세금

사업양도 때 낸 중개수수료와 컨설팅비 매입세액은 공제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

과세사업을 포괄 양도하면서 낸 중개수수료와 컨설팅비는 사업 관련 지출로 보아 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 사업양도가 부가가치세 과세 거래가 아니라는 이유만으로 공제가 막히지는 않습니다. 다만 같은 거래를 주식 매각으로 하면 주식 관련 지출로 보아 공제가 부인된 심판례가 있습니다.

과세사업을 포괄 양도하면서 낸 중개수수료와 컨설팅비는 사업 관련 지출로 보아 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 사업양도가 부가가치세 과세 거래가 아니라는 이유만으로 공제가 막히지는 않습니다. 다만 같은 거래를 주식 매각으로 하면 주식 관련 지출로 보아 공제가 부인된 심판례가 있습니다.

사업양도는 과세 거래가 아닌데 왜 공제되나요?

매입세액 공제의 기준은 그 지출의 사업 관련성입니다. 법은 자기 사업을 위해 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 용역의 부가가치세를 공제합니다. 사업과 직접 관련이 없는 지출의 매입세액만 공제하지 않습니다.

대법원은 사업 관련성을 지출의 목적과 경위, 사업의 내용에 비추어 그 지출이 사업 수행에 필요했는지로 개별적으로 판단합니다. 과세사업을 해 온 사업자가 그 사업을 정리하며 매수인을 찾고 계약을 마무리하는 비용이 있습니다. 이 비용은 과세사업의 마지막 단계에서 생긴 비용으로 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없지만, 사업 관련성을 넓게 보는 대법원의 판단 기준에 비추어 그렇게 볼 수 있습니다. 반대로 사업양도가 과세되지 않는 거래이므로 그 비용도 과세 매출과 대응하지 않는다는 반론이 있을 수 있습니다.

사업양도는 재화의 공급으로 보지 않는 거래일 뿐 면세 거래는 아닙니다. 그래서 면세사업 관련 매입세액 불공제 규정이 바로 적용된다고 보기 어렵습니다. 부동산 임대사업을 포괄 양도하며 낸 중개수수료가 대표적인 예이고, 매수인 탐색과 계약 협상 비용도 같은 성격입니다.

주식을 팔면서 낸 자문수수료는 어떻게 되나요?

주식을 팔아 회사를 넘기는 방식이라면 자문수수료의 매입세액 공제가 부인될 위험이 큽니다. 주식 매각은 부가가치세 과세 대상인 재화나 용역의 공급이 아니기 때문입니다.

조세심판원 2025. 8. 28. 조심 2025서1525 결정은 기업 인수·투자업을 목적으로 하는 법인이 보유하던 자회사 주식을 매각한 사안입니다. 법인은 M&A 자문수수료가 사업과 관련된 지출이라며 경정청구를 했습니다. 심판원은 그 법인이 매각 때까지 다른 인수·투자 매출이 없었고 매각 이익을 영업외수익으로 처리한 점을 들었습니다. 그래서 단순히 보유 주식을 판 데 따른 수수료라며 청구를 기각했습니다.

같은 경제적 결과를 가져오는 거래라도 형식에 따라 매입세액 공제가 갈린다는 뜻입니다. 사업부를 자산 양도로 넘길지, 자회사 주식으로 넘길지 정할 때 이 차이를 함께 계산해야 합니다.

양수인이 낸 수수료는 공제되나요?

양수인이 사업을 인수하며 낸 중개수수료, 실사 비용, 자문료도 공제 대상으로 볼 수 있습니다. 앞으로 그 과세사업에 쓰려는 지출이기 때문입니다. 법은 사용할 목적으로 공급받은 용역도 공제 대상으로 정합니다.

다만 양수인이 인수한 사업이 면세사업이거나 과세·면세 겸업이라면 그 비율만큼 공제가 제한됩니다. 면세사업 관련 매입세액은 공제하지 않고, 겸업이면 공통매입세액으로 나눕니다.

세금계산서에 적힌 공급받는 자도 확인해야 합니다. 인수 전이라 사업자등록이 없었다면 등록 전 매입세액 제한이 문제 될 수 있습니다. 과세기간이 끝난 뒤 20일 안에 등록을 신청하면 그 과세기간 기산일까지 거슬러 공제받을 수 있습니다.

수수료 세금계산서는 언제 받아야 하나요?

용역의 공급시기에 받아야 합니다. 용역의 공급시기는 역무 제공이 완료되는 때가 원칙이므로, 중개수수료는 보통 거래가 성사되어 용역이 끝난 때입니다. 성공보수 방식이라면 성공 조건이 충족된 때를 기준으로 볼 수 있습니다.

수수료를 여러 번에 나눠 내는 계약이라면 지급 조건에 따라 공급시기가 달라질 수 있습니다. 착수금, 중도금, 성공보수를 나눠 정했다면 각 지급 시점과 세금계산서 발급 시점을 맞춰야 합니다. 공급시기와 다른 과세기간에 받은 세금계산서는 공제에 다툼이 생깁니다.

양도인이라면 폐업 일정도 함께 봐야 합니다. 사업을 넘긴 뒤 폐업하면 그 뒤에 성공보수 세금계산서를 받아도 공제받을 신고 기회가 없어질 수 있습니다. 그래서 성공보수 지급과 세금계산서 발급을 폐업일 전으로 맞추는 편이 좋습니다. 그러면 폐업 과세기간의 확정신고 때 함께 반영할 수 있습니다. 대금을 나중에 주더라도 용역이 끝난 시점에 세금계산서를 받아 두면 됩니다.

사업양도 수수료 매입세액 대응 순서

• 거래 형식 결정 - 자산 양도 방식인지 주식 매각 방식인지 정하고 매입세액 효과를 비교합니다.
• 용역 범위 정리 - 자문 계약서에 대상 사업과 용역 내용을 구체적으로 적습니다.
• 공급받는 자 확인 - 세금계산서를 실제 사업을 하는 사업자 명의로 받습니다.
• 공급시기 맞추기 - 착수금·성공보수 등 지급 조건별로 세금계산서 발급 시점을 맞춥니다.
• 공제 신고 - 해당 과세기간 확정신고 때 공제하고 사업 관련성 자료를 보관합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 거래 형식과 양도인의 사업 내용, 수수료 계약의 구조에 따라 매입세액 공제 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 사업양도·M&A 거래의 부가가치세 구조 검토와 매입세액 불공제 처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사업양도 뒤 폐업하면 수수료 매입세액은 어느 신고에서 공제하나요?
  폐업하는 경우 폐업일이 속한 과세기간의 확정신고를 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 합니다. 그 신고에서 수수료 매입세액을 함께 공제받습니다.
• 공제받은 수수료 매입세액이 환급되면 조사가 나오나요?
  폐업 직전 환급 신고는 세무서가 사실관계를 확인하는 경우가 많습니다. 계약서, 용역 결과물, 대금 지급 내역을 갖추어 사업 관련성을 설명할 수 있어야 합니다.
• 법률 자문 비용도 같은 기준인가요?
  네, 사업양도 계약 검토와 협상을 위한 법률 자문 비용도 사업 관련성이 인정되면 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 개인 주주의 세금 문제 자문이라면 회사 지출로 보기 어렵습니다.
• 대주주 개인이 받아야 할 자문을 회사가 비용으로 냈다면 어떻게 되나요?
  주주 개인의 주식 양도나 세금을 위한 자문은 회사 사업과 직접 관련이 없는 지출로 볼 수 있습니다. 그러면 매입세액이 공제되지 않고, 법인세에서도 비용 인정이 문제 됩니다.
• 임대 건물을 사업양도로 넘길 때 감정평가 수수료도 공제되나요?
  양도를 위해 받은 감정평가 용역이 임대사업과 관련된다면 사업 관련 지출로 볼 수 있습니다. 다만 토지 가치 평가에 관한 부분은 토지 관련 매입세액 문제가 생길 수 있어 나누어 봅니다.
• 면세사업을 양도하면서 낸 수수료도 공제되나요?
  아니요, 면세사업과 관련된 매입세액은 공제하지 않습니다. 과세·면세 겸업이라면 수수료를 공통매입세액으로 보아 과세 비율만큼 공제받는 방식이 됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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