세금

공제 배당준비금을 다시 적립해 손금에 넣었는데 부인됐다면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

과거에 손금으로 넣지 않은 공제 배당준비금이라면 다시 적립한 해의 손금 부인을 다툴 수 있습니다. 대법원은 법인세가 사업연도마다 과세되므로 그해 결산의 손금 계상과 그해 법령 요건으로 판단한다고 했습니다. 과거 적립분 환입액을 먼저 익금에 넣어야만 손금이 되는 것은 아니라는 취지입니다.

과거에 손금으로 넣지 않은 공제 배당준비금이라면 다시 적립한 해의 손금 부인을 다툴 수 있습니다. 대법원은 법인세가 사업연도마다 과세되므로 그해 결산의 손금 계상과 그해 법령 요건으로 판단한다고 했습니다. 과거 적립분 환입액을 먼저 익금에 넣어야만 손금이 되는 것은 아니라는 취지입니다.

예전에 쌓은 준비금을 옮겨 적립하면 손금이 안 되나요?

그해 결산에서 손금으로 계상했다면 손금산입 대상이 된다는 것이 대법원 판단입니다. 대법원 2023. 4. 27. 선고 2018두62928 판결은 신용협동조합중앙회의 공제사업 사안입니다. 중앙회는 2000~2006 사업연도에 적립한 계약자배당준비금 217억여 원을 공제규정 개정 부칙에 따라 옮겨 계상했습니다. 2007·2008 사업연도에도 136억여 원을 새로 적립했습니다. 2009~2011 사업연도에는 합계 353억여 원을 다시 적립하며 손금에 넣었습니다.

세무서는 그중 294억여 원을 손금에서 빼고 2014. 9. 1. 법인세를 경정·고지했습니다. 원심은 과거 적립분 환입액을 익금에 넣어야 손금산입도 된다고 보았습니다. 대법원은 법인세가 기간과세라는 점을 들어 이를 받아들이지 않았습니다. 과거 사업연도의 손금산입 대상인지, 환입액을 익금에 넣어야 하는지와 「무관하게」 손금산입 대상이라고 했습니다. 원고 패소 부분은 파기해 대전고등법원에 환송했고, 환송 뒤 결론은 이 판결로 알 수 없습니다.

이 판결은 구 법인세법 사안입니다. 현행 법인세법 제30조 제1항은 2023. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 보험업법에 따른 보험회사를 제외합니다. 신협·수협 같은 공제사업 법인은 이 판단 틀을 참고할 수 있다고 볼 수 있습니다.

이중으로 공제받는다는 세무서 주장은 무엇으로 반박하나요?

과거 사업연도에 그 적립액을 손금에 넣은 적이 없다는 자료로 반박합니다. 2018두62928 사건의 중앙회는 처음 적립할 때와 부칙에 따라 옮겨 계상할 때 모두 손금에 넣지 않았습니다. 대법원은 이 사실을 들어, 과거 손금산입 대상이었더라도 환입액을 익금에 넣을 경우로 보기 어렵다고 덧붙였습니다. 인가받은 공제규정이 계약자이익배당준비금을 계약자배당준비금에 먼저 쓰도록 정한 점도 근거로 삼았습니다.

현행 법인세법 시행령 제57조 제2항은 손금에 넣은 배당준비금을 배당금과 상계하고 3년 뒤 남은 잔액만 익금에 넣게 합니다. 익금 환입이 손금산입을 전제로 짜여 있다는 점은 반박 논리로 쓸 수 있습니다. 어느 사업연도 소득이라는 귀속 사실은 원칙적으로 과세관청이 증명해야 합니다. 다만 손금의 기초 사실은 납세자가 자료로 뒷받침해야 할 때가 많습니다. 농업협동조합중앙회 사건도 참고가 됩니다. 대법원은 고유목적사업준비금을 자본계정으로 옮긴 사정만으로 익금에 넣을 수 없다고 본 원심을 수긍했습니다.

결산 때 손금으로 잡지 않은 준비금을 경정청구로 넣을 수 있나요?

원칙적으로 어렵다고 볼 수 있습니다. 책임준비금은 결산을 확정할 때 손비로 계상한 경우에 손금에 산입됩니다. 대법원 2026. 5. 14. 선고 2022두38199 판결은 고유목적사업준비금 사안입니다. 대법원은 이 준비금을 결산에 반영해야 손금이 되는 결산조정사항으로 보았습니다. 이미 결산에 반영한 선택을 소급해 철회하며 경정청구하는 것도 원칙적으로 허용하지 않았습니다. 이 판결은 「준비금을 잡은 비영리법인이 배당 익금불산입으로 바꿔 경정청구할 수 있나요?」에서 설명했습니다.

그래서 손금을 다툴 때는 어느 사업연도 결산에 계상했는지가 출발점입니다. 2018두62928 사건의 중앙회는 주위적으로 부과처분 취소를 구했습니다. 예비적으로는 부인된 금액을 2007 사업연도에서 빼 달라는 경정청구의 거부처분 취소를 구했습니다. 세무서 경정으로 다른 사업연도에 생긴 이중과세는 「손익귀속시기 경정으로 후발적 경정청구를 했는데 세무서가 다른 항목을 증액할 수 있나요?」에서 다뤘습니다.

소송 중 세무서가 일부를 취소하면 그 부분은 어떻게 되나요?

취소된 부분은 소의 이익이 없어 부적법하게 되고 각하됩니다. 2018두62928 사건의 제1심은 2009 사업연도 법인세 부분을 취소했습니다. 2007 사업연도에 새로 적립한 77억여 원을 2009 사업연도 손금산입 대상으로 본 것입니다. 원심도 이를 유지하자 세무서는 상고한 뒤 2019. 1. 8. 그 부분을 직권으로 취소했습니다. 대법원은 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 소는 부적법하다고 보았습니다. 그래서 원심판결 중 그 부분을 파기하고 제1심판결을 취소한 뒤 소를 각하했습니다.

납세자에게 불리한 결론은 아니고, 다툼이 남은 부분에 집중하면 됩니다. 다만 세액 일부만 줄이는 감액경정이라면 취소되지 않고 남은 부분이 계속 소송 대상입니다. 소송 중 처분이 바뀔 때의 대응은 「조세 취소소송 중 세무서가 과세 이유를 바꾸거나 세액을 고치면 어떻게 되나요?」에서 설명했습니다.

공제 배당준비금 손금 다툼 대응 순서

• 사업연도별 표 작성 - 준비금을 처음 적립한 해, 계정을 옮긴 해, 다시 적립한 해를 한 표에 놓고 해마다 손금 계상액을 적습니다.
• 손금 미산입 확인 - 과거 사업연도 세무조정계산서와 책임준비금명세서로 그 적립액을 손금에 넣지 않았다는 사실을 확인합니다.
• 규정 근거 정리 - 공제규정 개정 내용과 부칙, 감독기관 인가·승인 문서, 준비금 사용 순서 규정을 모읍니다.
• 불복 기한 관리 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 내고, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다.
• 예비적 청구 검토 - 세무서가 다른 사업연도 귀속을 주장하면 그 사업연도 경정청구를 기한 안에 함께 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 각 사업연도에 준비금을 손비로 계상했는지와 감독기관 승인 금액에 따라 다툴 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 법인세 손금 부인에 대한 심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 손금에 넣은 배당준비금은 언제 다시 익금이 되나요?
  보험계약자에게 배당할 때 먼저 계상한 것부터 배당금과 상계합니다. 상계는 손금에 넣은 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날까지 합니다. 그때 남은 잔액은 그날이 속하는 사업연도의 익금에 넣습니다.
• 3년 뒤 남은 준비금을 익금에 넣으면 이자도 붙나요?
  붙습니다. 3년이 되는 날이 속하는 사업연도에 익금에 넣는 경우 이자상당액을 그 사업연도 법인세에 더해 내야 합니다. 이자상당액은 법인세법 시행령 제56조 제7항을 준용해 계산합니다.
• 보험회사도 이 조항으로 책임준비금을 손금에 넣나요?
  현행 조항은 2023. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 보험업법에 따른 보험회사를 제외합니다. 수산업협동조합법 등 보험사업 관련 법률에 따른 책임준비금이 대상이고, 시행령은 수협·새마을금고·신협 등의 공제사업을 열거합니다.
• 배당준비금은 얼마까지 손금에 넣을 수 있나요?
  감독기관이 승인한 금액 범위입니다. 신협 공제사업은 금융감독원장이 재정경제부장관과 협의해 승인한 금액입니다. 수협 공제사업은 해양수산부장관, 새마을금고 공제사업은 행정안전부장관이 승인합니다.
• 3년이 되기 전에 합병하면 남은 준비금은 어떻게 되나요?
  해산하면 그날이 속하는 사업연도에 익금에 넣는 것이 원칙입니다. 다만 보험사업을 하는 합병법인이 잔액을 승계하면 예외입니다. 이때는 피합병법인이 손금에 넣은 사업연도에 합병법인이 넣은 것으로 봅니다.
• 책임준비금을 손금에 넣으려면 따로 낼 서류가 있나요?
  있습니다. 법인세 과세표준 신고와 함께 책임준비금명세서를 납세지 관할 세무서장에게 내야 합니다. 명세서 금액을 결산서의 손비 계상액과 맞춰 두면 다툼에서 근거가 됩니다.
• 심판청구를 거치지 않고 바로 행정소송을 낼 수 있나요?
  원칙적으로 낼 수 없습니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 합니다. 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 내야 하고, 이 기간은 불변기간입니다.

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