택 특례를 이미 받은 적이 있다면 주의해야 합니다. 임대주택으로 등록했던 집을 다시 거주주택으로 파는 경우처럼 직전거주주택보유주택에 해당하면, 직전거주주택을 판 날 이후 기간분에 대해서만 1주택으로 봅니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」에 따른 내용입니다.

새집을 사기 전에 살던 집을 팔아야 하나요?

새집을 살 계획이라면 살던 집 잔금을 먼저 받고 새집 잔금을 나중에 치르는 순서가 판결 기준에 맞습니다. 살던 집을 판 날 임대주택과 살던 집 두 채만 있으면 제20항의 거주주택 특례를 검토할 수 있기 때문입니다.

새집 취득일은 원칙적으로 잔금을 청산한 날이고, 잔금 전에 소유권이전등기를 했다면 등기접수일입니다. 매매계약을 하고 계약금만 낸 상태라면 아직 새집을 취득한 것이 아니므로, 두 잔금일의 순서를 계약서에서 맞출 수 있는지 먼저 확인합니다.

임대주택이 없는 세대라면 새집 취득일부터 3년(조정대상지역 종전주택을 가진 세대가 2026. 8. 4. 이후 조정대상지역 새집을 취득해 2026. 10. 1. 이후 파는 경우 2년) 안에 살던 집을 팔면 되지만, 임대주택이 함께 있으면 이 기한을 지켜도 위 판결 기준으로는 비과세를 장담할 수 없습니다. 이미 새집 잔금을 치렀다면 과세될 경우의 세액과 매도 시점을 함께 비교해야 하고, 양도가액이 12억원을 넘으면 비과세가 되더라도 넘는 부분에는 세금이 계산됩니다.

임대주택 요건이 나중에 깨지면 어떻게 되나요?

거주주택을 판 뒤 임대기간을 채우지 못하면 비과세로 덜 낸 세금을 다시 내야 합니다. 임대기간 요건을 채우기 전에 거주주택을 팔아도 특례는 적용되지만, 그 뒤 요건을 충족하지 못하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 계산한 세액을 신고·납부해야 합니다.

수용 같은 부득이한 사유나 재건축 기간 등은 임대기간 계산에서 따로 정한 특례가 있습니다. 반대로 임대료를 5퍼센트 넘게 올리거나 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘으면 요건이 깨질 수 있으므로, 거주주택을 판 뒤에도 임대차계약서와 임대료 변동 기록을 계속 관리해야 합니다. 아파트를 장기일반민간임대주택이나 단기민간임대주택으로 등록한 경우에는 2026. 9. 30. 개정으로 신설된 소득세법 시행령 제167조의3 제11항의 양도기한이 함께 걸리는지 확인해야 합니다.

임대주택 일시적 2주택 비과세 대응 순서

• 주택별 현황 정리 - 임대주택, 살던 집, 새집의 계약일·잔금일·등기일을 한 표로 만듭니다. 살던 집을 파는 날 몇 채를 갖게 되는지가 이 표에서 확인됩니다.
• 잔금 순서 조정 - 새집 계약을 했다면 살던 집 잔금을 새집 잔금보다 먼저 받을 수 있는지 계약 상대방과 일정을 맞춥니다. 이미 세 채가 되었다면 과세될 경우의 세액을 계산합니다.
• 임대 요건 점검 - 임대사업자 등록증, 사업자등록증, 임대차계약서로 등록 유지와 임대료 증가율을 확인합니다. 등록 시기와 주택 유형이 장기임대주택에 해당하는지도 봅니다.
• 신고서 제출 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고하면서 주택임대사업자의 거주주택 1세대 1주택 특례적용신고서를 함께 냅니다. 임대차계약서 사본과 임차인 주민등록표 등본을 첨부합니다.
• 과세된 경우 - 두 채 상태에서 특례를 빠뜨려 세금을 냈다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 합니다. 과세예고통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토하되, 세 채 상태의 양도라면 위 확정 판결을 놓고 다툴 실익부터 따집니다(이의신청은 선택 절차입니다).

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택 등록 시기·유형이나 과거 거주주택 특례 이력이 있으면 등록증과 등기부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 비과세 판단, 경정청구와 과세전적부심사, 조세심판 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임대주택을 먼저 팔아야 살던 집이 비과세되나요?
  아니요. 임대주택과 살던 집 두 채만 가진 상태라면 장기임대주택 요건을 유지한 채 살던 집을 먼저 팔아도 거주주택 특례를 검토할 수 있습니다. 임대주택을 먼저 팔면 임대기간 요건과 감면·중과 판단이 따로 문제 되므로, 어느 집을 먼저 팔지는 세액을 비교해 정합니다.
• 살던 집에서 2년을 못 채웠는데 새집을 사면요?
  거주주택 특례는 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 하므로 2년을 채우기 전에 팔면 이 특례를 받을 수 없습니다. 새집을 살 계획이라면 거주 2년을 채운 뒤 새집 잔금 전에 살던 집을 파는 일정이 가능한지 먼저 계산해 보십시오.
• 임대료를 6% 올렸으면 특례가 안 되나요?
  장기임대주택은 양도일 현재 임대보증금 또는 임대료 증가율이 100분의 5를 넘지 않아야 합니다. 보증금과 월세를 서로 전환했다면 민간임대주택에 관한 특별법의 전환 규정을 적용해 다시 계산하므로, 실제 증가율을 계약서로 확인해야 합니다.
• 새집 대신 분양권을 샀다면 어떻게 판단하나요?
  분양권 상태에서는 주택을 취득한 것이 아니어서 이 글의 일시적 2주택 기한이 바로 시작되지 않습니다. 분양권을 가진 경우에는 별도의 분양권 특례 규정이 적용되므로 계약일, 취득일, 완공 예정일을 놓고 따로 계산해야 합니다.
• 특례신고서를 안 내면 비과세가 안 되나요?
  거주주택 특례를 적용받으려면 과세표준신고서와 함께 특례적용신고서와 임대차계약서 사본 등을 내도록 되어 있습니다. 신고서를 빠뜨렸더라도 요건을 실제로 갖췄다면 경정청구나 불복에서 다툴 여지가 있지만, 처음부터 함께 내 두어야 요건 확인을 둘러싼 다툼이 줄어듭니다.
• 거주주택을 판 뒤 임대주택을 팔면 어떻게 되나요?
  임대기간 요건을 채우기 전에 임대주택을 팔거나 등록을 말소하면 거주주택 양도 때 덜 낸 세액을 사유 발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 신고·납부해야 합니다. 수용 같은 부득이한 사유는 계속 임대한 것으로 보는 특례가 있습니다.
• 특례를 빠뜨리고 세금을 냈다면 어떻게 하나요?
  임대주택과 살던 집 두 채 상태에서 요건을 갖췄는데도 특례를 적용하지 않고 신고·납부했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 과세한 경우에는 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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