세금

건물 철거비와 토지 조성비 매입세액은 왜 공제되지 않나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

건물을 헐고 토지만 쓰거나 토지를 조성하는 비용의 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 공제되지 않습니다. 토지가 면세 재화이기 때문입니다. 다만 철거 후 신축 비용이 토지 원가가 아니면 쉽게 불공제로 단정할 수 없다는 것이 대법원 판단입니다. 남의 땅 조성비도 다릅니다.

건물을 헐고 토지만 쓰거나 토지를 조성하는 비용의 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 공제되지 않습니다. 토지가 면세 재화이기 때문입니다. 다만 철거 후 신축 비용이 토지 원가가 아니면 쉽게 불공제로 단정할 수 없다는 것이 대법원 판단입니다. 남의 땅 조성비도 다릅니다.

토지 관련 매입세액은 어디까지인가요?

시행령은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 세 가지로 정합니다. 토지의 취득과 형질변경, 공장부지·택지 조성에 관련된 매입세액이 첫째입니다. 건축물이 있는 토지를 사서 그 건축물을 철거하고 토지만 쓰는 경우 철거한 건축물의 취득·철거 비용이 둘째입니다. 토지의 가치를 현실적으로 높여 취득원가를 구성하는 비용이 셋째입니다.

이 규정의 취지는 대법원이 설명했습니다. 토지는 면세 재화여서 공급할 때 매출세액이 생기지 않으므로 관련 매입세액도 공제하지 않습니다. 그 대신 토지 조성을 위한 지출은 토지를 팔 때 취득가액에 더해 회수됩니다. 그래서 불공제 대상은 토지의 취득원가를 이루는 지출로 좁혀 보아야 합니다.

예를 들어 낡은 건물이 있는 땅을 사서 건물을 헐고 나대지 주차장으로만 쓴다면 철거비 매입세액은 불공제입니다. 성토, 절토, 옹벽 같은 부지 조성 공사비도 마찬가지입니다. 철거비 공급가액이 2억원이면 매입세액 2,000만원이 공제되지 않고 토지 원가에 더해집니다.

반대로 토지 원가와 관계없는 지출은 이 규정의 대상이 아닙니다. 토지 위에 짓는 건물의 설계비, 건물 골조 공사비는 건물에 관련된 비용입니다. 공사 내역서에서 토지 관련 부분과 건물 관련 부분을 나눠 두는 것이 출발점입니다.

헌 건물을 헐고 새 건물을 지으면 철거비도 불공제인가요?

반드시 그렇지는 않습니다. 대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판결은 주택재개발조합이 토지와 기존 건축물을 취득해 철거한 뒤 주택을 신축한 사안입니다. 대법원은 철거 후 신축을 위해 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하지 않는다면 결론이 다르다고 했습니다. 이를 토지 관련 매입세액이라고 쉽게 단정해서는 안 된다는 것입니다.

그 비용이 면세인 토지와 관련된 것인지, 과세인 건물과 관련된 것인지가 기준입니다. 대법원은 이를 사업 내용과 지출 목적·경위에 비추어 비용마다 개별적으로 판단해야 한다고 보았습니다. 그리고 이를 따지지 않고 불공제로 본 원심을 파기했습니다.

시행령 문언도 「건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우」의 철거비를 불공제로 정합니다. 그래서 철거 뒤 새 건물을 지어 과세사업에 쓰는 경우는 문언상 이 유형에 바로 들어가지 않는다고 볼 여지가 있습니다. 다만 대법원 사건은 파기환송된 것이어서, 비용별로 신축과의 관련성을 입증해야 공제를 다툴 수 있습니다. 신축 허가 서류, 공사 일정표, 철거와 신축을 같은 사업으로 묶은 사업계획서가 그 자료가 됩니다.

남의 땅을 조성한 비용도 불공제인가요?

아니요, 토지 소유자가 아닌 사업자가 지출한 조성비는 원칙적으로 토지 관련 매입세액이 아닙니다. 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결이 이렇게 보았습니다. 회사가 지방자치단체 땅을 빌려 골프장을 조성해 일정 기간 쓰고 기부채납하기로 한 사안입니다.

대법원은 「토지의 조성 등을 위한 자본적 지출」은 토지 소유자인 사업자의 지출을 뜻한다고 보았습니다. 토지 소유자가 아니면 그 비용을 토지 양도 때 취득가액으로 회수할 수 없기 때문입니다. 그래서 토목공사와 토사 매입 같은 조성비 매입세액을 토지 관련 불공제 대상이 아니라고 판단했습니다.

이 판결은 임차한 땅에 시설을 지어 사업하는 경우에 의미가 큽니다. 임차지 조성비라도 그 매입세액이 과세사업에 쓰였다면 공제를 주장할 수 있습니다. 다만 사업 관련성 같은 다른 공제 요건은 따로 갖춰야 합니다.

이미 불공제로 신고했다면 다시 공제받을 수 있나요?

네, 법정신고기한이 지난 후 5년 안이라면 경정청구로 공제를 구할 수 있습니다. 처음에 철거·조성·신축 비용을 한꺼번에 불공제로 신고한 경우가 있습니다. 그 가운데 건물 관련 부분이나 비소유자 조성비 부분을 가려내 청구하는 방식입니다.

경정청구에는 비용별 공제 근거가 필요합니다. 공사 내역서를 항목별로 다시 정리하고, 각 항목이 토지 원가를 이루는지 건물과 관련되는지 설명해야 합니다. 경정청구가 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판을 청구할 수 있습니다. 앞의 대법원 사건들도 이런 경정청구나 부과처분 다툼에서 출발했습니다.

철거·조성비 매입세액 대응 순서

• 토지 소유 관계 확인 - 공사하는 토지를 누가 소유하는지 먼저 확인합니다.
• 사용 목적 정리 - 철거 뒤 토지만 쓰는지, 새 건물을 지어 과세사업에 쓰는지 정합니다.
• 계약 항목 분리 - 철거, 부지 조성, 신축 공사를 계약서와 세금계산서에서 나눕니다.
• 원가 구성 판단 - 각 비용이 토지 취득원가를 이루는지, 건물과 관련되는지 비용별로 검토합니다.
• 불공제분 경정청구 검토 - 일괄 불공제로 신고했다면 공제 가능 부분을 5년 안에 경정청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 토지 소유 관계와 철거 후 사용 목적, 비용별 원가 구성에 따라 매입세액 공제 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 개발·건설 사업의 토지 관련 매입세액 검토와 경정청구, 조세소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공장 부지 정지 공사비는 불공제인가요?
  공장부지 조성에 관련된 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 불공제됩니다. 다만 공장 건물 기초 공사처럼 건물과 관련된 부분이라면 따로 떼어 공제를 검토할 수 있습니다.
• 토지와 건물을 함께 사면서 건물값을 0원으로 하면 철거비는 어떻게 되나요?
  철거를 전제로 산 건물이라면 그 철거비는 토지만 쓰기 위한 비용으로 보아 불공제될 수 있습니다. 토지와 건물의 매매대금 구분 문제는 따로 따져야 합니다.
• 진입도로를 만들어 지자체에 기부채납하면 매입세액은요?
  도로가 자기 토지의 가치를 높이는지, 과세사업에 직접 쓰이는지에 따라 판단이 갈립니다. 토지 소유자가 아닌 사업자의 공사라면 토지 관련으로 보지 않는다고 볼 수 있습니다.
• 토지 관련으로 불공제된 매입세액은 어떻게 회수하나요?
  토지의 취득원가에 더해 나중에 토지를 팔 때 양도차익 계산에서 회수하는 구조입니다. 대법원도 이 점을 토지 관련 매입세액 불공제의 근거로 들었습니다.
• 임차한 땅에 주차장 포장 공사를 하면 공제되나요?
  토지 소유자가 아닌 사업자가 과세사업을 위해 한 공사라면 토지 관련 매입세액으로 보지 않을 수 있습니다. 주차장 운영처럼 과세사업과 직접 관련되어야 합니다.
• 재개발조합의 철거비는 어떻게 판단하나요?
  철거비가 토지 원가를 이루는지, 신축 주택과 관련되는지를 비용별로 따져야 합니다. 대법원은 이를 일괄해서 토지 관련으로 본 원심을 파기했습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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