세금

공익법인이 출연금으로 산 주식에 한도 초과 증여세가 나오면 무엇을 다투나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

다른 공익법인이 가진 주식을 합산한 근거가 법령 요건을 갖췄는지부터 다툽니다. 대법원은 그 공익법인에 재산을 낸 출연자가 주식 발행 회사와 특수관계에 있어야 합산할 수 있다고 보았습니다. 같은 사람이 세운 공익법인이라는 이유만으로 지분을 모두 더해야 하는 것은 아닙니다.

다른 공익법인이 가진 주식을 합산한 근거가 법령 요건을 갖췄는지부터 다툽니다. 대법원은 그 공익법인에 재산을 낸 출연자가 주식 발행 회사와 특수관계에 있어야 합산할 수 있다고 보았습니다. 같은 사람이 세운 공익법인이라는 이유만으로 지분을 모두 더해야 하는 것은 아닙니다.

다른 공익법인이 가진 주식까지 합쳐 한도를 계산할 수 있나요?

출연재산으로 주식을 산 경우에는 출연자가 그 회사와 특수관계에 있을 때만 합칠 수 있습니다. 대법원 2021. 6. 24. 선고 2016두58659 판결은 학교법인이 방송사 주식을 사들인 사안입니다. 이 학교법인은 당시 법에 따른 성실공익법인이어서 주식보유 한도가 10%였습니다. 학교법인은 2011. 3. 2. 방송사 주식 120만 주(발행주식 총수의 약 9.92%)를 취득했습니다. 학교법인을 세운 사람이 출자해 설립한 의료법인도 같은 날 60만 주(약 4.97%)를 취득했습니다.

과세관청은 두 법인의 주식을 합하면 10%를 넘는다며 2014. 7. 9. 학교법인에 증여세를 부과했습니다. 대법원은 합산 대상 시행령 조항의 주식을 좁게 보았습니다. 방송사와 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인의 보유 주식만 가리킨다는 것입니다. 그 사람은 방송사와 특수관계가 없었으므로 두 법인의 주식을 합칠 수 없었습니다. 대법원은 처분이 위법하다고 보아 과세관청의 상고를 기각했습니다.

과세관청이 법의 취지를 내세우면 어떻게 반박하나요?

법 문언에 없는 합산은 조세법규 엄격해석 원칙에 어긋난다고 반박할 수 있습니다. 같은 사건에서 과세관청은 이 조항의 목적이 공익법인의 같은 종목 주식 보유를 제한하는 데 있다고 주장했습니다. 대법원은 이 주장이 “조세법규 엄격해석의 원칙에 반하는 것”이라며 받아들이지 않았습니다.

원심은 사실관계도 함께 보았습니다. 출연자가 방송사와 특수관계에 있지 않았고, 의료법인에 방송사 주식을 출연하지도 않았다는 것입니다. 원심이 이를 근거로 적용 요건을 충족하지 못했다고 본 판단을 대법원이 수긍했습니다. 그래서 다툴 때는 출연자와 회사 사이의 지분·임원 관계와 다른 공익법인의 주식 취득 경로를 자료로 보여 주어야 합니다.

주식 출연 사안인 대법원 2017. 4. 20. 선고 2011두21447 전원합의체 판결도 특수관계 요건을 따로 따졌습니다. 출연자가 최대주주인지는 주식이 출연된 후의 시점을 기준으로 판단해야 한다고 했습니다. 이 판결은 공익법인의 상고를 받아들여 원심을 파기환송했고, 반대의견이 있었습니다.

출연받은 주식과 사들인 주식은 합산 기준이 다른가요?

현행법은 두 경우의 합산 대상을 다르게 적고 있습니다. 출연받은 재산으로 주식을 취득하면 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제2호가 적용됩니다. 이때 다른 공익법인과 관련된 주식은 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자를 기준으로 합칩니다. 이 기준을 담은 다목은 2016. 12. 20. 법률 개정으로 신설돼 2017. 1. 1. 이후 취득하는 분부터 적용됩니다. 판결이 해석한 시행령 조항은 2017. 2. 7. 삭제됐습니다. 그 전에 취득한 주식은 당시 시행령 조항과 이 판결의 해석이 기준이 될 수 있습니다.

주식을 직접 출연받으면 상속세 및 증여세법 제48조 제1항이 적용됩니다. 이 조항은 출연자 및 그의 특수관계인이 다른 공익법인에 출연한 주식 등을 합칩니다. 문언에 해당 내국법인과의 특수관계 요건이 없어 판결의 논리를 그대로 옮기기는 어렵습니다. 출연 순서는 「같은 날 여러 공익재단에 주식을 나눠 출연하면 증여세 한도는 순서대로 보나요?」에서, 간접 지분은 「공익법인 주식 한도, 다른 회사를 거쳐 가진 지분도 합치나요?」에서 설명했습니다.

한도 비율도 판결 당시와 다릅니다. 현행 원칙은 10%입니다. 출연받은 주식의 의결권을 행사하지 않는 자선·장학·사회복지 공익법인은 20%입니다. 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있는 공익법인 등은 5%입니다.

시행령이 무효라는 주장부터 해야 하나요?

요건을 갖추지 못했다는 주장을 먼저 세우는 편이 낫습니다. 2016두58659 사건의 원심은 합산 시행령 조항이 법률의 과세범위를 넘어 무효라고 보았습니다. 대법원은 그 조항을 적용하더라도 합산할 수 없어 처분이 위법하다고 했습니다. 그래서 시행령의 무효 여부는 재판의 전제가 되지 않는다고 보았습니다. 원심이 무효 여부를 판단한 것은 잘못이지만, 처분이 위법하다는 결론은 정당하다고 했습니다.

재판의 전제는 그 조항이 해당 사건에 적용되고, 위헌·위법 여부에 따라 법원이 다른 판단을 하게 되는 경우를 말합니다. 시행령 무효 주장은 요건 해석으로 해결되지 않을 때 내세우는 주장으로 볼 수 있습니다. 불복서면에는 요건 불충족 주장을 앞에 두고, 시행령 효력 주장은 보충으로 두는 편이 낫습니다.

공익법인 주식 취득 증여세 대응 순서

• 합산 내역 특정 - 처분서가 어느 공익법인의 어떤 주식을 더했는지, 적용 조문이 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제2호 가목·나목·다목 중 무엇인지 적습니다.
• 특수관계 대조 - 출연자와 친족 등이 주식 발행 회사에 얼마나 출자했는지 주주명부와 임원 명부로 확인합니다.
• 출연 경로 정리 - 다른 공익법인이 그 주식을 출연받았는지 직접 샀는지, 누가 재산을 출연해 세웠는지 정관과 출연 기록으로 정리합니다.
• 한도 비율 확인 - 그 공익법인에 10%, 20%, 5% 중 어느 비율이 적용되는지 요건별로 확인합니다.
• 심판청구와 소송 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 출연자와 주식 발행 회사의 관계와 다른 공익법인의 주식 취득 경로에 따라 합산 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 공익법인 주식 보유 한도 검토와 증여세 심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 한도 초과분은 어느 날을 기준으로 계산하나요?
  매매나 출연으로 주식을 취득했다면 그 취득일이 기준입니다. 배정받은 유상증자 신주는 주주명부 폐쇄일 등이 기준입니다. 감자는 감자 결의일이 속하는 연도의 주주명부 폐쇄일을 기준으로 계산합니다.
• 한도를 계산할 때 회사가 가진 자기주식도 발행주식에 넣나요?
  넣지 않습니다. 한도 비율의 분모는 의결권 있는 발행주식총수이고, 회사가 가진 자기주식과 자기출자지분은 뺍니다. 회사가 자기주식을 많이 갖고 있으면 공익법인의 지분율이 그만큼 높아집니다.
• 산학협력단이 기술지주회사 주식을 취득해도 한도가 적용되나요?
  시행령 요건을 갖추면 적용되지 않습니다. 산학협력단이 보유 기술을 출자해 기술지주회사를 세우고 발행주식총수의 50% 이상을 취득하는 등의 요건입니다. 기술지주회사는 자회사 외의 주식을 보유하지 않아야 합니다.
• 계열회사 주식을 많이 가진 공익법인에 다른 불이익도 있나요?
  가산세가 부과될 수 있습니다. 특수관계 있는 내국법인 주식 가액이 총 재산가액의 30%를 넘으면 대상이 됩니다. 회계감사, 전용계좌 개설·사용, 결산서류 공시를 이행하는 공익법인은 이 비율이 50%입니다.
• 출연자가 공익법인 이사로 있으면 문제가 되나요?
  일정한 공익법인에서 출연자나 그 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 넘으면 가산세가 부과됩니다. 이사가 아닌 임직원이 되는 경우도 같습니다. 이사 현원이 5명 미만이면 5명으로 보고 계산합니다.
• 심판청구를 하면 증여세 납부가 미뤄지나요?
  원칙적으로 미뤄지지 않습니다. 심판청구는 처분의 집행에 효력을 미치지 않습니다. 다만 집행 때문에 중대한 손해가 생기는 것을 막을 필요가 긴급하면 재결청이 집행정지를 결정할 수 있습니다.
• 이미 신고해 낸 증여세도 다툴 수 있나요?
  스스로 신고·납부했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 부과한 세액은 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다퉈야 합니다. 판결이 나왔다고 이미 확정된 처분이 저절로 바뀌지는 않습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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