세금

국내 미등록 특허 사용료, 전원합의체 이후 소송에서는 무엇을 따지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

특허기술이 국내 제조·판매에 사실상 쓰였는지와 사용료 중 그 몫이 얼마인지를 따집니다. 국내에 등록되지 않았다는 사정만으로는 국내원천소득을 부정할 수 없게 됐습니다. 다만 사용료 전부가 과세 대상이 되는 것은 아닙니다. 국외 공장 제품에만 쓰인 몫은 국내원천소득에서 빠진다고 볼 수 있습니다.

특허기술이 국내 제조·판매에 사실상 쓰였는지와 사용료 중 그 몫이 얼마인지를 따집니다. 국내에 등록되지 않았다는 사정만으로는 국내원천소득을 부정할 수 없게 됐습니다. 다만 사용료 전부가 과세 대상이 되는 것은 아닙니다. 국외 공장 제품에만 쓰인 몫은 국내원천소득에서 빠진다고 볼 수 있습니다.

전원합의체 이후 대법원은 무엇을 다시 심리하라고 했나요?

특허기술이 국내 제조·판매에 사실상 사용됐는지를 심리하라고 했습니다. 2025. 9. 18. 전원합의체가 해석한 것은 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문의 「사용」입니다. 이 판결은 그 사용을 특허권 자체가 아니라 특허기술의 사용으로 보았습니다. 1992년부터 이어진 종전 판례 8건을 변경했고, 대법관 3인의 반대의견이 있었습니다.

뒤이어 2025. 12.부터 2026. 1.까지 같은 쟁점의 사건 5건에서 원심의 해당 부분이 모두 파기환송됐습니다. 이유는 같았습니다. 원심이 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유만으로 사실상 사용 여부를 살피지 않았다는 것입니다. 따라서 환송심의 다툼은 등록 여부가 아니라 실제 사용 사실과 그 대가의 범위로 옮겨 갔습니다.

2020. 1. 1. 이후 지급분은 현행 법인세법 제93조 제8호 다목이 적용됩니다. 이 조항은 사용지 기준 조세조약의 사용료 정의에 포함되는 권리를 사용료 대상으로 적습니다. 국내 미등록 특허권에 포함된 기술이 「국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것」이 여기에 들어갑니다. 같은 때 신설된 제10호 차목은 그런 특허의 침해에 대한 손해배상금·화해금을 기타소득으로 정합니다. 원천징수세율은 사용료가 20%, 차목 소득이 15%입니다. 환급 가능 여부 자체는 「국내에 등록 안 된 미국 특허 사용료로 낸 원천징수 법인세, 돌려받을 수 있나요?」에서 다뤘습니다.

사용료 중 국내에서 쓰인 몫은 어떻게 나누나요?

대법원이 정한 안분 기준은 아직 없습니다. 법정의견은 사실상 사용 여부를 심리하라고 했을 뿐 안분 방법은 정하지 않았습니다. 반대의견은 다수의견에 따르더라도 국내 제조·판매에 쓰인 대가만 국내원천소득이 된다고 짚었습니다. 같은 제품을 국외 공장에서도 만들면 나누기 어렵다는 것입니다. 매출액·영업이익·제조원가·생산수량 중 무엇을 기준으로 할지 정하기 어렵다는 것입니다. 증명책임이 과세관청에 있다는 점도 들었습니다.

다수의견에 대한 보충의견은 계약 내용으로 국내외 몫이 바로 나오면 어려움이 크지 않다고 보았습니다. 그렇지 않으면 사실심 법원이 합리적 기준을 찾으면 된다고 했습니다. 증명책임 배분은 앞으로 실무에서 정립할 문제라고 했습니다.

이처럼 안분과 증명책임은 해석이 갈리는 지점입니다. 납세자로서는 과세관청이 국내 사용분을 특정하지 못했다는 점을 다툴 수 있습니다. 동시에 제품별·공장별 생산과 매출 자료를 먼저 정리해 합리적 안분안을 내는 편이 환급 범위를 지키는 데 유리할 수 있습니다.

사용료에 노하우 대가가 섞였다고 하면 결론이 달라지나요?

노하우는 원래부터 국내에서 사실상 쓰였는지로 원천을 판단하므로, 섞였다는 주장만으로 결론이 바로 바뀌지는 않습니다. 전원합의체도 비공개 기술정보의 국내 사용 대가는 국내원천소득이라는 종전 판단을 설명했습니다.

미등록 특허 156개 사용료 2,400만 달러 사건에서 과세관청은 비공개 정보의 사용대가가 포함됐다고 주장했습니다. 대법원은 포함됐다고 보기 어렵다는 원심의 결론이 정당하다고 했습니다. 특허 45,941개 라이선스 사건에서는 같은 주장이 상고심에서 처음 나와 적법한 상고이유가 아니라고 했습니다.

전원합의체 이후에는 미등록 특허도 사실상 사용 기준이 되어 노하우를 따로 떼어 낼 실익이 줄었다고 볼 수 있습니다. 다만 대가 배분 조항은 국내 사용분을 나누는 단위가 되므로 여전히 결론에 영향을 줍니다.

계약 상대방이 미국 회사가 아니면 어느 조약을 적용하나요?

사용료를 실질적으로 지배·관리하는 수익적 소유자가 거주하는 나라의 조약을 적용합니다. 한 국내 회사는 아일랜드 회사와 특허 라이선스 계약을 맺고 계약금 8,500만 달러를 원천징수 없이 지급했습니다. 원심은 아일랜드 회사가 키프로스 회사를 거쳐 미국 LLC가 지배하는 회사라고 보았습니다. 그래서 수익적 소유자를 미국 LLC로 보고 한미조세협약을 적용했고, 대법원은 이를 수긍했습니다. 원천징수하지 않은 데 정당한 사유가 없다는 원심 판단도 수긍해 원고의 부대상고를 기각했습니다.

반대 방향 사례도 있습니다. 국내 회사가 미국 회사와 상호 라이선스·화해 계약을 맺고 사용료 9,700만 달러를 지급한 사건입니다. 대상 미국 특허 12개 중 9개는 미국 회사의 캐나다 자회사 명의였습니다. 과세관청은 그 몫에 한·캐나다 조세협약을 적용하자고 했습니다. 원심은 미국 회사가 사용료를 실질적으로 지배·관리했다며 이를 배척했고, 대법원도 수긍했습니다. 도관 회사 판단의 일반 기준은 「해외 중간 법인을 거쳐 받은 배당, 조세조약 혜택이 부인되면 어떻게 다투나요?」에서 볼 수 있습니다.

미등록 특허 사용료 소송 대응 순서

• 계약서 분해 - 특허 목록을 국내 등록·미등록·출원 중으로 나누고, 대가를 실시료·화해금·노하우 대가로 구분합니다.
• 사용 내역 정리 - 특허별로 국내 공장 제품에 실시됐는지, 국외 공장 제품에만 쓰였는지를 기술 자료로 정리합니다.
• 안분 기준 제시 - 제품별 매출액이나 생산수량 등 합리적 기준을 정하고 근거 자료를 함께 냅니다.
• 실질귀속자 확인 - 계약 상대방과 특허권자가 다르면 누가 사용료를 지배·관리하는지 확인해 적용 조약을 정합니다.
• 기한 관리 - 경정청구 5년, 거부 뒤 90일 불복기간을 계산하고 양도대가 쟁점은 「조세조약과 법인세법의 소득 구분이 다르면 원천징수는 어느 쪽을 따르나요?」와 함께 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 특허기술이 실제로 쓰인 공장과 제품, 계약상 대가 배분에 따라 환급 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 국내 미등록 특허 사용료의 원천세 경정청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2020년 이후 지급한 미등록 특허 사용료에도 같은 기준이 적용되나요?
  네, 현행 법인세법 제93조 제8호 다목이 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 경우를 사용료 대상으로 명시합니다. 2020. 1. 1. 이후 지급하는 소득분부터 이 조항이 적용됩니다.
• 특허침해 화해금으로 낸 돈도 원천징수 대상인가요?
  2020. 1. 1. 이후 지급분이면 국내에서 사실상 실시·사용한 것과 관련된 범위에서 국내원천 기타소득이 됩니다. 원천징수세율은 지급금액의 15%입니다.
• 국내에 등록된 특허 사용료는 어떻게 되나요?
  국내에 등록된 특허를 국내에서 쓴 대가는 종전부터 국내원천 사용료소득입니다. 다툼은 주로 미등록 특허 부분에서 생기므로 계약상 대가를 등록 여부별로 먼저 나눠 두어야 합니다.
• 국내 공장에서 만들어 전량 수출한 제품에 쓴 특허도 국내 사용인가요?
  국내 공장에서 제조했다면 수출 제품이라도 국내 제조에 쓰인 것으로 볼 수 있습니다. 국외 공장에서 만든 제품에만 쓰인 몫이 국내원천소득에서 빠질 여지가 있습니다.
• 미국이 아닌 나라의 특허권자에게 준 사용료도 같은가요?
  이 기준은 사용지를 기준으로 원천을 정하는 조세조약 상대국에 적용됩니다. 지급지를 기준으로 하는 조약이면 국내 지급만으로 국내원천이 될 수 있으므로 조약 조문부터 확인해야 합니다.
• 경정청구를 했는데 세무서가 아무 답을 하지 않으면 어떻게 하나요?
  청구 후 2개월 안에 통지가 없으면 통지를 받기 전이라도 심판청구 등 불복을 할 수 있습니다. 156개 특허 사건도 2개월이 지나도록 통지가 없던 경정청구에서 시작됐습니다.
• 종전 판례를 믿고 원천징수하지 않았다면 가산세가 면제되나요?
  가산세는 의무 불이행에 정당한 사유가 있을 때만 면제됩니다. 대법원이 정당한 사유를 부정한 원심을 수긍한 사건은 조약 선택 경위가 문제 된 사안입니다. 종전 판례를 믿었다는 사정은 사안별로 다툴 쟁점입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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• 해외 중간 법인을 거쳐 받은 배당, 조세조약 혜택이 부인되면 어떻게 다투나요?
• 원천징수로 낸 세금의 경정청구가 거부되면, 소송에서 누가 무엇을 증명하나요?
• 배당받는 외국법인 뒤에 실제 주인이 있는 줄 몰랐어도 원천징수 책임을 지나요?
• 조세조약과 법인세법의 소득 구분이 다르면 원천징수는 어느 쪽을 따르나요?

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