세무조사는 사업 관련 세목을 한꺼번에 조사하는 통합조사가 원칙이지만, 법이 정한 경우에는 특정 세목만 조사할 수 있습니다. 재조사 금지는 같은 세목·같은 과세기간에만 적용되므로, 앞선 조사가 부가가치세에만 한정되었다면 같은 기간 종합소득세 조사는 원칙적으로 금지되는 재조사가 아닙니다. 같은 세목·기간을 사유 없이 다시 조사했다면 그 과세는 위법합니다.
기한
세무조사 사전통지서는 조사를 시작하기 20일 전까지 오고, 여기에 조사대상 세목과 과세기간이 적혀 있습니다. 받은 날 바로 이미 조사받은 세목·기간과 겹치는지 대조해 두어야 조사 중에 문제를 제기할 수 있습니다.
세무조사는 사업과 관련해 신고·납부의무가 있는 세목을 한꺼번에 조사하는 것이 원칙입니다. 개인사업자라면 종합소득세와 부가가치세, 직원 급여에서 떼어 낸 원천징수분이 함께 대상이 됩니다. 다만 법은 특정 세목만 조사하는 예외를 두고 있고, 재조사 금지는 같은 세목·같은 과세기간에만 적용되므로 세목이 다르면 같은 해를 다시 조사받을 수 있습니다.
이런 상담이 많습니다
H씨는 음식점 두 곳을 운영하는 개인사업자입니다. 2025. 6. 관할 세무서에서 2023년 제1기부터 2024년 제2기까지 부가가치세 조사를 받아 현금매출 일부가 누락된 것으로 확인되었고, 부가가치세 1,900만원을 추가로 냈습니다. 그런데 2026. 9. 21. 지방국세청에서 2023년·2024년 귀속 종합소득세 세무조사 사전통지서를 받았습니다. H씨는 같은 매출을 두 번 조사하는 것이니 재조사 금지 위반이 아닌지, 처음부터 한꺼번에 조사했어야 하는 것 아닌지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
세무조사는 원래 모든 세목을 한꺼번에 하나요?
원칙은 그렇습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」은 세무조사를 납세자의 사업과 관련해 신고·납부의무가 있는 세목을 통합해 실시하도록 정합니다. 납세자가 같은 사업을 두고 세목마다 따로 조사받는 부담을 줄이려는 취지입니다.
조사 방식별 대상과 요건
조사 방식
조사 대상
할 수 있는 경우
통합조사 (핵심 행)
사업 관련 신고·납부의무가 있는 세목 전부
원칙
세목별 조사
특정 세목만
세목 특성·신고유형·사업규모·탈루 혐의, 조세채권 확보 긴급 등
부분조사
특정 항목·거래·사업장
경정청구 처리, 재조사 결정, 탈세 제보, 명의위장 등
세목별 조사를 받았다면 다른 세목은 같은 기간이라도 따로 조사받을 수 있습니다.
출처 - 국세기본법 제81조의11 제1항부터 제3항까지
예외적으로 다음 경우에는 특정 세목만 조사할 수 있습니다.
세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모, 세금탈루 혐의 등을 고려해 특정 세목만 조사할 필요가 있는 경우
조세채권 확보 등을 위해 특정 세목만 긴급히 조사할 필요가 있는 경우
그 밖에 조사의 효율성과 납세자 편의를 고려해 대통령령으로 정하는 경우
이와 별도로 경정청구 처리, 탈세 제보, 명의위장 확인처럼 특정 항목이나 거래만 보는 부분조사도 있습니다. 부분조사 뒤 다시 조사받는 문제는 「특정 항목만 부분조사를 받았는데, 같은 해 다른 항목을 또 조사받을 수 있나요?」에서 설명했습니다.
부가세만 조사받았다면 같은 기간 소득세 조사는 재조사인가요?
재조사 금지는 「같은 세목 및 같은 과세기간」에 대한 조사를 막는 규정입니다. 부가가치세와 종합소득세는 세목이 다르므로, 앞선 조사가 실제로 부가가치세에만 한정되었다면 같은 기간의 종합소득세 조사는 원칙적으로 금지되는 재조사가 아닙니다.
같은 해를 다시 조사받을 때
부가세 조사 뒤 같은 기간 소득세 조사
(불리)금지되는 재조사 아님
세목이 다름
앞선 조사가 부가세에 한정되었는지가 기준
같은 세목·같은 기간 다시 조사
(중립)법정 사유 있어야 허용
명백한 탈루 자료, 거래상대방 조사 등
사유를 조사팀에 확인
사유 없는 재조사에 따른 과세
(유리)그 자체로 위법
재조사 자료를 안 썼어도 마찬가지
과세전적부심사·심판청구에서 주장
출처 - 국세기본법 제81조의4 제2항, 대법원 2004두11718 판결, 대법원 2025다210837 판결
대법원도 사업장 관할 세무서의 부가가치세 경정조사는 조사목적과 대상이 부가가치세 탈루 여부에 한정되어 부가가치세 증액경정만 이루어졌고, 주소지 관할 관청의 조사는 개인제세 전반에 관한 조사로 종합소득세 증액경정이 이루어진 사안에서 두 조사가 같은 세목·같은 과세기간에 대한 중복조사가 아니라고 본 원심을 수긍했습니다.
판단의 열쇠는 앞선 조사의 목적과 실제 범위입니다. 사전통지서의 세목란만 볼 것이 아니라, 그때 종합소득세 신고 내용이나 경비 장부까지 질문받고 자료를 냈는지 기록으로 확인해야 합니다.
반대로 부가가치세 조사에서 확인된 매출누락은 세무공무원 사이에 과세자료로 넘어갈 수 있어, 같은 매출이 종합소득세 수입금액에도 반영될 수 있습니다. 이때 실제로 다툴 대상은 조사 자체보다 늘어난 수입금액에 대응하는 필요경비를 얼마나 인정받는지인 경우가 많습니다.
같은 세목·같은 기간을 다시 조사하면 어떻게 되나요?
같은 세목·같은 과세기간이라면 법이 정한 사유가 있어야 다시 조사할 수 있습니다. 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우, 불복 절차의 재조사 결정, 금품 제공, 부분조사 뒤 남은 부분 조사 등이 여기에 해당합니다.
이런 사유 없이 금지되는 재조사를 거쳐 과세했다면, 대법원은 단순히 당초 처분의 오류를 고치는 경우 같은 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 그 자체로 위법하다고 봅니다. 과세관청이 재조사로 얻은 자료를 근거로 삼지 않았다거나 그 자료 없이도 같은 처분이 가능했다는 사정이 있어도 마찬가지입니다.
조사 도중 다른 세목으로 범위가 넓어지면 막을 수 있나요?
조사 진행 중에는 다른 과세기간이나 세목에 대한 구체적인 탈루 증거자료가 확인된 경우처럼 법이 정한 경우가 아니면 범위를 넓힐 수 없습니다. 넓힐 때는 그 사유와 범위를 문서로 통지해야 합니다.
연간 수입금액 100억원 미만(부가가치세 조사는 1과세기간 공급가액 50억원 미만)인 중소규모납세자는 범위 확대에 대해 세무서나 지방국세청 납세자보호위원회에 세무조사 일시중지·중지를 요청하는 심의를 신청할 수 있습니다. 위법·부당한 세무조사에 대한 심의 요청도 같은 방식이고, 모두 세무조사 기간이 끝나는 날까지 해야 합니다. 범위 확대 요건은 「세무조사 범위는 어떤 경우에 다른 연도·다른 세목으로 넓어지나요? 실제 사례로 보는 확대 요건」에서 자세히 다뤘습니다.
세목별 조사 대응 순서
통지서 세목·기간 확인 - 이번 사전통지서의 조사대상 세목과 과세기간을 적어 둡니다.
앞선 조사 서류 모으기 - 이전 사전통지서, 세무조사 결과통지서, 납부고지서를 모아 세목·기간이 겹치는지 대조합니다.
앞선 조사의 실제 범위 정리 - 그때 받은 질문과 낸 자료 목록으로 조사가 어느 세목까지 미쳤는지 확인합니다.
겹치면 재조사 사유 확인 - 같은 세목·기간이라면 법정 재조사 사유가 무엇인지 조사팀에 묻고, 답이 없으면 권리보호 심의를 요청합니다.
결과통지 후 30일 안에 다툼 - 재조사 금지 위반이나 실체 쟁점은 과세전적부심사로, 이미 고지되었다면 90일 안에 심판청구로 다툽니다.
여기까지는 일반 기준이고, 앞선 조사가 실제로 어느 세목까지 미쳤는지와 재조사 사유가 있는지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 현장 대응과 권리보호 심의 요청, 과세전적부심사와 심판청구를 수행합니다.
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
