세금

세금 처분을 받은 납세자는 어떤 논리로 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

세금 처분을 다투는 납세자의 논리는 절차 위반, 부과제척기간 경과, 근거 규정의 무효, 사실 판단의 잘못 네 갈래로 나뉩니다. 대법원은 네 갈래 모두에서 납세자 쪽 주장을 받아들인 판결을 냈습니다. 세무서가 본 사실관계를 전부 반박하지 못해도 다툴 길은 있습니다.

세금 처분을 다투는 납세자의 논리는 절차 위반, 부과제척기간 경과, 근거 규정의 무효, 사실 판단의 잘못 네 갈래로 나뉩니다. 대법원은 네 갈래 모두에서 납세자 쪽 주장을 받아들인 판결을 냈습니다. 세무서가 본 사실관계를 전부 반박하지 못해도 다툴 길은 있습니다.

세금 액수가 맞더라도 절차를 어겼다면 다툴 수 있나요?

다툴 수 있습니다. 과세예고통지와 과세전적부심사는 국세기본법이 납세자에게 보장한 절차입니다. 대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두51700 판결은 종중의 2014 사업연도 법인세 사건입니다. 과세관청은 제척기간 만료가 3개월 안으로 다가오자 과세예고통지 없이 고지했습니다. 원심은 과세관청이 과세를 오래 미뤄 이런 사정을 스스로 만들었다고 보아 처분을 취소했습니다. 대법원은 과세관청의 상고를 기각했습니다. 대법원은 3개월 이하가 남았어도 과세예고통지는 해야 하고, 생략할 특별한 사정은 과세관청이 증명해야 한다고 보았습니다.

대법원 2023. 11. 2. 선고 2021두37748 판결도 납세자 쪽 주장을 받아들였습니다. 세무조사 결과통지 뒤 과세전적부심사 청구나 결정 전에 한 처분은 원칙적으로 무효라는 것입니다. 다만 절차 하자로 처분이 취소돼도 과세관청이 절차를 다시 밟아 같은 내용으로 처분할 수 있습니다. 대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결이 이 점을 밝혔습니다. 부과제척기간이 남아 있으면 이런 재처분은 원칙적으로 허용된다는 것입니다. 제척기간 임박을 이유로 한 생략은 「세무서가 몇 년을 미루다 제척기간 직전에 세금을 매겼다면 무엇으로 다투나요?」에서, 결정 전 고지는 「세무서가 포탈 우려를 이유로 적부심 없이 바로 고지했다면 효력이 있나요?」에서 이어 설명합니다.

오래된 거래에 세금이 나왔다면 기간이 지났다고 다툴 수 있나요?

부과제척기간이 지난 뒤 한 부과처분은 무효입니다. 원칙은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이고, 무신고는 7년, 부정행위로 포탈한 경우는 10년입니다. 상속세와 증여세는 10년이 원칙입니다. 다만 불복 결정이나 판결이 확정된 경우에는 확정일부터 1년 안에 경정 등을 할 수 있는 특례가 있습니다. 불복기간 뒤에 이를 다투는 방법은 「제척기간이 지난 뒤 나온 세금, 불복기간을 놓쳐도 다툴 수 있나요?」에서 설명했습니다.

대법원 2021. 11. 25. 선고 2020두51518 판결은 구법이 적용된 양도소득세 사안입니다. 2005년 토지를 팔고 예정신고만 했습니다. 대법원은 예정신고를 했다면 시행령이 정한 예외가 아닌 한 확정신고를 하지 않아도 된다고 보았습니다. 같은 해 다른 양도소득이 있어도 마찬가지라고 했습니다. 그래서 무신고 기간이 아닌 5년이 적용되고, 그 뒤 한 처분은 무효라며 원심을 파기했습니다. 대법원 2021. 12. 30. 선고 2017두75415 판결은 가산세 사건입니다. 증명서류 수취 불성실 가산세에는 10년이 아닌 5년이 적용된다고 보았습니다. 법인세 본세는 부정행위로 보아 10년을 적용한 원심 판단을 수긍했습니다. 예정신고 사안은 「양도세 예정신고만 하고 확정신고를 안 했다면 제척기간이 7년인가요?」, 가산세 사안은 「세무조사로 10년 치 법인세가 나왔는데 증빙불비 가산세도 10년 치인가요?」에서 다룹니다.

과세 근거가 된 시행령 자체가 잘못됐다면 어떻게 되나요?

시행령이 법률의 위임 범위를 벗어나 무효라면 그 조항에 근거한 과세는 위법합니다. 대법원 2021. 10. 14. 선고 2021두33937 판결은 결손법인이 부동산을 증여받자 주주에게 증여세를 매긴 사안입니다. 원심은 이익 계산 방법을 정한 구 상속세 및 증여세법 시행령 조항이 무효여서 과세할 수 없다고 보았습니다. 대법원은 이 판단을 수긍해 과세관청의 상고를 기각했습니다.

주의할 점은 다툼의 시기입니다. 대법원 2022. 3. 11. 선고 2019두56319 판결은 이 점에서 과세관청 주장을 받아들였습니다. 무효를 선언한 대법원 판결이 나오기 전의 처분은 원칙적으로 당연무효가 아니라는 것입니다. 같은 시행령에 근거한 처분이었지만 취소사유에 그친다며 원심을 파기했습니다. 시행령의 효력을 다투려면 불복기간 안에 취소를 구해야 하는 이유이고, 자세한 내용은 「시행령이 무효라는 대법원 판결이 나오면 그 조항으로 낸 세금을 돌려받나요?」에서 설명합니다.

세무서가 거래를 다르게 봤다면 무엇으로 반박하나요?

납세자가 고른 법률관계와 그 거래를 한 사업상 이유를 자료로 보여 주는 것이 출발점입니다. 대법원 2023. 11. 30. 선고 2020두37857 판결은 실질과세 원칙의 한계를 밝혔습니다. 이 원칙은 조세회피 목적의 비합리적 형식을 규제하려는 것이라고 했습니다. 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 납세자가 선택한 법률관계를 존중해야 합니다. 이 사건에서 대법원은 합작투자 상대방과 맺은 우선주약정에 뚜렷한 사업목적이 있다고 보았습니다. 그 약정에 따른 감자대금을 사업양도대금으로 다시 짠 과세를 받아들이지 않고 원심을 파기했습니다.

요건을 갖췄는데 서류를 못 냈다는 이유도 다툴 수 있습니다. 대법원 2023. 3. 30. 선고 2019두55972 판결은 영농조합법인 사건입니다. 농업경영체 등록확인서 제출은 협력의무여서 이를 이유로 면제를 거부할 수 없다고 했습니다. 재구성 기준은 「실질과세 원칙, 대법원은 언제 거래를 다시 짜서 세금을 매기나요?」에서 설명했고, 사업목적 쟁점은 「별도 약정으로 받은 돈을 세무서가 실질과세로 다른 거래 대가라고 하면요?」, 감면 서류 쟁점은 「시행령이 정한 서류를 안 냈다고 법인세 면제를 거부당했다면 다툴 수 있나요?」에서 이어집니다.

세금 처분 다툼 대응 순서

• 기한 계산 - 납부고지서를 받은 날부터 90일이 되는 날을 먼저 적고, 직접 신고한 세목이면 경정청구 기한도 함께 봅니다.
• 절차 대조 - 세무조사 결과통지, 과세예고통지, 과세전적부심사 결정, 고지 날짜를 순서대로 맞춰 봅니다.
• 기간 계산 - 세목별 부과제척기간이 언제 시작해 언제 끝나는지 계산해 처분일과 비교합니다.
• 근거 조문 확인 - 처분이 적용한 법률·시행령 조문과 그 효력을 다툰 판결이 있는지 찾습니다.
• 증거와 소송 준비 - 거래의 사업목적과 실제 이행을 보여 줄 자료를 모으고, 소송에서는 다툴 처분과 피고를 정확히 특정합니다. 「회사 세금 소송을 대표 이름으로 잘못 냈다면 각하되나요?」「법인세 추계결정으로 대표 상여가 나왔는데 이름만 올린 이사라면 다툴 수 있나요?」에서 주의할 점을 다룹니다.

여기까지는 일반 기준이고, 절차 날짜와 제척기간, 근거 조문, 거래 자료에 따라 내세울 논리가 달라집니다. 법무법인 윤성은 조세심판청구와 조세 행정소송, 경정청구 대리를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 심판청구를 거치지 않고 바로 행정소송을 낼 수 있나요?
  원칙적으로 낼 수 없습니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거쳐야 합니다. 다만 재조사 결정에 따라 처분청이 한 처분은 이 전치 절차 없이 소송할 수 있습니다.
• 심판청구를 하면 세금 납부가 멈추나요?
  멈추지 않는 것이 원칙입니다. 이의신청, 심사청구, 심판청구는 처분의 집행에 효력을 미치지 않습니다. 다만 중대한 손해를 막을 필요가 긴급하면 재결청이 집행정지를 결정할 수 있습니다.
• 심판청구에서 이긴 뒤 세무서가 같은 이유로 다시 과세할 수 있나요?
  특별한 사유 없이는 할 수 없습니다. 불복절차에서 불복사유가 옳다고 인정됐다면 같은 사항을 번복해 종전 처분을 되풀이할 수 없다는 것이 대법원 판단입니다. 다만 절차 하자만을 이유로 취소된 경우에는 재처분이 허용될 수 있습니다.
• 불복기간 90일을 놓쳤다면 다툴 방법이 없나요?
  직접 신고한 세목이면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 늘린 세액은 처분을 안 날부터 3개월 안이어야 해 불복기간과 거의 겹칩니다. 부과제척기간이 지난 뒤 한 처분처럼 무효인 처분은 기간과 관계없이 다툴 수 있습니다.
• 절차 하자로 처분이 취소되면 다시는 과세되지 않나요?
  그렇지 않을 수 있습니다. 과세전적부심사 기회를 주지 않아 취소된 사안에서 대법원은 재처분을 막지 않았습니다. 부과제척기간이 남아 있으면 하자를 보완한 같은 내용의 재처분이 원칙적으로 허용된다고 보았습니다.
• 심판청구 결정이 늦어지면 소송은 언제 낼 수 있나요?
  법정 결정기간이 지났는데도 결정 통지를 받지 못했다면 통지 전이라도 그 기간이 지난 날부터 행정소송을 낼 수 있습니다. 결정 통지를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 내야 하고, 이 기간은 불변기간입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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• 조세소송과 조세 형사사건, 대법원은 쟁점마다 무엇을 기준으로 판단하나요?
• 제척기간이 지난 뒤 나온 세금, 불복기간을 놓쳐도 다툴 수 있나요?
• 제척기간이 임박하면 과세예고통지 없이 세금을 고지해도 되나요?
• 실질과세 원칙, 대법원은 언제 거래를 다시 짜서 세금을 매기나요?
• 과세처분이 무효라면 불복기간이 지나도 낸 세금을 돌려받을 수 있나요?
• 세금 취소소송에서 이기면 낸 세금은 언제 돌려받고, 다시 과세될 수 있나요?

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