취득세·보유세

정비사업 인가를 받은 주상복합 부지도 재산세 분리과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

아니요, 주택법상 사업계획승인 대상이 아닌 주상복합 사업이면 정비사업 인가를 받아도 분리과세가 되지 않아 종합부동산세가 나올 수 있습니다. 대법원 2011두5551 전원합의체 판결로 의제 요건과 현행 기준, 불복 기한을 정리했습니다.

아니요, 주택법상 사업계획승인 대상이 아닌 주상복합 사업이라면 정비사업 인가를 받았어도 분리과세가 되지 않습니다. 대법원 전원합의체는 이런 토지를 종합부동산세 과세대상으로 본 처분을 적법하다고 했습니다. 다만 주택법 승인 대상 규모의 사업이라면 결론이 다르므로, 사업 구조부터 확인하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 주택건설사업자로 등록한 시행사입니다. 일반상업지역에서 도시정비형 재개발사업 시행자로 지정되어 아파트 180세대와 상가를 한 건물에 짓는 사업시행계획인가를 받았습니다. 2026. 9. A사는 토지분 종합부동산세 안내를 받고 놀랐습니다. 정비사업 인가를 받으면 주택법 사업계획승인도 받은 것으로 보아 분리과세가 된다고 알고 있었기 때문입니다. 인가 서류에는 주택법 사업계획승인 관련 서류가 따로 첨부되어 있지 않았습니다. A사 대표는 이 세금을 다툴 수 있는지, 내년에는 어떻게 대비해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 어떻게 판단했나요?

주택건설사업자가 상업지역 토지에 공동주택 112세대와 주택 외 시설을 한 건물로 짓는 도시환경정비사업을 추진한 사건입니다. 회사는 정비사업 시행인가와 건축허가를 받았지만 주택법 사업계획승인은 받지 않았고, 세무서는 그 토지에 2006년도 종합부동산세를 부과했습니다.

다수의견은 “주택법상 사업계획승인 대상이 아닌 토지는 그것이 주택건설사업에 공여되고 있는 토지라고 하더라도 구 지방세법 시행령 제132조 제4항 제8호에서 정한 분리과세대상 토지에 포함되지 아니한다.”라고 보았습니다. 이 사업은 주택법상 승인 대상에서 빠지는 주상복합이어서 관계 서류 제출과 협의도 없었으므로 승인이 의제되지 않는다는 것입니다. 대법관 3명은 반대의견에서 주택 부분 부속토지는 분리과세해야 한다고 보았습니다.

정비사업 인가가 왜 주택법 승인으로 의제되지 않나요?

정비사업 인가를 받으면 주택법 사업계획승인 등이 있는 것으로 보지만, 의제를 받으려면 인가를 신청할 때 관계 서류를 함께 내고 인가권자가 관계 행정기관과 미리 협의해야 합니다. 처음부터 주택법상 승인 대상이 아닌 사업은 이 절차를 거칠 일이 없으므로, 의제의 효과도 생기지 않습니다.

대법원은 분리과세의 취지도 함께 보았습니다. 일정 규모 이상의 주택건설사업은 주택법상 부대시설·복리시설 설치와 건설기준 준수 같은 엄격한 규율을 받고, 분리과세는 그런 사업에 대한 혜택이라는 것입니다. 승인 대상에서 빠진 사업은 그 규율을 받지 않으므로 혜택도 없다고 본 셈입니다.

지금 법에서도 같은 결론인가요?

같은 결론이라고 볼 수 있습니다. 현행 지방세법 시행령 제102조 제7항 제7호도 정비사업 시행자를 주택건설사업자에 포함하면서 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지를 요건으로 적고 있고, 도시정비법 제57조의 의제 구조도 그대로입니다.

주택법상 승인 대상에서 빠지는 경우는 현재 준주거지역이나 상업지역(유통상업지역 제외)에서 300세대 미만의 주택과 주택 외 시설을 한 건물로 짓고, 주택 연면적 비율이 90% 미만인 사업입니다. 이 요건에 들어가면 정비사업이라도 분리과세를 기대하기 어렵습니다. 비슷한 쟁점은 「땅을 개발신탁하고 신탁사가 5년 안에 사업승인을 받으면 종부세 합산배제되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

사업을 계획할 때 무엇을 따져 봐야 하나요?

세대수와 주택 비율을 정하는 단계에서 보유세까지 함께 계산해 보아야 합니다. 같은 부지라도 주택법 승인 대상 규모로 계획하면 승인 또는 의제를 거쳐 분리과세를 받을 길이 열리지만, 그 대신 주택법상 부대시설·복리시설 설치와 주택건설기준을 지켜야 합니다.

반대로 승인 대상에서 빠지는 구조를 택하면 인허가는 가벼워지지만 토지는 합산과세될 수 있습니다. 인가부터 착공과 준공까지 여러 해가 걸리는 사업이라면 매년 6월 1일마다 그 부담이 반복되므로, 사업성 검토표에 보유세를 따로 잡아 두는 것이 안전합니다.

주상복합 사업 토지 보유세 대응 순서

• 승인 대상 여부 확인 - 용도지역, 세대수, 주택 연면적 비율로 주택법 승인 대상인지부터 가립니다.
• 인가 서류 점검 - 사업시행계획인가 때 주택법 관계 서류 제출과 협의가 있었는지 확인합니다.
• 과세 분류 대조 - 6월 1일 현재 토지가 어느 과세대상으로 분류됐는지 재산세 고지서와 맞춰 봅니다.
• 분리과세 적용 신청 - 현황이 바뀌어 분리과세 대상이 되었다면 과세기준일부터 15일 안에 신청합니다.
• 불복 기한 관리 - 종부세나 재산세 고지를 받은 날부터 90일 안에 불복 절차를 밟습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업의 용도지역과 세대수, 인가 과정에서 주택법 의제 절차를 거쳤는지에 따라 분리과세 여부와 종부세 부담이 달라집니다. 법무법인 윤성은 개발사업 토지의 재산세·종합부동산세 분류 검토와 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 분리과세 토지는 종합부동산세를 내지 않나요?
  내지 않습니다. 토지분 종합부동산세는 재산세의 종합합산과세대상과 별도합산과세대상 토지에만 과세하므로, 분리과세대상으로 분류된 토지는 종부세 과세대상에서 빠집니다.
• 300세대 이상 주상복합이면 분리과세가 되나요?
  다른 요건을 갖추면 될 수 있습니다. 상업지역 등의 주상복합도 300세대 이상이거나 주택 연면적 비율이 90% 이상이면 주택법상 사업계획승인 대상이 되므로, 승인을 받았거나 승인이 의제된 토지로서 사업에 제공되고 있는지를 봅니다.
• 반대의견은 어떤 결론이었나요?
  대법관 3명은 승인 대상에서 빠진 것은 절차를 간소화하려는 취지인데 세제상 더 불리해지는 것은 불합리하다고 보았습니다. 그래서 주택 부분의 부속토지는 분리과세해야 한다고 했지만 다수의견이 되지는 못했습니다.
• 일반 재건축·재개발 아파트 사업도 같은가요?
  주택법 승인 대상 규모의 아파트 사업이라면 사업시행계획인가 때 주택법 사업계획승인이 의제될 수 있어 사정이 다릅니다. 인가 신청 때 관계 서류를 냈고 협의가 이루어졌는지를 확인해야 합니다.
• 과세기준일 이후에 분리과세 대상이 되면 어떻게 하나요?
  용도나 면적 등 현황이 바뀌어 분리과세 대상에 들어가거나 빠지는 토지라면 과세기준일인 6월 1일부터 15일 안에 관할 지방자치단체에 분리과세 적용을 신청할 수 있습니다.
• 종부세 고지를 받았는데 언제까지 다퉈야 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 국세청 심사청구나 조세심판원 심판청구를 해야 합니다. 같은 토지의 재산세 분류를 다투려면 지방세 고지일부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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