부가가치세

정부 출연금으로 맡긴 용역의 매입세액, 과세사업에서 공제받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

정부 출연금으로 수행하는 비과세사업에만 관련된 매입세액은 과세사업 매출세액에서 공제받을 수 없습니다. 대법원 2020두56384 판결로 겸영 사업자의 실지귀속 원칙, 과세사업 관련성을 가르는 사정, 불복·경정청구 기한을 정리했습니다.

아니요, 정부 출연금으로 수행하는 비과세사업에만 관련된 매입세액이라면 과세사업 매출세액에서 공제받을 수 없습니다. 과세사업과 비과세사업을 함께 하면 매입세액은 실제로 어느 사업에 쓰였는지에 따라 나누는 것이 원칙입니다. 과세사업의 계약상 의무와 막연히 연결된다는 사정만으로 공제가 인정되지는 않습니다.

이런 상담이 많습니다

D공단은 소유 시설을 민간 운영사에 임대하고 사용료를 받아 부가가치세를 신고해 왔습니다. 별도로 정부에게서 「시설 안전관리비」 명목의 출연금을 받아 외부 업체에 경비·안전관리 용역을 맡겼습니다. D공단은 그 용역 매입세액도 임대 매출세액에서 공제해 신고했습니다. 2026. 5. 세무조사에서 그 매입세액이 출연금 사업에만 관련된다며 공제 부인 통지를 받았습니다. 회계팀장은 2026. 6. 임대 계약상 시설을 안전하게 유지할 의무가 있는데도 공제가 안 되느냐고 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

과세사업과 비과세사업을 겸하면 매입세액은 어떻게 나누나요?

자기 사업에 쓰려고 산 재화·용역의 매입세액은 공제하는 것이 원칙입니다. 다만 면세사업과 부가가치세가 과세되지 않는 재화·용역을 공급하는 사업(면세사업등)에 관련된 매입세액은 공제하지 않습니다. 둘을 겸영하면 실지귀속에 따라 나누고, 어느 쪽인지 구분할 수 없는 공통매입세액만 공급가액 비율 등으로 안분합니다.

그래서 먼저 볼 것은 문제의 매입이 어느 사업에 실제로 귀속되는지입니다. 오로지 비과세사업에만 귀속되면 전부 불공제이고, 안분 대상도 아닙니다. 반대로 과세사업에만 귀속되면 출연금을 받는 기관이라도 전액 공제됩니다. 따라서 매입 단위로 실제 사용처를 증명하는 자료가 결론을 가릅니다.

대법원은 출연금 사업 매입세액을 어떻게 판단했나요?

사안에서 국가철도공단은 한국철도공사에 철도시설을 임대하고 사용료를 받는 과세사업을 했습니다. 이와 별도로 정부 출연금을 받아 건널목 관리용역과 터널·교량 등 국가중요시설 방호용역 대가를 지급했고, 그 매입세액 약 90억원을 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지 공제해 신고했습니다. 원심은 임대계약상 철도운행에 적합한 시설을 제공할 의무를 이행하는 데 필요하다며 공제를 인정했습니다.

대법원은 과세사업과 비과세사업을 겸영하면 실지귀속에 따라 계산하고 “그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다.”라고 보았습니다. 두 용역은 정부가 위탁한 업무를 출연금으로 일반 공중에게 무상 공급한 비과세사업이고, 임대사업과 무관하다며 원심을 파기환송했습니다.

과세사업 관련성은 무엇으로 가려지나요?

판결이 본 사정은 네 가지로 정리됩니다. 첫째, 과세사업 계약상 상대방에게 이행할 급부에 그 용역이 들어 있는지입니다. 둘째, 임대 같은 과세 용역에 그 용역이 통상 수반되는지입니다. 셋째, 재원이 특정 사업용 출연금이고 출연사업별로 회계를 나누어 기록했는지입니다. 넷째, 그 비용이 과세사업 대가에 영향을 주거나 과세사업에 꼭 필요한지입니다.

이 사건에서는 사용료가 유지보수비의 약 70%로 정책적으로 정해져 용역 공급과 무관했습니다. 반대로 과세사업 대가 산정에 그 비용이 반영되고 회계도 섞여 있다면 공통매입세액으로 안분할 여지가 생길 수 있습니다.

받은 출연금 자체에도 부가가치세가 붙나요?

재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금과 공공보조금은 공급가액에 넣지 않습니다. 이 사건 출연금처럼 정부가 위탁 업무 수행을 위해 교부하고, 그 돈으로 일반 공중에게 무상 공급했다면 받은 출연금이 과세표준에 들어가지 않는 대신 그 사업 매입세액도 공제되지 않는 구조가 됩니다.

반대로 출연금이나 보조금이 특정 상대방에게 제공한 용역의 대가로 평가되면 과세표준에 들어가고, 그 사업은 과세사업이 되어 매입세액 공제도 가능해집니다. 받는 돈의 성격과 매입세액 공제 여부는 함께 움직이므로, 한쪽만 유리하게 주장하기는 어렵습니다.

출연금 사업 매입세액 대응 순서

• 사업 구분표 작성 - 과세사업, 면세사업, 출연금·보조금 사업을 나누고 근거 법령을 적습니다.
• 매입 귀속 정리 - 매입마다 재원과 회계 단위, 실제 사용처를 대조합니다.
• 계약 조항 확인 - 과세사업 계약에 그 용역이 급부로 들어 있는지, 대가 산정에 반영되는지 봅니다.
• 공통매입세액 안분 - 귀속을 나눌 수 없는 부분만 안분 기준으로 계산합니다.
• 의견 제출·불복 - 조사 결과 통지 30일, 고지 후 90일 기한 안에 다툽니다.

공통매입세액을 너무 많이 불공제한 경우의 환급은 「과세·면세 겸업인데 공통매입세액을 전부 불공제로 신고했다면 경정청구로 돌려받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 출연금의 재원 구조와 회계 구분, 과세사업 계약의 급부 내용에 따라 공제 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 공공기관·비영리법인의 부가가치세 매입세액 검토와 세무조사 대응, 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 출연금을 받아 무상으로 하는 일도 부가가치세 「사업」에 해당하나요?
  대법원은 출연금으로 정부 위탁 업무를 대행해 일반 공중에게 무상으로 용역을 공급한 것을 설립 목적을 위한 비과세사업으로 보았습니다. 그래서 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 것으로 판단했습니다.
• 공통매입세액은 어떤 기준으로 나누나요?
  실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액만 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율 등 대통령령으로 정한 기준으로 안분합니다. 귀속이 분명한 매입은 안분하지 않고 해당 사업에 귀속시킵니다.
• 공제받지 못한 매입세액은 비용으로 처리할 수 있나요?
  불공제 매입세액의 비용 처리는 법인세 문제로 따로 검토해야 합니다. 부가가치세 단계의 결론과 별개이므로 법인세 신고 때 함께 정리하는 편이 좋습니다.
• 세무조사 결과 통지를 받았는데 고지 전에 다툴 수 있나요?
  세무조사 결과 서면통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 이 단계에서 계약서와 회계 자료로 과세사업 관련성을 소명합니다.
• 과거에 불공제로 신고한 매입세액을 다시 공제받을 수 있나요?
  과세사업에 귀속되는데도 공제하지 않았다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 부가가치세 확정신고 기한은 과세기간이 끝난 뒤 25일입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 정부 연구과제 주관기관이 받은 정부출연금에도 계산서를 발급해야 하나요?
• 지자체 박람회를 운영하고 받은 보조금도 부가세 과세표준에 들어가나요?
• 과세사업자가 면세사업자로 잘못 정정신고했다면 매입세액 공제를 못 받나요?
• 면세사업자 번호로 받은 세금계산서, 과세 겸업 정정 뒤 공제받을 수 있나요?
• 지방의료원이 자치단체에서 받은 결손보전 출연금에 법인세가 붙나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기