세금

폐업할 때 남은 건물과 재고에도 부가가치세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 매입세액을 공제받은 재고와 건물이 폐업할 때 남아 있으면 자기에게 공급한 것으로 보아 부가가치세를 냅니다. 재고는 시가로, 건물은 취득가액에서 경과한 과세기간마다 5퍼센트씩 깎은 금액으로 계산합니다. 매입세액을 공제받지 않은 재화는 대상이 아닙니다. 남은 재화에 대해 세금계산서를 따로 발급할 필요도 없습니다.

네, 매입세액을 공제받은 재고와 건물이 폐업할 때 남아 있으면 자기에게 공급한 것으로 보아 부가가치세를 냅니다. 재고는 시가로, 건물은 취득가액에서 경과한 과세기간마다 5퍼센트씩 깎은 금액으로 계산합니다. 매입세액을 공제받지 않은 재화는 대상이 아닙니다. 남은 재화에 대해 세금계산서를 따로 발급할 필요도 없습니다.

폐업하면서 남은 재고에 왜 부가가치세를 내야 하나요?

폐업한 사업자가 남은 재화를 개인적으로 쓰거나 나중에 처분하면 그 부분은 소비자로서 쓰는 것이 되기 때문입니다. 사업자는 그 재화를 살 때 매입세액을 공제받았습니다. 폐업으로 과세 고리 밖으로 나가는 순간 공제받은 세금을 되돌려 놓는 셈입니다.

그래서 대상은 「자기생산·취득재화」로 한정됩니다. 매입세액을 공제받은 재화, 사업양도로 넘겨받은 재화로서 양도인이 공제받은 것, 내국신용장 등으로 영세율을 적용받은 재화입니다. 처음부터 매입세액을 공제받지 못한 재화, 예를 들어 비영업용 승용차나 면세사업용 재화는 폐업해도 과세되지 않습니다.

공급시기는 폐업일이고, 이 재화에는 세금계산서를 발급하지 않습니다. 폐업일은 사업자등록 말소나 폐업신고와 관계없이 사업을 실제로 그만둔 날을 기준으로 판단합니다. 대법원도 사업의 개시와 폐지는 등록·신고와 관계없이 실질에 따라 정한다고 보았습니다. 폐업 전에 재고를 거래처에 반품하거나 정상가로 처분하면 잔존재화로 남지 않습니다.

남은 건물의 부가가치세는 얼마로 계산하나요?

건물과 구축물은 취득가액에 「1에서 100분의 5에 경과된 과세기간 수를 곱한 비율을 뺀 값」을 곱해 계산합니다. 과세기간은 반년 단위이므로 1년이면 10퍼센트씩 줄어듭니다. 경과된 과세기간이 20을 넘으면 20으로 보므로 10년이 지난 건물은 공급가액이 0이 됩니다.

예를 들어 매입세액을 공제받은 취득가액 10억원의 상가를 4년간 임대하다 폐업했다고 하겠습니다. 경과된 과세기간은 8개이므로 공급가액은 10억원 × (1 - 0.05 × 8) = 6억원입니다. 부가가치세는 6천만원입니다. 취득가액은 매입세액을 공제받은 금액을 기준으로 하므로 토지 가액은 들어가지 않습니다.

건물 외의 감가상각자산은 과세기간마다 25퍼센트씩 깎고 4개 과세기간이 지나면 0이 됩니다. 반면 재고자산은 감가 계산 없이 폐업일 현재의 시가가 공급가액입니다. 과세기간 중간에 취득했거나 폐업했으면 그 과세기간 개시일에 취득하거나 공급한 것으로 보아 기간을 셉니다.

폐업 전에 건물을 팔면 계산이 달라지나요?

네, 폐업 전에 실제로 팔면 잔존재화가 아니라 실제 양도로 보아 받은 대가 전체가 공급가액입니다. 대법원은 부동산임대업자가 사업을 폐지하려고 건물을 양도한 사안에서 이를 재화의 공급으로 보았습니다. 이때 감가상각 후 잔존가액으로 계산하는 폐업시 잔존재화 규정은 적용할 수 없다고 했습니다.

따라서 시가가 오른 건물을 폐업 전에 팔면 잔존재화 계산보다 세금이 커질 수 있습니다. 반대로 폐업하면서 잔존재화로 신고·납부한 뒤 나중에 실제로 처분하는 경우가 있습니다. 폐업 뒤에는 사업자가 아니므로 그 처분은 다시 과세되지 않는다고 볼 수 있습니다.

다만 폐업 전에 매매계약을 맺고 잔금을 폐업일 뒤에 받기로 했다면 폐업일이 공급시기가 됩니다. 이 경우는 잔존재화가 아니라 그 매매 대가 전체로 과세됩니다. 사업 전체를 그대로 넘기는 사업양도에 해당하면 재화의 공급으로 보지 않으므로 별도로 검토해야 합니다.

폐업해도 과세되지 않는 남은 재화도 있나요?

네, 사업을 완전히 그만두지 않는 경우는 대상이 아닙니다. 업종만 바꾸어 사업을 이어 가면 변경 전 사업의 재고는 과세하지 않는 것이 실무입니다. 같은 사업장에서 여러 사업을 하다 일부만 접는 경우의 재고도 같습니다.

폐업일 현재 아직 수입신고를 마치지 않은 재화도 대상이 아닙니다. 직매장을 닫고 재고를 자기의 다른 사업장으로 옮기는 경우도 과세하지 않습니다.

이 판단은 사업을 실제로 접었는지에 달려 있습니다. 일시적으로 영업을 멈춘 휴업이라면 남은 재화를 과세하지 않습니다. 휴업인지 폐업인지는 영업 재개 의사와 사업장 유지 상태로 판단합니다. 폐업신고 없이 오래 영업을 쉬다가 세무서가 폐업으로 판단하면 그때를 기준으로 과세될 수 있습니다.

폐업시 잔존재화 신고 대응 순서

• 폐업일 확정 - 실제로 영업을 끝낸 날을 정하고 폐업신고와 날짜를 맞춥니다.
• 대상 재화 분류 - 남은 재고와 감가상각자산 중 매입세액을 공제받은 것만 골라냅니다.
• 공급가액 계산 - 재고는 시가, 건물은 5퍼센트, 그 밖의 자산은 25퍼센트 감가 방식으로 계산합니다.
• 처분 방식 비교 - 폐업 전 매각, 폐업 후 처분, 사업양도 중 세 부담과 요건을 비교합니다.
• 확정신고 - 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 잔존재화를 포함해 신고·납부합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 폐업 시점과 건물을 언제 어떤 방식으로 넘기는지에 따라 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 폐업과 자산 처분 구조에 관한 부가가치세 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 폐업신고를 하지 않고 영업만 멈추면 잔존재화 과세를 피할 수 있나요?
  아니요, 폐업 여부는 등록이나 신고와 관계없이 실질로 판단합니다. 영업을 실제로 그만둔 날이 폐업일로 인정되면 그날을 기준으로 과세됩니다. 신고를 늦추면 가산세 문제까지 생길 수 있습니다.
• 토지에도 폐업시 잔존재화 부가가치세가 붙나요?
  아니요, 토지 공급은 부가가치세가 면제되고 토지 관련 매입세액은 처음부터 공제받지 못합니다. 그래서 폐업할 때 남은 토지는 잔존재화 과세 대상이 아닙니다. 건물분만 계산합니다.
• 매입세액을 일부만 공제받은 건물은 어떻게 계산하나요?
  취득가액은 매입세액을 공제받은 해당 재화의 가액을 기준으로 합니다. 과세·면세 겸영으로 일부만 공제받았다면 그 공제받은 부분에 대응하는 가액으로 계산하는 것이 원칙입니다.
• 폐업할 때 남은 재고를 세금계산서 없이 지인에게 넘겨도 되나요?
  폐업 신고 때 잔존재화로 과세된 재고라면 폐업 뒤 처분은 사업자의 공급이 아니어서 다시 과세하지 않는다고 볼 수 있습니다. 다만 폐업 전에 판 것이면 실제 공급이므로 세금계산서를 발급해야 합니다.
• 개인사업을 법인으로 바꾸면서 폐업하면 잔존재화 과세가 되나요?
  개인사업의 모든 권리와 의무를 법인에 그대로 넘기는 사업양도라면 재화의 공급으로 보지 않습니다. 요건을 갖추지 못하면 넘긴 자산은 공급으로 과세되므로 양도계약 범위를 먼저 확인해야 합니다.
• 잔존재화 부가가치세를 신고하지 않으면 어떻게 되나요?
  폐업 확정신고에서 빠뜨리면 세무서가 결정하면서 무신고나 과소신고 가산세와 납부지연 가산세를 함께 부과합니다. 폐업 후에도 법정신고기한부터 5년 안이면 과세될 수 있습니다.
• 간이과세자도 폐업할 때 잔존재화 부가가치세를 내나요?
  간이과세자도 폐업할 때 자기생산·취득재화가 남아 있으면 같은 규정이 적용됩니다. 다만 간이과세자는 매입세액 공제 구조가 달라 대상 재화와 세액 계산을 따로 확인해야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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