법인세·소득세

임대등록이 자동말소된 법인 아파트를 팔면 추가 법인세를 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.18 갱신

법령이 정한 임대주택 요건을 모두 갖췄다면 등록이 말소된 뒤 팔았다는 이유만으로 토지등 양도소득의 추가 법인세가 붙지는 않습니다. 다만 2026. 10. 1. 시행 시행령이 일정한 조정대상지역 종전 아파트 임대주택에 양도기한을 더했으므로 이 기한도 지켜야 합니다.

법령이 정한 임대주택의 요건을 모두 충족한 경우라면, 임대등록이 말소된 뒤 양도했다는 이유만으로 토지등 양도소득의 추가 법인세가 붙는 것은 아닙니다. 국세청은 임대의무기간 종료로 자동말소된 경우 기간 요건을 충족한 것으로 보는 규정도 확인했습니다. 다만 2026년 10월 1일 시행된 법령은 일정한 조정대상지역의 종전 아파트 임대주택에 양도기한을 추가했습니다. 현재 매각은 이 기한까지 함께 충족해야 합니다. 일반 법인세까지 없어지는 뜻도 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

B법인은 2017. 3. 2. 조정대상지역에 있는 아파트 1채를 취득해 단기민간임대주택으로 등록했습니다. 4년 임대의무기간이 끝나면서 등록은 자동말소됐고, 그 뒤에도 같은 임차인과 계약을 갱신해 임대를 이어 왔습니다. 임대료는 갱신 때마다 5% 안에서 올렸다고 하지만, 갱신 계약서 일부가 남아 있지 않습니다. 2026. 9. 21. 매수 희망자가 나타나 9억원에 매매계약을 앞두고 있고, 잔금은 2026. 11. 30.로 잡혀 있습니다. B법인은 등록이 말소된 상태로 팔아도 토지등 양도소득에 대한 추가 법인세가 빠지는지, 10월에 바뀐 시행령의 양도기한이 이 아파트에도 걸리는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

등록이 없어진 채 팔면 임대주택 예외가 사라지지 않나요?

말소만 떼어 보지 말고 예외 요건을 언제 어떻게 충족했는지 확인해야 합니다. 해당 회신은 시행령 제92조의2 제2항 제1호의 주택이 같은 호 각 목의 요건을 모두 충족한 뒤 등록이 말소된 상태로 양도되는 사안을 다뤘습니다.

국세청은 그 경우 토지등 양도소득 과세특례 적용이 배제된다고 답했습니다. 특히 임대의무기간이 끝난 날 등록이 자동말소된 경우에는 의무기간 종료일에 해당 임대기간 요건을 갖춘 것으로 본다고 설명했습니다.

따라서 양도일에 등록이 말소돼 있다는 사실만으로 예외 적용을 포기할 필요는 없습니다. 반대로 말소됐다는 사실만 확인하고 예외를 적용해서도 안 됩니다. 어떤 임대주택 유형인지, 등록·취득 시점과 나머지 법정 요건을 충족했는지가 선행 문제입니다.

6월 회신만 보고 매각 시기를 정해도 되나요?

그 뒤 시행된 개정법을 함께 보아야 합니다. 2026년 6월 회신은 말소 뒤에도 요건을 갖춘 주택의 추가 과세 배제가 가능하다는 판단입니다. 그러나 2026년 10월 1일 시행된 시행령은 제2항 제1호 라목 등에서 일정한 종전 장기일반·단기민간임대 아파트 중 조정대상지역의 주택에 제10항의 양도기한을 연결했습니다. 도시형 생활주택인 아파트 등 적용 대상에서 구별하는 유형도 있습니다.

기본 기한은 2027년 12월 31일입니다. 다음 사유에 해당하면 기본 기한과 해당 연장일 중 가장 늦은 날을 확인합니다.

• 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는 주택은 법정 자동말소일부터 1년이 되는 날을 비교합니다.
• 2027년 1월 1일 이후 신규 조정대상지역으로 지정된 지역의 주택은 공고일부터 1년을 비교합니다. 2026년 말 이미 조정대상지역인 지역은 이 사유에서 제외합니다.
• 기본 기한 또는 위 두 사유의 기한 전에 법정 정비사업 인가·지정이 있는 주택은 해당 이전고시일부터 1년을 비교합니다. 재건축 조합설립인가와 재개발 관리처분계획인가 등 사업별 요건이 다르므로 단순히 정비사업 예정이라는 이유만으로 연장되지는 않습니다.

이는 법인 자체의 현행 기한입니다. 개인 양도세 안내의 1년 규정을 그대로 쓰면 안 됩니다. 법인도 제2항 제1호의14에 해당하는 법정 자진말소 주택에는 그 호의 말소 후 1년 기한을 적용하므로, 자동말소와 자진말소를 먼저 구분해야 합니다.

어떤 임대주택에 관한 회신인가요?

회신의 질의법인은 과거 취득한 아파트를 임대주택으로 등록했고, 임대의무기간 종료에 따라 등록이 자동말소된 상태에서 양도하려는 사안이었습니다. 국세청의 답변은 법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호 각 목의 요건을 갖췄다는 전제를 둡니다.

취득·등록 시점이나 주택 종류에 따라 적용되는 경과규정이 달라질 수 있습니다. 현재 새로 산 아파트를 등록할 수 있는지, 새 등록으로 과거와 같은 세제 혜택이 생기는지도 별도의 질문입니다.

임대기간 외에 가격·등록·임대료 등 해당 유형의 다른 요건을 확인해야 합니다. 기간을 채웠다는 자료만으로 나머지 조건까지 모두 충족된 것은 아닙니다. 회신의 결론을 모든 민간임대주택에 넓혀 적용하지 마십시오.

임대료를 올리거나 등록을 바꾼 이력도 보나요?

법정 요건 판단과 관련된다면 확인해야 합니다. 최초 등록증뿐 아니라 변경·말소 내역과 임대차계약의 갱신, 보증금·월세 변동을 연도별로 연결할 필요가 있습니다. 새 계약과 갱신 계약을 구분하고 실제 임대 기간의 공백도 확인하십시오.

법인이 임대주택을 다른 법인에서 넘겨받았거나 합병·분할을 거쳤다면 등록 주체와 요건 승계도 검토해야 합니다. 회사 이름이 달라졌다는 사정만으로 기간이 모두 끊기거나, 같은 그룹이라는 이유로 모든 기간을 이어받는다고 볼 수는 없습니다.

과거 자료가 부족하면 행정기관의 등록·변경 기록과 임차인의 계약자료를 맞춰 보십시오. 세무서 사업자등록과 지자체 임대사업자등록은 별도 자료이므로 한쪽만으로 전체 요건을 확인하지 않는 것이 좋습니다.

임대의무기간 중 법정 증액 비율을 넘겨 임대료를 올렸다면 세금과 별도로 민간임대주택법상 과태료 대상이 될 수 있습니다.

법인세 대응 순서

그렇지 않습니다. 법인세법 제55조의2는 일정한 자산 양도에 대해 일반적인 법인세 외에 추가로 납부하는 세액을 정합니다. 그 특례 적용이 배제된다는 것은 해당 추가 과세를 하지 않는다는 의미이지 매각이익에 대한 일반 법인세까지 없애는 것은 아닙니다.

회계장부의 취득가액과 세무상 장부가액, 감가상각, 자본적 지출 등을 확인해 일반 법인세 계산도 해야 합니다. 매각대금을 주주나 대표자에게 지급할 때 생길 수 있는 별도 과세 문제도 이 임대주택 예외로 해결되지 않습니다.

말소 통지서의 법적 근거와 실제 말소일이 다르게 기록된 자료가 있다면 원문부터 대조해야 합니다. 임대차 종료일이 곧 등록 말소일인 것도 아닙니다. 양도계약일과 잔금·등기일을 나누어 확인하고 적용 법령의 기준 시점에 맞추어야 합니다. 같은 아파트라도 일부 지분을 먼저 양도했다면 각 거래의 이력도 분리할 필요가 있습니다.

신고한 뒤 매매계약이 판결이나 화해로 해제되면 후발적 경정청구로 법인세를 바로잡을 여지가 있습니다. 대법원은 법인세에서도 계약 해제가 원칙적으로 후발적 경정청구 사유가 된다고 보았습니다. 다만 법령에 해제일 사업연도에 반영하라는 규정이 있거나, 기업회계 관행에 따라 해제일 사업연도에 반영해 신고해 왔다면 인정되지 않습니다. 「아파트 분양계약이 해제됐는데 이미 낸 법인세를 후발적 경정청구로 돌려받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

법인 토지의 추가 법인세 예외가 문제 된 다른 예는 「법인 땅에 매수인이 먼저 착공해도 비사업용 토지 예외가 되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자동말소 통지서만 있으면 충분한가요?
  말소 원인 외에 해당 유형의 다른 요건과 현행 양도기한을 확인해야 합니다. 자동말소 사실만으로 기한 제한이 모두 없어지지는 않습니다.
• 자진말소도 같은 결론인가요?
  제2항 제1호의14의 대상이라면 의무기간 절반 이상 임대 등 요건과 말소 후 1년 양도기한을 확인해야 합니다. 제10항의 연장 구조와 같게 보지 않습니다.
• 법인 대표자가 무주택이면 비과세인가요?
  법인의 자산 양도와 대표자의 개인 주택 수는 구별됩니다. 개인 비과세 규정을 법인에 그대로 적용할 수는 없습니다.
• 기간만 채우면 임대료 요건 위반도 없어지나요?
  없어지지 않습니다. 회신은 시행령 제92조의2 제2항 제1호 각 목의 요건을 모두 갖춘 뒤 등록이 말소된 경우를 전제로 합니다. 임대기간을 채웠더라도 임대료 증액 제한 등 다른 요건을 어겼다면 그 위반이 따로 문제 됩니다.
• 등록을 다시 하면 예전 요건 위반도 치유되나요?
  치유되지 않습니다. 재등록은 과거의 실제 임대 사실을 소급해 바꾸지 못합니다. 이전 요건 위반이 있었는지, 새 등록으로 어떤 요건과 기간이 다시 시작되는지, 승계되는 부분이 있는지를 구체적으로 검토해야 합니다.
• 추가 과세가 빠지면 양도차익도 신고하지 않나요?
  신고해야 합니다. 법인세법 제55조의2의 추가 과세가 배제되는 것과 일반 법인세 신고는 별개입니다. 아파트 매각대금과 세무상 장부가액의 차이는 일반 법인세 계산에 그대로 반영해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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