세금

국내 자회사가 외국 모회사의 고정사업장으로 과세될 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

국내 자회사를 두었다는 사정만으로 외국 모회사의 고정사업장이 생기지는 않습니다. 다만 모회사가 자회사 인력과 시설을 직접 지휘하며 본질적 사업을 하면 달라집니다. 이때는 자회사 사업장에 모회사 고정사업장이 있다고 볼 수 있습니다. 자회사가 자기 계산으로 사업하는 구조라면 모회사가 따로 법인세를 신고할 필요는 없습니다.

국내 자회사를 두었다는 사정만으로 외국 모회사의 고정사업장이 생기지는 않습니다. 다만 모회사가 자회사 인력과 시설을 직접 지휘하며 본질적 사업을 하면 달라집니다. 이때는 자회사 사업장에 모회사 고정사업장이 있다고 볼 수 있습니다. 자회사가 자기 계산으로 사업하는 구조라면 모회사가 따로 법인세를 신고할 필요는 없습니다.

국내 자회사를 두기만 해도 모회사 고정사업장이 되나요?

아니요, 자회사는 모회사와 별개의 법인이어서 지분 관계만으로 고정사업장이 되지 않습니다. 고정사업장이 되려면 모회사가 처분하거나 사용할 권한을 가진 국내의 고정된 장소가 있어야 합니다. 그 장소에서 모회사 직원이나 지시를 받는 사람이 본질적이고 중요한 사업활동을 해야 합니다.

대법원은 미국 정보회사의 국내 자회사가 정보 전달 장비를 운영한 사안을 다루었습니다. 모회사 해외지점 직원은 자회사 사무실에서 고객 교육과 판촉도 했습니다. 대법원은 이 활동이 모회사 사업의 본질적이고 중요한 부분이 아니라고 본 원심을 수긍했습니다.

조세심판원도 비슷한 판단을 했습니다. 미국 소프트웨어 그룹의 아일랜드 법인이 국내 자회사에서 마케팅·유지보수 용역을 받은 사안입니다. 심판원은 아일랜드 법인이 자회사 인력과 시설을 통제했다고 보기 어렵다고 했습니다. 자회사가 대신 본질적 사업을 했다고 보기도 어렵다며 과세를 취소했습니다.

어떤 경우에 자회사 사업장이 모회사 고정사업장으로 인정되나요?

모회사가 자회사의 인적·물적 시설을 자기 사업에 직접 쓰는 경우입니다. 모회사가 자회사 임직원에게 직접 지시·승인하고 자회사가 그 결과를 모회사 계산으로 넘기는 구조가 문제 됩니다. 자회사 사무실 일부를 모회사가 사실상 사용하는 경우도 같습니다.

계약 형식이 협업이나 공급이어도 실질이 공동사업이면 고정사업장이 인정될 수 있습니다. 조세심판원은 외국 제약사가 국내 법인과 운영위원회를 두고 연구개발을 지시·승인한 사안을 다루었습니다. 연구개발비를 분담하고 기술을 공동소유하며 지역별 판매권을 나눈 점도 보았습니다. 심판원은 사실상 국내에서 공동사업을 했다고 보아 심판청구를 기각했습니다.

법인세법 제94조 제5항도 함께 봅니다. 특수관계 법인이 국내에 사업장을 두고 있고 두 활동이 서로 보완적이면 결합해 판단합니다. 그룹 법인 여러 곳이 기능을 나눠 맡은 구조라면 전체 활동을 합쳐 보조적인지를 따지게 됩니다.

지점을 자회사로 바꾸면 고정사업장 문제가 없어지나요?

형식만 바꾸면 문제가 남을 수 있습니다. 과세관청은 같은 기능을 하던 지점을 닫고 자회사로 옮긴 경우 실질이 같다고 보아 과세하기도 합니다. 조세심판원 사건에서 외국 협회는 20년 운영한 한국지점을 닫고 자회사를 세웠습니다. 자회사는 경비의 110%를 보상받는 수수료만 국내에 신고했습니다.

처분청은 사업구조를 형식적으로 바꿔 고정사업장 지위를 피했다고 보아 법인세와 부가가치세를 과세했습니다. 조세심판원은 문제 된 전시장 임대 활동이 협회 고유목적의 본질적 부분이 아니라고 보았습니다. 보조적 활동이라는 이유로 과세를 취소했습니다.

이 결정은 구조 변경이 정당하다고 본 것이 아니라 활동의 성격을 따진 결과입니다. 자회사로 바꾼 뒤에도 모회사가 같은 사람에게 같은 지시를 계속한다면 결론이 달라질 수 있습니다. 구조를 바꿀 때 기능과 위험이 실제로 자회사로 넘어갔는지를 문서로 남겨야 합니다.

자회사가 받는 용역 대가는 어떻게 정해야 하나요?

자회사가 모회사에 제공하는 용역 대가는 정상가격이어야 합니다. 국내 자회사와 외국 모회사의 거래는 국외특수관계인과의 국제거래이기 때문입니다. 과세당국은 거래가격이 정상가격보다 낮으면 정상가격을 기준으로 자회사의 소득을 다시 계산할 수 있습니다.

정상가격은 법에 정한 다섯 가지 방법 중 가장 합리적인 방법으로 산출합니다. 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법이 있습니다. 거래순이익률방법과 이익분할방법도 있습니다. 지원 용역만 하는 자회사라면 원가에 통상의 이윤을 더하는 방식이 자주 쓰입니다. 그러나 자회사가 실제로 영업을 하고 재고·채권 위험을 지는데도 원가 보상만 받으면 맞지 않습니다.

이 경우 과세당국은 두 방향 중 하나를 택할 수 있습니다. 모회사 고정사업장을 인정해 과세하거나, 자회사의 보상이 낮다고 보아 자회사 소득을 늘리는 방법입니다. 자회사가 맡은 기능과 받은 보상이 맞으면 두 위험이 함께 줄어듭니다.

자회사 고정사업장 과세 대응 순서

• 지휘 관계 확인 - 모회사 임직원이 자회사 직원에게 직접 지시·승인한 기록이 있는지 확인합니다.
• 장소 사용 점검 - 자회사 사무실을 모회사 직원이 상시 쓰거나 모회사 명의 장비가 있는지 봅니다.
• 용역계약 정비 - 자회사가 자기 명의·자기 계산으로 용역을 수행한다는 점을 계약과 정산 자료로 맞춥니다.
• 기능 이전 기록 - 지점을 자회사로 바꿨다면 인력·자산·위험이 실제로 넘어간 근거를 남깁니다.
• 불복 준비 - 과세되면 통제·지시가 없었다는 자료로 조세심판·행정소송을 진행합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 모회사가 자회사 인력과 시설을 실제로 지휘했는지에 따라 고정사업장 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 외국계 그룹의 국내 자회사 구조에 대한 고정사업장 검토와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자회사 대표가 모회사 임원을 겸하면 고정사업장이 되나요?
  겸직만으로 고정사업장이 되지는 않습니다. 다만 그 사람이 국내에서 모회사 명의 계약을 반복 체결하거나 중요한 역할을 반복하면 종속대리인 기준으로 따로 판단됩니다.
• 고정사업장이 인정되면 자회사가 이미 낸 법인세는 어떻게 되나요?
  자회사의 법인세와 모회사 고정사업장의 법인세는 납세의무자가 달라 자동으로 상계되지 않습니다. 같은 소득에 대한 중복 과세 여부는 귀속 소득 계산 단계에서 따로 다투어야 합니다.
• 부가가치세도 함께 과세되나요?
  고정사업장이 인정된 사건에서 처분청은 법인세와 함께 부가가치세도 과세했습니다. 국내사업장에서 공급한 용역으로 보기 때문입니다. 두 세목을 함께 다투어야 합니다.
• 모회사 직원이 자회사에 장기 파견되면 고정사업장 위험이 커지나요?
  파견 직원이 자회사 업무가 아닌 모회사 업무를 하면 위험이 커집니다. 고용인을 통한 용역이 12개월 중 6개월을 넘으면 그 장소가 국내사업장에 포함될 수 있습니다.
• 심판원에서 지면 소송으로 다시 다툴 수 있나요?
  네, 심판청구 결정의 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 낼 수 있습니다. 고정사업장 여부는 사실 판단이 중심이어서 심판 단계에서 낸 자료가 소송에서도 중요합니다.
• 공동개발 계약만 맺어도 공동사업으로 보나요?
  계약 이름보다 운영위원회의 지시·승인, 비용 분담, 기술 공동소유, 판매권 배분 같은 실질을 봅니다. 이런 요소가 겹치면 공동사업으로 보아 고정사업장을 인정한 결정이 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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