세금

영세율 거래에 10% 세금계산서를 발급했다면 어떻게 바로잡나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

영세율 거래에 10% 세금계산서를 발급했다면 수정세금계산서 두 장으로 바로잡습니다. 처음 것은 음의 표시로 취소하고 영세율로 고친 것을 새로 발급합니다. 이는 세율을 잘못 적용한 경우의 수정 방법입니다. 공급받는 자는 그만큼 매입세액을 줄여야 하므로 수정 전에 대금 정산을 먼저 합의해야 합니다.

영세율 거래에 10% 세금계산서를 발급했다면 수정세금계산서 두 장으로 바로잡습니다. 처음 것은 음의 표시로 취소하고 영세율로 고친 것을 새로 발급합니다. 이는 세율을 잘못 적용한 경우의 수정 방법입니다. 공급받는 자는 그만큼 매입세액을 줄여야 하므로 수정 전에 대금 정산을 먼저 합의해야 합니다.

세율을 잘못 적은 세금계산서는 어떤 방법으로 고치나요?

세율을 잘못 적용해 발급한 경우는 수정세금계산서 발급 사유로 따로 정해져 있습니다. 처음 세금계산서 내용대로 붉은색 글씨나 음의 표시로 한 장을 발급합니다. 이어 영세율을 적용한 세금계산서를 검은색 글씨로 다시 발급합니다.

대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결이 이 규정을 다뤘습니다. 하도급업체가 국외에서 공급한 공사용역에 10% 세율로 세금계산서를 발급한 사안입니다. 몇 년 뒤 업체가 영세율로 수정세금계산서를 발급하고 경정청구로 부가가치세를 환급받았습니다. 원심은 이 수정발급이 세율을 잘못 적용한 경우에 해당해 적법하다고 보았고, 대법원은 이 판단을 수긍했습니다.

작성일은 처음 세금계산서의 작성일을 그대로 적는다고 볼 수 있습니다. 세율 오류는 처음 공급의 기재를 바로잡는 것이어서 공급시기가 바뀌지 않기 때문입니다. 그래서 수정 효과는 처음 공급이 있었던 과세기간으로 돌아갑니다. 공급자는 그 과세기간의 매출세액을 줄이는 경정청구를 하고, 매입자는 같은 과세기간의 매입세액을 줄이는 수정신고를 하게 됩니다. 여러 과세기간에 걸친 거래라면 과세기간마다 따로 고쳐야 합니다.

세금을 제대로 냈다면 고치지 않아도 되나요?

해석이 갈립니다. 국세청 실무는 공급자가 10% 세액을 신고·납부해 탈루가 없으면 그 세금계산서를 사실과 다른 것으로 보지 않았습니다. 공급받은 자의 매입세액공제도 인정하는 방향입니다. 같은 사건의 조세심판원 2023. 8. 23. 조심 2022부5247 결정도 같은 방향입니다. 공급자가 세금을 낸 과세기간은 수정발급을 할 수 없다고 보아 매입자의 공제를 인정했습니다.

반면 대법원은 국세청의 집행기준이 법원이나 국민을 구속하는 법규가 아니라고 보았습니다. 그리고 세율 착오에는 수정세금계산서를 발급할 수 있다는 원심 판단을 수긍했습니다. 다만 그 사건에서 다툼이 된 것은 공급자가 세금을 체납한 과세기간입니다. 세금을 낸 과세기간까지 수정발급이 허용되는지는 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 시행령 문언이 납부 여부를 구분하지 않으므로 허용된다고 볼 수 있습니다. 탈루가 없으면 수정할 수 없다고 본 심판원 판단은 반대 논거로 남아 있습니다.

따라서 세금을 제대로 냈다면 그대로 두는 선택이 실무상 받아들여질 수 있습니다. 다만 한쪽이 수정발급을 하면 다른 쪽도 신고를 고쳐야 하므로, 고칠지 여부를 거래 상대방과 함께 정해야 합니다.

수정하면 공급받은 회사는 어떤 부담을 지나요?

공급받은 회사는 처음 공제받은 매입세액을 토해 내야 합니다. 이미 지급한 10% 상당액은 공급자에게서 돌려받아야 하는 민사상 정산 문제로 남습니다. 부가가치세 상당액 반환청구는 계약 내용과 지급 경위에 따라 근거가 달라지므로 계약서를 먼저 확인해야 합니다. 공급자가 환급금을 체납 세금에 충당당하거나 자력이 없으면 돌려받기 어렵습니다.

가산세도 문제 됩니다. 앞의 사건에서 매입자는 과소신고와 납부지연 가산세 약 6억 3,000만원을 냈습니다. 대법원은 매입자에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 다시 심리하라며 가산세 부분을 돌려보냈습니다. 매입자가 공급자의 체납을 예견할 수 있었는지, 공제를 포기하라고 기대할 수 있었는지를 살피라는 취지입니다. 매입자 쪽 쟁점은 「하도급업체가 세금계산서를 영세율로 고치면 가산세까지 내야 하나요?」에서 따로 다룹니다.

내국신용장을 늦게 받은 경우도 같은 방법인가요?

아니요, 내국신용장이나 구매확인서를 사후에 받은 경우는 별도의 사유로 고칩니다. 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일 이내에 개설·발급되었다면 처음 작성일 그대로 영세율 세금계산서를 발급합니다. 비고란에 내국신용장 개설일 등을 적고, 처음 세금계산서는 음의 표시로 취소합니다. 예를 들어 2026. 5. 20. 공급분이라면 제1기 과세기간이 끝난 6. 30.부터 25일이 되는 7. 25.까지 구매확인서를 받아야 합니다. 그날이 공휴일이면 다음 영업일까지입니다.

25일이 지나 받은 구매확인서로는 이미 지난 과세기간 공급분에 영세율을 적용할 수 없습니다. 이때는 세율 착오의 문제가 아니라 영세율 요건을 갖추지 못한 것으로 볼 수 있습니다. 구매확인서 기한 쟁점은 「구매확인서를 늦게 받고 영세율 수정세금계산서를 안 끊으면 가산세가 붙나요?」에서 다룹니다.

영세율 세금계산서 오류 대응 순서

• 영세율 요건 확인 - 국외 공급, 수출, 내국신용장 등 어느 요건에 해당하는지 계약서와 선적·용역 자료로 확인합니다.
• 통지 여부 확인 - 세무조사 통지나 해명안내 통지를 받기 전인지 확인합니다.
• 상대방과 정산 합의 - 10% 상당액 반환 방법과 시기, 매입자의 신고 수정을 먼저 합의합니다.
• 수정세금계산서 발급 - 처음 세금계산서를 음으로 취소하고 영세율 세금계산서를 검은색으로 발급합니다.
• 경정청구와 수정신고 - 공급자는 경정청구를, 매입자는 수정신고를 같은 과세기간 기준으로 맞춥니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공급자가 세금을 냈는지와 상대방과의 정산 합의에 따라 수정 여부와 가산세 부담이 달라집니다. 법무법인 윤성은 영세율 착오 거래의 수정세금계산서·경정청구 검토와 가산세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무조사 통지를 받은 뒤에도 세율 착오를 고칠 수 있나요?
  아니요, 수정세금계산서로는 고칠 수 없습니다. 세무조사 통지나 해명안내 통지를 받아 경정을 미리 안 경우는 세율 착오 수정 사유에서 빠집니다. 이후에는 과세관청의 경정 절차로 정리됩니다.
• 반대로 과세 거래를 영세율로 잘못 발급했다면 어떻게 하나요?
  같은 세율 착오 사유로 처음 세금계산서를 음으로 취소하고 10% 세금계산서를 다시 발급합니다. 이 경우 공급자의 매출세액이 늘어나므로 수정신고와 가산세를 함께 검토해야 합니다.
• 영세율 수정세금계산서로 환급받을 수 있는 기간은 얼마인가요?
  공급자의 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있습니다. 그보다 오래된 과세기간은 수정세금계산서를 발급해도 환급을 청구하기 어렵습니다.
• 매입자가 수정세금계산서 발급에 동의하지 않으면 어떻게 하나요?
  수정세금계산서 발급은 공급자가 하는 것이고 매입자 동의가 요건은 아닙니다. 다만 매입자의 신고와 대금 반환이 얽히므로 합의 없이 발급하면 민사 분쟁으로 번지기 쉽습니다.
• 영세율로 고치면 붙임서류도 내야 하나요?
  네, 영세율 적용분은 첨부서류를 갖춰야 합니다. 국외에서 제공한 용역은 외화입금증명서나 국외 용역 계약서가 그 서류입니다. 경정청구 때 함께 내는 것이 안전합니다.
• 국외 공급인지 애매하면 어느 세율로 발급하는 것이 안전한가요?
  요건이 확실하지 않으면 거래 전에 영세율 요건을 확인하는 것이 먼저입니다. 착오가 생기면 앞의 대법원 사건처럼 정산과 가산세 문제가 수년 뒤 한꺼번에 생길 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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