세금

중소기업 규모를 넘으면 2025년부터 졸업유예기간은 몇 년인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

규모 기준을 처음 넘은 과세연도와 그다음 5개 과세연도까지 중소기업으로 봅니다. 그 기간 끝에 유가증권시장이나 코스닥에 상장돼 있으면 7개 과세연도로 늘어납니다. 종전에는 그다음 3개 과세연도였습니다. 2024. 11. 12.이 속하는 과세연도에 처음 기준을 넘은 기업부터 적용됩니다.

규모 기준을 처음 넘은 과세연도와 그다음 5개 과세연도까지 중소기업으로 봅니다. 그 기간 끝에 유가증권시장이나 코스닥에 상장돼 있으면 7개 과세연도로 늘어납니다. 종전에는 그다음 3개 과세연도였습니다. 2024. 11. 12.이 속하는 과세연도에 처음 기준을 넘은 기업부터 적용됩니다.

중소기업 졸업유예는 어떤 제도인가요?

조세특례제한법상 중소기업 혜택은 매출액, 자산총액, 독립성 같은 요건을 갖춰야 받을 수 있습니다. 회사가 성장해 이 기준을 넘으면 원칙적으로 다음 과세연도부터 중소기업 혜택이 끊깁니다. 졸업유예는 이 충격을 줄이기 위해 일정 기간 계속 중소기업으로 봐 주는 제도입니다.

유예 사유는 세 가지입니다. 매출액이 업종별 중소기업 기준을 넘은 경우와 자산총액이 5천억원 이상이 된 경우입니다. 관계기업과 합산한 규모가 기준을 넘은 경우도 들어갑니다. 성장 때문에 졸업한 경우를 보호하려는 취지입니다.

유예기간 동안에는 중소기업 감면과 세액공제, 최저한세율 같은 혜택을 계속 받을 수 있습니다. 최저한세 적용에서도 같은 유예기간이 적용되도록 함께 정비됐습니다. 감면을 받던 기업이 졸업 직후 최저한세 때문에 감면이 깎이는 문제도 이 기간에는 완화됩니다.

유예기간은 어떻게 계산하나요?

유예기간은 규모 기준을 처음 넘은 날이 속하는 과세연도와 그다음 5개 과세연도입니다. 12월 결산법인이 2025 사업연도에 처음 기준을 넘었다면 2025년부터 2030년까지 중소기업으로 봅니다. 2031 사업연도부터는 해마다 다시 요건을 따집니다. 유예기간을 셀 때 사업연도가 1년 미만인 해가 끼어 있어도 과세연도 단위로 셉니다.

상장기업은 더 깁니다. 처음 사유가 생긴 과세연도 종료일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 봅니다. 그 과세연도 말 현재 상장돼 있으면 그다음 7개 과세연도까지 유예됩니다. 위 예에서 2030년 말 현재 코스피나 코스닥에 상장돼 있으면 2032년까지 늘어납니다.

중소기업기본법 시행령이 바뀌어 중소기업에서 빠지게 된 경우는 다릅니다. 이때는 사유가 생긴 과세연도와 그다음 3개 과세연도까지만 중소기업으로 봅니다. 회사 성장이 아니라 기준 변경 때문에 졸업했다면 이 기간을 따로 확인해야 합니다.

2023년에 이미 졸업했다면 어떻게 되나요?

부칙은 늘어난 유예기간을 2024. 11. 12.이 속하는 과세연도에 처음 중소기업에서 벗어나는 사유가 생긴 경우부터 적용하도록 했습니다. 12월 결산법인이라면 2024 사업연도에 처음 기준을 넘은 기업부터입니다. 그보다 앞서 졸업한 기업은 종전 3년 유예가 적용됩니다.

예를 들어 2023 사업연도에 처음 매출 기준을 넘었다면 종전 규정이 적용됩니다. 2023년과 그다음 3개 과세연도인 2026년까지 유예됩니다. 2027 사업연도부터는 중소기업 요건을 다시 따져야 합니다. 같은 성장 속도라도 졸업 연도에 따라 유예 끝이 달라집니다.

연구개발 세액공제의 중소기업 유예 규정도 2025. 2. 28. 개정으로 함께 정비됐습니다. 연구개발 세액공제는 중소기업에서 벗어난 뒤 일정 기간 공제율을 따로 정합니다. 시행령은 그 기산점인 「최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우」를 위 유예기간이 지난 때로 정합니다. 신성장·원천기술과 국가전략기술 연구개발비는 별도 항이 있습니다. 2024. 12. 31.이 속하는 과세연도 직전 과세연도까지 졸업 사유가 생겼다면 3개 과세연도가 적용됩니다. 세액공제 항목마다 적용 시점이 다를 수 있어 따로 확인해야 합니다.

유예를 받을 수 없는 경우도 있나요?

네, 시행령은 유예를 적용하지 않는 사유를 따로 정했습니다. 중소기업이 아닌 기업과 합병하거나, 유예기간 중인 기업과 합병하는 경우가 대표적입니다. 유예기간 중에 이런 일이 생기면 그 사유가 생긴 과세연도부터 유예가 끊깁니다.

공시대상기업집단에 편입되는 등 독립성 요건을 잃은 경우도 유예가 없습니다. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내 과세연도 말에 이미 기준을 넘은 경우도 마찬가지입니다. 창업 직후 빠르게 커진 기업은 유예 없이 바로 졸업할 수 있습니다.

그래서 유예기간 중 인수합병을 계획한다면 세제 혜택이 끊기는 시점을 먼저 계산해야 합니다. 유예기간 중인 계열사가 넘긴 사업에 관한 증여세 쟁점은 「중소기업 유예기간인 계열사가 넘긴 사업도 일감떼어주기 증여세 대상인가요?」에서 다뤘습니다.

중소기업 졸업유예 대응 순서

• 최초 초과 연도 확정 - 매출액·자산총액·관계기업 합산 기준을 처음 넘은 과세연도를 확인합니다.
• 적용 규정 판단 - 그 과세연도가 2024. 11. 12.이 속하는 과세연도 이후인지 보고 5년 또는 3년을 정합니다.
• 상장 여부 점검 - 유예 마지막 해 기준으로 상장 상태라면 7개 과세연도 유예를 확인합니다.
• 배제 사유 점검 - 합병, 기업집단 편입, 창업 2년 내 초과 여부를 확인합니다.
• 혜택별 대조 - 감면, 세액공제, 최저한세마다 유예 적용 여부와 시점을 대조합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 처음 기준을 넘은 과세연도와 상장 여부, 합병 등 배제 사유에 따라 유예기간이 달라집니다. 법무법인 윤성은 성장 단계 기업의 중소기업 판정과 세액공제·감면 검토를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 유예기간 중에도 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있나요?
  네, 유예기간에는 중소기업으로 보므로 다른 요건을 갖추면 중소기업 대상 감면과 공제를 계속 받을 수 있습니다. 다만 개별 규정이 따로 정한 요건은 별도로 확인해야 합니다.
• 부동산 임대업으로 업종이 바뀌어 빠지면 유예가 되나요?
  아니요, 유예는 매출액·자산총액·관계기업 규모 초과로 졸업한 경우에 적용됩니다. 부동산 임대업이 주된 사업이 되는 등 다른 요건을 잃은 경우는 유예 대상이 아닙니다.
• 유예기간 중에 상장하면 기간이 늘어나나요?
  상장 시점이 아니라 정해진 판정 시점에 상장돼 있는지로 판단합니다. 처음 사유가 생긴 과세연도 종료일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도 말이 기준입니다. 그때 상장 상태라면 7개 과세연도로 늘어납니다.
• 유예기간이 끝난 뒤 다시 매출이 줄면 중소기업이 되나요?
  유예기간이 지나면 과세연도별로 중소기업 요건을 다시 판정합니다. 그 해 요건을 다시 갖추면 중소기업으로 볼 수 있지만 같은 유예를 반복해 받는지는 따로 따져 봐야 합니다.
• 중소기업기본법상 중소기업 확인서와 세법상 판정이 다를 수 있나요?
  네, 조세특례제한법 시행령은 중소기업기본법 기준을 끌어오되 매출액 기준, 업종 제외, 유예기간을 따로 정합니다. 확인서가 있어도 세법상 요건은 별도로 확인해야 합니다.
• 최저한세도 유예기간 동안 중소기업 기준으로 계산하나요?
  네, 규모 초과로 졸업한 경우 최저한세 적용에서도 같은 5개(상장 7개) 과세연도 유예가 적용됩니다. 중소기업기본법 시행령 개정으로 졸업한 경우는 3개 과세연도입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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