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별도 약정으로 받은 돈을 세무서가 실질과세로 다른 거래 대가라고 하면요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신


별도 약정에 뚜렷한 사업목적이 있었다면 세무서가 그 대금을 다른 거래의 대가로 바꿔 과세하기는 어렵다고 볼 수 있습니다. 대법원은 과세관청이 특별한 사정이 없는 한 납세자가 선택한 법률관계를 존중해야 한다고 봅니다. 다른 돈과 금액이 비슷하고 시기가 가깝다는 사정만으로는 성격을 달리 볼 수 없다는 판단도 있습니다.

기한

실질과세를 내세운 납부고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 해야 합니다. 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 낼 수 있고, 이 기간은 불변기간입니다.

별도 약정에 뚜렷한 사업목적이 있었다면 세무서가 그 대금을 다른 거래의 대가로 바꿔 과세하기는 어렵다고 볼 수 있습니다. 대법원은 과세관청이 특별한 사정이 없는 한 납세자가 선택한 법률관계를 존중해야 한다고 봅니다. 다른 돈과 금액이 비슷하고 시기가 가깝다는 사정만으로는 성격을 달리 볼 수 없다는 판단도 있습니다.

별도 약정으로 받은 돈을 세무서가 다른 거래 대금이라고 볼 수 있나요?

약정이 조세회피를 위한 비합리적 형식이 아니라면 그렇게 보기 어렵습니다. 국세기본법 제14조 제2항은 과세표준 계산 규정을 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 실질에 따라 적용하게 합니다. 대법원은 이 원칙의 주된 목적을 부당한 조세회피행위의 규제에 둡니다. 동시에 납세의무자는 같은 경제적 목적을 위해 여러 법률관계 중 하나를 고를 수 있다고 했습니다.

대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두37857 판결이 이 기준을 적용한 사건입니다. 원고는 네트워크 사업부문을 외국 회사와 세운 합작법인에 넘겼습니다. 대가로 합작법인 주식과 현금을 받았고, 이와 별도로 외국 회사와 우선주약정을 맺었습니다. 합작법인 설립 후 2년간 국내 매출액이 각각 4,800억 원 이상이면 원고 우선주를 소각하고 대금을 주는 내용이었습니다. 원고는 감자대금 797억 7,400만 원을 의제배당으로 보고 수입배당금 익금불산입을 적용했습니다. 세무서는 이 돈의 실질이 사업양도대금이라며 법인세를 경정했고, 원심도 같은 전제에 섰습니다. 대법원은 이 돈을 수입배당금으로 보아야 한다며 원심을 파기환송했습니다.

사업목적은 어떤 사정으로 인정받았나요?

대법원은 거래의 내용과 형식, 당사자의 의사, 감자의 목적과 경위 등 거래 전체 과정을 보았습니다. 우선주약정은 합작투자계약과 따로 맺어졌고 그 부속계약에도 들어 있지 않았습니다. 감자 조건이 충족되는지는 출자양도계약의 사업양도대금에 영향을 주지 않았습니다. 상대방은 특수관계가 없는 외국 회사였습니다. 그 회사로서는 사업양도 뒤에도 원고가 협력하도록 경제적 유인을 줄 필요가 있었다고 보았습니다.

2020두37857에서 별도 약정의 성격을 인정한 사정
판단 요소판결에서 인정된 사정준비할 자료
계약의 독립성우선주약정이 합작투자계약과 따로 체결되고 부속계약에 포함되지 않음계약서 목록, 체결일, 부속계약 범위
본 거래와의 관계감자 조건 충족 여부가 사업양도대금에 영향을 주지 않음본 거래 계약의 대금·정산 조항
상대방의 동기특수관계 없는 상대방이 사업양도 뒤 협력을 위한 경제적 유인을 줌협상 기록, 상대방 요구 문서
조건 성취2006년·2007년 국내 매출이 목표 4,800억 원을 넘김결산서, 매출 확인 자료
본 거래 대가사업양도 대가가 가치평가액과 장부가액을 웃돌아 적정함가치평가 보고서, 장부가액 자료
상법 절차배당가능이익 범위의 감자와 자본잉여금 적립주주총회 의사록, 재무제표

출처 - 대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두37857 판결

실제 결과도 근거가 됐습니다. 합작법인은 2006년과 2007년 국내 매출 목표 4,800억 원을 넘겼고, 대법원은 뚜렷한 사업목적을 인정했습니다. 사업양도 대가 3,044억 1,600만 원은 회계법인 가치평가액과 장부가액을 웃돌아 적정하다고 보았습니다. 합작법인은 상법 절차를 갖춰 배당가능이익 범위에서 감자대금을 지급했습니다. 새 우선주 납입금 중 주식발행초과금은 배당이 금지되는 자본잉여금으로 남겼습니다. 대법원은 두 돈이 상법상 성격이 다르다고 보고, 금액이나 시기가 비슷하다는 사정만으로 성격을 바꿀 수 없다고 했습니다.

세무서의 재구성이 인정되는 경우도 있나요?

있습니다. 거래 형식이 처음부터 조세회피 수단에 불과하거나 가장행위라면 재구성될 수 있습니다. 대법원 2025. 3. 27. 선고 2023두37865 판결은 국세기본법 제14조 제3항의 판단 요소를 정리했습니다. 그 형식을 택한 목적, 단계를 거친 경위, 조세 경감 외의 사업상 필요, 시간 간격, 손실과 위험부담입니다. 이 판결은 실질과세원칙이 가장행위에만 적용되는 것은 아니라고 했습니다. 사업상 필요가 강행법규나 사회질서에 반하는 불법 목적에서 비롯됐다면 조세회피목적을 쉽게 부인할 것은 아니라고도 했습니다. 농지법 위반 소지가 있던 분양대행 구조였고, 대법원은 피고의 상고를 받아들여 원심을 파기환송했습니다.

형식이 존중된 사건과 재구성이 문제 된 사건

납세자 형식을 존중

(유리)감자대금을 수입배당금으로 봄, 원심 파기환송(2020두37857)

  • 별도 약정에 뚜렷한 사업목적
  • 특수관계 없는 상대방
  • 조건이 실제로 성취됨
  • 본 거래 대가가 적정함

재구성이 인정되거나 심리가 필요

(불리)가장행위 또는 조세회피 수단으로 평가

  • 불법 목적의 사업상 필요는 조세회피목적 부인 사유로 부족, 원심 파기환송(2023두37865)
  • 대가 10만 원의 위탁자 지위 이전을 가장행위로 본 원심 수긍(2022두67630)

출처 - 대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두37857 판결, 대법원 2025. 3. 27. 선고 2023두37865 판결, 대법원 2025. 8. 14. 선고 2022두67630 판결

대법원 2025. 8. 14. 선고 2022두67630 판결은 재산세 사건입니다. 원고들은 과세기준일 직전에 신탁 위탁자 지위를 친인척 등에게 넘겼습니다. 원심은 이전 대가가 10만 원에 불과하고 원래 위탁자가 언제든 지위를 되찾을 수 있었던 점 등을 들었습니다. 그리고 이를 오로지 조세회피를 위한 가장행위로 보았고, 대법원은 이 판단을 수긍했습니다. 같은 판결은 조세 부담을 줄이려고 중간 거래를 끼웠다는 이유만으로는 거래형식을 함부로 부인할 수 없다는 원칙도 밝혔습니다. 사안은 「재산세 기준일 직전 친척에게 신탁 위탁자 지위를 넘기면 재산세를 피할 수 있나요?」에서 다뤘습니다. 상대방의 경제적 유인과 대가, 위험부담이 있었는지가 결론을 가른 지점으로 볼 수 있습니다.

같은 약정을 지금 맺으면 결론도 같나요?

선택한 법률관계를 존중하라는 법리는 그대로지만, 익금불산입 결론은 그대로 옮기기 어렵습니다. 2020두37857은 2008. 12. 26. 개정 전 구 법인세법 제18조의3이 적용된 사건입니다. 현행 법인세법 제18조의2는 출자비율에 따라 수입배당금액의 30%나 80%, 또는 전액을 익금에 넣지 않습니다. 다만 2024. 1. 1. 이후 받는 수입배당금액부터는 법인세법 제18조의2 제2항 제8호가 적용됩니다. 법인세법 시행령은 그 대상으로 자본의 감소로 인한 의제배당 금액을 정합니다. 같은 감자대금을 지금 받으면 배당으로 인정받더라도 익금불산입을 받기 어렵습니다. 자세한 내용은 「자회사 유상감자로 받은 의제배당도 모회사는 수입배당금 익금불산입을 받을 수 있나요?」에서 설명했습니다.

스스로 점검해 보기

해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.

  1. 별도 약정을 본 거래 계약의 부속계약과 따로 맺었나요?

    두 계약이 서로 독립돼 있다는 점을 계약서 목록과 조항으로 정리해 두십시오.

    대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두37857 판결

  2. 약정에 정한 매출 목표 같은 지급 조건이 실제로 충족됐나요?

    결산서와 조건 충족 확인 자료를 확보해 사업목적의 근거로 쓰십시오.

    대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두37857 판결

  3. 약정 상대방이 특수관계가 없는 회사인가요?

    상대방이 그 약정을 원한 이유를 협상 기록으로 정리해 두십시오.

    국세기본법 제14조 제2항, 대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두37857 판결

  4. 약정 대금을 감자나 배당으로 받았나요?

    2024. 1. 1. 이후 받았다면 감자 의제배당이 익금불산입 제외 대상에 해당하는지 함께 확인하십시오.

    법인세법 제18조의2 제2항 제8호, 법인세법 시행령 제17조의2 제5항 제1호, 법인세법 부칙(법률 제19930호) 제3조

  5. 납부고지서를 받은 지 90일이 지나지 않았나요?

    기한 안에 심판청구서를 낼 수 있도록 약정 관련 자료부터 모으십시오.

    국세기본법 제68조 제1항

존중의 법리 자체는 다른 세목에서도 반복됩니다. 대법원 2017. 1. 25. 선고 2015두3270 판결도 이 법리를 밝혔습니다. 여러 단계를 거친 결과만으로 실질이 증여라고 쉽게 단정해서는 안 된다는 것입니다. 이런 판결들의 한계는 「실질과세 원칙, 대법원은 언제 거래를 다시 짜서 세금을 매기나요?」에서 판례별로 정리했습니다.

실질과세 처분 대응 순서

  • 처분 근거 확인 - 세무조사 결과 통지서와 납부고지서에서 국세기본법 제14조의 몇 항을 근거로 어느 거래를 어떻게 다시 짰는지 확인합니다.
  • 약정 경위 복원 - 별도 약정을 맺은 이유, 협상 과정, 상대방이 요구한 조건을 이메일과 회의록으로 날짜순 정리합니다.
  • 조건 성취 증명 - 매출 목표 같은 지급 조건이 실제로 충족됐다는 결산 자료를 준비합니다.
  • 대가 적정성 증명 - 본 거래 대가가 가치평가액이나 장부가액에 비춰 적정했다는 자료를 갖춥니다.
  • 기한 내 불복 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 기각되면 결정 통지일부터 90일 안에 행정소송을 냅니다. 신고한 세액이 과다했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 약정을 맺은 경위와 조건 성취 여부, 본 거래 대가의 적정성에 따라 재구성 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 실질과세를 근거로 한 법인세 처분의 심판청구와 행정소송을 수행합니다.

실무상 착안점

실질과세 처분을 받으면 세무서가 약정을 어떤 거래의 일부로 묶었는지부터 봐야 합니다. 2020두37857에서 세무서는 우선주 감자대금을 사업양도대금의 일부로 보았습니다. 다툼의 핵심은 두 계약이 서로 영향을 주는 관계였는지였습니다.

약정이 본 거래 계약의 부속계약에 들어 있었는지, 조건 성취가 본 거래 대가를 바꾸는지가 판단 자료가 됐습니다. 계약서 목차와 조항 구조도 증거가 되는 셈입니다.

조건이 실제로 성취됐다는 결산 자료는 사업목적을 뒷받침합니다. 본 거래 대가가 적정했다는 가치평가 자료가 있으면 숨은 대가라는 주장에 맞설 수 있습니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 실질과세를 근거로 거래를 다시 짠 법인세 처분 검토를 수행해 왔습니다. 약정 체결 경위와 대가 산정 자료를 맞춰 조세심판과 행정소송에 대응합니다.

  • 실질과세 처분 불복
  • 법인세 조세심판청구
  • 조세 행정소송
  • 법인세 경정청구

이 상황에서 자주 묻는 것

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출처

2026.10.20 기준으로 조문을 확인했습니다.


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