법인세·소득세

준비금을 잡은 비영리법인이 배당 익금불산입으로 바꿔 경정청구할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

원칙적으로 할 수 없습니다. 대법원 2026. 5. 14. 선고 2022두38199 판결은 고유목적사업준비금을 실제로 손금에 넣지 않은 해에는 수입배당금 익금불산입을 받을 수 있지만, 일부라도 넣었다면 나머지 배당에도 적용되지 않고, 이미 결산에 반영한 준비금을 소급 철회해 경정청구하는 것도 특별한 사정이 없는 한 허용되지 않는다고 판단했습니다.

배당을 받는 비영리법인이 모두 이 판결의 영향을 받지는 않습니다. 고유목적사업준비금을 전혀 손금에 넣지 않은 해라면 수입배당금 익금불산입을 받을 길이 열려 있습니다. 문제는 준비금을 이미 잡고 신고한 뒤 익금불산입이 더 유리했다며 경정청구를 하려는 경우입니다.

이런 상담이 많습니다

B재단은 비상장 회사 주식 25%를 가진 공익법인입니다. 2025 사업연도에 배당금 20억원을 받아 그중 8억원을 장학사업에 바로 쓰고, 그 금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 넣어 2026. 3. 법인세를 신고했습니다. 2026. 9. 재무 담당자는 준비금으로 처리하지 않은 나머지 12억원에는 익금불산입을 받을 수 있지 않느냐는 의견을 들었습니다. 담당자는 나머지 배당에 익금불산입을 받거나, 준비금 처리를 거두고 익금불산입으로 바꿔 경정청구할 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

공단은 무엇을 이유로 법인세를 돌려 달라고 했나요?

원고는 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」에 따라 설립된 비영리내국법인으로, 주권상장법인 주식 36%를 가진 주주였습니다. 2011 사업연도에 747억여 원, 2012 사업연도에 701억여 원을 배당받았고, 그중 316억여 원과 425억여 원을 고유목적사업에 직접 쓴 뒤 고유목적사업준비금으로 손금에 넣어 신고했습니다.

원고는 준비금으로 처리하지 않은 나머지 배당에는 수입배당금 익금불산입이 적용되어야 한다며 2011 사업연도 82억여 원, 2012 사업연도 70억여 원의 환급을 구하는 경정청구를 했습니다. 세무서는 2011 사업연도 청구에 2개월 동안 아무 통지를 하지 않았고, 2012 사업연도 청구는 준비금을 일부라도 설정했다면 익금불산입을 적용할 수 없다며 거부했습니다.

준비금을 잡지 않은 비영리법인도 배당 익금불산입을 받을 수 있나요?

받을 수 있습니다. 사안 당시 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제18조의3 제1항은 비영리내국법인을 익금불산입 대상에서 빼면서, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제17조의3 제4항은 그 범위를 「법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인」으로 한정했습니다.

대법원은 「손금에 산입하는」을 준비금을 손금에 넣을 수 있는 법인이 아니라 실제로 넣은 법인으로 읽었습니다. 손금에 넣을 수 있다는 가능성만으로 배제하면 비영리법인에게 익금불산입이 적용될 여지가 사실상 사라져, 두 제도 중 하나를 고르게 한 전제와 모순된다는 이유입니다. 이 부분은 원심 판단을 수긍한 것입니다.

준비금을 일부만 잡았다면 나머지 배당은 익금불산입이 되나요?

되지 않습니다. 대법원은 이렇게 판시했습니다.

「비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업 등에 지출한 금액에 대하여 일부라도 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로 실제 손금에 산입하였다면, 수입배당금액 가운데 그와 같이 손금산입되지 아니한 부분이 남아 있더라도, 이에 대해서는 구 법인세법 제18조의3 제1항의 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 없다고 보아야 한다.」

조문은 겹쳐 적용하지 못하는 「주체」만 정할 뿐, 남은 배당에 익금불산입을 다시 허용한다는 내용이나 그 금액을 셈하는 방법을 두지 않았다는 점을 들었습니다. 감면 규정은 법문대로 엄격히 해석한다는 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결의 법리도 함께 인용했습니다. 이 결론 역시 원심 판단을 수긍한 것입니다.

원고는 고유목적사업에 직접 쓴 돈은 준비금 손금산입이 아니라는 취지로도 다퉜지만, 대법원은 직접 지출액도 준비금으로 손금계상할 수 있다고 본 원심 판단을 수긍했습니다. 비영리법인이 고유목적사업 지출을 준비금 한도와 별개로 수익사업 비용으로 넣을 수 없다고 본 대법원 2020. 5. 28. 선고 2018두32330 판결과 같은 흐름으로 볼 수 있습니다.

이미 잡은 준비금을 거두고 경정청구로 돌려받을 수 있나요?

원칙적으로 할 수 없습니다. 원심은 익금불산입이 세액을 줄인다면 경정청구가 허용되어야 한다며 2011 사업연도 거부처분 일부를 취소했지만, 대법원은 이 부분을 파기했습니다. 고유목적사업준비금은 결산에 손금으로 계상해야 손금이 되는 결산조정사항이고, 둘 중 무엇을 적용받을지는 법인이 고르는 것이므로, 준비금을 이미 결산에 반영했다면 나중에 마음을 바꿔 소급 철회할 수 없다고 했습니다. 직전 사업연도 준비금 잔액을 넘겨 지출해 그 사업연도 준비금에서 지출한 것으로 보는 경우(구 법인세법 제29조 제2항, 현행 제3항)도 같습니다.

「납세자인 비영리내국법인이 이러한 소급적 철회를 내세워 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 소정의 경정청구를 하는 것도 다른 특별한 사정이 없는 한 불가능하다고 보아야 한다.」

주문은 원심판결 중 피고 패소 부분(2011 사업연도 경정거부처분 가운데 원심이 위법하다고 본 부분)을 파기해 서울고등법원에 돌려보내고, 원고의 상고는 기각했습니다. 환송 후 판단은 원심이 다시 합니다.

지금 법인세법에서는 무엇이 달라졌나요?

조문 위치가 바뀌었습니다. 2019. 1. 1. 시행 법인세법부터 일반 내국법인의 익금불산입은 제18조의2로 옮겨졌고, 「제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인은 제외한다」는 문구가 법률 본문에 직접 들어갔습니다. 판결이 해석한 시행령 문구와 같으므로 현행 조문을 읽을 때도 이 판결이 기준이 될 수 있다고 볼 수 있습니다.

익금불산입률은 2023. 1. 1. 시행본부터 상장 여부와 관계없이 출자비율 50% 이상은 전액, 20% 이상 50% 미만은 80%, 20% 미만은 30%입니다. 판결 사안처럼 36%를 가졌다면 당시 50%였던 비율이 지금은 80%여서, 어느 쪽이 유리한지 계산 결과가 달라질 수 있습니다. 현행 제29조는 외부감사를 받는 비영리법인이 세무조정계산서에 계상하고 이익처분 때 적립하면 결산에 계상한 것으로 보는 규정(제2항)과, 5년 안에 잔액 일부를 스스로 줄여 익금에 넣을 수 있게 한 규정(제6항, 제7항의 이자상당액 가산)을 둡니다. 다만 이 판결은 두 규정이 소급 철회의 근거가 되는지는 판단하지 않았습니다. 5년 안에 쓰지 못한 준비금은 「고유목적사업준비금을 5년 안에 다 쓰지 못하면 법인세와 이자상당액을 내나요?」에서 설명했습니다.

비영리법인 배당소득 세무처리 대응 순서

• 배당 내역 정리 - 피출자법인별 출자비율, 배당기준일 전 3개월 보유 여부, 차입금 이자를 먼저 확인합니다.
• 두 제도 세액 비교 - 결산 확정 전에 준비금 손금산입과 익금불산입의 세액, 5년 사용 의무를 함께 비교합니다.
• 결산 반영 - 준비금을 쓰기로 했다면 결산이나 세무조정계산서에 계상하고, 익금불산입을 택했다면 그해에는 준비금을 전혀 잡지 않습니다.
• 지난 신고 점검 - 준비금을 전혀 잡지 않은 사업연도에 익금불산입을 빠뜨렸다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.
• 불복 기한 관리 - 경정청구 후 2개월 동안 통지가 없으면 그다음 날부터, 거부 통지를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 해당 사업연도에 준비금을 실제로 손금에 넣었는지와 결산 계상 방식에 따라 경정청구 가능 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 비영리법인·공익법인의 법인세 경정청구와 조세불복, 조세소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공익법인도 배당금 익금불산입을 받을 수 있나요?
  그 사업연도에 고유목적사업준비금을 실제로 손금에 넣지 않았다면 받을 수 있습니다. 대법원 2022두38199 판결은 준비금을 손금에 넣을 수 있다는 가능성만으로 익금불산입을 배제할 수 없다고 보았습니다.
• 준비금으로 일부만 처리하면 나머지 배당은 익금불산입되나요?
  되지 않습니다. 대법원은 고유목적사업 지출액 일부라도 준비금으로 실제 손금산입했다면, 손금에 넣지 않은 배당이 남아 있어도 익금불산입을 적용받을 수 없다고 판시했습니다. 원심 판단을 수긍한 부분입니다.
• 준비금을 잡고 신고했는데 익금불산입이 더 유리하면 경정청구할 수 있나요?
  원칙적으로 할 수 없습니다. 준비금은 결산조정사항이고 두 제도는 법인이 고르는 것이어서, 이미 결산에 반영한 준비금을 소급 철회하고 경정청구하는 것은 특별한 사정이 없는 한 불가능하다고 보았습니다.
• 고유목적사업에 바로 쓴 돈도 준비금 손금산입으로 보나요?
  이 사건에서 대법원은 준비금을 따로 설정하지 않고 수익사업 수입을 고유목적사업에 직접 쓴 경우에도 그 금액을 준비금으로 손금계상할 수 있다고 본 원심 판단을 수긍했습니다. 직접 지출도 준비금 처리로 평가될 수 있습니다.
• 판결 뒤 법이 바뀌어 결론이 달라지나요?
  현행 법인세법 제18조의2 제1항은 판결이 해석한 시행령 문구와 같은 표현을 법률 본문에 두고 있어 같은 기준으로 읽힐 수 있습니다. 다만 익금불산입률이 바뀌어 어느 쪽이 유리한지 계산은 달라질 수 있습니다.
• 경정청구를 했는데 세무서가 답이 없으면 어떻게 하나요?
  청구일부터 2개월 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다. 거부 통지를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 청구해야 하고, 행정소송은 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 냅니다.
• 준비금을 5년 안에 다 못 쓰면 어떻게 되나요?
  5년이 되는 날까지 쓰지 않은 잔액은 그 사유가 생긴 사업연도의 익금에 산입하고 이자상당액을 더해 냅니다. 다른 용도에 썼다면 5년 전이라도 그 사업연도 익금에 넣을 수 있다고 본 판결도 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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