세금

세금계산서 미발급 가산세와 전송 가산세가 함께 부과되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

아니요, 미발급이나 지연발급 가산세가 적용되는 공급가액에는 전송 가산세를 함께 부과하지 않습니다. 둘 중 발급 쪽 가산세 하나만 적용합니다. 다만 발급은 제때 하고 전송만 늦었다면 전송 가산세가 따로 붙습니다. 이때는 매출처별 세금계산서합계표 가산세가 다시 겹치지 않습니다.

아니요, 미발급이나 지연발급 가산세가 적용되는 공급가액에는 전송 가산세를 함께 부과하지 않습니다. 둘 중 발급 쪽 가산세 하나만 적용합니다. 다만 발급은 제때 하고 전송만 늦었다면 전송 가산세가 따로 붙습니다. 이때는 매출처별 세금계산서합계표 가산세가 다시 겹치지 않습니다.

발급 가산세와 전송 가산세는 왜 겹치지 않나요?

법이 같은 공급가액에 대해 하나만 적용하도록 정해 두었기 때문입니다. 지연발급 1%나 미발급 2%가 적용되는 부분에는 전송 관련 가산세와 필요적 기재사항 가산세를 적용하지 않습니다. 전송은 발급을 전제로 한 후속 의무이므로, 발급 단계에서 이미 제재를 받았다면 전송 단계까지 다시 묻지 않는 구조입니다.

예를 들어 법인이 공급가액 1억원 거래의 전자세금계산서를 공급시기에 발급하지 않았다고 해 보겠습니다. 그 뒤 확정신고기한 전에 발급했습니다. 지연발급 가산세 1%인 100만원이 붙습니다. 그 뒤 발급명세를 며칠 늦게 전송했더라도 0.3% 지연전송 가산세 30만원을 더 내지 않습니다. 확정신고기한까지 아예 발급하지 않았다면 미발급 2%인 200만원만 적용됩니다.

과세관청이 고지 단계에서 이 원칙을 놓치는 경우도 있습니다. 세무조사로 여러 과세기간을 한꺼번에 경정하면 세금계산서 건별로 가산세 유형이 분류됩니다. 이때 같은 건이 지연발급과 지연전송 목록에 모두 들어가는 일이 생깁니다. 고지서의 가산세 명세를 세금계산서 승인번호 단위로 대조해 보는 이유입니다.

발급은 제때 하고 전송만 늦었다면 얼마인가요?

전송기한은 전자세금계산서 발급일의 다음 날입니다. 이를 넘겨 확정신고기한까지 전송하면 공급가액의 0.3%, 확정신고기한까지도 전송하지 않으면 0.5%입니다. 전송 가산세는 발급을 제때 한 경우에만 문제 됩니다.

발급일은 작성일과 다를 수 있습니다. 전자세금계산서는 공급받는 자의 수신함이나 국세청 시스템에 입력된 때 발급된 것으로 봅니다. 월합계로 말일자 세금계산서를 다음 달 10일에 발급했다면 전송기한은 다음 달 11일입니다. 작성일 기준으로 계산해 전송이 늦었다고 오해하는 경우가 많습니다. 발급대행 시스템을 쓰면 발급 시각과 전송 시각이 시스템 기록에 남으니 그 기록을 기준으로 따지면 됩니다.

전송 가산세는 국세기본법상 가산세 한도 대상입니다. 의무위반 종류별로 5,000만원, 중소기업이 아니면 1억원이 한도입니다. 다만 고의로 위반했다면 한도가 적용되지 않습니다. 미발급 가산세에는 이 한도가 없다는 점과 구별됩니다.

전송을 안 했다면 합계표 가산세도 붙나요?

아니요, 전송 가산세가 적용되는 부분에는 매출처별 세금계산서합계표 가산세를 적용하지 않습니다. 전송을 늦게 하거나 하지 않으면 합계표 제출 면제를 받지 못합니다. 그래서 원칙적으로는 매출처별 합계표를 내야 합니다. 하지만 그 미제출을 이유로 0.5%를 더 매기지는 않습니다.

합계표 제출 면제는 공급시기가 속한 과세기간 마지막 날의 다음 달 11일까지 전송한 경우에 적용됩니다. 예정신고라면 예정신고기간 마지막 날의 다음 달 11일입니다. 그 뒤에 전송했다면 신고 때 합계표를 함께 작성해 내는 것이 원칙입니다.

반대로 미발급 가산세가 적용되는 부분에도 합계표 가산세는 붙지 않습니다. 발급 단계의 가산세 하나가 그 공급가액에 대한 제재를 대표한다고 볼 수 있습니다.

전송이 안 된 전자세금계산서를 받은 매입자는 공제받나요?

네, 발급 사실이 확인되면 매입세액공제를 받을 수 있습니다. 전자세금계산서가 국세청에 전송되지 않았더라도 공급자가 실제로 발급한 사실이 확인되면 공제 사유에 해당합니다. 매입자에게 공급자의 전송 지연을 이유로 한 가산세는 없습니다.

다만 국세청 자료에 그 세금계산서가 없으므로 신고 내용이 자료와 맞지 않게 됩니다. 매입자는 수신 메일, 공급자와 주고받은 거래명세서 같은 발급 증빙을 보관해 두어야 합니다. 공급자에게 전송을 요청해 자료를 맞추는 것이 가장 간단한 방법입니다.

전송되지 않은 세금계산서는 매입자 쪽에서도 합계표 제출 면제를 받지 못합니다. 받은 전자세금계산서가 과세기간 마지막 날의 다음 달 11일까지 전송되지 않았다고 해 보겠습니다. 그러면 매입처별 세금계산서합계표에 그 건을 적어 신고 때 함께 내야 합니다. 이를 빠뜨리면 매입세액공제 단계에서 소명을 요구받을 수 있습니다.

전자세금계산서 가산세 대응 순서

• 발급 시점 확인 - 공급시기나 월합계 특례 기한 안에 발급했는지 먼저 봅니다.
• 발급 가산세 산정 - 지연발급이면 1%, 확정신고기한까지 미발급이면 2%를 적용합니다.
• 전송 시점 확인 - 제때 발급한 건만 발급일 다음 날까지 전송했는지 따집니다.
• 중복 제외 - 발급 가산세가 붙은 건에서 전송·합계표 가산세를 빼고, 전송 가산세가 붙은 건에서 합계표 가산세를 뺍니다.
• 한도 적용 - 전송·지연발급 가산세에 5,000만원 한도가 적용되는지 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 발급일과 전송일, 과세관청이 어느 가산세를 골랐는지에 따라 실제 부담이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 가산세 고지의 중복 적용 여부 검토와 경정청구·불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 전송기한 다음 날이 공휴일이면 기한이 늦춰지나요?
  세법상 제출 기한이 토요일·일요일, 공휴일·대체공휴일, 노동절이면 그다음 날이 기한입니다. 전송도 서류 제출에 준하는 의무이므로 같은 원칙이 적용된다고 볼 수 있습니다.
• 공급자가 전송하지 않으면 매입자가 대신 전송할 수 있나요?
  전송 의무는 발급한 사업자에게 있습니다. 매입자는 발급 사실을 증빙으로 남기고 공급자에게 전송을 요청하는 것이 원칙입니다. 매입자의 공제는 발급 사실 확인으로 유지됩니다.
• 전송 가산세를 1개월 안에 바로잡으면 감면되나요?
  감면되지 않는다고 볼 수 있습니다. 1개월 이내 이행 감면은 제출·신고·가입·등록·개설 의무에 적용됩니다. 전자세금계산서 전송은 여기에 열거되어 있지 않습니다.
• 종이 세금계산서를 발급한 경우에도 전송 가산세가 있나요?
  아니요, 종이 발급은 미발급 가산세의 한 유형인 1%가 적용되고 전송 가산세는 따로 붙지 않습니다. 같은 공급가액에 하나만 적용되기 때문입니다.
• 전송 가산세도 매입자에게 부과되나요?
  아니요, 전송 의무와 가산세는 발급한 공급자에게만 있습니다. 매입자는 전송이 늦어진 전자세금계산서로도 발급 사실이 확인되면 공제받고, 따로 가산세를 내지 않습니다.
• 예정신고 때 합계표를 못 냈다면 가산세가 있나요?
  예정신고 때 내지 못한 합계표는 확정신고 때 낼 수 있습니다. 이 경우 매출처별 합계표는 공급가액의 0.3% 가산세가 붙을 수 있으나 전송 가산세가 적용된 부분은 제외됩니다.

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